BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217H21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 79,729,276 - 79,837,230
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFilip1, LOC100041218
Upstream geneLOC436085, LOC235509, LOC666479, Col12a1, Cox7a2, Tmem30a
Downstream geneLOC666490, Senp6, LOC100041249, Myo6, Impg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217H21.bB6Ng01-217H21.g
ACCGA033885GA033886
length794922
definitionB6Ng01-217H21.b B6Ng01-217H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,729,276 - 79,730,067)(79,836,309 - 79,837,230)
sequence
gaattcagtgacattcctcccctcagctccatctccaacattttggcatg
aggtttagattctataagtagagggccagagtaacacatagctaacaagt
atggccaacgtgtggtcccacccatcgctttcccatcattatttaggttt
caatctcttctgcaaggtagtatgacaggtaataaatccctttcttgctc
cagacttacttagccatttccttctcccaaaatgagatgccaaggaaatt
actatttctctgggtacactgtccaaaacgagagatacggcatcatttag
aaccctctggtccttgaacactctgttctaatgatgtctttaaactatct
cagccagcaacttctatgttataatctagccctctcgtattctaaaaact
gtaactaactataatttcaactatttgccatctcagatagttggcgttaa
ttatctctagaatcttaaatctaacaatctttggtgatggcagagcctat
aaaccattgactttctgatcctttcactggctttcatgttccctttccca
ggggagatgttggtttgttgctatgaattgtaagactaaatactggcccc
aagatctggttgctccttaaccttcagggtttagaaaaatcttcacctac
accaaatgatgctatgtaaccttgctccttataaaactattagttcaata
aaggtgcctacagcctgtagctgggcagaggtaggtggggttttttgttg
gggtctgagtaaagacattgtagggggagagccacaaggtgggg
gaattcagacccacaccagggaaaaatattgatattcatttttttaattg
cattattcagaggcaaactcattgaaatcctgagtagtaacaagaaaggt
aagccatgttgtgtgagtccttgctttttagagacgggttcaccttatgt
ggttcaggctggcctggagctggaattgtgctttatcctcctgggtgtgg
gaataacagacaagagccacacctggcctaagtatgaacctttatgttaa
atactgacaaattccccagtgagaaataagtgatcttttctctcatcatg
aagtatagtgaatatatggagtttagaagcttagagagccctggagagat
attcatcttctgttcttgttatggtacgtgtacttcaaatatataccacc
ccaccccagcactttcagggacttctatagaaacactgtgcacacacaga
gaaagcatatatgtttgtgcctaactcctcatggatgccacagtcacctg
tttgactgtgttttcttacccgccactctcacccacctttcagtgaagtt
ttttccaattcactaaataactcaataatctcctgtattgttattttaat
tttatgtgttaatgcatgcacgcacatgtgcgcattgggcatgcacacat
tttgtgtgtgtatgtgtgtgggttcagagtataacttgcataagcctgtt
gactttttgcaccatgtggattctgggtatcaaactcaagtcttcatgtt
ttgcacaaaagacattttacatttcgagctatctctccagcccctaaaaa
cgtcatatttttgagatagggtctcatgaatcccaggctggcttggaact
actattcagcctacgatgatgttgacctcagttatttctgcctgtttctc
cttaatgctggattaaaggtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_79729276_79730067
seq2: B6Ng01-217H21.b_44_837

seq1  GAATTCAGTGACATTCCTCCCCTCAGCTCCATCTGCAACATTTTGGCATG  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGACATTCCTCCCCTCAGCTCCATCTCCAACATTTTGGCATG  50

seq1  AGGTTTAGATTCTATAAGTAGAGGGCCAGAGTAACACATAGCTAACAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAGATTCTATAAGTAGAGGGCCAGAGTAACACATAGCTAACAAGT  100

seq1  ATGGCCAACGTGTGGTCCCACCCATCGCTTTCCCATCATTATTTAGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCAACGTGTGGTCCCACCCATCGCTTTCCCATCATTATTTAGGTTT  150

seq1  CAATCTCTTCTGCAAGGTAGTATGACAGGTAATAAATCCCTTTCTTGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCTTCTGCAAGGTAGTATGACAGGTAATAAATCCCTTTCTTGCTC  200

seq1  CAGACTTACTTAGCCATTTCCTTCTCCCAAAATGAGATGCCAAGGAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTACTTAGCCATTTCCTTCTCCCAAAATGAGATGCCAAGGAAATT  250

seq1  ACTATTTCTCTGGGTACACTGTCCAAAACGAGAGATACGGCATCATTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTCTCTGGGTACACTGTCCAAAACGAGAGATACGGCATCATTTAG  300

seq1  AACCCTCTGGTCCTTGAACACTCTGTTCTAATGATGTCTTTAAACTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTCTGGTCCTTGAACACTCTGTTCTAATGATGTCTTTAAACTATCT  350

seq1  CAGCCAGCAACTTCTATGTTATAATCTAGCCCTCTCGTATTCTAAAAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGCAACTTCTATGTTATAATCTAGCCCTCTCGTATTCTAAAAACT  400

seq1  GTAACTAACTATAATTTCAACTATTTGCCATCTCAGATAGTTGGCGTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTAACTATAATTTCAACTATTTGCCATCTCAGATAGTTGGCGTTAA  450

seq1  TTATCTCTAGAATCTTAAATCTAACAATCTTTGGTGATGGCAGAGCCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCTAGAATCTTAAATCTAACAATCTTTGGTGATGGCAGAGCCTAT  500

seq1  AAACCATTGACTTTCTGATCCTTTCACTGGCTTTCATGTTCCCTTTCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATTGACTTTCTGATCCTTTCACTGGCTTTCATGTTCCCTTTCCCA  550

seq1  GGGGAGATGTTGGTTTGTTGCTATGAATTGTAAGACTAAATACTGGCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGATGTTGGTTTGTTGCTATGAATTGTAAGACTAAATACTGGCCCC  600

seq1  AAGATCTGGTTGCTCCTTAACCTTCAGGGTTTAGAAAAATCTTCACCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTGGTTGCTCCTTAACCTTCAGGGTTTAGAAAAATCTTCACCTAC  650

seq1  ACCAAATGATGCTATGTAACCTTGCTCCTTATAAAACTATTAGTTCAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATGATGCTATGTAACCTTGCTCCTTATAAAACTATTAGTTCAATA  700

seq1  AAGGTGCCTACAGCCTGTAGCTGGGCAGAGGTAGGTGGGG-TTTTTGTTG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGGTGCCTACAGCCTGTAGCTGGGCAGAGGTAGGTGGGGTTTTTTGTTG  750

seq1  GGGTCTGAGTAAAGACATTG-AGGGGGAGAGCAAAGAGGTGGGG  792
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||
seq2  GGGTCTGAGTAAAGACATTGTAGGGGGAGAGCCACAAGGTGGGG  794

seq1: chr9_79836309_79837230
seq2: B6Ng01-217H21.g_68_989 (reverse)

seq1  ATACCTTTAATCCCAGCATTTAGGAGATACAGGCAGAAATAATTGAAGGT  50
      ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||
seq2  ATACCTTTAAT-CCAGCATTAAGGAGAAACAGGCAGAAATAACTG-AGGT  48

seq1  CAACATCATCCTAGGCTAAATAGTGAGTTCCAAGCCAGCCTGGGATACAT  100
      |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAACATCATCGTAGGCTGAATAGT-AGTTCCAAGCCAGCCTGGGATTCAT  97

seq1  GAGACCCTATCTCAAAAATATGACGTTTTTA-GGGCTGGAGAGATAGCTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCTATCTCAAAAATATGACGTTTTTAGGGGCTGGAGAGATAGCTC  147

seq1  GAATTGTAAAATGTTTTTTGTGC-AAACATGAAGACTTGAGTTTGATACC  198
      ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTAAAATGTCTTTTGTGCAAAACATGAAGACTTGAGTTTGATACC  197

seq1  CAGAATCCACATGGTGCAAAAAGTCAACAGGCTTCTGCAAGTTATACTCT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGAATCCACATGGTGCAAAAAGTCAACAGGCTTATGCAAGTTATACTCT  247

seq1  GAACCCACACACATACACACAC-AAATGTGTGCATGCCCAATGCGCACAT  297
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCACACACATACACACACAAAATGTGTGCATGCCCAATGCGCACAT  297

seq1  GTGCGTGCATGCATTAACACATAAAATTAAAATAACAATACAGGAGATTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGTGCATGCATTAACACATAAAATTAAAATAACAATACAGGAGATTA  347

seq1  TTGAGTTATTTAGTGAATTGGAAAAAACTTCACTGAAAGGTGGGTGAGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTATTTAGTGAATTGGAAAAAACTTCACTGAAAGGTGGGTGAGAG  397

seq1  TGGCGGGTAAGAAAACACAGTCAAACAGGTGACTGTGGCATCCATGAGGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGGGTAAGAAAACACAGTCAAACAGGTGACTGTGGCATCCATGAGGA  447

seq1  GTTAGGCACAAACATATATGCTTTCTCTGTGTGTGCACAGTGTTTCTATA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGCACAAACATATATGCTTTCTCTGTGTGTGCACAGTGTTTCTATA  497

seq1  GAAGTCCCTGAAAGTGCTGGGGTGGGGTGGTATATATCTGAAGTACACGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAGTCCCTGAAAGTGCTGGGGTGGGGTGGTATATATTTGAAGTACACGT  547

seq1  ACCATAACAAGAACAGAAGATGAATATCTCTCCAGGGCTCTCTAAGCTTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAACAAGAACAGAAGATGAATATCTCTCCAGGGCTCTCTAAGCTTC  597

seq1  TAAACTCCATATATTCACTATACTTCATGATGAGAGAAAAGATCACTTAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCCATATATTCACTATACTTCATGATGAGAGAAAAGATCACTTAT  647

seq1  TTCTCACTGGGGAATTTGTCAGTATTTAACATAAAGGTTCATACTTAGGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACTGGGGAATTTGTCAGTATTTAACATAAAGGTTCATACTTAGGC  697

seq1  CAGGTGTGGCTCTTGTCTGTTATTCCCACACCCAGGAGGATAAAGCACAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTGGCTCTTGTCTGTTATTCCCACACCCAGGAGGATAAAGCACAA  747

seq1  TTCCAGCTCCAGGCCAGCCTGAACCACATAAGGTGAACCCGTCTCTAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTCCAGGCCAGCCTGAACCACATAAGGTGAACCCGTCTCTAAAA  797

seq1  AGCAAGGACTCACACAACATGGCTTACCTTTCTTGTTACTACTCAGGATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGACTCACACAACATGGCTTACCTTTCTTGTTACTACTCAGGATT  847

seq1  TCAATGAGTTTGCCTCTGAATAATGCAATTAAAAAAATGAATATCAATAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGAGTTTGCCTCTGAATAATGCAATTAAAAAAATGAATATCAATAT  897

seq1  TTTTCCCTGGTGTGGGTCTGAATTC  922
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCTGGTGTGGGTCTGAATTC  922