BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220J19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 71,016,773 - 71,112,745
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041660, Aldh1a2
Upstream geneMyo1e, Ccnb2, Rnf111, Sltm, B230380D07Rik, Adam10, Cycs-ps1, Lipc, LOC100041622, LOC100041628, Aqp9, 1700020I22Rik
Downstream geneGrinl1a, AA407270, LOC547043, LOC100040537, Cgnl1, Tcf12, EG666001, LOC665959, EG665964, LOC665970
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220J19.bB6Ng01-220J19.g
ACCGA036127GA036128
length1,125986
definitionB6Ng01-220J19.b B6Ng01-220J19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,111,624 - 71,112,745)(71,016,773 - 71,017,753)
sequence
gaattcaaatgtcagtgtctatgaaaaaagttttatgtgtatacagcctg
actcataaatccgtgtatgatgcatgtgcactaccagttaggcatagcag
agtatgaaatggagacttgcaaagtctccaacacttaagtgtctgtctgg
cctttcacagaactctttgctgaccagtgctctatagcagtcagctgcct
ctttcacctacagggctcagtgaagggaaagttgttctggttccctccat
tacagactagattagatcctccacttctctacttgcttctgtcctgtatc
ttgactaaaagaagtgcccagagccccagtctgtggggtagttttaccca
aactgaatcacaaagagcaagtgtaaagtgtgcacctcttctttcacatt
cattggggaatctacacatgagactggtgttgcccccagaggggcctggg
tgctcactgtggctgtagaccctatgggtactatttgcagcatttatgta
tgcatttattgcatatgtgtatgtgtgcacacatgtgtgtaccagaggac
aacctcaagtgtctgtccctctcaggagcagtcaccttgtttcattttgt
tgaggcagactctcttccctgtccttaaacttgccacgtagccaaggctg
gctggcaggcaacctcagagacctaccatctccacctccctgcacgggga
ttacaagtgtgcatgctacacttgcatctccattcaacccctttgctcac
tcataggacttcccctcagcccatggtctctcaggtacttacctcagtag
agcctgtgaatgcaatcttgtctatgccgatgtgagaagcgattgctgcc
cctgctgttggcccataccctggcaggatattgacgactcccgggtggaa
agccagcctaagaaacacaattggaagaagtgtgtgttatatcccccttc
agctggctgcgctttgcttcaaggctccacgtgagggaggggaagacacc
ctggggagtcagcttccctactcttgatggagggctcccaataatacagt
gcactgagcggtgtctgctcagcggatttgatggaccacgtgttaactac
agcaacattgcggggagcaaatttt
gaattctagacaaccctgctccagctgcagagctgtactggtaccgcttg
tggctgtaggagttgggcagatgtgggaagctgcacgctgaaggaagtca
cctgtcactctgccatcctgtgggagaggttctgcttgctggattcatca
ctcatggaactccgtcgtccttttaactttgtgaggagaaacgtcacaac
aataacacccaatccccagatatcgctgccttgatcagggcaccagacat
gcaatggtgtcgatccgcgtgagctccaggtcactacatctaggaattct
cctgtttgatcctggcagcctccccttttccccatcctacctcgttgacc
tttctggaagtgggctctatttgagaagccatagtccgcccgctttttgc
gatgcttctgtgtacttcttccctctcgtgagagccaaactccttccttc
agggttgggactcagtgctcaagatctgtaattgcacaccccagcactca
ggttcactttaatttcttattctttttaaagagtgaaggtgtcttgggca
gtggtggcgcacgcctttaatcccagcacccgggaggcagaggcaggagg
ctttctgagttcgaggacaacctgatctatagagtgagttccaggacagc
cagggctataaggagaaaacctgtctcgaaaaacaacaacaacaaagagc
gaaggtgctatggggctacacatacaaaataaaccttgggctggttttac
cactgtcccgccttccttattccttcacatcagatcttcggcaccagttt
atatagaaaggtttttgggtttttgttggttggctgaatggttggttggg
tttaatttttcttatagcacaacgggtgtccaccgtttttatactttctt
aaataccttaaatacctttctggaacacaggagcgatgtatagaaacgtt
tgttggtggtaattgggtataaatgggtataatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_71111624_71112745
seq2: B6Ng01-220J19.b_47_1171 (reverse)

seq1  -AAAATTGCT-CCCGCATTG-TGCTGT-GGTAACACCGTGGT-CATCAAA  45
       ||| ||||| |||||| || |||||| | ||||| |||||| |||||||
seq2  AAAATTTGCTCCCCGCAATGTTGCTGTAGTTAACA-CGTGGTCCATCAAA  49

seq1  CCCGCTGAGCAGACACCGCTCAGTGCACTGTAT--ATGGGAGCCCT-CAT  92
       ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||
seq2  TCCGCTGAGCAGACACCGCTCAGTGCACTGTATTATTGGGAGCCCTCCAT  99

seq1  CAAGGAGGTAGGGGAAGCTGACT-CCCAGGGTGTCTTCCCCTCCCTCACG  141
      ||||   ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAG--AGTA-GGGAAGCTGACTCCCCAGGGTGTCTTCCCCTCCCTCACG  146

seq1  TGGAGCCCTGAAGCAAAGCGCAGCCAGCCTGAAGGGGGATATAACACACA  191
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCTTGAAGCAAAGCGCAGCCAG-CTGAAGGGGGATATAACACACA  195

seq1  CCTTCTTCCAATTTGTGTTTCTTAGGCTGGCTTTCCACCC-GGAGTCGTC  240
       |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -CTTCTTCCAA-TTGTGTTTCTTAGGCTGGCTTTCCACCCGGGAGTCGTC  243

seq1  AATATCCTGCCAGGGTATGGGCCAACAGCAGGGGCAGCAATCGCTTCTCA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCTGCCAGGGTATGGGCCAACAGCAGGGGCAGCAATCGCTTCTCA  293

seq1  CATCGGCATAGACAAGATTGCATTCACAGGCTCTACTGAGGTAAGTACCT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGGCATAGACAAGATTGCATTCACAGGCTCTACTGAGGTAAGTACCT  343

seq1  GAGAGACCATGGGCTGAGGGGAAGTCCTATGAGTGAGCAAAGGGGTTGAA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACCATGGGCTGAGGGGAAGTCCTATGAGTGAGCAAAGGGGTTGAA  393

seq1  TGGAGATGCAAGTGTAGCATGCACACTTGTAATCCCCGTGCAGGGAGGTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATGCAAGTGTAGCATGCACACTTGTAATCCCCGTGCAGGGAGGTG  443

seq1  GAGATGGTAGGTCTCTGAGGTTGCCTGCCAGCCAGCCTTGGCTACGTGGC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGTAGGTCTCTGAGGTTGCCTGCCAGCCAGCCTTGGCTACGTGGC  493

seq1  AAGTTTAAGGACAGGGAAGAGAGTCTGCCTCAACAAAATGAAACAAGGTG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAAGGACAGGGAAGAGAGTCTGCCTCAACAAAATGAAACAAGGTG  543

seq1  ACTGCTCCTGAGAGGGACAGACACTTGAGGTTGTCCTCTGGTACACACAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCCTGAGAGGGACAGACACTTGAGGTTGTCCTCTGGTACACACAT  593

seq1  GTGTGCACACATACACATATGCAATAAATGCATACATAAATGCTGCAAAT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACACATACACATATGCAATAAATGCATACATAAATGCTGCAAAT  643

seq1  AGTACCCATAGGGTCTACAGCCACAGTGAGCACCCAGGCCCCTCTGGGGG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCATAGGGTCTACAGCCACAGTGAGCACCCAGGCCCCTCTGGGGG  693

seq1  CAACACCAGTCTCATGTGTAGATTCCCCAATGAATGTGAAAGAAGAGGTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCAGTCTCATGTGTAGATTCCCCAATGAATGTGAAAGAAGAGGTG  743

seq1  CACACTTTACACTTGCTCTTTGTGATTCAGTTTGGGTAAAACTACCCCAC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTTACACTTGCTCTTTGTGATTCAGTTTGGGTAAAACTACCCCAC  793

seq1  AGACTGGGGCTCTGGGCACTTCTTTTAGTCAAGATACAGGACAGAAGCAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGGGCTCTGGGCACTTCTTTTAGTCAAGATACAGGACAGAAGCAA  843

seq1  GTAGAGAAGTGGAGGATCTAATCTAGTCTGTAATGGAGGGAACCAGAACA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAAGTGGAGGATCTAATCTAGTCTGTAATGGAGGGAACCAGAACA  893

seq1  ACTTTCCCTTCACTGAGCCCTGTAGGTGAAAGAGGCAGCTGACTGCTATA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCCTTCACTGAGCCCTGTAGGTGAAAGAGGCAGCTGACTGCTATA  943

seq1  GAGCACTGGTCAGCAAAGAGTTCTGTGAAAGGCCAGACAGACACTTAAGT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGGTCAGCAAAGAGTTCTGTGAAAGGCCAGACAGACACTTAAGT  993

seq1  GTTGGAGACTTTGCAAGTCTCCATTTCATACTCTGCTATGCCTAACTGGT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGACTTTGCAAGTCTCCATTTCATACTCTGCTATGCCTAACTGGT  1043

seq1  AGTGCACATGCATCATACACGGATTTATGAGTCAGGCTGTATACACATAA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACATGCATCATACACGGATTTATGAGTCAGGCTGTATACACATAA  1093

seq1  AACTTTTTTCATAGACACTGACATTTGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTTTCATAGACACTGACATTTGAATTC  1125

seq1: chr9_71016773_71017753
seq2: B6Ng01-220J19.g_65_1050

seq1  GAATTCTAGACAACCCTGCTCCAGCTGCAGAGCTGTACTGGTACCGCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGACAACCCTGCTCCAGCTGCAGAGCTGTACTGGTACCGCTTG  50

seq1  TGGCTGTAGGAGTTGGGCAGATGTGGGAAGCTGCACGCTGAAGGAAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTAGGAGTTGGGCAGATGTGGGAAGCTGCACGCTGAAGGAAGTCA  100

seq1  CCTGTCACTCTGCCATCCTGTGGGAGAGGTTCTGCTTGCTGGATTCATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCACTCTGCCATCCTGTGGGAGAGGTTCTGCTTGCTGGATTCATCA  150

seq1  CTCATGGAACTCCGTCGTCCTTTTAACTTTGTGAGGAGAAACGTCACAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGAACTCCGTCGTCCTTTTAACTTTGTGAGGAGAAACGTCACAAC  200

seq1  AATAACACCCAATCCCCAGATATCGCTGCCTTGATCAGGGCACCAGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACACCCAATCCCCAGATATCGCTGCCTTGATCAGGGCACCAGACAT  250

seq1  GCAATGGTGTCGATCCGCGTGAGCTCCAGGTCACTACATCTAGGAATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGTGTCGATCCGCGTGAGCTCCAGGTCACTACATCTAGGAATTCT  300

seq1  CCTGTTTGATCCTGGCAGCCTCCCCTTTTCCCCATCCTACCTCGTTGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTGATCCTGGCAGCCTCCCCTTTTCCCCATCCTACCTCGTTGACC  350

seq1  TTTCTGGAAGTGGGCTCTATTTGAGAAGCCATAGTCCGCCCGCTTTTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGAAGTGGGCTCTATTTGAGAAGCCATAGTCCGCCCGCTTTTTGC  400

seq1  GATGCTTCTGTGTACTTCTTCCCTCTCGTGAGAGCCAAACTCCTTCCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTCTGTGTACTTCTTCCCTCTCGTGAGAGCCAAACTCCTTCCTTC  450

seq1  AGGGTTGGGACTCAGTGCTCAAGATCTGTAATTGCACACCCCAGCACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGGGACTCAGTGCTCAAGATCTGTAATTGCACACCCCAGCACTCA  500

seq1  GGTTCACTTTAATTTCTTATTCTTTTTAAAGAGTGAAGGTGTCTTGGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACTTTAATTTCTTATTCTTTTTAAAGAGTGAAGGTGTCTTGGGCA  550

seq1  GTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACCCGGGAGGCAGAGGCAGGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACCCGGGAGGCAGAGGCAGGAGG  600

seq1  CTTTCTGAGTTCGAGGACAACCTGATCTATAGAGTGAGTTCCAGGACAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGAGTTCGAGGACAACCTGATCTATAGAGTGAGTTCCAGGACAGC  650

seq1  CAGGGCTATAAGGAGAAAACCTGTCTCGAAAAACAACAACAACAAAGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTATAAGGAGAAAACCTGTCTCGAAAAACAACAACAACAAAGAGC  700

seq1  GAAGGTGCTATGGGGCTACACATACAAAATAAACCTTGGGCTGGTTTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGCTATGGGGCTACACATACAAAATAAACCTTGGGCTGGTTTTAC  750

seq1  CACTGTCCCGCCTTCCTTATTCCTTCACATCAGATCTTCGGCACCAGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCCCGCCTTCCTTATTCCTTCACATCAGATCTTCGGCACCAGTTT  800

seq1  ATATAG-AAGGTTTTTGGGTTTTTGTTGGTTGGCTGAATGGTTGGTT-GG  848
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATATAGAAAGGTTTTTGGGTTTTTGTTGGTTGGCTGAATGGTTGGTTGGG  850

seq1  TTTAATTTTTCTTATAGCACAAC-GGTGTCCACCGTTTTTATAACTTTCT  897
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTAATTTTTCTTATAGCACAACGGGTGTCCACCGTTTTTAT-ACTTTCT  899

seq1  TAAATACCTTAAATACCTTTCTGGAACAAAGGAGCGATGTATAGAAACGT  947
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACCTTAAATACCTTTCTGGAACACAGGAGCGATGTATAGAAACGT  949

seq1  TTGTTGGT-GTA--TGGGTATAAATGGGTATAATTTT  981
      |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGTGGTAATTGGGTATAAATGGGTATAATTTT  986