BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213C15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 111,332,136 - 111,516,187
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDclk3, LOC620615, Stac
Upstream geneKlhl18, Kif9, Setd2, Nradd, Nbeal2, Ccdc12, Pthr1, Myl3, 9430025E04Rik, LOC665549, Tessp2, 1700036D21Rik, Tessp3, BC107230, 1700112C13Rik, Tsp50, Tmie, Als2cl, Gm590, Tdgf1, Lrrc2, Rtp3, ENSMUSG00000057802, Ltf, Ccrl2, LOC100039275, Lrrfip2, Mlh1, Epm2aip1, Lba1
Downstream gene4930545L08Rik, Arpp21, LOC100039341, LOC620760, LOC100043800
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213C15.bB6Ng01-213C15.g
ACCGA030774GA030775
length9761,091
definitionB6Ng01-213C15.b B6Ng01-213C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,515,214 - 111,516,187)(111,332,136 - 111,333,225)
sequence
gaattcaagtttctgacttctggtgtagtatgtacccatgtgtgtttgtg
tgctcactgacaaaatttaatcatttttctttccaattcacctttgtcca
tctaccaagagacaaaattattctccctggcttcatctggcttggttggc
ctcgtgtaactttaggatcttagaactgatcttcatatcattatttcaaa
tacaactgacatgtgaagataatagaaatgcatcctgtattctgtatgtg
tagtttggtaattattacaaatgcaactatacttagaattatacattcta
agtaatgtactttattttactaagtgagtaaaaaccagttaccccagtga
tagcaattccagttacccataatcaccagtgatctgaaatattttaatgg
aaaattccataagtaaacaagacacgggttaagttatacacccttctgac
ttagagtccacactaagttcacgagtgaagcatctcctcccctgctgcac
tgatgctgtgtaagttacctgcctagttgtcacatggtagccatccccat
catcagcccaattgcatcacagtgcccatgttgctcatcccattagacct
catcataaaggctttagagcaactcccatcacaggaagagggagagacag
agacagagacaaacagagagagacaagaaacagagagagggagagagatt
ttgtagtcacataaatttcactatggtataatgttataattcttttttat
tattagttatggctgtggcttttactattcacaacaattcataaatttaa
ctctatcataggaattagtaggaacaaaaatagtatatttagaattctgt
actaccatggttttagccataaagtgggaatctcataaccctgacacatt
gaggataagctggtgtatttatagatattcgggtatatatatatatatat
atatatatatatataatataatatat
gaattcctatgcaggacaaagacatggactcagaaaaaccacaaaatgct
tgtcattgctgactgacatcctttgaggatggaaatgtgttgccatttct
tttaaaaacccacttgttcagcaatttggtttaaaaaaatttttgatcac
ttgtgggagttttggaccctcaaatttatacccttcattaaaaatattaa
tcatgaaatttaagtattacagtgtatgatgctaaagaaaatttaaacac
tgataacaacagtagcttcagacgtggagcaggagagacgggtcctggct
tctctttcagcttcctcccattccctacaatgctcattactactaagtca
caattctgggccttcaggaggccagcaggtattgggtagctcagttattt
ggtttggatactggcaccacagtcctccatggaaagtatggagccgcctc
tttctgaagaccacacagaatgggttgaagatcacatggtctcaggcccc
agatgggtgggtgtcagcactgatcaatgacacttgtttgttagaattat
gtcttcttattactactttttagttattaaagatgcacacagaaaaacaa
tacccacgagactggttgaaaccacaggcagaccctggaggcgtcttcat
ctctgtacttaggtaaccgtacctctaacgaactgtgtctggctctggga
aaagcagttattcttattgcctgtttctccttgtatcaccctgggaaagg
agacattagctgccacaagttgatcaacttcatgatttttgtgggtccct
caggtatggtacagtgaccacagggcacattgattctgacttctgactgt
tgtctgccaacatgactccatataaatttagcttgtaggagaaggccctt
agcagggtgaggatattctcattgtctaggcctgtggctggtgtactatc
agcgttgtccccagtgtccatccatccctcgttcttgttccccatcttct
catgccatttattttcctggagtatgacagcactaagcatggcttctttc
ttcacgtgtcatgtgcaagaatctgagtcaatactttacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_111515214_111516187
seq2: B6Ng01-213C15.b_42_1017 (reverse)

seq1  ATATATATATA-TATATATATATATATATATATATATATATATACACGAA  49
      |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATATAT-TATATTATATATATATATATATATATATATATATATACCCGAA  49

seq1  TATCTATAAATACACCAGCTTATCCTC-ATGTGTCAGGGTTATGAGATTC  98
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATAAATACACCAGCTTATCCTCAATGTGTCAGGGTTATGAGATTC  99

seq1  CCACTTTATGGCTAAAACCATGGTAGTACAGAATTCTAAATATACTATTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTATGGCTAAAACCATGGTAGTACAGAATTCTAAATATACTATTT  149

seq1  TTGTTCCTACTAATTCCTATGATAGAGTT-AATTTATGAATTGTTGTGAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCTACTAATTCCTATGATAGAGTTAAATTTATGAATTGTTGTGAA  199

seq1  TAGTAAAAGCCACAGCCATAACTAATAATAAAAAAGAATTATAACATTAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAAGCCACAGCCATAACTAATAATAAAAAAGAATTATAACATTAT  249

seq1  ACCATAGTGAAATTTATGTGACTACAAAATCTCTCTCCCTCTCTCTGTTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAGTGAAATTTATGTGACTACAAAATCTCTCTCCCTCTCTCTGTTT  299

seq1  CTTGTCTCTCTCTGTTTGTCTCTGTCTCTGTCTCTCCCTCTTCCTGTGAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTCTCTCTGTTTGTCTCTGTCTCTGTCTCTCCCTCTTCCTGTGAT  349

seq1  GGGAGTTGCTCTAAAGCCTTTATGATGAGGTCTAATGGGATGAGCAACAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTGCTCTAAAGCCTTTATGATGAGGTCTAATGGGATGAGCAACAT  399

seq1  GGGCACTGTGATGCAATTGGGCTGATGATGGGGATGGCTACCATGTGACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACTGTGATGCAATTGGGCTGATGATGGGGATGGCTACCATGTGACA  449

seq1  ACTAGGCAGGTAACTTACACAGCATCAGTGCAGCAGGGGAGGAGATGCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGCAGGTAACTTACACAGCATCAGTGCAGCAGGGGAGGAGATGCTT  499

seq1  CACTCGTGAACTTAGTGTGGACTCTAAGTCAGAAGGGTGTATAACTTAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCGTGAACTTAGTGTGGACTCTAAGTCAGAAGGGTGTATAACTTAAC  549

seq1  CCGTGTCTTGTTTACTTATGGAATTTTCCATTAAAATATTTCAGATCACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTCTTGTTTACTTATGGAATTTTCCATTAAAATATTTCAGATCACT  599

seq1  GGTGATTATGGGTAACTGGAATTGCTATCACTGGGGTAACTGGTTTTTAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTATGGGTAACTGGAATTGCTATCACTGGGGTAACTGGTTTTTAC  649

seq1  TCACTTAGTAAAATAAAGTACATTACTTAGAATGTATAATTCTAAGTATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTAGTAAAATAAAGTACATTACTTAGAATGTATAATTCTAAGTATA  699

seq1  GTTGCATTTGTAATAATTACCAAACTACACATACAGAATACAGGATGCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATTTGTAATAATTACCAAACTACACATACAGAATACAGGATGCAT  749

seq1  TTCTATTATCTTCACATGTCAGTTGTATTTGAAATAATGATATGAAGATC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTATCTTCACATGTCAGTTGTATTTGAAATAATGATATGAAGATC  799

seq1  AGTTCTAAGATCCTAAAGTTACACGAGGCCAACCAAGCCAGATGAAGCCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAAGATCCTAAAGTTACACGAGGCCAACCAAGCCAGATGAAGCCA  849

seq1  GGGAGAATAATTTTGTCTCTTGGTAGATGGACAAAGGTGAATTGGAAAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAATAATTTTGTCTCTTGGTAGATGGACAAAGGTGAATTGGAAAGA  899

seq1  AAAATGATTAAATTTTGTCAGTGAGCACACAAACACACATGGGTACATAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATTAAATTTTGTCAGTGAGCACACAAACACACATGGGTACATAC  949

seq1  TACACCAGAAGTCAGAAACTTGAATTC  974
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCAGAAGTCAGAAACTTGAATTC  976

seq1: chr9_111332136_111333225
seq2: B6Ng01-213C15.g_67_1157

seq1  GAATTCCTATGCAGGACAAAGACATGGACTCAGAAAAACCACAAAATGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATGCAGGACAAAGACATGGACTCAGAAAAACCACAAAATGCT  50

seq1  TGTCATTGCTGACTGACATCCTTTGAGGATGGAAATGTGTTGCCATTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTGCTGACTGACATCCTTTGAGGATGGAAATGTGTTGCCATTTCT  100

seq1  TTTAAAAACCCACTTGTTCAGCAATTTGGTTTAAAAAAATTTTTGATCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAACCCACTTGTTCAGCAATTTGGTTTAAAAAAATTTTTGATCAC  150

seq1  TTGTGGGAGTTTTGGACCCTCAAATTTATACCCTTCATTAAAAATATTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGAGTTTTGGACCCTCAAATTTATACCCTTCATTAAAAATATTAA  200

seq1  TCATGAAATTTAAGTATTACAGTGTATGATGCTAAAGAAAATTTAAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAATTTAAGTATTACAGTGTATGATGCTAAAGAAAATTTAAACAC  250

seq1  TGATAACAACAGTAGCTTCAGACGTGGAGCAGGAGAGACGGGTCCTGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACAACAGTAGCTTCAGACGTGGAGCAGGAGAGACGGGTCCTGGCT  300

seq1  TCTCTTTCAGCTTCCTCCCATTCCCTACAATGCTCATTACTACTAAGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCAGCTTCCTCCCATTCCCTACAATGCTCATTACTACTAAGTCA  350

seq1  CAATTCTGGGCCTTCAGGAGGCCAGCAGGTATTGGGTAGCTCAGTTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTGGGCCTTCAGGAGGCCAGCAGGTATTGGGTAGCTCAGTTATTT  400

seq1  GGTTTGGATACTGGCACCACAGTCCTCCATGGAAAGTATGGAGCCGCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGATACTGGCACCACAGTCCTCCATGGAAAGTATGGAGCCGCCTC  450

seq1  TTTCTGAAGACCACACAGAATGGGTTGAAGATCACATGGTCTCAGGCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAAGACCACACAGAATGGGTTGAAGATCACATGGTCTCAGGCCCC  500

seq1  AGATGGGTGGGTGTCAGCACTGATCAATGACACTTGTTTGTTAGAATTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGTGGGTGTCAGCACTGATCAATGACACTTGTTTGTTAGAATTAT  550

seq1  GTCTTCTTATTACTACTTTTTAGTTATTAAAGATGCACACAGAAAAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTTATTACTACTTTTTAGTTATTAAAGATGCACACAGAAAAACAA  600

seq1  TACCCACGAGACTGGTTGAAACCACAGGCAGACCCTGGAGGCGTCTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACGAGACTGGTTGAAACCACAGGCAGACCCTGGAGGCGTCTTCAT  650

seq1  CTCTGTACTTAGGTAACCGTACCTCTAACGAACTGTGTCTGGCTCTGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTACTTAGGTAACCGTACCTCTAACGAACTGTGTCTGGCTCTGGGA  700

seq1  AAAGCAGTTATTCTTATTGCCTGTTTCTCCTTGTATCACCCTGGGAAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGTTATTCTTATTGCCTGTTTCTCCTTGTATCACCCTGGGAAAGG  750

seq1  AGACATTAGCTGCCACAAGTTGATCAACTTCATGATTTTTGTGGGTCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTAGCTGCCACAAGTTGATCAACTTCATGATTTTTGTGGGTCCCT  800

seq1  CAGGTATGGTACAGTGACCACAGGGCACATTGATTCTGACTTCTGACTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATGGTACAGTGACCACAGGGCACATTGATTCTGACTTCTGACTGT  850

seq1  TGTCTGCCAACATGACTCCATATAAA-TTAGCTTGTAGGAGAAGGCCCTT  899
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCCAACATGACTCCATATAAATTTAGCTTGTAGGAGAAGGCCCTT  900

seq1  AGCAGGGTGAGGATATTCTCATTGTCTAGGCCTGTGGCTGGTGTACTATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGTGAGGATATTCTCATTGTCTAGGCCTGTGGCTGGTGTACTATC  950

seq1  AGCGTTGTCCCCAGTGTCCATCCATCCTCCGT--CTGTTCCCCATCTTCT  997
      |||||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||
seq2  AGCGTTGTCCCCAGTGTCCATCCATCCCTCGTTCTTGTTCCCCATCTTCT  1000

seq1  CCATGCCATTTATTTTCCTGGAGTATGACAGCCACTTAAGCATGGCTCCT  1047
       |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||
seq2  -CATGCCATTTATTTTCCTGGAGTATGACAG-CAC-TAAGCATGGCTTCT  1047

seq1  TCCTTCACGTGTCATGTGGCAAG-ATCTGGGTC-ATACTTTACAG  1090
      | ||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||
seq2  TTCTTCACGTGTCATGT-GCAAGAATCTGAGTCAATACTTTACAG  1091