BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224P20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 68,134,408 - 68,271,305
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTln2, LOC100041390, LOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
Downstream geneRora, 9530091C08Rik, Narg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224P20.bB6Ng01-224P20.g
ACCGA039299GA039300
length1,205921
definitionB6Ng01-224P20.b B6Ng01-224P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,270,119 - 68,271,305)(68,134,408 - 68,135,324)
sequence
gaattctcagggtcctcttcagctggaccatttggagtcttggttaccca
gattatctaacatctgctctgtggacccaagtctgacatggaaaagagct
ctcagatgcatctttaaatggcctgtccaccttggtgctgatgtctggtc
ctcttttcccagagacttctactggaagttggtctttcctttctatccat
aaacctcctggtgttcagtggtatgagggtctccccacctcactcttgct
tcctctagctatctcactactaaacacaaaattgtggtttccatttctgg
cctaaacatagaaattaattgcctcctaattattctacaaatcaattagt
tggctaggcatggtggtgcacaccttgaattccagcatttgggaagcaga
ggcaggtggatctctgtaaatcaaagtccagttggcccagttatttccaa
gctatcaagggctacataatgagatcattctcaagacaggagtaattaat
taattcaactgataaaaactatatataatatatattataaagttttgaaa
catgtatatatagtggaatagctgaagcaagctaacatatattaatctta
tttttaatatttttgtagttcacataattaaaatctactatcagcagttt
tccagaacataacacatcaccattaactataatcatcttgttgcagaatg
gttctcttcaacttactaaatgttgtatcctttggtcaacatcatctatt
tcttccccattcactccagatactatctccatagttgtcttcaatatttc
tttactctgagttcatcctttagattccacatatagatgagaccatgtgt
aaaaagcatactgtatggggctagatagatggctcagtgggtttagggaa
tactaccctttcctaaggacctcagatttgttcccagtactcactgactg
ttaactccatcttccaggggattgttgacacttctttttctagtctttgt
ggtacatgttacccaccacatatatacacacatatgtaccacgccacacc
acataaataaaataaacttttgaagtactctaagtcctgtcatcagatgg
aactctggcttatagcctcaatgcaaggaacctccctgcctggcttcagg
cctatcagttttcttacgattctggtaattccccaatattagataattcc
cggtg

gaattctgtgcaactcaggctgtgagtagacccataatcttcctggatgt
ttgaaatttaggtattcatcaccatgccgactaatacttttatattcaaa
acaatatgtttgatggtcaaaatgaaatttggaggaatatgagtataatc
tatatcttagtgatgaggtcatgtataagtttcttagttatgtcatttgt
gtgatggttgtataatatgttaatactacagagagctgagaaaacagtat
cagacactctttgtagcatttctatttcaaaaattatttctaatattatt
ttttaaatgaagtttgagataatccatttctctggatagaaagagaccat
tctagacaagagaaatgactacagatctggcgttctggtcctaatagttt
agcggaatatctgaaaatacatttaacccaataagctttgttctaaaaga
aaaagtagagtttggatttcattgtactatgtgtccaaaatccttactga
agttttttggtcatactcagggtcctgaatgtgagcctgagaagaggaaa
ctaaccctaagtcatcacccaggtcattggctttacctttccagcccagc
cttgacagctcactgtagctcagttctgcagtgcacatagactcttgact
tagagatccacccagtcctacagggctgtcccattgcaaggcaggtcctg
ggatggagggtcgtgtggaattagaggctgagctctgaggacatgtgtgt
gtgtgtgtgggggggttgcatctcaagaccatagccctaaagttgtacca
gctccttgaccccagcagtgtctcatccttaccgagtgcactgcacctgt
atcttactgtcttttggaccaatttgccagaaaaacccatggcttgatgt
tgtttggggattggggattcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_68270119_68271305
seq2: B6Ng01-224P20.b_47_1251 (reverse)

seq1  CACCGG----AATCTAAT----GGTGATTA-CAGAATGGT-AGAAAACTG  40
      ||||||     |||||||    ||  |||| |||||| || |||||||||
seq2  CACCGGGAATTATCTAATATTGGGGAATTACCAGAATCGTAAGAAAACTG  50

seq1  ATAAGCCTGGAGCTCAGGCA-GGAGGTCACTGCAATTGA-GCTAT-AGCC  87
      ||| ||||| ||| |||||| ||||||  ||   ||||| ||||| ||||
seq2  ATAGGCCTGAAGC-CAGGCAGGGAGGTTCCTTGCATTGAGGCTATAAGCC  99

seq1  AGAGTTTCCATCTGATGACAGGGACTTAGAGTACTTTCAAAGGTTTTATT  137
      |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||   |
seq2  AGAG-TTCCATCTGATGACA-GGACTTAGAGTAC-TTCAAAAGTTT--AT  144

seq1  TTTATTTATGT-GTGT-GCGT-GTACATATGTGTGTATATATGT-GTGTG  183
      ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |
seq2  TTTATTTATGTGGTGTGGCGTGGTACATATGTGTGTATATATGTGGTGGG  194

seq1  T-ACATGTACCACAAAGACTAGAAAA--GAGTGTCAAC-ATCCCCTGG-A  228
      | ||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |
seq2  TAACATGTACCACAAAGACTAGAAAAAGAAGTGTCAACAATCCCCTGGAA  244

seq1  GATGGAGTTAACAGTCAGTGAGTACTGGGAACAAATCTGAGGTCCTTAGG  278
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGTTAACAGTCAGTGAGTACTGGGAACAAATCTGAGGTCCTTAGG  294

seq1  -AAGGGTAGTATTCCCTAAA-CCACTGAGCCATCTATCTAGCCCCATACA  326
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTAGTATTCCCTAAACCCACTGAGCCATCTATCTAGCCCCATACA  344

seq1  GTATGCTTTTTACACATGGTCTCATCTATATGTGGAATCTAAAGGATGAA  376
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTTTTTACACATGGTCTCATCTATATGTGGAATCTAAAGGATGAA  394

seq1  CTCAGAGTAAAGAAATATTGAAGACAACTATGGAGATAGTATCTGGAGTG  426
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGTAAAGAAATATTGAAGACAACTATGGAGATAGTATCTGGAGTG  444

seq1  AATGGGGAAGAAATAGATGATGTTGACCAAAGGATACAACATTTAGTAAG  476
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGGAAGAAATAGATGATGTTGACCAAAGGATACAACATTTAGTAAG  494

seq1  TTGAAGAGAACCATTCTGCAACAAGATGATTATAGTTAATGGTGATGTGT  526
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGAACCATTCTGCAACAAGATGATTATAGTTAATGGTGATGTGT  544

seq1  TATGTTCTGGAAAACTGCTGATAGTAGATTTTAATTATGTGAACTACAAA  576
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCTGGAAAACTGCTGATAGTAGATTTTAATTATGTGAACTACAAA  594

seq1  AATATTAAAAATAAGATTAATATATGTTAGCTTGCTTCAGCTATTCCACT  626
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAAAAATAAGATTAATATATGTTAGCTTGCTTCAGCTATTCCACT  644

seq1  ATATATACATGTTTCAAAACTTTATAATATATATTATATATAGTTTTTAT  676
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACATGTTTCAAAACTTTATAATATATATTATATATAGTTTTTAT  694

seq1  CAGTTGAATTAATTAATTACTCCTGTCTTGAGAATGATCTCATTATGTAG  726
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGAATTAATTAATTACTCCTGTCTTGAGAATGATCTCATTATGTAG  744

seq1  CCCTTGATAGCTTGGAAATAACTGGGCCAACTGGACTTTGATTTACAGAG  776
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGATAGCTTGGAAATAACTGGGCCAACTGGACTTTGATTTACAGAG  794

seq1  ATCCACCTGCCTCTGCTTCCCAAATGCTGGAATTCAAGGTGTGCACCACC  826
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCTGCCTCTGCTTCCCAAATGCTGGAATTCAAGGTGTGCACCACC  844

seq1  ATGCCTAGCCAACTAATTGATTTGTAGAATAATTAGGAGGCAATTAATTT  876
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAGCCAACTAATTGATTTGTAGAATAATTAGGAGGCAATTAATTT  894

seq1  CTATGTTTAGGCCAGAAATGGAAACCACAATTTTGTGTTTAGTAGTGAGA  926
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTTAGGCCAGAAATGGAAACCACAATTTTGTGTTTAGTAGTGAGA  944

seq1  TAGCTAGAGGAAGCAAGAGTGAGGTGGGGAGACCCTCATACCACTGAACA  976
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAGAGGAAGCAAGAGTGAGGTGGGGAGACCCTCATACCACTGAACA  994

seq1  CCAGGAGGTTTATGGATAGAAAGGAAAGACCAACTTCCAGTAGAAGTCTC  1026
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGGTTTATGGATAGAAAGGAAAGACCAACTTCCAGTAGAAGTCTC  1044

seq1  TGGGAAAAGAGGACCAGACATCAGCACCAAGGTGGACAGGCCATTTAAAG  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAAGAGGACCAGACATCAGCACCAAGGTGGACAGGCCATTTAAAG  1094

seq1  ATGCATCTGAGAGCTCTTTTCCATGTCAGACTTGGGTCCACAGAGCAGAT  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCTGAGAGCTCTTTTCCATGTCAGACTTGGGTCCACAGAGCAGAT  1144

seq1  GTTAGATAATCTGGGTAACCAAGACTCCAAATGGTCCAGCTGAAGAGGAC  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGATAATCTGGGTAACCAAGACTCCAAATGGTCCAGCTGAAGAGGAC  1194

seq1  CCTGAGAATTC  1187
      |||||||||||
seq2  CCTGAGAATTC  1205


seq1: chr9_68134408_68135324
seq2: B6Ng01-224P20.g_67_987

seq1  GAATTCTGTGCAACTCAGGCTGTGAGTAGACCCATAATCTTCCTGGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCAACTCAGGCTGTGAGTAGACCCATAATCTTCCTGGATGT  50

seq1  TTGAAATTTAGGTATTCATCACCATGCCGACTAATACTTTTATATTCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATTTAGGTATTCATCACCATGCCGACTAATACTTTTATATTCAAA  100

seq1  ACAATATGTTTGATGGTCAAAATGAAATTTGGAGGAATATGAGTATAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATGTTTGATGGTCAAAATGAAATTTGGAGGAATATGAGTATAATC  150

seq1  TATATCTTAGTGATGAGGTCATGTATAAGTTTCTTAGTTATGTCATTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTTAGTGATGAGGTCATGTATAAGTTTCTTAGTTATGTCATTTGT  200

seq1  GTGATGGTTGTATAATATGTTAATACTACAGAGAGCTGAGAAAACAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGTTGTATAATATGTTAATACTACAGAGAGCTGAGAAAACAGTAT  250

seq1  CAGACACTCTTTGTAGCATTTCTATTTCAAAAATTATTTCTAATATTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACTCTTTGTAGCATTTCTATTTCAAAAATTATTTCTAATATTATT  300

seq1  TTTTAAATGAAGTTTGAGATAATCCATTTCTCTGGATAGAAAGAGACCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATGAAGTTTGAGATAATCCATTTCTCTGGATAGAAAGAGACCAT  350

seq1  TCTAGACAAGAGAAATGACTACAGATCTGGCGTTCTGGTCCTAATAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGACAAGAGAAATGACTACAGATCTGGCGTTCTGGTCCTAATAGTTT  400

seq1  AGCGGAATATCTGAAAATACATTTAACCCAATAAGCTTTGTTCTAAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGAATATCTGAAAATACATTTAACCCAATAAGCTTTGTTCTAAAAGA  450

seq1  AAAAGTAGAGTTTGGATTTCATTGTACTATGTGTCCAAAATCCTTACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAGAGTTTGGATTTCATTGTACTATGTGTCCAAAATCCTTACTGA  500

seq1  AGTTTTTTGGTCATACTCAGGGTCCTGAATGTGAGCCTGAGAAGAGGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTTGGTCATACTCAGGGTCCTGAATGTGAGCCTGAGAAGAGGAAA  550

seq1  CTAACCCTAAGTCATCACCCAGGTCATTGGCTTTACCTTTCCAGCCCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCTAAGTCATCACCCAGGTCATTGGCTTTACCTTTCCAGCCCAGC  600

seq1  CTTGACAGCTCACTGTAGCTCAGTTCTGCAGTGCACATAGACTCTTGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAGCTCACTGTAGCTCAGTTCTGCAGTGCACATAGACTCTTGACT  650

seq1  TAGAGATCCACCCAGTCCTACAGGGCTGTCCCATTGCAAGGCAGGTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATCCACCCAGTCCTACAGGGCTGTCCCATTGCAAGGCAGGTCCTG  700

seq1  GGATGGAGGGTCGTGTGGAATTAGAGGCTGAGCTCTGAGGACATGTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGGGTCGTGTGGAATTAGAGGCTGAGCTCTGAGGACATGTGTGT  750

seq1  GTGTGTGT-GGGGGGTTGCATCTCAAGACCATAGCCCTAAAGTTGTACCA  799
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGGGGGGGTTGCATCTCAAGACCATAGCCCTAAAGTTGTACCA  800

seq1  GCTCCTTGACCCAAGCAGTGTCTCAACCTTACCGAGTGCACTGCACCTGT  849
      |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTGACCCCAGCAGTGTCTCATCCTTACCGAGTGCACTGCACCTGT  850

seq1  ATCCTTACTGTCTTTGGAACCAGTTTGCCAGAGAAACCCATGGCTTAGAG  899
      || |||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||   |
seq2  AT-CTTACTGTCTTTTGGACCAATTTGCCAGAAAAACCCATGGCTTGATG  899

seq1  TTGTT--GGGAT--GGGATTCG  917
      |||||  |||||  ||||||||
seq2  TTGTTTGGGGATTGGGGATTCG  921


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |