BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219F23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 121,920,662 - 122,079,800
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040121, Snrk
Upstream geneUlk4, Trak1, Cck, Lyzl4, Vipr1, LOC100040063, Sec22c, Deb1, Nktr, Kbtbd5, Hhatl, Ccdc13, Higd1a, Ccbp2, Cyp8b1, C730027P07Rik, C85492
Downstream geneTmem16k, Abhd5, LOC100040193, LOC100040204, 9530059O14Rik, LOC666218, LOC671232, D9Ertd402e, Zfp445, LOC623874, Zfp167, EG666257, Zfp660, Zfp105, 1110059G10Rik, Kif15, Tmem42, Tgm4, Zdhhc3, Exosc7, Clec3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219F23.bB6Ng01-219F23.g
ACCGA035228GA035229
length9411,094
definitionB6Ng01-219F23.b B6Ng01-219F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,078,861 - 122,079,800)(121,920,662 - 121,921,738)
sequence
gaattccaaaggcttgggagagtgacatgctggctagatgtatctatgta
ttgagtcagaggtggtgggtatgtgttcctgggggagatataggtatgtc
tggaaggcttgctggcctatggtcttgagtttgcaccagttagttaaagt
caacgttgactcatctctttgaggcagagaggaagaggagtctagaaaga
tggcatatctctagctggaagaacccaacttagcaaattctctcacacaa
ctgatgttggaccctgggctgtgactgccgaagaccagtgggaaagcaga
ggaaaaagcaagctgatcttgccacaagaccttgttttggatgtgtgaaa
atggattatggaaatagttacacaaaccattgaatgctctaaaactgact
gaattgtgttacagtcaaatagtgtaccacgtgagatgtctctcaagtca
ttccaagatctgtcttctggattttgcaaatgaaggttatgctgaccagc
aaagtcaccgagccaggatgcagcagtaagaggacctagtgtgccagcaa
tgtgaggaagtggactgcaggtggggcagcttttggctagagttggctgc
caatgactacgacaggcctcatggctgccagggagagggcagaccttggt
accacagtaaaggaagggcagaacacgtgcggacatacaaagcagactgt
gggggcgtgtggcagttctaatggctttgtttgctaaagtaagaaccagc
caaatgaggacagcagatgaacagaatttaattctggattccttctgtcc
agacggtttaaaggaaatgctgccctttggatagtaaactaggccctctc
tggtgccacctgacacctgtgggatagaactgttttttttcgccccatca
attaagcagggcccacaaattgcataccgcatcttctagtg
gaattctaaccaagcaatttcataggcaggaccagaatggtctctggctt
cagcctgctgtgattcagccgcccgaggcttgcactcagctctggagtcc
tcttggaaagggatggatgggaaatgaggacaaagagggcatggaaggtg
gagttgtcttccgcttgttaatgcatcagaaatacagggcctctgcactg
aggttagcagtcccctccaatctctctgaggttatttttgcatatcccca
cccctaccctcacacagtgtggagagggtagactcagagaaaagcaactc
acctgctctccgtggtccctcagcctgccccttcccaggtgtcagctgtc
atatttactgcagccccgagcagctgcagggtaacactgggtaactttca
aaaatacatgacacagaaagccacacacaaaaggacgatactgaaataat
gcactgggctccctgaactttgtggttatttaaagctgctgggttttttt
ttctagcactgcctttcctgatgcggcccaaacatcccaaacatccctgc
agcaccgctcctgttacagcctcttctcagataagagaagagtgaatgat
gaagcgcactcgtcagtgagtcgtcagtgtccttgaggacaggccaatga
gtgaggagcattctgtcacccaggccaactgtgcaagcgatgtcatccag
gccaactgtgcaagcgatgtctcccaggctaaccagcaagtgatgtcacc
cagatcaactgtgcaagagatgtctcccaggccaactgtgcaagcgatgt
catcccaggcccaactgtgcaagcaatgtctcccaggctaaccagcaagt
gatgtcacccagaccaactgtgcaagagatgtctcccaggccaactgttg
caagtgatgtcacccaggccaactgtgcaagtcgatgtcacccaggccaa
ctgtgcaagccgatgtcattcaagccaacttgtgcagcgatgtcacccca
ggccaaactgtgccagtggatgttcacccaggcccaaatgttgcaagccg
atgttcactctaggccaacttggtgcaggcgatgtcaccacagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_122078861_122079800
seq2: B6Ng01-219F23.b_46_986 (reverse)

seq1  CACTAGGAGATGCGGTTTGCTTTCTGTGGGCCCTGCTCACTTGGTGGGGC  50
      |||||| ||||||||| |||  | ||||||||||||| | ||| ||||||
seq2  CACTAGAAGATGCGGTATGCAATTTGTGGGCCCTGCTTAATTGATGGGGC  50

seq1  TGAAAAAAACAGTTCTAT-CCACCGGTGTCAGGTGGCACCAGAGA-GGCC  98
        |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAAAAAAACAGTTCTATCCCACAGGTGTCAGGTGGCACCAGAGAGGGCC  100

seq1  TAGTTTACTATCCAAAGGGCAGCATTTCCTTTAAACCGTCTGGACAGAAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTACTATCCAAAGGGCAGCATTTCCTTTAAACCGTCTGGACAGAAG  150

seq1  GAATCCAGAACTTAATTCTGTTTCATCTGCTTGTCCTCATTTGGCTGGTT  198
      |||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAGAATTAAATTCTG-TTCATCTGC-TGTCCTCATTTGGCTGGTT  198

seq1  CCTACTTTAGCAAACAAAGCCATTAGAACTGCCACACGCCCCCACAGTCT  248
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTTAGCAAACAAAGCCATTAGAACTGCCACACGCCCCCACAGTCT  248

seq1  GCTTTGTATGTCCGCACGTGTTCTGCCCTTCCTTTACTGTGGTACCAAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTATGTCCGCACGTGTTCTGCCCTTCCTTTACTGTGGTACCAAGG  298

seq1  TCTGCCCTCTCCCTGGCAGCCATGAGGCCTGTCGTAGTCATTGGCAGCC-  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCTGCCCTCTCCCTGGCAGCCATGAGGCCTGTCGTAGTCATTGGCAGCCA  348

seq1  ACTCTAGCCAAAAGCTGCCCCACCTGCAGTCCACTTCCTCACATTGCTGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGCCAAAAGCTGCCCCACCTGCAGTCCACTTCCTCACATTGCTGG  398

seq1  CACACTAGGTCCTCTTACTGCTGCATCCTGGCTCGGTGACTTTGCTGGTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTAGGTCCTCTTACTGCTGCATCCTGGCTCGGTGACTTTGCTGGTC  448

seq1  AGCATAACCTTCATTTGCAAAATCCAGAAGACAGATCTTGGAATGACTTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAACCTTCATTTGCAAAATCCAGAAGACAGATCTTGGAATGACTTG  498

seq1  AGAGACATCTCACGTGGTACACTATTTGACTGTAACACAATTCAGTCAGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACATCTCACGTGGTACACTATTTGACTGTAACACAATTCAGTCAGT  548

seq1  TTTAGAGCATTCAATGGTTTGTGTAACTATTTCCATAATCCATTTTCACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGCATTCAATGGTTTGTGTAACTATTTCCATAATCCATTTTCACA  598

seq1  CATCCAAAACAAGGTCTTGTGGCAAGATCAGCTTGCTTTTTCCTCTGCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAAAACAAGGTCTTGTGGCAAGATCAGCTTGCTTTTTCCTCTGCTT  648

seq1  TCCCACTGGTCTTCGGCAGTCACAGCCCAGGGTCCAACATCAGTTGTGTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGGTCTTCGGCAGTCACAGCCCAGGGTCCAACATCAGTTGTGTG  698

seq1  AGAGAATTTGCTAAGTTGGGTTCTTCCAGCTAGAGATATGCCATCTTTCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATTTGCTAAGTTGGGTTCTTCCAGCTAGAGATATGCCATCTTTCT  748

seq1  AGACTCCTCTTCCTCTCTGCCTCAAAGAGATGAGTCAACGTTGACTTTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCTCTTCCTCTCTGCCTCAAAGAGATGAGTCAACGTTGACTTTAA  798

seq1  CTAACTGGTGCAAACTCAAGACCATAGGCCAGCAAGCCTTCCAGACATAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGGTGCAAACTCAAGACCATAGGCCAGCAAGCCTTCCAGACATAC  848

seq1  CTATATCTCCCCCAGGAACACATACCCACCACCTCTGACTCAATACATAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCTCCCCCAGGAACACATACCCACCACCTCTGACTCAATACATAG  898

seq1  ATACATCTAGCCAGCATGTCACTCTCCCAAGCCTTTGGAATTC  940
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCTAGCCAGCATGTCACTCTCCCAAGCCTTTGGAATTC  941

seq1: chr9_121920662_121921738
seq2: B6Ng01-219F23.g_69_1162

seq1  GAATTCTAACCAAGCAATTTCATAGGCAGGACCAGAATGGTCTCTGGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACCAAGCAATTTCATAGGCAGGACCAGAATGGTCTCTGGCTT  50

seq1  CAGCCTGCTGTGATTCAGCCGCCCGAGGCTTGCACTCAGCTCTGGAGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGCTGTGATTCAGCCGCCCGAGGCTTGCACTCAGCTCTGGAGTCC  100

seq1  TCTTGGAAAGGGATGGATGGGAAATGAGGACAAAGAGGGCATGGAAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAAAGGGATGGATGGGAAATGAGGACAAAGAGGGCATGGAAGGTG  150

seq1  GAGTTGTCTTCCGCTTGTTAATGCATCAGAAATACAGGGCCTCTGCACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTCTTCCGCTTGTTAATGCATCAGAAATACAGGGCCTCTGCACTG  200

seq1  AGGTTAGCAGTCCCCTCCAATCTCTCTGAGGTTATTTTTGCATATCCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGCAGTCCCCTCCAATCTCTCTGAGGTTATTTTTGCATATCCCCA  250

seq1  CCCCTACCCTCACACAGTGTGGAGAGGGTAGACTCAGAGAAAAGCAACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTACCCTCACACAGTGTGGAGAGGGTAGACTCAGAGAAAAGCAACTC  300

seq1  ACCTGCTCTCCGTGGTCCCTCAGCCTGCCCCTTCCCAGGTGTCAGCTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTCTCCGTGGTCCCTCAGCCTGCCCCTTCCCAGGTGTCAGCTGTC  350

seq1  ATATTTACTGCAGCCCCGAGCAGCTGCAGGGTAACACTGGGTAACTTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTACTGCAGCCCCGAGCAGCTGCAGGGTAACACTGGGTAACTTTCA  400

seq1  AAAATACATGACACAGAAAGCCACACACAAAAGGACGATACTGAAATAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACATGACACAGAAAGCCACACACAAAAGGACGATACTGAAATAAT  450

seq1  GCACTGGGCTCCCTGAACTTTGTGGTTATTTAAAGCTGCTGGGTTTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGCTCCCTGAACTTTGTGGTTATTTAAAGCTGCTGGGTTTTTTT  500

seq1  TTCTAGCACTGCCTTTCCTGATGCGGCCCAAACATCCCAAACATCCCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCACTGCCTTTCCTGATGCGGCCCAAACATCCCAAACATCCCTGC  550

seq1  AGCACCGCTCCTGTTACAGCCTCTTCTCAGATAAGAGAAGAGTGAATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCGCTCCTGTTACAGCCTCTTCTCAGATAAGAGAAGAGTGAATGAT  600

seq1  GAAGCGCACTCGTCAGTGAGTCGTCAGTGTCCTTGAGGACAGGCCAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGCACTCGTCAGTGAGTCGTCAGTGTCCTTGAGGACAGGCCAATGA  650

seq1  GTGAGGAGCATTCTGTCACCCAGGCCAACTGTGCAAGCGATGTCATCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAGCATTCTGTCACCCAGGCCAACTGTGCAAGCGATGTCATCCAG  700

seq1  GCCAACTGTGCAAGCGATGTCTCCCAGGCTAACCAGCAAGTGATGTCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACTGTGCAAGCGATGTCTCCCAGGCTAACCAGCAAGTGATGTCACC  750

seq1  CAGACCAACTGTGCAAGAGATGTCTCCCAGGCCAACTGTGCAAGCGATGT  800
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAACTGTGCAAGAGATGTCTCCCAGGCCAACTGTGCAAGCGATGT  800

seq1  CAT-CCAGG-CCAACTGTGCAAGCAATGTCTCCCAGGCTAACCAGCAAGT  848
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAGGCCCAACTGTGCAAGCAATGTCTCCCAGGCTAACCAGCAAGT  850

seq1  GATGTCACCCAGACCAACTGTGCAAGAGATGTCTCCCAGGCCAACTG-TG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GATGTCACCCAGACCAACTGTGCAAGAGATGTCTCCCAGGCCAACTGTTG  900

seq1  CAAGTGATGTCACCCAGGCCAACTGTGCAAG-CGATGTCACCCAGGCCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGATGTCACCCAGGCCAACTGTGCAAGTCGATGTCACCCAGGCCAA  950

seq1  CTGTGCAAG-CGATGTCATCCAGGCCAAC-TGTGCAAGCGATGTCA-CCC  993
      ||||||||| ||||||||| || |||||| ||||| |||||||||| |||
seq2  CTGTGCAAGCCGATGTCATTCAAGCCAACTTGTGC-AGCGATGTCACCCC  999

seq1  AGGCC-AACTGTGCAAGT-GATG-TCACCCAGG-CCAAATG-TGCAAG-C  1037
      ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| |||||| |
seq2  AGGCCAAACTGTGCCAGTGGATGTTCACCCAGGCCCAAATGTTGCAAGCC  1049

seq1  GATG-TCAC-CCAGGCCAACT--GTGCAAGCGATGTCA-CACAGG  1077
      |||| |||| | |||||||||  ||||| ||||||||| ||||||
seq2  GATGTTCACTCTAGGCCAACTTGGTGCAGGCGATGTCACCACAGG  1094