BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214M11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 41,151,025 - 41,282,033
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGramd1b, LOC270148, 9030425E11Rik, LOC100043076, LOC100043071, Hspa8, Bsx, 4931429I11Rik, Crtam, 2810457I06Rik, LOC628495
Downstream geneLOC100042464, EG667566, 6720432D03Rik, Sorl1, Sc5d, Tecta, Tbcel
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214M11.bB6Ng01-214M11.g
ACCGA031935GA031936
length5771,068
definitionB6Ng01-214M11.b B6Ng01-214M11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,151,025 - 41,151,607)(41,280,963 - 41,282,033)
sequence
tttggaagagtaaatagttataggaaggctgggtggcctggaagagaacc
tgctcaggtccctaaaatccagaatgaccaaggttcaagactatttattt
tttgaataaagaatgctggaatttgaaaaaaattataaatgatataatta
gctgcaatctctattattagggtaggaaggtatgcttgaataggtatggc
taccatagatgtatatgcttcagtgcttggcctataagagagtggcatta
gtaggaggtatggccttgttggagtaagggtgtcactgtggggggaaggc
tttgaggttttacatgctcaatccatgccctgtattgctccttctgcttg
tgatcaagaggatcctcctcctctttcctagcctgacggaacctgaaagt
cccacctctttttttcctcccagccattgaccactggcatctttattgat
agtgttgtgatctttgagaggtttcagaaagaccataccaggccaaatac
ttccacatgaggtttattgagagagagaagggcaaggtggtggcagaaag
aaaagggatggggagagagaggggcag

gaattcaattcatcattatgtcaaatggggaaggggacccataggaccag
ctggaagctctttatttaccagttagtgaagggtaaatgaccaaggagat
cttccaagttgatgacagtgatttggtgctgatgctaggtagccaccctc
cttgtgatacaatctcctttcaccatcagaccagttgggaaaccttgact
gtgagattagaaaagccctattttggtgataaagaaactgaggtcggaat
ggttaatggaccagcctgtgatcaaatcgaaatctctgaaagcttagagc
ccatttcacatggcatactaccacatggtctcatctagcaatcctgggga
gtggggctttcgcaaggaatcaacataaaacacttcctatttactcggca
gacaaaatcataagccgaggttcactcatctctcttcaattctactacct
tcctgcagtgctgggggcagcactgtactgaaccacatgggtgttcaacc
aaccaacccaacaaaaacagcaacaaaagacttaaagatgggcatggtaa
tgcaggcctgtaactctagaatgcagatggtgaaggcaggagggttcaga
gttcaagcccatcctcgaccatgtagcaagttcaagaccagccaacgctc
tataagactgtttatccaaagaaagaaaaggcaaagttggacttggtata
agatggatggtaacattatatttcttaagaactatggttacttcaagggc
tcttttatggacactacaggattagtttccaaatagcaatagcaacccaa
gtaaaagaagcttatgatattaagatgccagtggtaatgataatgaagaa
gaaaacccagttaatggtatgattattgatcatagtgggtcaatcactat
ttctcagacctgtcctgggtccttgggttgagcaagagttaaatgactct
gacagtgtgcttcagttttgttataaactcacatcaagccagccaccaac
caaacgtaaacaacaaagattcaaaggtgggcactgaagtgcaggcctgt
aattctagagtgcagatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_41151025_41151607
seq2: B6Ng01-214M11.b_52_634

seq1  GAATTCTTTGGAAGAGTAAATAGTTATAGGAAGGCTGGGTGGCCTGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGAAGAGTAAATAGTTATAGGAAGGCTGGGTGGCCTGGAAG  50

seq1  AGAACCTGCTCAGGTCCCTAAAATCCAGAATGACCAAGGTTCAAGACTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTGCTCAGGTCCCTAAAATCCAGAATGACCAAGGTTCAAGACTAT  100

seq1  TTATTTTTTGAATAAAGAATGCTGGAATTTGAAAAAAATTATAAATGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTTGAATAAAGAATGCTGGAATTTGAAAAAAATTATAAATGATA  150

seq1  TAATTAGCTGCAATCTCTATTATTAGGGTAGGAAGGTATGCTTGAATAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGCTGCAATCTCTATTATTAGGGTAGGAAGGTATGCTTGAATAGG  200

seq1  TATGGCTACCATAGATGTATATGCTTCAGTGCTTGGCCTATAAGAGAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTACCATAGATGTATATGCTTCAGTGCTTGGCCTATAAGAGAGTG  250

seq1  GCATTAGTAGGAGGTATGGCCTTGTTGGAGTAAGGGTGTCACTGTGGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGTAGGAGGTATGGCCTTGTTGGAGTAAGGGTGTCACTGTGGGGG  300

seq1  GAAGGCTTTGAGGTTTTACATGCTCAATCCATGCCCTGTATTGCTCCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTTTGAGGTTTTACATGCTCAATCCATGCCCTGTATTGCTCCTTC  350

seq1  TGCTTGTGATCAAGAGGATCCTCCTCCTCTTTCCTAGCCTGACGGAACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTGATCAAGAGGATCCTCCTCCTCTTTCCTAGCCTGACGGAACCT  400

seq1  GAAAGTCCCACCTCTTTTTTTCCTCCCAGCCATTGACCACTGGCATCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCCCACCTCTTTTTTTCCTCCCAGCCATTGACCACTGGCATCTTT  450

seq1  ATTGATAGTGTTGTGATCTTTGAGAGGTTTCAGAAAGACCATACCAGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATAGTGTTGTGATCTTTGAGAGGTTTCAGAAAGACCATACCAGGCC  500

seq1  AAATACTTCCACATGAGGTTTATTGAGAGAGAGAAGGGCAAGGTGGTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTCCACATGAGGTTTATTGAGAGAGAGAAGGGCAAGGTGGTGGC  550

seq1  AGAAAGAAAAGGGATGGGGAGAGAGAGGGGCAG  583
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAAAGGGATGGGGAGAGAGAGGGGCAG  583


seq1: chr9_41280963_41282033
seq2: B6Ng01-214M11.g_66_1133 (reverse)

seq1  CATCTGCACTCTAGAATTACAGGCCTGCACTTCAGTGCCCACCTTTGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCACTCTAGAATTACAGGCCTGCACTTCAGTGCCCACCTTTGAAT  50

seq1  CTTTTGTTGTTTACGTTTGGTTGGTTGGCTTGGCTTGATGTGAGTTTATA  100
      | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  C-TTTGTTGTTTACGTTTGGTTGG-TGGC-TGGCTTGATGTGAGTTTATA  97

seq1  ACAGAACTGAAGCACACTGTCAGAGTCATTTAACTCTTGCTCAACCCAAG  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTGAAGCACACTGTCAGAGTCATTTAACTCTTGCTCAACCCAAG  147

seq1  GACCCAGGACAGGTCTGAGAAATAGTGATTGACCCACTATGATCAATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGGACAGGTCTGAGAAATAGTGATTGACCCACTATGATCAATAAT  197

seq1  CATACCATTAACTGGGTTTTCTTCTTCATTATCATTACCACTGGCATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCATTAACTGGGTTTTCTTCTTCATTATCATTACCACTGGCATCTT  247

seq1  AATATCATAAGCTTCTTTTACTTGGGTTGCTATTGCTATTTGGAAACTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCATAAGCTTCTTTTACTTGGGTTGCTATTGCTATTTGGAAACTAA  297

seq1  TCCTGTAGTGTCCATAAAAGAGCCCTTGAAGTAACCATAGTTCTTAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAGTGTCCATAAAAGAGCCCTTGAAGTAACCATAGTTCTTAAGAA  347

seq1  ATATAATGTTACCATCCATCTTATACCAAGTCCAACTTTGCCTTTTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATGTTACCATCCATCTTATACCAAGTCCAACTTTGCCTTTTCTTT  397

seq1  CTTTGGATAAACAGTCTTATAGAGCGTTGGCTGGTCTTGAACTTGCTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGATAAACAGTCTTATAGAGCGTTGGCTGGTCTTGAACTTGCTACA  447

seq1  TGGTCGAGGATGGGCTTGAACTCTGAACCCTCCTGCCTTCACCATCTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCGAGGATGGGCTTGAACTCTGAACCCTCCTGCCTTCACCATCTGCA  497

seq1  TTCTAGAGTTACAGGCCTGCATTACCATGCCCATCTTTAAGTCTTTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAGTTACAGGCCTGCATTACCATGCCCATCTTTAAGTCTTTTGTT  547

seq1  GCTGTTTTTGTTGGGTTGGTTGGTTGAACACCCATGTGGTTCAGTACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTTGTTGGGTTGGTTGGTTGAACACCCATGTGGTTCAGTACAGT  597

seq1  GCTGCCCCCAGCACTGCAGGAAGGTAGTAGAATTGAAGAGAGATGAGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCCCAGCACTGCAGGAAGGTAGTAGAATTGAAGAGAGATGAGTGA  647

seq1  ACCTCGGCTTATGATTTTGTCTGCCGAGTAAATAGGAAGTGTTTTATGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCGGCTTATGATTTTGTCTGCCGAGTAAATAGGAAGTGTTTTATGTT  697

seq1  GATTCCTTGCGAAAGCCCCACTCCCCAGGATTGCTAGATGAGACCATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTTGCGAAAGCCCCACTCCCCAGGATTGCTAGATGAGACCATGTG  747

seq1  GTAGTATGCCATGTGAAATGGGCTCTAAGCTTTCAGAGATTTCGATTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTATGCCATGTGAAATGGGCTCTAAGCTTTCAGAGATTTCGATTTGA  797

seq1  TCACAGGCTGGTCCATTAACCATTCCGACCTCAGTTTCTTTATCACCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGCTGGTCCATTAACCATTCCGACCTCAGTTTCTTTATCACCAAA  847

seq1  ATAGGGCTTTTCTAATCTCACAGTCAAGGTTTCCCAACTGGTCTGATGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGCTTTTCTAATCTCACAGTCAAGGTTTCCCAACTGGTCTGATGGT  897

seq1  GAAAGGAGATTGTATCACAAGGAGGGTGGCTACCTAGCATCAGCACCAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAGATTGTATCACAAGGAGGGTGGCTACCTAGCATCAGCACCAAA  947

seq1  TCACTGTCATCAACTTGGAAGATCTCCTTGGTCATTTACCCTTCACTAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTCATCAACTTGGAAGATCTCCTTGGTCATTTACCCTTCACTAAC  997

seq1  TGGTAAATAAAGAGCTTCCAGCTGGTCCTATGGGTCCCCTTCCCCATTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAATAAAGAGCTTCCAGCTGGTCCTATGGGTCCCCTTCCCCATTTG  1047

seq1  ACATAATGATGAATTGAATTC  1071
      |||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATGATGAATTGAATTC  1068


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |