BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-207E18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 40,672,603 - 40,852,118
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBsx, 4931429I11Rik, Crtam, 2810457I06Rik
Upstream geneOlfr972, Olfr973, LOC100043015, Olfr974, Olfr975, Olfr976, Olfr977-ps1, Olfr978, Olfr979, Olfr980, Olfr981, 1700001J11Rik, Olfr982, Olfr983, Olfr984, Olfr985, 1700030E15Rik, LOC235279, Olfr986, Zfp202, Scn3b, Gramd1b, LOC270148, 9030425E11Rik, LOC100043076, LOC100043071, Hspa8
Downstream geneLOC628495, LOC100042464, EG667566, 6720432D03Rik, Sorl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-207E18.bB6Ng01-207E18.g
ACCGA026492GA026493
length1,1181,203
definitionB6Ng01-207E18.b B6Ng01-207E18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,672,603 - 40,673,709)(40,850,945 - 40,852,118)
sequence
gaattccctgggtcatgctggaagtgcataacaatgatgcagctaatcgc
taactagggctcactccaagtcttagtttgctaagcactgatacatccaa
ggcaaacaaaagtgtacttgcatacacgtacacatacacgtacatgtata
cacacacacacacacacacacaaacacacacacatacacacacatacact
tacacacacacatacacacacacatacacacacaaaatcacacacataca
cacacatatacttacacacacacatacacaaacacacacacacacatata
cacatacaccccccccccatacattctgacctgtacacgttctctccact
actttggtttctaactactacagattatgttattgccttagtttgtgttt
tattgctataaagagacatcatgaccaaggcaactgtataaagtaaacca
tttaattgaggctggcttacagtttcagaggttcagtccattatcatcat
ggcaggaggcagcgtgcagataggcatggtgctggaggagccgagagttc
tacaggcagcagaaggagactgtgtgccacaagtttatgggagtcatacc
tattgaaatcaccacagctaagaatgtttaaatctaaagaggagcagaat
ttggagaccagcctcttaaatcaaagtccaaggcttccggttttaccaga
gactggaaataagcagactctgttattgctttaggtgtttatttttaaaa
aggcaatataattaatagcagagtcagagactctgaggtcaagctgagtt
caaattctggcctacaaggagtgtggtcttgactagagagagtctaagaa
ggtaagagttgctttgcctgaagactcgagttctgtccctggagccgagg
gacccacgttaattatggaagaagagaaccaacagaattaaattgttctc
tgacctcaacatgctccctctgggcttggggggaacccactctcacacat
tagaatttcatgcacacgtgcatggtgcacacaccacatggctaattaca
cattttagagttaaacaggctatgtggatcttgaacacaccaactaatcc
caaagattctgtgtttca
gaattcctatcccagatgaagacaaccgctccagcagtccctcagtcaca
aaacccgcactgtatttccacatcaatcacattggccttttagatctcct
ttgcttcttctgaatggaggggctggtgatgagtccctggacttgtcagg
aggagtgagccaaaaagattaacccggaacccatcctcagctcctgctga
aaagccatctgtcgtggggctttctatctctggaacagtgggttgattgg
ggcctgggattcacccctttaattccgctgctacctctctgagggactgg
cttctttgttatttggggaacaggacacctttctgggccctttcttctcc
tccatggttgtgatttcctctttctatccccctcttttcagaagtgcacg
tggagcctcataagaagcagctgcatgtgacgctggcctaccacttccaa
gccagccacctacccaccctagagaagcttgcccagaacattgacgtcaa
gctaggatgcgactgggtggccaccatattctctcgggatatccggtttg
ctaaccatgaggtaatgcttccctgtagcccccaggcaaaacccacggag
atcgtagttaaagcatgcaaggtaccactgggtgggcaaaatttttaaaa
ttttgcacttaagaagttttaagggccaatgaggtaactcggtgggtgat
gtcacttgctgtcaagcctgacaacctgagttcaattcctggaacccacg
ggttagaaggagagaacggaatcttgtgggttgtcttctggcctccctgt
gcatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacgcacacacacacacacactgaataccacttataagaaa
ggagctttgagtccagcaagggagagagggcaggcagattgtaagagaga
ttctctcctggttccctttgaagagcttgtggactctctacaatgggaag
atgtgtgagtgaattatactaataaattatattataggttgaatccctac
ttatagacaaatgggtcttagttttagcatccccttctttgatgtagtca
gccattgctttctctacagttcaattccagtgctcctcagaatagacaat
tcctttaggtctttgcctactctttttgacttaaagaagacctcgaagag
gtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_40672603_40673709
seq2: B6Ng01-207E18.b_44_1161

seq1  GAATTCCCTGGGTCATGCTGGAAGTGCATAACAATGATGCAGCTAATCGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGGGTCATGCTGGAAGTGCATAACAATGATGCAGCTAATCGC  50

seq1  TAACTAGGGCTCACTCCAAGTCTTAGTTTGCTAAGCACTGATACATCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGGGCTCACTCCAAGTCTTAGTTTGCTAAGCACTGATACATCCAA  100

seq1  GGCAAACAAAAGTGTACTTGCATACACGTACACATACACGTACATGTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACAAAAGTGTACTTGCATACACGTACACATACACGTACATGTATA  150

seq1  CACACACACACACACACACACAAACACACACACATACACACACATACACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACAAACACACACACATACACACACATACACT  200

seq1  TACACACACACATACACACACACATACACACACAAAATCACACACATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACATACACACACACATACACACACAAAATCACACACATACA  250

seq1  CACACATATACTTACACACACACATACACAAACACACACACACACATATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATATACTTACACACACACATACACAAACACACACACACACATATA  300

seq1  CACATACACCCCCCCCCCATACATTCTGACCTGTACACGTTCTCTCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACACCCCCCCCCCATACATTCTGACCTGTACACGTTCTCTCCACT  350

seq1  ACTTTGGTTTCTAACTACTACAGATTATGTTATTGCCTTAGTTTGTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGTTTCTAACTACTACAGATTATGTTATTGCCTTAGTTTGTGTTT  400

seq1  TATTGCTATAAAGAGACATCATGACCAAGGCAACTGTATAAAGTAAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTATAAAGAGACATCATGACCAAGGCAACTGTATAAAGTAAACCA  450

seq1  TTTAATTGAGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGAGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCAT  500

seq1  GGCAGGAGGCAGCGTGCAGATAGGCATGGTGCTGGAGGAGCCGAGAGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGGCAGCGTGCAGATAGGCATGGTGCTGGAGGAGCCGAGAGTTC  550

seq1  TACAGGCAGCAGAAGGAGACTGTGTGCCACAAGTTTATGGGAGTCATACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCAGCAGAAGGAGACTGTGTGCCACAAGTTTATGGGAGTCATACC  600

seq1  TATTGAAATCACCACAGCTAAGAATGTTTAAATCTAAAGAGGAGCAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAATCACCACAGCTAAGAATGTTTAAATCTAAAGAGGAGCAGAAT  650

seq1  TTGGAGACCAGCCTCTTAAATCAAAGTCCAAGGCTTCCGGTTTTACCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGACCAGCCTCTTAAATCAAAGTCCAAGGCTTCCGGTTTTACCAGA  700

seq1  GACTGGAAATAAGCAGACTCTGTTATTGCTTTAGGTGTTTATTTTTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAAATAAGCAGACTCTGTTATTGCTTTAGGTGTTTATTTTTAAAA  750

seq1  AGGCAATATAATTAATAGCAGAGTCAGAGACTCTGAGGTCAAGCTGAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATATAATTAATAGCAGAGTCAGAGACTCTGAGGTCAAGCTGAGTT  800

seq1  CAAATTCTGGCCTACAAGGAGTGTGGTCTTGACTAGAGAGAGTCTAAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCTGGCCTACAAGGAGTGTGGTCTTGACTAGAGAGAGTCTAAGAA  850

seq1  GGTAAGAG-TGC-TTGCCTGAAGACTCGAGTTCTGTCCCTGGAGCCGAGG  898
      |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGAGTTGCTTTGCCTGAAGACTCGAGTTCTGTCCCTGGAGCCGAGG  900

seq1  GACCCACG-TAAATATGGAAG-AGAGAACCAACAGAATTAAATTGTTCTC  946
      |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCACGTTAATTATGGAAGAAGAGAACCAACAGAATTAAATTGTTCTC  950

seq1  TGACCTCAACATGCTCCCTCT-GGCTT-GGGGGACCCCAC-CTCACACA-  992
      ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||||||| 
seq2  TGACCTCAACATGCTCCCTCTGGGCTTGGGGGGAACCCACTCTCACACAT  1000

seq1  TAGAA-TTCATGCACACGTGCAT-GTGCACACA-CACAATGCTAATTACA  1039
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||
seq2  TAGAATTTCATGCACACGTGCATGGTGCACACACCACATGGCTAATTACA  1050

seq1  CATTTTAGAAGTAAACAAGCTATGT-GATCTTGAACACA-CAACTATTCC  1087
      |||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||
seq2  CATTTTAGAGTTAAACAGGCTATGTGGATCTTGAACACACCAACTAATCC  1100

seq1  CAAAAGATTCTTGTGTTTCA  1107
      | |||||||| |||||||||
seq2  C-AAAGATTC-TGTGTTTCA  1118

seq1: chr9_40850945_40852118
seq2: B6Ng01-207E18.g_64_1266 (reverse)

seq1  AACCTCT--GA-GTCTTCTTTAAGATAAAAAAAGATTAGCAAGGA-CTAA  46
      |||||||  || ||||||||||||  ||||| || |  |||| || ||||
seq2  AACCTCTTCGAGGTCTTCTTTAAGTCAAAAAGAG-TAGGCAAAGACCTAA  49

seq1  AAGATTCGTC-CTTCTGA-GAGCCACGTGATTG-ACT---GAG-AAGCCA  89
      | || | |||  |||||| ||||   |  |||| |||   ||| |||| |
seq2  AGGAATTGTCTATTCTGAGGAGCACTGGAATTGAACTGTAGAGAAAGCAA  99

seq1  T-GCTGACTACATCCAAAGA--GGGATGCTAAAACTTAGACCCATTTGTC  136
      | ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGGCTGACTACAT-CAAAGAAGGGGATGCTAAAACTAAGACCCATTTGTC  148

seq1  TAT-AGTA-GGATTCA--CTAT-ATATA--TTATTAGTAT-ATTCACT--  176
      ||| |||| |||||||  |||| |||||  |||||||||| |||||||  
seq2  TATAAGTAGGGATTCAACCTATAATATAATTTATTAGTATAATTCACTCA  198

seq1  CACATCTT-CCATTGT--AGAGTCCACAGCCTC-TCAAAGGG-ACCAGGA  221
      |||||||| |||||||  ||||||||||  ||| |||||||| |||||||
seq2  CACATCTTCCCATTGTAGAGAGTCCACAAGCTCTTCAAAGGGAACCAGGA  248

seq1  GAG-ATCTCTTCTTAC-ATCTGCCTGCCCTCTCTCCCTTGCTGGACTCAA  269
      ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCTC-TCTTACAATCTGCCTGCCCTCTCTCCCTTGCTGGACTCAA  297

seq1  AGCTCCTTTCTTATAAGT-GTATTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGT  318
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTTTCTTATAAGTGGTATTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGT  347

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  368
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  397

seq1  GTATGCACAGGGAGGCCAGAAGACAACCCACAAGATTCCGTTCTCTCCTT  418
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCACAGGGAGGCCAGAAGACAACCCACAAGATTCCGTTCTCTCCTT  447

seq1  CTAACCCGTGGGTTCCAGGAATTGAACTCAGGTTGTCAGGCTTGACAGCA  468
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCGTGGGTTCCAGGAATTGAACTCAGGTTGTCAGGCTTGACAGCA  497

seq1  AGTGACATCACCCACCGAGTTACCTCATTGGCCCTTAAAACTTCTTAAGT  518
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACATCACCCACCGAGTTACCTCATTGGCCCTTAAAACTTCTTAAGT  547

seq1  GCAAAATTTTAAAAATTTTGCCCACCCAGTGGTACCTTGCATGCTTTAAC  568
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTTTAAAAATTTTGCCCACCCAGTGGTACCTTGCATGCTTTAAC  597

seq1  TACGATCTCCGTGGGTTTTGCCTGGGGGCTACAGGGAAGCATTACCTCAT  618
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGATCTCCGTGGGTTTTGCCTGGGGGCTACAGGGAAGCATTACCTCAT  647

seq1  GGTTAGCAAACCGGATATCCCGAGAGAATATGGTGGCCACCCAGTCGCAT  668
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCAAACCGGATATCCCGAGAGAATATGGTGGCCACCCAGTCGCAT  697

seq1  CCTAGCTTGACGTCAATGTTCTGGGCAAGCTTCTCTAGGGTGGGTAGGTG  718
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTTGACGTCAATGTTCTGGGCAAGCTTCTCTAGGGTGGGTAGGTG  747

seq1  GCTGGCTTGGAAGTGGTAGGCCAGCGTCACATGCAGCTGCTTCTTATGAG  768
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTGGAAGTGGTAGGCCAGCGTCACATGCAGCTGCTTCTTATGAG  797

seq1  GCTCCACGTGCACTTCTGAAAAGAGGGGGATAGAAAGAGGAAATCACAAC  818
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACGTGCACTTCTGAAAAGAGGGGGATAGAAAGAGGAAATCACAAC  847

seq1  CATGGAGGAGAAGAAAGGGCCCAGAAAGGTGTCCTGTTCCCCAAATAACA  868
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGGAGAAGAAAGGGCCCAGAAAGGTGTCCTGTTCCCCAAATAACA  897

seq1  AAGAAGCCAGTCCCTCAGAGAGGTAGCAGCGGAATTAAAGGGGTGAATCC  918
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCCAGTCCCTCAGAGAGGTAGCAGCGGAATTAAAGGGGTGAATCC  947

seq1  CAGGCCCCAATCAACCCACTGTTCCAGAGATAGAAAGCCCCACGACAGAT  968
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCCCAATCAACCCACTGTTCCAGAGATAGAAAGCCCCACGACAGAT  997

seq1  GGCTTTTCAGCAGGAGCTGAGGATGGGTTCCGGGTTAATCTTTTTGGCTC  1018
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTCAGCAGGAGCTGAGGATGGGTTCCGGGTTAATCTTTTTGGCTC  1047

seq1  ACTCCTCCTGACAAGTCCAGGGACTCATCACCAGCCCCTCCATTCAGAAG  1068
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCCTGACAAGTCCAGGGACTCATCACCAGCCCCTCCATTCAGAAG  1097

seq1  AAGCAAAGGAGATCTAAAAGGCCAATGTGATTGATGTGGAAATACAGTGC  1118
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAGGAGATCTAAAAGGCCAATGTGATTGATGTGGAAATACAGTGC  1147

seq1  GGGTTTTGTGACTGAGGGACTGCTGGAGCGGTTGTCTTCATCTGGGATAG  1168
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTGTGACTGAGGGACTGCTGGAGCGGTTGTCTTCATCTGGGATAG  1197

seq1  GAATTC  1174
      ||||||
seq2  GAATTC  1203