BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209C16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 108,930,533 - 109,105,951
singlet/doubletdoublet
Overlap genePfkfb4, Scotin, Trex1, 6620401K05Rik, Ccdc72, Ccdc51, EG665413, Plxnb1, E330009P21Rik, Fbxw13
Upstream geneIhpk1, Gmppb, Rnf123, Amigo3, Mst1, Apeh, Bsn, LOC100042108, Dag1, Nicn1, EG434437, Tcta, Rhoa, Gpx1, Usp4, LOC623859, 1700102P08Rik, Ccdc36, BC048562, Klhdc8b, LOC100042228, Ccdc71, Lamb2, Usp19, Qars, Qrich1, Impdh2, 4733401H18Rik, Dalrd3, Wdr6, 4933406E20Rik, Arih2, ENSMUSG00000074075, Slc25a20, Prkar2a, Ihpk2, Nckipsd, Celsr3, Slc26a6, LOC100038959, Tmem89, Uqcrc1, Col7a1
Downstream geneFbxw12, Fbxw14, LOC668758, EG382156, Fbxw16, Fbxw19, LOC635668, Fbxw15, EG382106, E330001B16Rik, C85627, EG382109, 1700124P09Rik, Spink8, 3000002C10Rik, Nme6, Camp, Cdc25a, LOC100043782, Mtap4, LOC100049540, Dhx30, Smarcc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209C16.bB6Ng01-209C16.g
ACCGA027858GA027859
length1,047602
definitionB6Ng01-209C16.b B6Ng01-209C16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,930,533 - 108,931,574)(109,105,396 - 109,105,951)
sequence
gaattctaattatacatctagtttgttttttagtttatagtttgtattca
gttatggtagcttatacttatacttgtaattaggaggctgagataggaag
attgttaagagttcaaggccaggtctggagagatggctcagtggttaaga
gcattgactgctcttccaaaggtcctaagttcaaatcccagcaaccacat
ggtggctcacaaccatccgtaaagagatctgactctctcttctggtgcat
ctgaagactgctagagtgtacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagagtt
caaggccttgtacatatagttagttcaaggccagcctgagatcttgtcca
gtttccatgactactggaagcctcctcggtgatctttgatattgctgtag
ccttagactattctggataggggacatttaccttcctccatgcttctaga
tgcagatgctaaggccacagcctgctctcctgggtcacacctgaggagaa
caaagcttcagggagctggtgttatccctccctcccctcaggctgactgg
actgaatttggcagaatagagggcgtccctggtttggggggcaccgagag
taagggatcccatgttgattgttgacttgtaacagctgccccaactaccc
ccagtctctgtgtaagcagcctgtgtcccccaggtggcacacatgggcag
tcacatggatacgctgtctgtcaaggctcctgtgcctcctggtgttccct
gacactgtctgggaagggagaggggaaagctgaactctgtatgctcagtt
tcctccccagagtaggttagctgtggctctggctgccgtctgtgtgggga
ctgcagtggcctcttccctttggcaggttgtaaagtggagtccatattcc
ttgaacgtggcagctgtgaacactcaccgagacagacctcaaggtagcac
tgggacttcctgccaagggtggtgggcatgtttccctggggtgtctagtt
aggtcaaggaccaggttaggttgggggcaagtcactttcctggggct
gaattctcctacttcagccacctgaatgctgaagttatagccaagagcca
ccatgaccagactgtctcttttttttttttaagatttatttatttatttt
atgtatgtgagtatactgtagctgtacagagtacagatggttgtgagcct
tcatgtggttgttgggaattgaattttctaggacctctgctcacgctggt
gaccacgctcactccagtcaactccgctcgctcagtccctgtttgctctg
gcccaaagtcttgtttatacacgtatttatactacagaagtacactgtag
cttacttcagacacaccagaagaaggcatcagatctcatcacaggtgatt
gttagccaccatgtggttgctggtatttgaactcaggaccttcacaagag
cagtcagtgctcttacctgctgagccatcttgtcagaccacaagagtgtc
ctttgttaaacaacaacaattaaaaaatccttaaaaatattttagttatg
tatatggtggggtagtatatgctggtgctggcaggtgctggtggtggcat
atgctgtggaatagcagatattggggatagcagatgttgggggtggtgtg
tt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_108930533_108931574
seq2: B6Ng01-209C16.b_43_1089

seq1  GAATTCTAATTATACATCTAGTTTGTTTTTTAGTTTATAGTTTGTATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATTATACATCTAGTTTGTTTTTTAGTTTATAGTTTGTATTCA  50

seq1  GTTATGGTAGCTTATACTTATACTTGTAATTAGGAGGCTGAGATAGGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGTAGCTTATACTTATACTTGTAATTAGGAGGCTGAGATAGGAAG  100

seq1  ATTGTTAAGAGTTCAAGGCCAGGTCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTAAGAGTTCAAGGCCAGGTCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGA  150

seq1  GCATTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTAAGTTCAAATCCCAGCAACCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTAAGTTCAAATCCCAGCAACCACAT  200

seq1  GGTGGCTCACAACCATCCGTAAAGAGATCTGACTCTCTCTTCTGGTGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTCACAACCATCCGTAAAGAGATCTGACTCTCTCTTCTGGTGCAT  250

seq1  CTGAAGACTGCTAGAGTGTACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGACTGCTAGAGTGTACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTT  300

seq1  CAAGGCCTTGTACATATAGTTAGTTCAAGGCCAGCCTGAGATCTTGTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCTTGTACATATAGTTAGTTCAAGGCCAGCCTGAGATCTTGTCCA  350

seq1  GTTTCCATGACTACTGGAAGCCTCCTCGGTGATCTTTGATATTGCTGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCATGACTACTGGAAGCCTCCTCGGTGATCTTTGATATTGCTGTAG  400

seq1  CCTTAGACTATTCTGGATAGGGGACATTTACCTTCCTCCATGCTTCTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGACTATTCTGGATAGGGGACATTTACCTTCCTCCATGCTTCTAGA  450

seq1  TGCAGATGCTAAGGCCACAGCCTGCTCTCCTGGGTCACACCTGAGGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATGCTAAGGCCACAGCCTGCTCTCCTGGGTCACACCTGAGGAGAA  500

seq1  CAAAGCTTCAGGGAGCTGGTGTTATCCCTCCCTCCCCTCAGGCTGACTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTCAGGGAGCTGGTGTTATCCCTCCCTCCCCTCAGGCTGACTGG  550

seq1  ACTGAATTTGGCAGAATAGAGGGCGTCCCTGGTTTGGGGGGCACCGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATTTGGCAGAATAGAGGGCGTCCCTGGTTTGGGGGGCACCGAGAG  600

seq1  TAAGGGATCCCATGTTGATTGTTGACTTGTAACAGCTGCCCCAACTACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGATCCCATGTTGATTGTTGACTTGTAACAGCTGCCCCAACTACCC  650

seq1  CCAGTCTCTGTGTAAGCAGCCTGTGTCCCCCAGGTGGCACACATGGGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTCTGTGTAAGCAGCCTGTGTCCCCCAGGTGGCACACATGGGCAG  700

seq1  TCACATGGATACGCTGTCTGTCAAGGCTCCTGTGCCTCCTGGTGTTCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGGATACGCTGTCTGTCAAGGCTCCTGTGCCTCCTGGTGTTCCCT  750

seq1  GACACTGTCTGGGAAGGGAGAGGGGAAAGCTGAACTCTGTATGCTCAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGTCTGGGAAGGGAGAGGGGAAAGCTGAACTCTGTATGCTCAGTT  800

seq1  TCCTCCCCAGAGTAGGTTAGCTGTGGCTCTGGCTGCCGTCTGTGTGGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCAGAGTAGGTTAGCTGTGGCTCTGGCTGCCGTCTGTGTGGGGA  850

seq1  CTGCAGTGGCCTCTT-CCTTTGGCAGGTTGTAAAGTGGAGTCCATATTCC  899
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTGGCCTCTTCCCTTTGGCAGGTTGTAAAGTGGAGTCCATATTCC  900

seq1  -TGAACGTGGCAGCTGTGAACACTCACCGAGACAGACCTC-AGGTAGCAC  947
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGAACGTGGCAGCTGTGAACACTCACCGAGACAGACCTCAAGGTAGCAC  950

seq1  T-GGACTCCCTGCC-AGGGTGGTGGGCATGTTCCCCTGGGGTGTCCTAGT  995
      | ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TGGGACTTCCTGCCAAGGGTGGTGGGCATGTTTCCCTGGGGTGT-CTAGT  999

seq1  TAGGTCAGGGACCAGGTTAGGGTGGGGGCAAGTCAC-TTCCTGGGGCT  1042
      ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGGTCAAGGACCAGGTTAGGTTGGGGGCAAGTCACTTTCCTGGGGCT  1047

seq1: chr9_109105396_109105951
seq2: B6Ng01-209C16.g_106_661 (reverse)

seq1  ACACACCACCCCCAACATCTGCTATCCCCAATATCTGCTATTCCACAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCACCCCCAACATCTGCTATCCCCAATATCTGCTATTCCACAGCA  50

seq1  TATGCCACCACCAGCACCTGCCAGCACCAGCATATACTACCCCACCATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCACCACCAGCACCTGCCAGCACCAGCATATACTACCCCACCATAT  100

seq1  ACATAACTAAAATATTTTTAAGGATTTTTTAATTGTTGTTGTTTAACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACTAAAATATTTTTAAGGATTTTTTAATTGTTGTTGTTTAACAAA  150

seq1  GGACACTCTTGTGGTCTGACAAGATGGCTCAGCAGGTAAGAGCACTGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTCTTGTGGTCTGACAAGATGGCTCAGCAGGTAAGAGCACTGACT  200

seq1  GCTCTTGTGAAGGTCCTGAGTTCAAATACCAGCAACCACATGGTGGCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGTGAAGGTCCTGAGTTCAAATACCAGCAACCACATGGTGGCTAA  250

seq1  CAATCACCTGTGATGAGATCTGATGCCTTCTTCTGGTGTGTCTGAAGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACCTGTGATGAGATCTGATGCCTTCTTCTGGTGTGTCTGAAGTAA  300

seq1  GCTACAGTGTACTTCTGTAGTATAAATACGTGTATAAACAAGACTTTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGTGTACTTCTGTAGTATAAATACGTGTATAAACAAGACTTTGGG  350

seq1  CCAGAGCAAACAGGGACTGAGCGAGCGGAGTTGACTGGAGTGAGCGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCAAACAGGGACTGAGCGAGCGGAGTTGACTGGAGTGAGCGTGGT  400

seq1  CACCAGCGTGAGCAGAGGTCCTAGAAAATTCAATTCCCAACAACCACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCGTGAGCAGAGGTCCTAGAAAATTCAATTCCCAACAACCACATG  450

seq1  AAGGCTCACAACCATCTGTACTCTGTACAGCTACAGTATACTCACATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCACAACCATCTGTACTCTGTACAGCTACAGTATACTCACATACA  500

seq1  TAAAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAGAGACAGTCTGGTCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAGAGACAGTCTGGTCATG  550

seq1  GTGGCT  556
      ||||||
seq2  GTGGCT  556