BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224M20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 34,155,430 - 34,291,597
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042343
Downstream geneKirrel3, St3gal4, Dcps, Tirap, Foxred1, Srpr, C030004A17Rik, Rpusd4, EG434394, Cdon
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224M20.bB6Ng01-224M20.g
ACCGA039161GA039162
length1,2161,065
definitionB6Ng01-224M20.b B6Ng01-224M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,290,393 - 34,291,597)(34,155,430 - 34,156,480)
sequence
gaattcctttagcgtctgtgacggccacagcactttgcacttgatcctaa
cgtgaatcacattttactgcaaaacatcttttctctgataccctggctac
tcgatgagtgtaggaagagcatcactctagcttgcttgtgcctctgctct
cgttctggtaggcaagaaacaccaaacacactgttgaatggataacaaag
ctttacctagtggcccacatcttgcctcctgttttctaaatccaatttaa
cttcatcctcactctgttattaggtcattgtcaaacatctggcatgtgcc
tgccatgctctggctgtattttatggggctgggtaatgaattgagcctat
atatagtctgtgaaatgtggaacccactttaagatgcatggcactataga
aatgaaagatatttttatctcttcagcatcattctgcacaagaatatgat
tctctggcagtgctgtttaagaacaatagacctgtttagccttgacacac
tcatgcattcagggcaccgggcattcagttcacatgggagaggcattatc
tctcccagcaaaggcccagaaggcagggagagtgttacaaaaggaggtgg
gggtgcactgtgctttgtttcattgctagctgagtacacaggccaagacc
tgcatccaagctctagggacagaagtgggaaaaagctcagcattcttatt
cagagataagaacaggtctggtatcattttgaaatatgccatgtgtgctt
tttgtgtatacgaataagctaattatgtagaaaatattggaagacaaaac
gaaatccctgttatatgactaatttttggtattcaaagtcagagaaatta
tactgcatttattctttttctctttatctgcatgcccccacctaagccta
tgttataaattagtcaactttcatgcaactaagagaaatagctagctgca
ttccacatgaagtccccatgagtgttttactatagcaagtctctttctct
ctcaatataatatatgtatgcaatatatatttcctttcttcctcttcttt
cccatattcacatactaaataataaacttccacatacttgtttataaaaa
tatattgtgccaaatgcatgagtaccacacacgtgcattatatgcaccca
atgcagacatacacgcaccactttacctgtttgaccaccttagcaacgaa
cctgtgaaaactcctc

gaattctgagataacaaggattctgtacaatcacagcttggtgataactt
atattttttttatggaaagccataatgtaaatatatacaggaaaggattt
gtcccagggtaaggaagaaattccaaaacatctgcaatctgatatttccc
ctcacttctgccatttcagcgtacaagaaagaaataacaagagactggca
ggtgagacctaagcaaacttcctcccggagtctgcaattcatgggatgac
cttggttctcctaagactgagaagccaaagcaagcagtatgcaaatctgt
ctggctctgggtgtggcacagattctaagaattatttaataattatcata
ttatacatatttataaaataacattaatatattaataatagcaatgtagt
agtggtagaagtagtagtaatagtagtagtagcagcagctgctgctgcta
cagtaatagtaataacagttttgaggcaaggtctagcaatgtaaccttgg
ctagtctgaaacaatgtagaccagactggcctcaaactcagacaaaccca
cctgtctctgccttccaattgctgggattaaaagcatgtgccaccatgcc
ctgctgaattaaattattttaagtgctaaataggagttcaaaaaaagtta
gcatgcagcctaatacatgacaatgtgctaaataagtagtataatcactt
taggaacttaaaggaaggagacacatttacagccaaacatgaacacggag
ttcaaactgcaccctaaaaggtatcagaaatttcccaggctcatgcagct
gtttgtccctcctctttgtgttgttcttggggcagggcttgattttgaaa
tttagcatttcccttgcattgtttaatcttgacaaatggaattcaccacc
caccagtttagaaccagcttgcagatttcttggaccatacaggagttatg
tcagccaaaagttcaagactgtggtaagctgagtgacaggagcccatgag
actagcgtcctgacagaagacagcaaaccagccctgctgtaaattcctat
tctttttggatgata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_34290393_34291597
seq2: B6Ng01-224M20.b_47_1262 (reverse)

seq1  GAGGAGTT----CA-GTTCGTTGCTA--GTGTGTAAACA-GTAAAGTGGT  42
      ||||||||    || |||||||||||  |||   ||||| ||||||||||
seq2  GAGGAGTTTTCACAGGTTCGTTGCTAAGGTGGTCAAACAGGTAAAGTGGT  50

seq1  GCGTGTATGTCTGCA-TGGGTGCATAT-ATGCACGTGTGT-GTACTCATG  89
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  GCGTGTATGTCTGCATTGGGTGCATATAATGCACGTGTGTGGTACTCATG  100

seq1  CAATTTTGCACATTATAATTTTTAT-AACAAGTATGTGGAAGTTTATTAT  138
      | |||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  C-ATTTGGCACAATAT-ATTTTTATAAACAAGTATGTGGAAGTTTATTA-  147

seq1  TTTAGTATGTGAATATGGGAAAGAAGAGGAAGAAAGGAAAATATATA-TG  187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TTTAGTATGTGAATATGGGAAAGAAGAGGAAGAAAGG-AAATATATATTG  196

seq1  CATACATATA-TATA-TGAGAAGAGAAAGAGACTTGCTATAGTAAAACAC  235
      |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATATATTATATTGAG-AGAGAAAGAGACTTGCTATAGTAAAACAC  245

seq1  TCATGGGGACTTCATGTGGAATGCAGCTAGCTA-TTCTCTTAGTTGCATG  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCATGGGGACTTCATGTGGAATGCAGCTAGCTATTTCTCTTAGTTGCATG  295

seq1  AAAGTTGACTAATTTATAACATAGGCTTAGGTGGGGGCATGCAGATAAAG  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGACTAATTTATAACATAGGCTTAGGTGGGGGCATGCAGATAAAG  345

seq1  AGAAAAAGAATAAATGCAGTATAATTTCTCTGACTTTGAATACCAAAAAT  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGAATAAATGCAGTATAATTTCTCTGACTTTGAATACCAAAAAT  395

seq1  TAGTCATATAACAGGGATTTCGTTTTGTCTTCCAATATTTTCTACATAAT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATATAACAGGGATTTCGTTTTGTCTTCCAATATTTTCTACATAAT  445

seq1  TAGCTTATTCGTATACACAAAAAGCACACATGGCATATTTCAAAATGATA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTATTCGTATACACAAAAAGCACACATGGCATATTTCAAAATGATA  495

seq1  CCAGACCTGTTCTTATCTCTGAATAAGAATGCTGAGCTTTTTCCCACTTC  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCTGTTCTTATCTCTGAATAAGAATGCTGAGCTTTTTCCCACTTC  545

seq1  TGTCCCTAGAGCTTGGATGCAGGTCTTGGCCTGTGTACTCAGCTAGCAAT  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTAGAGCTTGGATGCAGGTCTTGGCCTGTGTACTCAGCTAGCAAT  595

seq1  GAAACAAAGCACAGTGCACCCCCACCTCCTTTTGTAACACTCTCCCTGCC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAAGCACAGTGCACCCCCACCTCCTTTTGTAACACTCTCCCTGCC  645

seq1  TTCTGGGCCTTTGCTGGGAGAGATAATGCCTCTCCCATGTGAACTGAATG  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCCTTTGCTGGGAGAGATAATGCCTCTCCCATGTGAACTGAATG  695

seq1  CCCGGTGCCCTGAATGCATGAGTGTGTCAAGGCTAAACAGGTCTATTGTT  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGTGCCCTGAATGCATGAGTGTGTCAAGGCTAAACAGGTCTATTGTT  745

seq1  CTTAAACAGCACTGCCAGAGAATCATATTCTTGTGCAGAATGATGCTGAA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAACAGCACTGCCAGAGAATCATATTCTTGTGCAGAATGATGCTGAA  795

seq1  GAGATAAAAATATCTTTCATTTCTATAGTGCCATGCATCTTAAAGTGGGT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAAAATATCTTTCATTTCTATAGTGCCATGCATCTTAAAGTGGGT  845

seq1  TCCACATTTCACAGACTATATATAGGCTCAATTCATTACCCAGCCCCATA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATTTCACAGACTATATATAGGCTCAATTCATTACCCAGCCCCATA  895

seq1  AAATACAGCCAGAGCATGGCAGGCACATGCCAGATGTTTGACAATGACCT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAGCCAGAGCATGGCAGGCACATGCCAGATGTTTGACAATGACCT  945

seq1  AATAACAGAGTGAGGATGAAGTTAAATTGGATTTAGAAAACAGGAGGCAA  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAGAGTGAGGATGAAGTTAAATTGGATTTAGAAAACAGGAGGCAA  995

seq1  GATGTGGGCCACTAGGTAAAGCTTTGTTATCCATTCAACAGTGTGTTTGG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGGCCACTAGGTAAAGCTTTGTTATCCATTCAACAGTGTGTTTGG  1045

seq1  TGTTTCTTGCCTACCAGAACGAGAGCAGAGGCACAAGCAAGCTAGAGTGA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTGCCTACCAGAACGAGAGCAGAGGCACAAGCAAGCTAGAGTGA  1095

seq1  TGCTCTTCCTACACTCATCGAGTAGCCAGGGTATCAGAGAAAAGATGTTT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCCTACACTCATCGAGTAGCCAGGGTATCAGAGAAAAGATGTTT  1145

seq1  TGCAGTAAAATGTGATTCACGTTAGGATCAAGTGCAAAGTGCTGTGGCCG  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTAAAATGTGATTCACGTTAGGATCAAGTGCAAAGTGCTGTGGCCG  1195

seq1  TCACAGACGCTAAAGGAATTC  1205
      |||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGACGCTAAAGGAATTC  1216


seq1: chr9_34155430_34156480
seq2: B6Ng01-224M20.g_68_1132

seq1  GAATTCTGAGATAACAAGGATTCTGTACAATCACAGCTTGGTGATAACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGATAACAAGGATTCTGTACAATCACAGCTTGGTGATAACTT  50

seq1  ATATTTTTTTTATGGAAAGCCATAATGTAAATATATACAGGAAAGGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTTTTATGGAAAGCCATAATGTAAATATATACAGGAAAGGATTT  100

seq1  GTCCCAGGGTAAGGAAGAAATTCCAAAACATCTGCAATCTGATATTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGGGTAAGGAAGAAATTCCAAAACATCTGCAATCTGATATTTCCC  150

seq1  CTCACTTCTGCCATTTCAGCGTACAAGAAAGAAATAACAAGAGACTGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTCTGCCATTTCAGCGTACAAGAAAGAAATAACAAGAGACTGGCA  200

seq1  GGTGAGACCTAAGCAAACTTCCTCCCGGAGTCTGCAATTCATGGGATGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGACCTAAGCAAACTTCCTCCCGGAGTCTGCAATTCATGGGATGAC  250

seq1  CTTGGTTCTCCTAAGACTGAGAAGCCAAAGCAAGCAGTATGCAAATCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTCTCCTAAGACTGAGAAGCCAAAGCAAGCAGTATGCAAATCTGT  300

seq1  CTGGCTCTGGGTGTGGCACAGATTCTAAGAATTATTTAATAATTATCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCTGGGTGTGGCACAGATTCTAAGAATTATTTAATAATTATCATA  350

seq1  TTATACATATTTATAAAATAACATTAATATATTAATAATAGCAATGTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATATTTATAAAATAACATTAATATATTAATAATAGCAATGTAGT  400

seq1  AGTGGTAGAAGTAGTAGTAATAGTAGTAGTAGCAGCAGCTGCTGCTGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAGAAGTAGTAGTAATAGTAGTAGTAGCAGCAGCTGCTGCTGCTA  450

seq1  CAGTAATAGTAATAACAGTTTTGAGGCAAGGTCTAGCAATGTAACCTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAATAGTAATAACAGTTTTGAGGCAAGGTCTAGCAATGTAACCTTGG  500

seq1  CTAGTCTGAAACAATGTAGACCAGACTGGCCTCAAACTCAGACAAACCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCTGAAACAATGTAGACCAGACTGGCCTCAAACTCAGACAAACCCA  550

seq1  CCTGTCTCTGCCTTCCAATTGCTGGGATTAAAAGCATGTGCCACCATGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCTGCCTTCCAATTGCTGGGATTAAAAGCATGTGCCACCATGCC  600

seq1  CTGCTGAATTAAATTATTTTAAGTGCTAAATAGGAGTTCAAAAAAAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAATTAAATTATTTTAAGTGCTAAATAGGAGTTCAAAAAAAGTTA  650

seq1  GCATGCAGCCTAATACATGACAATGTGCTAAATAAGTAGTATAATCACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCAGCCTAATACATGACAATGTGCTAAATAAGTAGTATAATCACTT  700

seq1  TAGGAACTTAAAGGAAGGAGACACATTTACAGCCAAACATGAACACGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACTTAAAGGAAGGAGACACATTTACAGCCAAACATGAACACGGAG  750

seq1  TTCAAACTGCACCCTAAAAGGTATCAGAAA-TTCCCAGGCTCATGCAGCT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACTGCACCCTAAAAGGTATCAGAAATTTCCCAGGCTCATGCAGCT  800

seq1  G-TTGTCCCTCCTC-TTGTG-TGTTCTT-GGGCAGGGCTTGATTTTGAAA  845
      | |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCCCTCCTCTTTGTGTTGTTCTTGGGGCAGGGCTTGATTTTGAAA  850

seq1  TTAAGCATCTCCCTTGCATTGTTTAATCTTGACAAATGGAATTCACCACC  895
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCATTTCCCTTGCATTGTTTAATCTTGACAAATGGAATTCACCACC  900

seq1  CACCAG-TTAGAACCAGC-TGCAGA-TTCTT-GACCATACAGGAG-TATG  940
      |||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||
seq2  CACCAGTTTAGAACCAGCTTGCAGATTTCTTGGACCATACAGGAGTTATG  950

seq1  TCAG-CAAAAGTTCAAGACTGTGG-AAGCTGAGTGACAAGGAG-CCAAGA  987
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||
seq2  TCAGCCAAAAGTTCAAGACTGTGGTAAGCTGAGTGAC-AGGAGCCCATGA  999

seq1  GACAAGCGTCCTGGCAGAAGACAGCAAA-CAGCCCTGCTGTAAATTCCTA  1036
      ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGCGTCCTGACAGAAGACAGCAAACCAGCCCTGCTGTAAATTCCTA  1049

seq1  TTC-TTTTGTATGATA  1051
      ||| ||||| ||||||
seq2  TTCTTTTTGGATGATA  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |