BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224G01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 83,515,337 - 83,667,068
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039222
Upstream geneIrak1bp1, Phip, LOC100039144, Hmgn3, LOC100039159, 4930431B11Rik, EG619900, LOC100039186, LOC100039200, Sh3bgrl2
Downstream geneElovl4, Ttk, EG546150, Bckdhb, EG666669
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224G01.bB6Ng01-224G01.g
ACCGA038854GA038855
length550920
definitionB6Ng01-224G01.b B6Ng01-224G01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,515,337 - 83,515,886)(83,666,151 - 83,667,068)
sequence
gaattctcctggtttacttaaatcgtgggtcacttctgtagcaattaaaa
ccccaagatataagatacaatttgctaaacgcatgaaactcaagaagaac
gaagaccaaagtgtggacactttgccccttcttagaattgggaacaaaac
acccatggaaggagttacagagacaaaagctggagctgagacgaaaggat
agaccatctagagactgccatatccggggatccatcccataatcagcttc
caaatgctgacaccattgcatacactagcaagattttgctgaaaggaccc
agatatagctgtctcttgtgagactatgccagggcctagcaaacacagaa
gtagatgctcacagtcagctattggatggatcacaggggccccaatggag
gagctagagaaagtacccaaggagctaaagggatctgcaatcctataggt
ggaacaacaatatgaactaaccaatcccccgcccccccccagctcgtgtc
tctagctgcatatgaatcagaagatggcctagtcagcaatcagtggaaag


gaattcaagggtcatgacttcaatgtttatggaggtccattgacctatag
aaggctgagatcctccctccagagtaagaaaattgctgctgttggtcacc
catcactattaagtaacaccagacgactgtcatcttgttggctttcgaac
agcacacacatcagaaggtgttgccttcttctcatttatcaggcagacta
tgagcctaccagctccaaaggggtcagaggcaaggaaaggatttgcagga
accatgcgttgcagtacaagctacgctgctatgtaagattgaggagccaa
cagattaaatggctcttgatacgattaacttgaggcagttctggagatga
catgtgaaagccctcaagatgccatcctttagggtttatgtaaaagccat
gacctagtccccacattattaagaaacagattggaggttatacctggact
ttggtatgcatttgtgtatctgccaaagaacatgaaatgattctgcaaac
tgagctgctcaccctgggctgggtgttagctgaaccactgcctcctaagc
tagagcaggtacagcagtgtcccctcatcaagtgggaggtggcgaaggcg
caggcacatggcctgagctgccctcagaggaccagaatacctgcccttac
tgcatgccgcatctccctcatagcgaacgttccacctcatgacagttcca
cttaggactttattcaaatgctggctgactggttgcacacatttgatacg
tgtcctgaaatgctgagccatactgactacatcatctcagttccttttgt
ggtttcagtgtgcccctcaaatccaaacattgattggatttaagccctga
agtcgcaattaatggtatttggaggcaggaccttcgggtcataggggttt
gtccctcatggatggatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_83515337_83515886
seq2: B6Ng01-224G01.b_48_597

seq1  GAATTCTCCTGGTTTACTTAAATCGTGGGTCACTTCTGTAGCAATTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGGTTTACTTAAATCGTGGGTCACTTCTGTAGCAATTAAAA  50

seq1  CCCCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACGCATGAAACTCAAGAAGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACGCATGAAACTCAAGAAGAAC  100

seq1  GAAGACCAAAGTGTGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCAAAGTGTGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAAAC  150

seq1  ACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAAGCTGGAGCTGAGACGAAAGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAAGCTGGAGCTGAGACGAAAGGAT  200

seq1  AGACCATCTAGAGACTGCCATATCCGGGGATCCATCCCATAATCAGCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATCTAGAGACTGCCATATCCGGGGATCCATCCCATAATCAGCTTC  250

seq1  CAAATGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCC  300

seq1  AGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCAGGGCCTAGCAAACACAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCAGGGCCTAGCAAACACAGAA  350

seq1  GTAGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGGCCCCAATGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGGCCCCAATGGAG  400

seq1  GAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAATCCTATAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAATCCTATAGGT  450

seq1  GGAACAACAATATGAACTAACCAATCCCCCGCCCCCCCCCAGCTCGTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAACAATATGAACTAACCAATCCCCCGCCCCCCCCCAGCTCGTGTC  500

seq1  TCTAGCTGCATATGAATCAGAAGATGGCCTAGTCAGCAATCAGTGGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTGCATATGAATCAGAAGATGGCCTAGTCAGCAATCAGTGGAAAG  550


seq1: chr9_83666151_83667068
seq2: B6Ng01-224G01.g_69_985 (reverse)

seq1  ATCCATCCATGAGGGACAAACCCCTATGACCCGAAGGTCCTGCCTCCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCCATGAGGGACAAACCCCTATGACCCGAAGGTCCTGCCTCCAAA  50

seq1  TACCATTAATTGCGACTTCAGGGCTTAAATTCCAATCAATGTTTGGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACCATTAATTGCGACTTCAGGGCTTAAA-TCCAATCAATGTTTGGATTT  99

seq1  GAGGGGCACACTGAAACCACAAAAGGAACTGAGATGATGTAGTCAGTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCACACTGAAACCACAAAAGGAACTGAGATGATGTAGTCAGTATG  149

seq1  GCTCAGCATTTCAGGACACGTATCAAATGTGTGCAACCAGTCAGCCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCATTTCAGGACACGTATCAAATGTGTGCAACCAGTCAGCCAGCA  199

seq1  TTTGAATAAAGTCCTAAGTGGAACTGTCATGAGGTGGAACGTTCGCTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATAAAGTCCTAAGTGGAACTGTCATGAGGTGGAACGTTCGCTATG  249

seq1  AGGGAGATGCGGCATGCAGTAAGGGCAGGTATTCTGGTCCTCTGAGGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATGCGGCATGCAGTAAGGGCAGGTATTCTGGTCCTCTGAGGGCA  299

seq1  GCTCAGGCCATGTGCCTGCGCCTTCGCCACCTCCCACTTGATGAGGGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGCCATGTGCCTGCGCCTTCGCCACCTCCCACTTGATGAGGGGAC  349

seq1  ACTGCTGTACCTGCTCTAGCTTAGGAGGCAGTGGTTCAGCTAACACCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGTACCTGCTCTAGCTTAGGAGGCAGTGGTTCAGCTAACACCCAG  399

seq1  CCCAGGGTGAGCAGCTCAGTTTGCAGAATCATTTCATGTTCTTTGGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGTGAGCAGCTCAGTTTGCAGAATCATTTCATGTTCTTTGGCAGA  449

seq1  TACACAAATGCATACCAAAGTCCAGGTATAACCTCCAATCTGTTTCTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAATGCATACCAAAGTCCAGGTATAACCTCCAATCTGTTTCTTAA  499

seq1  TAATGTGGGGACTAGGTCATGGCTTTTACATAAACCCTAAAGGATGGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGGGGACTAGGTCATGGCTTTTACATAAACCCTAAAGGATGGCAT  549

seq1  CTTGAGGGCTTTCACATGTCATCTCCAGAACTGCCTCAAGTTAATCGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGGCTTTCACATGTCATCTCCAGAACTGCCTCAAGTTAATCGTAT  599

seq1  CAAGAGCCATTTAATCTGTTGGCTCCTCAATCTTACATAGCAGCGTAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCCATTTAATCTGTTGGCTCCTCAATCTTACATAGCAGCGTAGCT  649

seq1  TGTACTGCAACGCATGGTTCCTGCAAATCCTTTCCTTGCCTCTGACCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGCAACGCATGGTTCCTGCAAATCCTTTCCTTGCCTCTGACCCCT  699

seq1  TTGGAGCTGGTAGGCTCATAGTCTGCCTGATAAATGAGAAGAAGGCAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCTGGTAGGCTCATAGTCTGCCTGATAAATGAGAAGAAGGCAACA  749

seq1  CCTTCTGATGTGTGTGCTGTTCGAAAGCCAACAAGATGACAGTCGTCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGATGTGTGTGCTGTTCGAAAGCCAACAAGATGACAGTCGTCTGG  799

seq1  TGTTACTTAATAGTGATGGGTGACCAACAGCAGCAATTTTCTTACTCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTTAATAGTGATGGGTGACCAACAGCAGCAATTTTCTTACTCTGG  849

seq1  AGGGAGGATCTCAGCCTTCTATAGGTCAATGGACCTCCATAAACATTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGATCTCAGCCTTCTATAGGTCAATGGACCTCCATAAACATTGAA  899

seq1  GTCATGACCCTTGAATTC  918
      ||||||||||||||||||
seq2  GTCATGACCCTTGAATTC  917


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |