BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208K08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 42,401,877 - 42,554,832
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrik4
Upstream geneLOC100042464, EG667566, 6720432D03Rik, Sorl1, Sc5d, Tecta, Tbcel
Downstream geneArhgef12, LOC545339, Tmem136, Pou2f3, LOC628726, Oaf, D630033O11Rik, Trim29, LOC384931, Pvrl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208K08.bB6Ng01-208K08.g
ACCGA027472GA027473
length617816
definitionB6Ng01-208K08.b B6Ng01-208K08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,554,216 - 42,554,832)(42,401,877 - 42,402,687)
sequence
gaattccagtgtggacgctcatgctgacatggttgtgtaagagtaaaata
taactgcagatgcatttacaagctatttccccaggtttggatgagttcta
agataaacatggtaacaggtatctttggaataccctggcagccctctcca
aatctgacttaatggcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggcagagttg
taagggtctaggagaaaaacattcccaccacatggacaaatatccagaga
ctgggactattggggcatctgtagggataaaaaaagagaagatttgatgt
tggtgacatactgaaggcaggagggtggagggagactgaatcagagcaga
gagtgtggtacatatccaggggctttaggccatgggtggggtgagaatgt
tgttgtgatgagaggctttgggacatgaagaacgtggagatggtgcataa
cggtatcaatctggctgagctgctctggagcagagtgcaagagacggatc
agacagtttaccctgaagtcatcagggaagtggagcatgagggatgtgtc
agccctgtggagggtgcgtaccggctggtgactctgaacaggagcggttg
ggggaggatgtgggaga
gaattcctgcaaatcagggaggttggagaaggtagaacacagggggtggg
ggttacctgtgcccccaaattccaggaagcactgggtggaaacaaagctg
ggaagaggccttgggcatggtgcacatgcaggtgcagagaagaggtaagc
tgggtaccagcctgagtcatgcagggagtatgtgggaataaaggctcagt
gtatgtgctgagtgtgggtctgcagagctacacaggagccagacgtgact
agtagagaaagatgcacacagcaattatggaggccccaccacagaaacag
ctgagcatcccagcagagggatatgtgcaatgctgattatctgttctgtt
caagccacagggggcttctacacagagtgatggagggccagacagacgag
agatatggggtgggggggagcagtttgagcatatgtgaatatgcaatgct
gtgtgtcccatcaggatcaggtttatgtcagggctgtgggctcgacttgt
gatggagtccgtggtcatgacaatgagatgagttagtctcctcgcctacc
acacaggctgtcctcagctcaaggacctctccaccacacattcatctcca
tcccgtcccagctaaactgactcatgcggaccttggagtcacaccgtttc
tgacaccattgcatttgttagaaatggcccctaggctcaggccaaggtgt
ctgtgaaatttcattcaatgtctttcctcttcacacctcaaggctgggtg
tgtcccaggtgtggcatgagcggggtcattgtcacccccctgatacctgc
tgataatgagtgagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_42554216_42554832
seq2: B6Ng01-208K08.b_47_663 (reverse)

seq1  TCTCCCACATCCTCCCCCAACCGCTCCTGTTCAGAGTCACCAGCCGGTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCACATCCTCCCCCAACCGCTCCTGTTCAGAGTCACCAGCCGGTAC  50

seq1  GCACCCTCCACAGGGCTGACACATCCCTCATGCTCCACTTCCCTGATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTCCACAGGGCTGACACATCCCTCATGCTCCACTTCCCTGATGAC  100

seq1  TTCAGGGTAAACTGTCTGATCCGTCTCTTGCACTCTGCTCCAGAGCAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGTAAACTGTCTGATCCGTCTCTTGCACTCTGCTCCAGAGCAGCT  150

seq1  CAGCCAGATTGATACCGTTATGCACCATCTCCACGTTCTTCATGTCCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGATTGATACCGTTATGCACCATCTCCACGTTCTTCATGTCCCAA  200

seq1  AGCCTCTCATCACAACAACATTCTCACCCCACCCATGGCCTAAAGCCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTCATCACAACAACATTCTCACCCCACCCATGGCCTAAAGCCCCT  250

seq1  GGATATGTACCACACTCTCTGCTCTGATTCAGTCTCCCTCCACCCTCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATGTACCACACTCTCTGCTCTGATTCAGTCTCCCTCCACCCTCCTG  300

seq1  CCTTCAGTATGTCACCAACATCAAATCTTCTCTTTTTTTATCCCTACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGTATGTCACCAACATCAAATCTTCTCTTTTTTTATCCCTACAGA  350

seq1  TGCCCCAATAGTCCCAGTCTCTGGATATTTGTCCATGTGGTGGGAATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAATAGTCCCAGTCTCTGGATATTTGTCCATGTGGTGGGAATGTT  400

seq1  TTTCTCCTAGACCCTTACAACTCTGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTAGACCCTTACAACTCTGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  450

seq1  TGCCATTAAGTCAGATTTGGAGAGGGCTGCCAGGGTATTCCAAAGATACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTAAGTCAGATTTGGAGAGGGCTGCCAGGGTATTCCAAAGATACC  500

seq1  TGTTACCATGTTTATCTTAGAACTCATCCAAACCTGGGGAAATAGCTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCATGTTTATCTTAGAACTCATCCAAACCTGGGGAAATAGCTTGT  550

seq1  AAATGCATCTGCAGTTATATTTTACTCTTACACAACCATGTCAGCATGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATCTGCAGTTATATTTTACTCTTACACAACCATGTCAGCATGAG  600

seq1  CGTCCACACTGGAATTC  617
      |||||||||||||||||
seq2  CGTCCACACTGGAATTC  617

seq1: chr9_42401877_42402687
seq2: B6Ng01-208K08.g_69_883

seq1  GAATTCCTGCAAATCAGGGAGGTTGGAGAAGGTAGAACACAGGGGGTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCAAATCAGGGAGGTTGGAGAAGGTAGAACACAGGGGGTGGG  50

seq1  GGTTACCTGTGCCCCCAAATTCCAGGAAGCACTGGGTGGAAACAAAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACCTGTGCCCCCAAATTCCAGGAAGCACTGGGTGGAAACAAAGCTG  100

seq1  GGAAGAGGCCTTGGGCATGGTGCACATGCAGGTGCAGAGAAGAGGTAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGCCTTGGGCATGGTGCACATGCAGGTGCAGAGAAGAGGTAAGC  150

seq1  TGGGTACCAGCCTGAGTCATGCAGGGAGTATGTGGGAATAAAGGCTCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTACCAGCCTGAGTCATGCAGGGAGTATGTGGGAATAAAGGCTCAGT  200

seq1  GTATGTGCTGAGTGTGGGTCTGCAGAGCTACACAGGAGCCAGACGTGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGCTGAGTGTGGGTCTGCAGAGCTACACAGGAGCCAGACGTGACT  250

seq1  AGTAGAGAAAGATGCACACAGCAATTATGGAGGCCCCACCACAGAAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAGAAAGATGCACACAGCAATTATGGAGGCCCCACCACAGAAACAG  300

seq1  CTGAGCATCCCAGCAGAGGGATATGTGCAATGCTGATTATCTGTTCTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCATCCCAGCAGAGGGATATGTGCAATGCTGATTATCTGTTCTGTT  350

seq1  CAAGCCACAGGGGGCTTCTACACAGAGTGATGGAGGGCCAGACAGACGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCACAGGGGGCTTCTACACAGAGTGATGGAGGGCCAGACAGACGAG  400

seq1  AGATATGGGGTGGGGGGGAGCAGTTTGAGCATATGTGAATATGCAATGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGGGGTGGGGGGGAGCAGTTTGAGCATATGTGAATATGCAATGCT  450

seq1  GTGTGTCCCATCAGGATCAGGTTTATGTCAGGGCTGTGGGCTCGACTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCCCATCAGGATCAGGTTTATGTCAGGGCTGTGGGCTCGACTTGT  500

seq1  GATGGAGTCCGTGGTCATGACAATGAGATGAGTTAGTCTCCTCGCCTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGTCCGTGGTCATGACAATGAGATGAGTTAGTCTCCTCGCCTACC  550

seq1  ACACAGGCTGTCCTCAGCTCAAGGACCTCTCCACCACACATTCATCTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGCTGTCCTCAGCTCAAGGACCTCTCCACCACACATTCATCTCCA  600

seq1  TCCCGTCCCAGCTAAACTGACTCATGCGGACCTTGGAGTCACACCGTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGTCCCAGCTAAACTGACTCATGCGGACCTTGGAGTCACACCGTTTC  650

seq1  TGACACCATTGCATTTGTTAG-AATGGCCCCTAGGCTCAGGCCAAGGTGT  699
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCATTGCATTTGTTAGAAATGGCCCCTAGGCTCAGGCCAAGGTGT  700

seq1  CTGTGAAA-TTCATTCAATGTC-TTCCTCTTCACACCTCAAGGCTGGGTG  747
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAAATTTCATTCAATGTCTTTCCTCTTCACACCTCAAGGCTGGGTG  750

seq1  TGTCCCAGGTGTGGCATGAGCGGGGTCATTGTCA-CCCCCTGATACCTGC  796
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTCCCAGGTGTGGCATGAGCGGGGTCATTGTCACCCCCCTGATACCTGC  800

seq1  TGATTATGAGTGAGA  811
      |||| ||||||||||
seq2  TGATAATGAGTGAGA  815