BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212C13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 28,546,101 - 28,665,506
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOpcml
Upstream geneLOC100041202
Downstream geneHnt, LOC625222
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212C13.bB6Ng01-212C13.g
ACCGA030027GA030028
length1,1041,196
definitionB6Ng01-212C13.b B6Ng01-212C13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,546,101 - 28,547,215)(28,664,301 - 28,665,506)
sequence
gaattccataaacacttgcctagtggagactgaagtgtctgtctctcaca
atggctgtgagtggcagcctgtgagaacactgtctttctgaacagacatg
actcagagcctgaagggaatggagaatgcatggaatatttatgatcaggg
gccttcattacaataggaaactgtggcaacatgagtgtacctctgtggtg
tgcaaacaaaatgcaacactttttctttgggtgtttatatgtgaacagat
ggccctgcccactcaccccatgcacagaaaagagtgctatgtaaagagac
ttaaaatgcagagaaattagtgctcacattggtccttgtcagggaaagct
tagttgcctcggcacttgaaagttctctctccatgagccaatatgtgcta
ggattatcaacctgtgcatggcactatgtctcttcctaaaaacacaatga
ccagcactgatgaagtccttctctgcactggggggcttcatttcatcaca
cagtcttcaattatcttttttgaaatgaatggtagtttggtgatccatag
catgaagcaaatgggagtggctactttgtgtaatagtcaaattttctaaa
caggctacagactttgacaggttgattccatctctaagggggctaacaaa
agtttagaggctagagaggtggtatatcataagagcaagcatagctgctt
tggcggaggactggagagttttgttcccagcatgtgcatagtggttcaca
ggcctctataattccacttctacaagatgtgatgccctcttttggcctcc
atgggcagcatgtattacatacatacctgcagacaaaacactcacagata
caaactacaaataaataaatataaaatgacagattagcttaaagtagccg
ttctagaaaaataaaaataaaaaccataggaactaaagcattggcttaaa
gtgagtttcaagctgagactttcccttagtgtacttcagaatgacagctg
tgagagagctggaggcagggttggggttccatctcaaaggaggagagtta
tgggataaggaggggaggagaaagaattgctttactgtgccccaggattc
tatc

gaattctcagcaattcctgtaccatgcctgcctggctgctgccatgttct
tgccttgactgaatctctgaacctgtaaagcagccccaattaaatgttgt
tcttataagagttaccttggtcatggttgtctgttcacaacagtgaaacc
ctaactaagacaccatactataggtctattatacctgttgttaaacaagt
ggatgcttctaagtagagaagctactacaacatctgaaagtcagtcagtt
ctcaagaaatactaaaaagatgattgacagattaaatgtgatctgccatg
gagctgattgcaaatgtttaagatcaaaattgagaacaaaatgccagaaa
acagaaggtctcaatctctatcttcctcttgcagactagagtaactgtca
tgttggaatctctgcatgaagctgagtagacaagaaattggacttgttgg
tgatttgggcatttgtgcagagccacaggtagagaaaaagcttatgcccc
tgtgtacagtgggcacagagaacagaatgaggaatgatgaatagaaaggc
ctgtgaaacgatgtaagtaacatccttccaccttcctcgtatctagatag
cttctacgatgctcttctgtctttccacactaggaagaggaggcatgttt
cccgaaaggaaatccaattccagagctgatgccatgggatgcaagatcgg
tattctagaagcataccaatgtcatgtcctctgactattccctgctctcg
tttttaattcaaactgctttcaccctcgctatccttgcccacatcccttc
ttagcttcccagtttcccttcaagtactgtgtctgcttgcattcactgtt
ttgaattcccatctctttgttcaaaaaggccccccaaaaggagacaggag
aaaacacgcatatagtatcccactgggagagaactgaagaaaaagaattg
ccattttgaagagcctttccctttttttatgcaatgtttgtgcctgccct
atcaaatctttaaaagatataccaccattataatacattgtttgctttgt
catcatttacctggatccaagggctgggatgccaggccaggctgttttac
tcatgctgcagaaaatgcagggtggatgggggcctaacctctttctactt
cttgcctgccttggctcctctattggtttctcgtgcacaaaacaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_28546101_28547215
seq2: B6Ng01-212C13.b_46_1149

seq1  GAATTCCATAAACACTTGCCTAGTGGAGACTGAAGTGTCTGTCTCTCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAAACACTTGCCTAGTGGAGACTGAAGTGTCTGTCTCTCACA  50

seq1  ATGGCTGTGAGTGGCAGCCTGTGAGAACACTGTCTTTCTGAACAGACATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTGAGTGGCAGCCTGTGAGAACACTGTCTTTCTGAACAGACATG  100

seq1  ACTCAGAGCCTGAAGGGAATGGAGAATGCATGGAATATTTATGATCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAGCCTGAAGGGAATGGAGAATGCATGGAATATTTATGATCAGGG  150

seq1  GCCTTCATTACAATAGGAAACTGTGGCAACATGAGTGTACCTCTGTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCATTACAATAGGAAACTGTGGCAACATGAGTGTACCTCTGTGGTG  200

seq1  TGCAAACAAAATGCAACACTTTTTCTTTGGGTGTTTATATGTGAACAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACAAAATGCAACACTTTTTCTTTGGGTGTTTATATGTGAACAGAT  250

seq1  GGCCCTGCCCACTCACCCCATGCACAGAAAAGAGTGCTATGTAAAGAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGCCCACTCACCCCATGCACAGAAAAGAGTGCTATGTAAAGAGAC  300

seq1  TTAAAATGCAGAGAAATTAGTGCTCACATTGGTCCTTGTCAGGGAAAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGCAGAGAAATTAGTGCTCACATTGGTCCTTGTCAGGGAAAGCT  350

seq1  TAGTTGCCTCGGCACTTGAAAGTTCTCTCTCCATGAGCCAATATGTGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGCCTCGGCACTTGAAAGTTCTCTCTCCATGAGCCAATATGTGCTA  400

seq1  GGATTATCAACCTGTGCATGGCACTATGTCTCTTCCTAAAAACACAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATCAACCTGTGCATGGCACTATGTCTCTTCCTAAAAACACAATGA  450

seq1  CCAGCACTGATGAAGTCCTTCTCTGCACTGGGGGGCTTCATTTCATCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACTGATGAAGTCCTTCTCTGCACTGGGGGGCTTCATTTCATCACA  500

seq1  CAGTCTTCAATTATCTTTTTTGAAATGAATGGTAGTTTGGTGATCCATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTCAATTATCTTTTTTGAAATGAATGGTAGTTTGGTGATCCATAG  550

seq1  CATGAAGCAAATGGGAGTGGCTACTTTGTGTAATAGTCAAATTTTCTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGCAAATGGGAGTGGCTACTTTGTGTAATAGTCAAATTTTCTAAA  600

seq1  CAGGCTACAGACTTTGACAGGTTGATTCCATCTCTAAGGGGGCTAACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTACAGACTTTGACAGGTTGATTCCATCTCTAAGGGGGCTAACAAA  650

seq1  AGTTTAGAGGCTAGAGAGGTGGTATATCATAAGAGCAAGCATAGCTGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGAGGCTAGAGAGGTGGTATATCATAAGAGCAAGCATAGCTGCTT  700

seq1  TGGCGGAGGACTGGAGAGTTTTGTTCCCAGCATGTGCATAGTGGTTCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGGAGGACTGGAGAGTTTTGTTCCCAGCATGTGCATAGTGGTTCACA  750

seq1  GGCCTCTATAATTCCACTTCTACAAGATGTGATGCCCTCTTTTGGCCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTATAATTCCACTTCTACAAGATGTGATGCCCTCTTTTGGCCTCC  800

seq1  ATGGGCAGCATGTATTACATACATACCTGCAGACAAAACACTCACAGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAGCATGTATTACATACATACCTGCAGACAAAACACTCACAGATA  850

seq1  CAAACTACAAATAAATAAATATAAAATGACAGATTAGCTTAAAGTAGCCG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTACAAATAAATAAATATAAAATGACAGATTAGCTTAAAGTAGCCG  900

seq1  TTCTAGAAAAATAAAAAATAAAAAACCATAGGAACTAAAGCATTGGCTTA  950
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAAAAATAAAAA--TAAAAACCATAGGAACTAAAGCATTGGCTTA  948

seq1  AAGGTGGAGTTTCAAGCTGAGACCTTTCCCTAAGTGTACTTCAGAATGAC  1000
      |||   |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAG--TGAGTTTCAAGCTGAGA-CTTTCCCTTAGTGTACTTCAGAATGAC  995

seq1  AGCTGTGAAGAGAGCTGGAGGCAGGGTTGGGGTCCCATCTCAAAGGAGGA  1050
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  AGCTGTG-AGAGAGCTGGAGGCAGGGTTGGGGTTCCATCTCAAAGGAGG-  1043

seq1  AGAGTTATGGGATAAAGGGAGGGGAGGAGAAGGAATTGCTTCAACTGTGC  1100
      |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||  |||||||
seq2  AGAGTTATGGGATAA--GGAGGGGAGGAGAAAGAATTGCTT-TACTGTGC  1090

seq1  CCACAGGATTCTATC  1115
      || ||||||||||||
seq2  CC-CAGGATTCTATC  1104


seq1: chr9_28664301_28665506
seq2: B6Ng01-212C13.g_64_1258 (reverse)

seq1  TTGTTTTGTGCCAGGAAAACAAAATAGAGGAG-CAAAGCAGGAAAGAAGT  49
      |||||||||| || || ||   |||||||||| ||| ||||| |||||||
seq2  TTGTTTTGTG-CACGAGAAACCAATAGAGGAGCCAAGGCAGGCAAGAAGT  49

seq1  AG-AAGAGGGTAGGCACCCAT-CACCCTGCTATTTCTGCAGCATGGGGTA  97
      || |||||| ||||| ||||| ||||||||  |||||||||||| | |||
seq2  AGAAAGAGGTTAGGCCCCCATCCACCCTGCATTTTCTGCAGCAT-GAGTA  98

seq1  AACAAGCCCTGGGCCTGGCATTCCAAGCCCTTGGATCAGGGTAAAATTGA  147
      ||  ||||   ||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||  |||
seq2  AAACAGCC--TGGCCTGGCA-TCCCAGCCCTTGGATCCAGGTAAA--TGA  143

seq1  ATTGAACAAAGCAAACAATGTATTATTAATGGTGGTATATCTTTTAAAGA  197
        || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  --TG-ACAAAGCAAACAATGTATTA-TAATGGTGGTATATCTTTTAAAGA  189

seq1  TTTGATAGGGCAGGCACAAACATTGCAATAAAAAAAGGGAAAGGCTCTTC  247
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGGGCAGGCACAAACATTGC-ATAAAAAAAGGGAAAGGCTCTTC  238

seq1  AAAATTGGCAATTCTTTTTCTTTCAGTTCTCTCCCAGTGGGATACTATAT  297
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAA-TGGCAATTCTTTTTC-TTCAGTTCTCTCCCAGTGGGATACTATAT  286

seq1  GCGTGTTTTCTCCTGTCTCCTTTTGGGGGGCCTTTTTGAACAAAGAGATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTTTTCTCCTGTCTCCTTTTGGGGGGCCTTTTTGAACAAAGAGATG  336

seq1  GGAATTCAAAACAGTGAATGCAAGCAGACACAGTACTTGAAGGGAAACTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCAAAACAGTGAATGCAAGCAGACACAGTACTTGAAGGGAAACTG  386

seq1  GGAAGCTAAGAAGGGATGTGGGCAAGGATAGCGAGGGTGAAAGCAGTTTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTAAGAAGGGATGTGGGCAAGGATAGCGAGGGTGAAAGCAGTTTG  436

seq1  AATTAAAAACGAGAGCAGGGAATAGTCAGAGGACATGACATTGGTATGCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAAACGAGAGCAGGGAATAGTCAGAGGACATGACATTGGTATGCT  486

seq1  TCTAGAATACCGATCTTGCATCCCATGGCATCAGCTCTGGAATTGGATTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAATACCGATCTTGCATCCCATGGCATCAGCTCTGGAATTGGATTT  536

seq1  CCTTTCGGGAAACATGCCTCCTCTTCCTAGTGTGGAAAGACAGAAGAGCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCGGGAAACATGCCTCCTCTTCCTAGTGTGGAAAGACAGAAGAGCA  586

seq1  TCGTAGAAGCTATCTAGATACGAGGAAGGTGGAAGGATGTTACTTACATC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAGAAGCTATCTAGATACGAGGAAGGTGGAAGGATGTTACTTACATC  636

seq1  GTTTCACAGGCCTTTCTATTCATCATTCCTCATTCTGTTCTCTGTGCCCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACAGGCCTTTCTATTCATCATTCCTCATTCTGTTCTCTGTGCCCA  686

seq1  CTGTACACAGGGGCATAAGCTTTTTCTCTACCTGTGGCTCTGCACAAATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACACAGGGGCATAAGCTTTTTCTCTACCTGTGGCTCTGCACAAATG  736

seq1  CCCAAATCACCAACAAGTCCAATTTCTTGTCTACTCAGCTTCATGCAGAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATCACCAACAAGTCCAATTTCTTGTCTACTCAGCTTCATGCAGAG  786

seq1  ATTCCAACATGACAGTTACTCTAGTCTGCAAGAGGAAGATAGAGATTGAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAACATGACAGTTACTCTAGTCTGCAAGAGGAAGATAGAGATTGAG  836

seq1  ACCTTCTGTTTTCTGGCATTTTGTTCTCAATTTTGATCTTAAACATTTGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTGTTTTCTGGCATTTTGTTCTCAATTTTGATCTTAAACATTTGC  886

seq1  AATCAGCTCCATGGCAGATCACATTTAATCTGTCAATCATCTTTTTAGTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCTCCATGGCAGATCACATTTAATCTGTCAATCATCTTTTTAGTA  936

seq1  TTTCTTGAGAACTGACTGACTTTCAGATGTTGTAGTAGCTTCTCTACTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGAGAACTGACTGACTTTCAGATGTTGTAGTAGCTTCTCTACTTA  986

seq1  GAAGCATCCACTTGTTTAACAACAGGTATAATAGACCTATAGTATGGTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATCCACTTGTTTAACAACAGGTATAATAGACCTATAGTATGGTGT  1036

seq1  CTTAGTTAGGGTTTCACTGTTGTGAACAGACAACCATGACCAAGGTAACT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTAGGGTTTCACTGTTGTGAACAGACAACCATGACCAAGGTAACT  1086

seq1  CTTATAAGAACAACATTTAATTGGGGCTGCTTTACAGGTTCAGAGATTCA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAGAACAACATTTAATTGGGGCTGCTTTACAGGTTCAGAGATTCA  1136

seq1  GTCAAGGCAAGAACATGGCAGCAGCCAGGCAGGCATGGTACAGGAATTGC  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGCAAGAACATGGCAGCAGCCAGGCAGGCATGGTACAGGAATTGC  1186

seq1  TGAGAATTC  1206
      |||||||||
seq2  TGAGAATTC  1195


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |