BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218K16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 33,306,177 - 33,403,332
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFli1, LOC669759, LOC100041398, Ets1, LOC100041426
Downstream geneLOC100042343, Kirrel3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218K16.bB6Ng01-218K16.g
ACCGA034733GA034734
length1,1811,140
definitionB6Ng01-218K16.b B6Ng01-218K16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,306,177 - 33,307,361)(33,402,188 - 33,403,332)
sequence
gaattccaagcccaaggtcttgctcaaggacgatctgggactgttggaac
actgaggctttagctatgtcagaattaaatcttaaaaggcacttataatg
agatgatactgaaagagagcacgtagatccatacaatagactaacgtggg
aacggagaattaagagaaagccagactccaggagaagagcttccttgaaa
ctcttttcctcatgagtgacttttaagtctctcagcttccgctgactcga
ccagagtgcgtggcacatgcccatccacatcagctagaaggtttccctga
gatcttctcagattctgtacatggcactaggcatatttatcctgcctgct
cttgtatttggagaccaaggagcattgtagcttacttattttccctgttt
tctgtgcggcaggggactttgtcctccatcctgaaagcttagagcaaagc
tttaggagttgcaggagattatgattccattaaagagctgtactgtgcct
tgaaccacctcctcctctccctgtgatgatcctaattttctctcaatatt
tctcaggtccacatggtacaagcttttaatcatagactttaagtcactaa
aatgactctgagcaaatgcttaaaacaaacaactggatctcagaataact
agttggaagctgcaaatatacaccaaggatgccctttgttatttgctaat
gaagctagcaactgaccttgctggagagtcaattcaatgtgggcagaagg
attaactcgcccagccagtaccaaaaggagaagaaagtaaaagctgggat
gcaatagtacacctcaacatatctcttattattcttaaccttagctgact
cgattaacctgaaatccttataaacagaatctttatttcctaggcagcta
cgcttggttgaggtggagctcgaaactgcagaaaagccaagctgagaaat
tcttgactctaggtaagtaatcaaacaacttcatgaaaagcaagatgaat
cttcacacatattattgatagacaaacgctgtagtcagctgagctattta
aaattgtttttacttacatcttacttcaattatccatgccaaacgaaagg
tcagtgaaactagattgatagaaagatgcctgaccatcaggtacatttaa
cttggatttttttgggggcgtccaattcaaa

gaattccataattcagaaacaggagtagcttcagtttaagagggtcatga
aaaataatttcatgcattgtactgtatttccttttagacaatgtatttat
gtgtttctgtttagaataaacttaaaaataaagtttttacatgatagaat
atgctcacatacagacttaggaaatactgccaaacaatttcagtatggtt
aaagcaatttttgcttccaggattactcagaaaatgggttagttcatact
gcttttcaacatgacattgtcagagggatttgttaatattagtccttatt
gtgtgtgcctgtgaatgtatatatgactgtggatgactaatcacagtttt
gtcagctctgataagtagtaaggctacacacttttctggctcttactggc
catgttgttaaaggcctttacaaaatgattcaaatgaggtctactcaagt
tttattccattttatgaatttttcactggcttttaagaggtatgttagat
cgattgtatttaacctcatgtagatatatgtattgtaaaattctccccct
tattgccttaatttggggctcttttcctagtgaatttgaaaaccacaaga
cagactcagtggaatctattttattgatgtttcagaattatgaagataaa
catttcagtctatgaacttggtactattagttttcctgttgatcttagtt
aattttctactgctgtggtaaaacatgaagaccaaagcagcttcgggaag
gtcaaaattgcaggttacagaccatcacagagagaagtaagagaagggca
agaacacaaggcaggaactgaagcaaaagccatagaggaccaatccttaa
tgacttgctctctatgagccgcttatcttagattttagtacaactctggg
accagatgcccagggttagcacttccctttatgggctaatttctctcaca
tcaatcaataatcaagaaaatatctaatttgacttattctagagatcaat
tatggagtcattgtctcaattgagaatccctttttccaaatactaaagag
tctcaattgatgtaacaaccttcatagtgtattaagttctgtttagtttt
atgcactaaagatcacaagttccagtctcattcaattgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_33306177_33307361
seq2: B6Ng01-218K16.b_45_1225

seq1  GAATTCCAAGCCCAAGGTCTTGCTCAAGGACGATCTGGGACTGTTGGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGCCCAAGGTCTTGCTCAAGGACGATCTGGGACTGTTGGAAC  50

seq1  ACTGAGGCTTTAGCTATGTCAGAATTAAATCTTAAAAGGCACTTATAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGCTTTAGCTATGTCAGAATTAAATCTTAAAAGGCACTTATAATG  100

seq1  AGATGATACTGAAAGAGAGCACGTAGATCCATACAATAGACTAACGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATACTGAAAGAGAGCACGTAGATCCATACAATAGACTAACGTGGG  150

seq1  AACGGAGAATTAAGAGAAAGCCAGACTCCAGGAGAAGAGCTTCCTTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGAGAATTAAGAGAAAGCCAGACTCCAGGAGAAGAGCTTCCTTGAAA  200

seq1  CTCTTTTCCTCATGAGTGACTTTTAAGTCTCTCAGCTTCCGCTGACTCGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTCCTCATGAGTGACTTTTAAGTCTCTCAGCTTCCGCTGACTCGA  250

seq1  CCAGAGTGCGTGGCACATGCCCATCCACATCAGCTAGAAGGTTTCCCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTGCGTGGCACATGCCCATCCACATCAGCTAGAAGGTTTCCCTGA  300

seq1  GATCTTCTCAGATTCTGTACATGGCACTAGGCATATTTATCCTGCCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTCTCAGATTCTGTACATGGCACTAGGCATATTTATCCTGCCTGCT  350

seq1  CTTGTATTTGGAGACCAAGGAGCATTGTAGCTTACTTATTTTCCCTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATTTGGAGACCAAGGAGCATTGTAGCTTACTTATTTTCCCTGTTT  400

seq1  TCTGTGCGGCAGGGGACTTTGTCCTCCATCCTGAAAGCTTAGAGCAAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCGGCAGGGGACTTTGTCCTCCATCCTGAAAGCTTAGAGCAAAGC  450

seq1  TTTAGGAGTTGCAGGAGATTATGATTCCATTAAAGAGCTGTACTGTGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAGTTGCAGGAGATTATGATTCCATTAAAGAGCTGTACTGTGCCT  500

seq1  TGAACCACCTCCTCCTCTCCCTGTGATGATCCTAATTTTCTCTCAATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCACCTCCTCCTCTCCCTGTGATGATCCTAATTTTCTCTCAATATT  550

seq1  TCTCAGGTCCACATGGTACAAGCTTTTAATCATAGACTTTAAGTCACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGTCCACATGGTACAAGCTTTTAATCATAGACTTTAAGTCACTAA  600

seq1  AATGACTCTGAGCAAATGCTTAAAACAAACAACTGGATCTCAGAATAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTCTGAGCAAATGCTTAAAACAAACAACTGGATCTCAGAATAACT  650

seq1  AGTTGGAAGCTGCAAATATACACCAAGGATGCCCTTTGTTATTTGCTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGAAGCTGCAAATATACACCAAGGATGCCCTTTGTTATTTGCTAAT  700

seq1  GAAGCTAGCAACTGACCTTGCTGGAGAGTCAATTCAATGTGGGCAGAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTAGCAACTGACCTTGCTGGAGAGTCAATTCAATGTGGGCAGAAGG  750

seq1  ATTAACTCGCCCAGCCAGTACCAAAAGGAGAAGAAAGTAAAAGCTGGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTCGCCCAGCCAGTACCAAAAGGAGAAGAAAGTAAAAGCTGGGAT  800

seq1  GCAATAGTACACCTCAACATATCTCTTATTATTCTTAACCTTAGCTGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGTACACCTCAACATATCTCTTATTATTCTTAACCTTAGCTGACT  850

seq1  CGATTAACCTGAAATCCTTATAAACAGAATCTTTATTTCCTAGGCAGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTAACCTGAAATCCTTATAAACAGAATCTTTATTTCCTAGGCAGCTA  900

seq1  CGCTTGGTTGAGGTGGAGCTCGAAACTGCAGAAAAGCCAAGCTGAGAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTGGTTGAGGTGGAGCTCGAAACTGCAGAAAAGCCAAGCTGAGAAAT  950

seq1  TC-TGACTCTAGGTAAGTAATCAAACAACTTCATGAAAAGCAAAGAATGA  999
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TCTTGACTCTAGGTAAGTAATCAAACAACTTCATGAAAAGCAA--GATGA  998

seq1  ATC-TCACACATATTA-TGATAGACAAACGGCTGTAGTCAGGCTGAGCTA  1047
      ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  ATCTTCACACATATTATTGATAGACAAAC-GCTGTAGTCA-GCTGAGCTA  1046

seq1  -TTAAAAT--GTTTTACTTACAATTCCTACCTCAATTATCCATGCAAACA  1094
       |||||||   |||||||||||  || ||| |||||||||||||| ||  
seq2  TTTAAAATTGTTTTTACTTACA--TCTTACTTCAATTATCCATGCCAAAC  1094

seq1  GAAAGGGCCAGTG-AACCAGA-TGATAGAGAGATG-CTGAACATCA-GTA  1140
      |||| || ||||| ||| ||| ||||||| ||||| |||| ||||| |||
seq2  GAAA-GGTCAGTGAAACTAGATTGATAGAAAGATGCCTGACCATCAGGTA  1143

seq1  CAATTTAAATTTGATTTTTTTTTTGGGGGGGGGGTCAAATTCAAA  1185
      | |||||| || |||||||||      ||||| ||| ||||||||
seq2  C-ATTTAACTTGGATTTTTTT------GGGGGCGTCCAATTCAAA  1181


seq1: chr9_33402188_33403332
seq2: B6Ng01-218K16.g_61_1200 (reverse)

seq1  TTCAATTAAAATGAGACTGAAACTTGTTGATCTTTAATTGCATAAAACTA  50
      |||||||  |||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||
seq2  TTCAATT-GAATGAGACTGGAACTTG-TGATCTTT-AGTGCATAAAACTA  47

seq1  AACAGAACTTAAATAACACTATGGAAAGTTG-TACATCAATTTGAGACTC  99
      ||||||||||||   ||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||
seq2  AACAGAACTTAA--TACACTAT-GAAGGTTGTTACATCAA-TTGAGACTC  93

seq1  TTTAAGTTATTTGGAAAAAGGGATTCTCAATTGAGACAATGACTCCATAA  149
      ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTA--GTATTTGGAAAAAGGGATTCTCAATTGAGACAATGACTCCATAA  141

seq1  TTGATCTCTAG-ATAAGTC-AATTAGATATTTTCTTGATTATTGATTGAT  197
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTCTAGAATAAGTCAAATTAGATATTTTCTTGATTATTGATTGAT  191

seq1  GTGAGAGAAATTAGCCCATTAAGGGAAGTGCTAACCCTGGGCATCTGGT-  246
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGAGAGAAATTAGCCCATAAAGGGAAGTGCTAACCCTGGGCATCTGGTC  241

seq1  CCAGAGTTGTACTAAAATCTAAGATAAGCGGCTCATAGAGAGCAAGTCAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTTGTACTAAAATCTAAGATAAGCGGCTCATAGAGAGCAAGTCAT  291

seq1  TAAGGATTGGTCCTCTATGGCTTTTGCTTCAGTTCCTGCCTTGTGTTCTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATTGGTCCTCTATGGCTTTTGCTTCAGTTCCTGCCTTGTGTTCTT  341

seq1  GCCCTTCTCTTACTTCTCTCTGTGATGGTCTGTAACCTGCAATTTTGACC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTCTCTTACTTCTCTCTGTGATGGTCTGTAACCTGCAATTTTGACC  391

seq1  TTCCCGAAGCTGCTTTGGTCTTCATGTTTTACCACAGCAGTAGAAAATTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGAAGCTGCTTTGGTCTTCATGTTTTACCACAGCAGTAGAAAATTA  441

seq1  ACTAAGATCAACAGGAAAACTAATAGTACCAAGTTCATAGACTGAAATGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGATCAACAGGAAAACTAATAGTACCAAGTTCATAGACTGAAATGT  491

seq1  TTATCTTCATAATTCTGAAACATCAATAAAATAGATTCCACTGAGTCTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTCATAATTCTGAAACATCAATAAAATAGATTCCACTGAGTCTGT  541

seq1  CTTGTGGTTTTCAAATTCACTAGGAAAAGAGCCCCAAATTAAGGCAATAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGTTTTCAAATTCACTAGGAAAAGAGCCCCAAATTAAGGCAATAA  591

seq1  GGGGGAGAATTTTACAATACATATATCTACATGAGGTTAAATACAATCGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGAATTTTACAATACATATATCTACATGAGGTTAAATACAATCGA  641

seq1  TCTAACATACCTCTTAAAAGCCAGTGAAAAATTCATAAAATGGAATAAAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACATACCTCTTAAAAGCCAGTGAAAAATTCATAAAATGGAATAAAA  691

seq1  CTTGAGTAGACCTCATTTGAATCATTTTGTAAAGGCCTTTAACAACATGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTAGACCTCATTTGAATCATTTTGTAAAGGCCTTTAACAACATGG  741

seq1  CCAGTAAGAGCCAGAAAAGTGTGTAGCCTTACTACTTATCAGAGCTGACA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGAGCCAGAAAAGTGTGTAGCCTTACTACTTATCAGAGCTGACA  791

seq1  AAACTGTGATTAGTCATCCACAGTCATATATACATTCACAGGCACACACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTGATTAGTCATCCACAGTCATATATACATTCACAGGCACACACA  841

seq1  ATAAGGACTAATATTAACAAATCCCTCTGACAATGTCATGTTGAAAAGCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGACTAATATTAACAAATCCCTCTGACAATGTCATGTTGAAAAGCA  891

seq1  GTATGAACTAACCCATTTTCTGAGTAATCCTGGAAGCAAAAATTGCTTTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAACTAACCCATTTTCTGAGTAATCCTGGAAGCAAAAATTGCTTTA  941

seq1  ACCATACTGAAATTGTTTGGCAGTATTTCCTAAGTCTGTATGTGAGCATA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACTGAAATTGTTTGGCAGTATTTCCTAAGTCTGTATGTGAGCATA  991

seq1  TTCTATCATGTAAAAACTTTATTTTTAAGTTTATTCTAAACAGAAACACA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCATGTAAAAACTTTATTTTTAAGTTTATTCTAAACAGAAACACA  1041

seq1  TAAATACATTGTCTAAAAGGAAATACAGTACAATGCATGAAATTATTTTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACATTGTCTAAAAGGAAATACAGTACAATGCATGAAATTATTTTT  1091

seq1  CATGACCCTCTTAAACTGAAGCTACTCCTGTTTCTGAATTATGGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACCCTCTTAAACTGAAGCTACTCCTGTTTCTGAATTATGGAATTC  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |