BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221F09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 101,965,383 - 102,098,513
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEphb1
Upstream geneLOC100040707, Msl2l1, 3222402P14Rik, LOC100041065, EG382099, 9630041A04Rik
Downstream geneKy, LOC664843, Cep63, Anapc13, Amotl2, EG434510, Ryk, Slco2a1, Rab6b, Srprb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221F09.bB6Ng01-221F09.g
ACCGA036657GA036658
length1,086297
definitionB6Ng01-221F09.b B6Ng01-221F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,097,424 - 102,098,513)(101,965,383 - 101,965,679)
sequence
gaattctcttttccaatatgaatctcagtcatctctcccagagtaagcag
tggcccttcctttctaagtaacattgctcctgcatcacatctcagcttga
acttttcacaataccgagctgagttaacttcattaagaatatctcttagc
agcctccatacatttttgcagtccagctctttcaaagagatttttgtttt
aaaacaaaaggttctgagaatcttaagtttattgagaaacaaacaaaaac
ccaaacccaaaccaaataagcacttctcttcacgtgctttacagaggaat
atagatgagttttgtcacaataaagatattaggctgatagatggagatct
ccgttgtagagtctgcttataactggatctctaactcatagaatagaagc
tgttggcaatgaagagtatggtgtctgctgtcagtgaggctcaaggaagg
atagccacagcatgagatttccaagtctgatgagtgcatgccttctctaa
ttaaatgtgttgtatttggtgcacggttgagaactgtgactctgaatatc
aggagatctttgaagtgcagacatggttatacgagctcatttgctaagtg
ggagcgtgggactggtgagttcttgaagtccctccaagccactgagattc
ccttctgtgttgaccattgtcttaacactctctcctttctgattttgcat
gtgtgtgcctgtggcctacttgggacagtgggaagaagtcagtggctatg
atgaaaacctgaacaccatccgtacttaccaagtgtgcaacgtcttcgaa
cccaaccagaacaactggctgcttaccacctttatcaacagaaggggcgc
ccatcgcatctatacagagatgcgcttcactgtgagggactgcagcagcc
ttccaaatgtcccaggctcctgcaaggagaccttcaacttgtactactat
gagactgactctgtgattgccaccaagaagtcagccttctggtctgagcc
cctacctcaagtggacacaatgctgcagatgagagctctcccaggtgatt
ttggggggaaaggtgaatgaaagtcaacacggaagt
actgataagcctcaaagacaggctgaacaggcaaggcttccagggcctct
cagacatcaaggtcatttctagctttcctagtagattaaaaagaaaatac
acctcactcccacacatatacagcagatatgcagattgatcttcatgcag
gtcccccaacaactggagaaggggctgcccctgaatttgttgcctgcctg
tggatcctgttcccctaactgagtcaccttgtctagcctcagtgagagaa
gatgagcctagtcctgaagtgactgatgtatgtgtgtggggaggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_102097424_102098513
seq2: B6Ng01-221F09.b_49_1134 (reverse)

seq1  ACTTCCGTGTTGACTTTCATCAACCTT--CCCCCAAAATCCACCTGGGAG  48
      ||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||||
seq2  ACTTCCGTGTTGACTTTCATTCACCTTTCCCCCCAAAAT-CACCTGGGAG  49

seq1  AAGCTCTCATCTGCAGCAATGGTGTCCACTTTGAGGTAGGGGGCTTCAGA  98
       |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||   |||||
seq2  -AGCTCTCATCTGCAGC-ATTGTGTCCAC-TTGAGGTAGGGG--CTCAGA  94

seq1  CCAGAAGGCTGACTTCTTGGTGGCAATCACAGAGTCAGTCTCATAGTAGT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGGCTGACTTCTTGGTGGCAATCACAGAGTCAGTCTCATAGTAGT  144

seq1  ACAAGTTGAAGGTCTCCTTGCAGGAGCCTGGGACATTTGGAAGGCTGCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTGAAGGTCTCCTTGCAGGAGCCTGGGACATTTGGAAGGCTGCTG  194

seq1  CAGTCCCTCACAGTGAAGCGCATCTCTGTATAGATGCGATGGGCGCCCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTCACAGTGAAGCGCATCTCTGTATAGATGCGATGGGCGCCCCT  244

seq1  TCTGTTGATAAAGGTGGTAAGCAGCCAGTTGTTCTGGTTGGGTTCGAAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGATAAAGGTGGTAAGCAGCCAGTTGTTCTGGTTGGGTTCGAAGA  294

seq1  CGTTGCACACTTGGTAAGTACGGATGGTGTTCAGGTTTTCATCATAGCCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGCACACTTGGTAAGTACGGATGGTGTTCAGGTTTTCATCATAGCCA  344

seq1  CTGACTTCTTCCCACTGTCCCAAGTAGGCCACAGGCACACACATGCAAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTCTTCCCACTGTCCCAAGTAGGCCACAGGCACACACATGCAAAA  394

seq1  TCAGAAAGGAGAGAGTGTTAAGACAATGGTCAACACAGAAGGGAATCTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGGAGAGAGTGTTAAGACAATGGTCAACACAGAAGGGAATCTCA  444

seq1  GTGGCTTGGAGGGACTTCAAGAACTCACCAGTCCCACGCTCCCACTTAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTGGAGGGACTTCAAGAACTCACCAGTCCCACGCTCCCACTTAGC  494

seq1  AAATGAGCTCGTATAACCATGTCTGCACTTCAAAGATCTCCTGATATTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGCTCGTATAACCATGTCTGCACTTCAAAGATCTCCTGATATTCA  544

seq1  GAGTCACAGTTCTCAACCGTGCACCAAATACAACACATTTAATTAGAGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACAGTTCTCAACCGTGCACCAAATACAACACATTTAATTAGAGAA  594

seq1  GGCATGCACTCATCAGACTTGGAAATCTCATGCTGTGGCTATCCTTCCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCACTCATCAGACTTGGAAATCTCATGCTGTGGCTATCCTTCCTT  644

seq1  GAGCCTCACTGACAGCAGACACCATACTCTTCATTGCCAACAGCTTCTAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCACTGACAGCAGACACCATACTCTTCATTGCCAACAGCTTCTAT  694

seq1  TCTATGAGTTAGAGATCCAGTTATAAGCAGACTCTACAACGGAGATCTCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAGTTAGAGATCCAGTTATAAGCAGACTCTACAACGGAGATCTCC  744

seq1  ATCTATCAGCCTAATATCTTTATTGTGACAAAACTCATCTATATTCCTCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCAGCCTAATATCTTTATTGTGACAAAACTCATCTATATTCCTCT  794

seq1  GTAAAGCACGTGAAGAGAAGTGCTTATTTGGTTTGGGTTTGGGTTTTTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGCACGTGAAGAGAAGTGCTTATTTGGTTTGGGTTTGGGTTTTTGT  844

seq1  TTGTTTCTCAATAAACTTAAGATTCTCAGAACCTTTTGTTTTAAAACAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTCAATAAACTTAAGATTCTCAGAACCTTTTGTTTTAAAACAAA  894

seq1  AATCTCTTTGAAAGAGCTGGACTGCAAAAATGTATGGAGGCTGCTAAGAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTTTGAAAGAGCTGGACTGCAAAAATGTATGGAGGCTGCTAAGAG  944

seq1  ATATTCTTAATGAAGTTAACTCAGCTCGGTATTGTGAAAAGTTCAAGCTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTTAATGAAGTTAACTCAGCTCGGTATTGTGAAAAGTTCAAGCTG  994

seq1  AGATGTGATGCAGGAGCAATGTTACTTAGAAAGGAAGGGCCACTGCTTAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGATGCAGGAGCAATGTTACTTAGAAAGGAAGGGCCACTGCTTAC  1044

seq1  TCTGGGAGAGATGACTGAGATTCATATTGGAAAAGAGAATTC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAGAGATGACTGAGATTCATATTGGAAAAGAGAATTC  1086

seq1: chr9_101965383_101965679
seq2: B6Ng01-221F09.g_75_371

seq1  ACTGATAAGCCTCAAAGACAGGCTGAACAGGCAAGGCTTCCAGGGCCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAAGCCTCAAAGACAGGCTGAACAGGCAAGGCTTCCAGGGCCTCT  50

seq1  CAGACATCAAGGTCATTTCTAGCTTTCCTAGTAGATTAAAAAGAAAATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATCAAGGTCATTTCTAGCTTTCCTAGTAGATTAAAAAGAAAATAC  100

seq1  ACCTCACTCCCACACATATACAGCAGATATGCAGATTGATCTTCATGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACTCCCACACATATACAGCAGATATGCAGATTGATCTTCATGCAG  150

seq1  GTCCCCCAACAACTGGAGAAGGGGCTGCCCCTGAATTTGTTGCCTGCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCCAACAACTGGAGAAGGGGCTGCCCCTGAATTTGTTGCCTGCCTG  200

seq1  TGGATCCTGTTCCCCTAACTGAGTCACCTTGTCTAGCCTCAGTGAGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCTGTTCCCCTAACTGAGTCACCTTGTCTAGCCTCAGTGAGAGAA  250

seq1  GATGAGCCTAGTCCTGAAGTGACTGATGTATGTGTGTGGGGAGGGGG  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCCTAGTCCTGAAGTGACTGATGTATGTGTGTGGGGAGGGGG  297