BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219E09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 12,047,026 - 12,168,496
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039989
Downstream geneLOC622505, LOC100039680, LOC665285, LOC100039729
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219E09.bB6Ng01-219E09.g
ACCGA035164GA035165
length1,1261,098
definitionB6Ng01-219E09.b B6Ng01-219E09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,047,026 - 12,048,142)(12,167,396 - 12,168,496)
sequence
gaattccaatctcagggttggcttcaaggattatctaggatattgaaaca
ctggcaacggcttagctatatgtcaaatcaatccttaaaggcacttataa
taagaacaatattgaaagagagcatgcagatccatataccagactaacgc
gggggacagggtttgaatatatggtctataagaatgccaaggttccagga
ggctaagtttccttgaaactctttgcctcgggactgcttccaggtttcta
actctgtcaagcagacttcactggagtggatgtagcaatgctccatttat
ttagatggaaattgtaccactaaatgttagatataatcttctaatttttt
tctaagattgaattgcacaactataagccacccttgatttaaatgtcata
gaatatataaattcctcaacacctaagtatagcaagttatttacatattc
aataactgggaaacctttttcattggttcaccatggacatccatcttagt
tttgttataagaccttatcttattatgagttctaaaagacactcagaatt
ctggctctgaattttattcttttttaccctctgctgttcttattatttat
ttactggaagttaaaattaatgccaagactttagtagcaatactgtatac
acaatcctctctccatagttctatttactcaccaagctgcttattaaata
agcacatctttaatgtgattaattcttacatcctttgatgatcaggatgc
tttcaagtgatcatgtcagggtcagcctgacatggtggaatcagttggga
ctgttagcattgctttgcatgtctaatttgaatacactggtgtgtgtgag
tgtattcatgtctgtatgagtggatgagtagaacagaacaagacagggtt
gggggtagagaattagtagaggccagaagagttgttagattcccctcaag
ttactgatctttgtgacccaaagcttttaactgcatccatacctctgcag
caccaacactgcctttgaagtctaaacaggataaatttttgtcccaaggc
ttttttcctcttacccatcagtgtaaggcaattcagtatttaaatgcatt
ctaagaattagagcccatgatttctt

gaattcaattggaaatacaaagagtttggaatgataatgcctctgtggga
acacaaatgtctttgctcccataataaatctaatattcacaaatctcaca
ggcagtaaataacaggtttttgtattgcctctttaaacagaataatcaaa
tgcctcccataactgttctcatactcagcatgaacagtcacttcctgtga
atgggcctgcatgcatccagctgtgaatgatcaccgctcaccctcaaact
ccaccatagactttgtagtcaatagagcaagatatcctatatacctaggg
atggagaaagcaaacaagattctctgtcaattaagagcttacccacattc
ttacattgctttgatggcaaaatcagttaagaaggatctatagcctacat
gctactctcaagtatatgaagctaggtcctcaggtatatacacaacagcc
tcaccctgtcataaatagcttttgtgattcctgctgcttgcttctgaatg
tgtgggtatttatgatatgtgatggttaacacacaacttgttctgctatg
ttgaataatcctttagcagatttattttggtagatttatttatttacttc
tgcagatttgaaagaatcaatatgctatactgtggtttgcaaaggtggaa
agctatggttcaaggatctatattaggcattccatggattagagccagga
ggcatcagaactctgtatgactaagctgtactgcataaactttgtcaaca
aaataaattatattggtataagatgtatcctcaaagaagtctattgtatc
atctccccaaaaacaccttggcagcagtatttaatgataccatacagaga
gatcagtaactcctaattccagaaaccataaatcaatgaacataggggca
agtttaaactactacatttgttttaacctacagcagtacaaaattaatat
atttcatttctgtcacttgtattctatttctcttgcatgtatgtatttga
agattgaattaattttttcttagatgtcaagagatttcaaatatcataca
ccaccacacccccatatatatatatatatgtattctatctatatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_12047026_12048142
seq2: B6Ng01-219E09.b_46_1171

seq1  GAATTCCAATCTCAGGGTTGGCTTCAAGGATTATCTAGGATATTGAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATCTCAGGGTTGGCTTCAAGGATTATCTAGGATATTGAAACA  50

seq1  CTGGCAACGGCTTAGCTATATGTCAAATCAATCCTTAAAGGCACTTATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAACGGCTTAGCTATATGTCAAATCAATCCTTAAAGGCACTTATAA  100

seq1  TAAGAACAATATTGAAAGAGAGCATGCAGATCCATATACCAGACTAACGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACAATATTGAAAGAGAGCATGCAGATCCATATACCAGACTAACGC  150

seq1  GGGGGACAGGGTTTGAATATATGGTCTATAAGAATGCCAAGGTTCCAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGACAGGGTTTGAATATATGGTCTATAAGAATGCCAAGGTTCCAGGA  200

seq1  GGCTAAGTTTCCTTGAAACTCTTTGCCTCGGGACTGCTTCCAGGTTTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGTTTCCTTGAAACTCTTTGCCTCGGGACTGCTTCCAGGTTTCTA  250

seq1  ACTCTGTCAAGCAGACTTCACTGGAGTGGATGTAGCAATGCTCCATTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTCAAGCAGACTTCACTGGAGTGGATGTAGCAATGCTCCATTTAT  300

seq1  TTAGATGGAAATTGTACCACTAAATGTTAGATATAATCTTCTAATTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGGAAATTGTACCACTAAATGTTAGATATAATCTTCTAATTTTTT  350

seq1  TCTAAGATTGAATTGCACAACTATAAGCCACCCTTGATTTAAATGTCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGATTGAATTGCACAACTATAAGCCACCCTTGATTTAAATGTCATA  400

seq1  GAATATATAAATTCCTCAACACCTAAGTATAGCAAGTTATTTACATATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATATAAATTCCTCAACACCTAAGTATAGCAAGTTATTTACATATTC  450

seq1  AATAACTGGGAAACCTTTTTCATTGGTTCACCATGGACATCCATCTTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTGGGAAACCTTTTTCATTGGTTCACCATGGACATCCATCTTAGT  500

seq1  TTTGTTATAAGACCTTATCTTATTATGAGTTCTAAAAGACACTCAGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTATAAGACCTTATCTTATTATGAGTTCTAAAAGACACTCAGAATT  550

seq1  CTGGCTCTGAATTTTATTCTTTTTTACCCTCTGCTGTTCTTATTATTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCTGAATTTTATTCTTTTTTACCCTCTGCTGTTCTTATTATTTAT  600

seq1  TTACTGGAAGTTAAAATTAATGCCAAGACTTTAGTAGCAATACTGTATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGAAGTTAAAATTAATGCCAAGACTTTAGTAGCAATACTGTATAC  650

seq1  ACAATCCTCTCTCCATAGTTCTATTTACTCACCAAGCTGCTTATTAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCTCTCTCCATAGTTCTATTTACTCACCAAGCTGCTTATTAAATA  700

seq1  AGCACATCTTTAATGTGATTAATTCTTACATCCTTTGATGATCAGGATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATCTTTAATGTGATTAATTCTTACATCCTTTGATGATCAGGATGC  750

seq1  TTTCAAGTGATCATGTCAGGGTCAGCCTGACATGGTGGAATCAGTTGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGTGATCATGTCAGGGTCAGCCTGACATGGTGGAATCAGTTGGGA  800

seq1  CTGTTAGCATTGCTTTGCATGTCTAATTTGAATACACTGGTGTGTGTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAGCATTGCTTTGCATGTCTAATTTGAATACACTGGTGTGTGTGAG  850

seq1  TGTATTCATGTCTGTATGAGTGGATGAGTAGAACAGAACAAGACAGGGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCATGTCTGTATGAGTGGATGAGTAGAACAGAACAAGACAGGGTT  900

seq1  GGGGGTAGAGAATTAGTAGAGGCCAGAAAGAGTTGTTAGATTCCCCTCAA  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTAGAGAATTAGTAGAGGCCAG-AAGAGTTGTTAGATTCCCCTCAA  949

seq1  GTTACTGATCTTTGTGACCCAAAAGCTTTTAACTGCATCCATACCTCTGC  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGATCTTTGTGACCC-AAAGCTTTTAACTGCATCCATACCTCTGC  998

seq1  AGCACCCAACACTGCCTTTGAAGTCTAAACA-GATAAATTTTTGTCCC-A  1048
      |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  AGCA-CCAACACTGCCTTTGAAGTCTAAACAGGATAAATTTTTGTCCCAA  1047

seq1  GGCTTTTT--CTCTTACCCATCAGTGT-AGGC-ATTCAGTATT--AATGC  1092
      ||||||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||
seq2  GGCTTTTTTCCTCTTACCCATCAGTGTAAGGCAATTCAGTATTTAAATGC  1097

seq1  A-TCTAAGA---TGAGCCCATGATTTCTT  1117
      | |||||||    ||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAGAATTAGAGCCCATGATTTCTT  1126


seq1: chr9_12167396_12168496
seq2: B6Ng01-219E09.g_64_1161 (reverse)

seq1  --ATATATATAT---ATACATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTG  45
        ||||||| ||   ||||||||||||||||||||| | |||||   |||
seq2  ATATATATAGATAGAATACATATATATATATATATGGGGGTGTGGTGGTG  50

seq1  TATGATATTTTGAAAATCTCTTTAACATTCTAAGGAAAAAATTAATTCAA  95
      ||||||||||   ||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  TATGATATTT--GAAATCTC-TTGACA-TCTAA-GAAAAAATTAATTCAA  95

seq1  TCTTCAAAATACATACATGCAAGGAAGGAAATAGAATACAAGTGACAGAA  145
      ||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTC-AAATACATACATGCAAG---AGAAATAGAATACAAGTGACAGAA  141

seq1  ATGAAATATATTAATTTTGTACTGCTGTAGGTTAAAACAAATGTAGTAGT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATATATTAATTTTGTACTGCTGTAGGTTAAAACAAATGTAGTAGT  191

seq1  TT-AACTTGCCCCTATGTTCATTGATTTATGGTTTCTGGAATTAGGAGTT  244
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTTGCCCCTATGTTCATTGATTTATGGTTTCTGGAATTAGGAGTT  241

seq1  ACTGATCTCTCTGTATGGTATCATTAAATACTGCTGCCAAGGTGTTTTTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCTCTCTGTATGGTATCATTAAATACTGCTGCCAAGGTGTTTTTG  291

seq1  GGGAGATGATACAATAGACTTCTTTGAGGATACATCTTATACCAATATAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATGATACAATAGACTTCTTTGAGGATACATCTTATACCAATATAA  341

seq1  TTTATTTTGTTGACAAAGTTTATGCAGTACAGCTTAGTCATACAGAGTTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTGTTGACAAAGTTTATGCAGTACAGCTTAGTCATACAGAGTTC  391

seq1  TGATGCCTCCTGGCTCTAATCCATGGAATGCCTAATATAGATCCTTGAAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCTCCTGGCTCTAATCCATGGAATGCCTAATATAGATCCTTGAAC  441

seq1  CATAGCTTTCCACCTTTGCAAACCACAGTATAGCATATTGATTCTTTCAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTTTCCACCTTTGCAAACCACAGTATAGCATATTGATTCTTTCAA  491

seq1  ATCTGCAGAAGTAAATAAATAAATCTACCAAAATAAATCTGCTAAAGGAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCAGAAGTAAATAAATAAATCTACCAAAATAAATCTGCTAAAGGAT  541

seq1  TATTCAACATAGCAGAACAAGTTGTGTGTTAACCATCACATATCATAAAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAACATAGCAGAACAAGTTGTGTGTTAACCATCACATATCATAAAT  591

seq1  ACCCACACATTCAGAAGCAAGCAGCAGGAATCACAAAAGCTATTTATGAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACACATTCAGAAGCAAGCAGCAGGAATCACAAAAGCTATTTATGAC  641

seq1  AGGGTGAGGCTGTTGTGTATATACCTGAGGACCTAGCTTCATATACTTGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGAGGCTGTTGTGTATATACCTGAGGACCTAGCTTCATATACTTGA  691

seq1  GAGTAGCATGTAGGCTATAGATCCTTCTTAACTGATTTTGCCATCAAAGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGCATGTAGGCTATAGATCCTTCTTAACTGATTTTGCCATCAAAGC  741

seq1  AATGTAAGAATGTGGGTAAGCTCTTAATTGACAGAGAATCTTGTTTGCTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAGAATGTGGGTAAGCTCTTAATTGACAGAGAATCTTGTTTGCTT  791

seq1  TCTCCATCCCTAGGTATATAGGATATCTTGCTCTATTGACTACAAAGTCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCCCTAGGTATATAGGATATCTTGCTCTATTGACTACAAAGTCT  841

seq1  ATGGTGGAGTTTGAGGGTGAGCGGTGATCATTCACAGCTGGATGCATGCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGAGTTTGAGGGTGAGCGGTGATCATTCACAGCTGGATGCATGCA  891

seq1  GGCCCATTCACAGGAAGTGACTGTTCATGCTGAGTATGAGAACAGTTATG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCATTCACAGGAAGTGACTGTTCATGCTGAGTATGAGAACAGTTATG  941

seq1  GGAGGCATTTGATTATTCTGTTTAAAGAGGCAATACAAAAACCTGTTATT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCATTTGATTATTCTGTTTAAAGAGGCAATACAAAAACCTGTTATT  991

seq1  TACTGCCTGTGAGATTTGTGAATATTAGATTTATTATGGGAGCAAAGACA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCTGTGAGATTTGTGAATATTAGATTTATTATGGGAGCAAAGACA  1041

seq1  TTTGTGTTCCCACAGAGGCATTATCATTCCAAACTCTTTGTATTTCCAAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTCCCACAGAGGCATTATCATTCCAAACTCTTTGTATTTCCAAT  1091

seq1  TGAATTC  1101
      |||||||
seq2  TGAATTC  1098


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |