BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221B23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 74,841,524 - 75,044,501
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC031353, Arpp19, LOC100040812, Myo5a, LOC677501
Upstream geneWdr72, Nr1h2-ps, LOC100040764, Onecut1
Downstream geneMyo5c, Gnb5, Bcl2l10, LOC384954, Mapk6, Leo1, EG666190, LOC100042070, Tmod3, Tmod2, Lysmd2, Scg3, LOC100042107, Bmp5, EG620071, Hmgcll1, Gfral
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221B23.bB6Ng01-221B23.g
ACCGA036499GA036500
length377510
definitionB6Ng01-221B23.b B6Ng01-221B23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,044,125 - 75,044,501)(74,841,524 - 74,842,038)
sequence
tctccaaggacaggcagttagatactcaggaagagggaagtgggcatgac
cagactaagaaagcttcgaaaggtcagacatgagtcagtggagctggctg
ggggttgccactgagtcttagagaagaacagcatttgataatgctgattc
attctctagcttgctcagaactgggctcagacatctgactagtgattctg
aggaaacagctgctcacattcccagtgctgggttatgcttcctgaatttg
actctatctttgaaatcaattgcttccatcacactgtaagccttgggtta
acaacaaaccaaacacagtggacacgggacaccaaaagatagctggctaa
agatagctgtggggggtggggggaaga
tgttcttatgagcatctatatctacagctatttctttttttcttcagata
aaaggtttgctggctcagtaggttctctaaaaatgtgggtatattttcag
aaggagctgaaaaacactcagctaggagactgcttactttggctttggtc
aatcatgctatattgcatgtaaatgagagtcatacagaaatccatcactt
cccttcctacgcttggttggtttgacaggcacatctcctccacttcctaa
atgagtcttgaaggaacacaatagtttaattggcaggattatttttttaa
ctggtgaaacataaaatgtttgtatatcttattaatgacattacagattt
gatggagtagcaacagtaattgtatattaatgacttatataatgggttct
tcttggagtagatactgtgactgtgctgtgagcttggtacacatgtttta
gattaattttatcttgagctgtatgttcatgtgtgggtttgtgtgtgggt
tgtatatgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_75044125_75044501
seq2: B6Ng01-221B23.b_50_426 (reverse)

seq1  TCTTCCCCCCACCCCCCACAGCTATCTTTAGCCAGCTATCTTTTGGTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCCCCACCCCCCACAGCTATCTTTAGCCAGCTATCTTTTGGTGTC  50

seq1  CCGTGTCCACTGTGTTTGGTTTGTTGTTAACCCAAGGCTTACAGTGTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTCCACTGTGTTTGGTTTGTTGTTAACCCAAGGCTTACAGTGTGAT  100

seq1  GGAAGCAATTGATTTCAAAGATAGAGTCAAATTCAGGAAGCATAACCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAATTGATTTCAAAGATAGAGTCAAATTCAGGAAGCATAACCCAG  150

seq1  CACTGGGAATGTGAGCAGCTGTTTCCTCAGAATCACTAGTCAGATGTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGAATGTGAGCAGCTGTTTCCTCAGAATCACTAGTCAGATGTCTG  200

seq1  AGCCCAGTTCTGAGCAAGCTAGAGAATGAATCAGCATTATCAAATGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGTTCTGAGCAAGCTAGAGAATGAATCAGCATTATCAAATGCTGT  250

seq1  TCTTCTCTAAGACTCAGTGGCAACCCCCAGCCAGCTCCACTGACTCATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTAAGACTCAGTGGCAACCCCCAGCCAGCTCCACTGACTCATGT  300

seq1  CTGACCTTTCGAAGCTTTCTTAGTCTGGTCATGCCCACTTCCCTCTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTTTCGAAGCTTTCTTAGTCTGGTCATGCCCACTTCCCTCTTCCT  350

seq1  GAGTATCTAACTGCCTGTCCTTGGAGA  377
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATCTAACTGCCTGTCCTTGGAGA  377

seq1: chr9_74841524_74842038
seq2: B6Ng01-221B23.g_70_585

seq1  GAATTCTGTTCTTATGAGCATCTATATCTACAGCTATTTCTTTTTTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTCTTATGAGCATCTATATCTACAGCTATTTCTTTTTTTCTT  50

seq1  CAGATAAAAGGTTTGCTGGCTCAGTAGGTTCTCTAAAAATGTGGGTATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAAAGGTTTGCTGGCTCAGTAGGTTCTCTAAAAATGTGGGTATAT  100

seq1  TTTCAGAAGGAGCTGAAAAACACTCAGCTAGGAGACTGCTTACTTTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAAGGAGCTGAAAAACACTCAGCTAGGAGACTGCTTACTTTGGCT  150

seq1  TTGGTCAATCATGCTATATTGCATGTAAATGAGAGTCATACAGAAATCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCAATCATGCTATATTGCATGTAAATGAGAGTCATACAGAAATCCA  200

seq1  TCACTTCCCTTCCTACGCTTGGTTGGTTTGACAGGCACATCTCCTCCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCCCTTCCTACGCTTGGTTGGTTTGACAGGCACATCTCCTCCACT  250

seq1  TCCTAAATGAGTCTTGAAGGAACACAATAGTTTAATTGGCAGGATTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAATGAGTCTTGAAGGAACACAATAGTTTAATTGGCAGGATTATTT  300

seq1  TTTTAACTGGTGAAACATAAAATGTTTGTATATCTTATTAATGACATTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACTGGTGAAACATAAAATGTTTGTATATCTTATTAATGACATTAC  350

seq1  AGATTTGATGGAGTAGCAACAGTAATTGTATATTAATGACTTATATAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGATGGAGTAGCAACAGTAATTGTATATTAATGACTTATATAATG  400

seq1  GGTTCTTCTTGGAGTAGATACTGTGACTGTGCTGTGAGCTTGGTACACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTCTTGGAGTAGATACTGTGACTGTGCTGTGAGCTTGGTACACAT  450

seq1  GTTTTAGATTAATTTTATCTTGAGCTGTATGTTCATGTGTGGG-TTGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTTTAGATTAATTTTATCTTGAGCTGTATGTTCATGTGTGGGTTTGTGT  500

seq1  GTGGGTTGTATATGTG  515
      ||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTGTATATGTG  516