BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212N14
Chromosome9 (Build37)
Map Location 55,975,217 - 56,129,720
singlet/doubletdoublet
Overlap genePstpip1, Tspan3, C230081A13Rik
Upstream gene1700071A11Rik, Ube2q2, Fbxo22, Nrg4, AI118078, Etfa, LOC546133, Isl2, Zfp291, LOC664980, 4930563M21Rik, LOC664995, LOC665005, Rcn2
Downstream geneHmg20a, LOC100039535, LOC100039549, LOC640537, Lingo1, Odf3l1, Cspg4, Sh3px3, Imp3, Snupn, Ptpn9, 2700012I20Rik, Sin3a, Man2c1, Neil1, Commd4, 1700041C23Rik, Trcg1, 1700017B05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212N14.bB6Ng01-212N14.g
ACCGA030539GA030540
length7451,007
definitionB6Ng01-212N14.b B6Ng01-212N14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,129,161 - 56,129,720)(55,975,217 - 55,976,219)
sequence
gaattcctcacctagcacactggctaggtaggatagggtgggagctacca
cactcaggtggtgatttgcctgcgctgtatctctgaacaaagcagtaatg
cagacggtcaaagacatgtataattgaataactttaaacctttttaaagg
ccatttcttctgttctaaccaattagttgtcacaattaaattcttccatc
ttaccaaaatgagttattttagtatactaggtttagtatactagtatact
attccagagtccatcgttttttgtgttttaaataggagcttggttgtttg
tttgcttgttttcttttctattgtttgagactttcctttcgtccatgttt
ctaatgtgtatccattggaacagcagtagcctctcagagactgcctccct
gaaagagagctgttccctctcccaacactcttcagtcacctctgaaggtc
ctctgctaaggatgggaactcctccctgcttcatgctgggattttgtgtg
agtggatctctctcatacaggtcttgtacctgcagtcatggctgctctgt
ttccttgtacagctcctctgttgtatgtagaaagcactcttacagtagcc
acccattgcctctgtttgttacagtctttccacctctatcttgatgatcc
ctgaaccttcggagaaagcagtgtgattcagacacatagactctatttct
tccatcagctttcagttattgcagagttgaagatacagagatgtg
gaattcccaattatcccctttgcttccagtgaggtaaggcaaggcctacc
cctcttctctcctccctaccaccaggttctctgggctgctacatggaagt
cccaagaccacaccttctgctcctgctggtaaataagggggaagggctaa
tgggagaggggacatgtctcccaccagtggggatgagaggactcctgtat
agcattgatggaacactaatgtcccagagggaaaaggtattctgtccaag
agtgtggatggtgtaggattaagccccaccccagcagtctcagattcggg
cctcatcctgctctcagcttccacagagactctgactcccacccctgagc
ggaatgagttggtctacgcatccatcgaagtgcaggcgacccagggaaac
cttaactcatcagcccaggactaccgggcactctacgactacaccgcaca
ggtgagggcttccccttgtgcctgggagcacgcctggggcgtgagcactt
acatagcaccagagactggaatagttcagtggacatctgctggaccagga
tctgctgtggatagatcaggccttgtgcacaatgaccaaaaatgagtcct
tgagctgccctggaactatttcctgacatccttggagaaaggtgggcagg
gcacccacagagcatctgtgcttgagatggactgaagtccaacacaagcc
ctgggcttaagggggtaggggtagacctggaaaggcaggccctgaacttg
ggctaatacacccacacatataggcagacatgtaggcaagctagatgggg
ctgtactgaggtcacattcagggtacagacctggacagtaacagggtact
caggtagcagtagattgctgtgtgatttgtctagagcttgcccttacttg
tgacaagcacttctgaagagctgcagtgtttggagcagtgagagaagtcc
aggatgggaaggttctccatgaacaatcctgagcttgttaggaagcccaa
gtgccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_56129161_56129720
seq2: B6Ng01-212N14.b_230_790 (reverse)

seq1  CACATCTCTGTATCTTCAACTCTGCAATAACTGAAAGCTGATGGAAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTCTGTATCTTCAACTCTGCAATAACTGAAAGCTGATGGAAGAAA  50

seq1  TAGAGTCTATGTGTCTGAATCACACTGCTTTCTCCGAAGGTTCAGGGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCTATGTGTCTGAATCACACTGCTTTCTCCGAAGGTTCAGGGATC  100

seq1  ATCAAGATAGAGGTGGAAAGACTGTAACAAACAGAGGCAATGGGTGGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGATAGAGGTGGAAAGACTGTAACAAACAGAGGCAATGGGTGGCTA  150

seq1  CTGTAAGAGTGCTTTCTACATACAACAGAGGAGCTGTACAAGGAAACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGAGTGCTTTCTACATACAACAGAGGAGCTGTACAAGGAAACAGA  200

seq1  GCAGCCATGACTGCAGGTACAAGACCTGTATGAGAGAGATCCACTCACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCATGACTGCAGGTACAAGACCTGTATGAGAGAGATCCACTCACAC  250

seq1  AAAATCCCAGCATGAAGCAGGGAGGAGTTCCCATCCTTAGCAGAGGACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCCAGCATGAAGCAGGGAGGAGTTCCCATCCTTAGCAGAGGACCT  300

seq1  TCAGAGGTGACTGAAGAGTGTTGGGAGAGGG-ACAGCTCTCTTTCAGGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGTGACTGAAGAGTGTTGGGAGAGGGAACAGCTCTCTTTCAGGGA  350

seq1  GGCAGTCTCTGAGAGGCTACTGCTGTTCCAATGGATACACATTAGAAACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCTCTGAGAGGCTACTGCTGTTCCAATGGATACACATTAGAAACA  400

seq1  TGGACGAAAGGAAAGTCTCAAACAATAGAAAAGAAAACAAGCAAACAAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACGAAAGGAAAGTCTCAAACAATAGAAAAGAAAACAAGCAAACAAAC  450

seq1  AACCAAGCTCCTATTTAAAACACAAAAAACGATGGACTCTGGAATAGTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGCTCCTATTTAAAACACAAAAAACGATGGACTCTGGAATAGTAT  500

seq1  ACTAGTATACTAAACCTAGTATACTAAAATAACTCATTTTGGTAAGATGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTATACTAAACCTAGTATACTAAAATAACTCATTTTGGTAAGATGG  550

seq1  AAGAATTTAAT  560
      |||||||||||
seq2  AAGAATTTAAT  561

seq1: chr9_55975217_55976219
seq2: B6Ng01-212N14.g_68_1074

seq1  GAATTCCCAATTATCCCCTTTGCTTCCAGTGAGGTAAGGCAAGGCCTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAATTATCCCCTTTGCTTCCAGTGAGGTAAGGCAAGGCCTACC  50

seq1  CCTCTTCTCTCCTCCCTACCACCAGGTTCTCTGGGCTGCTACATGGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTCTCCTCCCTACCACCAGGTTCTCTGGGCTGCTACATGGAAGT  100

seq1  CCCAAGACCACACCTTCTGCTCCTGCTGGTAAATAAGGGGGAAGGGCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGACCACACCTTCTGCTCCTGCTGGTAAATAAGGGGGAAGGGCTAA  150

seq1  TGGGAGAGGGGACATGTCTCCCACCAGTGGGGATGAGAGGACTCCTGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAGGGGACATGTCTCCCACCAGTGGGGATGAGAGGACTCCTGTAT  200

seq1  AGCATTGATGGAACACTAATGTCCCAGAGGGAAAAGGTATTCTGTCCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGATGGAACACTAATGTCCCAGAGGGAAAAGGTATTCTGTCCAAG  250

seq1  AGTGTGGATGGTGTAGGATTAAGCCCCACCCCAGCAGTCTCAGATTCGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGATGGTGTAGGATTAAGCCCCACCCCAGCAGTCTCAGATTCGGG  300

seq1  CCTCATCCTGCTCTCAGCTTCCACAGAGACTCTGACTCCCACCCCTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCCTGCTCTCAGCTTCCACAGAGACTCTGACTCCCACCCCTGAGC  350

seq1  GGAATGAGTTGGTCTACGCATCCATCGAAGTGCAGGCGACCCAGGGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAGTTGGTCTACGCATCCATCGAAGTGCAGGCGACCCAGGGAAAC  400

seq1  CTTAACTCATCAGCCCAGGACTACCGGGCACTCTACGACTACACCGCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTCATCAGCCCAGGACTACCGGGCACTCTACGACTACACCGCACA  450

seq1  GGTGAGGGCTTCCCCTTGTGCCTGGGAGCACGCCTGGGGCGTGAGCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGGCTTCCCCTTGTGCCTGGGAGCACGCCTGGGGCGTGAGCACTT  500

seq1  ACATAGCACCAGAGACTGGAATAGTTCAGTGGACATCTGCTGGACCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCACCAGAGACTGGAATAGTTCAGTGGACATCTGCTGGACCAGGA  550

seq1  TCTGCTGTGGATAGATCAGGCCTTGTGCACAATGACCAAAAATGAGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGTGGATAGATCAGGCCTTGTGCACAATGACCAAAAATGAGTCCT  600

seq1  TGAGCTGCCCTGGAACTATTTCCTGACATCCTTGGAGAAAGGTGGGCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGCCCTGGAACTATTTCCTGACATCCTTGGAGAAAGGTGGGCAGG  650

seq1  GCACCCACAGAGCATCTGTGCTTGAGATGGACTGAAGTCCAACACAAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCACAGAGCATCTGTGCTTGAGATGGACTGAAGTCCAACACAAGCC  700

seq1  CTGGGCTTAAGGGGGTAGGGGTAGACCTGG-AAGGCAGGCCCTGAACTTG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTTAAGGGGGTAGGGGTAGACCTGGAAAGGCAGGCCCTGAACTTG  750

seq1  GGCTAATACACCCACACATATAGGCAGACATGTAGGCAAGCTAGATGGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAATACACCCACACATATAGGCAGACATGTAGGCAAGCTAGATGGGG  800

seq1  CTGTACTGAGGTCACATTCAGGGGTACAGACCTGGACAGTAACAGGGTAC  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTGAGGTCACATTCA-GGGTACAGACCTGGACAGTAACAGGGTAC  849

seq1  TCAGGTAGCAGTAGATTGCTGTGTGATTTGTCTAGAGCTTGCCCTTACGT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCAGGTAGCAGTAGATTGCTGTGTGATTTGTCTAGAGCTTGCCCTTAC-T  898

seq1  TGTGACAAGCACTTCTGAGGAGCTGCAGTGGTTGGAGCAGTGAGAGAAGT  949
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAAGCACTTCTGAAGAGCTGCAGTGTTTGGAGCAGTGAGAGAAGT  948

seq1  CCAGGATGGGA--GGTCTCCATG-ACAA-CCTGAGCTTGTTAGG-AGGCC  994
      |||||||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||
seq2  CCAGGATGGGAAGGTTCTCCATGAACAATCCTGAGCTTGTTAGGAAGCCC  998

seq1  AAGTGCCTT  1003
      ||||||| |
seq2  AAGTGCCCT  1007