BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225B08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 32,605,789 - 32,706,256
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041426
Upstream geneBarx2, LOC100042266, Tpi-rs4, LOC666619, LOC666622, Grit, Kcnj5, Kcnj1, Fli1, LOC669759, LOC100041398, Ets1
Downstream geneLOC100042343
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225B08.bB6Ng01-225B08.g
ACCGA039367GA039368
length1,1311,115
definitionB6Ng01-225B08.b B6Ng01-225B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,705,129 - 32,706,256)(32,605,789 - 32,606,901)
sequence
gaattccctgttatgcacacgtctatgtccctctcaacttacatctccta
aatattcattttgccttacataggcagcacatctgcatgaatgaaaataa
acacattgcgcctacaaatagtttagtctcagaaaagtgattagataaac
aaacaaaagaaaaataagtgtcccttctgagtgcttacctacatcagctc
tgcacttcaatgcaacgtgacagtaagtagcaaatgccacaatgtttctg
tcatctccagacagattcggcagaaaatgacgatagtgccagtgagcctg
tagaggttttagactgtgtaaagacacaagaatgaggagacatatgagac
ctagggggctgcagatgtttgtagtctataaaaacacatgttggagctgg
gtgtggtactgtaagcctttaaacccagcagaagcagaggcagatggatc
tctgtgacttcgatccattctggtctatagctcatctaaggccattcaat
gatacatggtgaacccctgattaaaacaaaacacaatatcagaggtttta
tataacgtatgtaaaatgcttggggccaaagttactatttgctcgtatat
agtgagctaccctggggccgagatgtcacataagtgtgtacacatagccc
agatgaagtttgattcaagattctagtgtacttgtttgtttttttatgtg
gtgaccctggggattgaacttgaggccaggaacatgctaagcacacattc
taccacaaacctggaaacccagccctcagagcactttcataggataggaa
cctaccacaggagatcatatgcaaatttttgtgcctgtggcatcctatag
agacaaagagtttttgaattttggagagttactggttctgggttttggat
gccatacgcaactgtacctgacattcaaatgtcgtgcttgggtaaaaaga
aaggcaactgtccgttatttgatctgagcttctgcttttccagaccaacc
agctgagtacaggagtttcattcttaacatagcacaggagagctcaaaat
ttgttcctttaaagtcagaagcagacgtttccatctatctaggtgagtga
ttttacctcgttcagaaatatatttgactca

gaattcttctgtctccatcttctgtctctccatgggagaggtgagattgc
agatgctcacaccatgtgcctggatttttatgtgggttctggggattgga
tctcaggtcctcacatttgcatagcaaggactcttatctacgaactcagt
ctattatgatgtttctatgatgagattatacagaaaacaaatatctctat
gtacagaccacatcctgttgattgttttgacaactcttacacattcatat
agcttgattgctgtactggctagttttgtgtcaacttggcacagctggag
ttatcagagagaaagtagcttcagttgaggaaatgcctccatgacatcca
actgtaaggcattttctcaattagtgatcaagggggaaaggccccttgtg
ggtggaaccatctctgggctggtagtcttggttctataagagagaaggct
gagcaagccaggggaggcaagccagtaaagagcatccctccatggcatct
gcatcagctcctgcttcctgacctgcttgagttccagtcctgacttcctt
ggtgatgaacagcagtatggaagtgtaagccaaataaaccctttcctccc
caacttgcttcttggtcatgatgtttgtgcacgaatagaaaccctgacta
agacaattgcatattcttcagactgatggtaagacattgaaataaacaca
gcctaattcagaaagtagtcacttcatgtgccagcctaatattaattgtc
cacagcaactataacttacaagtaaatgaaccggctttggtattcatagg
acaaactgggaactagttgataattgctcatgcataggcatctttttttt
ttttttagaattaatttttttattaggtattttccctcatttacatttcc
agtgctatccaaaaaagttcccaatacactaccccccccccccccacaca
cacactcccctacccacccactcctactttttggccctgggcgttcccct
gtactggggcatatgaagttgcaagtccaatgggcctctccttcagtgat
ggcttgactagggcatctttgatacattgcagcttagagtcagagctctg
gggatactgtagttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_32705129_32706256
seq2: B6Ng01-225B08.b_46_1176 (reverse)

seq1  TGAGTCAAATATATTTCTGAACGAGTAAAAATTCACCTCCACTAAGAATG  50
      |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||  |||   || 
seq2  TGAGTCAAATATATTTCTGAACGAGGTAAAA-TCA-CTCACCTA--GATA  46

seq1  GTTGGAACGTTCTGCTTCTGACTTT-AAGGA--CAATTTTGAGCTCTCCT  97
      | |||||   ||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||
seq2  GATGGAAACGTCTGCTTCTGACTTTAAAGGAACAAATTTTGAGCTCTCCT  96

seq1  GTGCTATGTTA--GATG-AACTCCTGTACTCAGCTGGTTTGGTCTGGAAA  144
      |||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGCTATGTTAAGAATGAAACTCCTGTACTCAGCTGG-TTGGTCTGGAAA  145

seq1  AGCAGAAGCTCAGATCAA--TACGGACAGTTGCCTTTCTTTTTACCCAAG  192
      ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGCTCAGATCAAATAACGGACAGTTGCCTTTCTTTTTACCCAAG  195

seq1  CACGACATTTGAATGTCAGGTACAGTTGCGTATGGCATCCAAAACCCAGA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGACATTTGAATGTCAGGTACAGTTGCGTATGGCATCCAAAACCCAGA  245

seq1  ACCAGTAACTCTCCAAAATTCAAAAACTCTTTGTCTCTATAGGATGCCAC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTAACTCTCCAAAATTCAAAAACTCTTTGTCTCTATAGGATGCCAC  295

seq1  AGGCACAAAAATTTGCATATGATCTCCTGTGGTAGGTTCCTATCCTATGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAAAAATTTGCATATGATCTCCTGTGGTAGGTTCCTATCCTATGA  345

seq1  AAGTGCTCTGAGGGCTGGGTTTCCAGGTTTGTGGTAGAATGTGTGCTTAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTCTGAGGGCTGGGTTTCCAGGTTTGTGGTAGAATGTGTGCTTAG  395

seq1  CATGTTCCTGGCCTCAAGTTCAATCCCCAGGGTCACCACATAAAAAAACA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCCTGGCCTCAAGTTCAATCCCCAGGGTCACCACATAAAAAAACA  445

seq1  AACAAGTACACTAGAATCTTGAATCAAACTTCATCTGGGCTATGTGTACA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTACACTAGAATCTTGAATCAAACTTCATCTGGGCTATGTGTACA  495

seq1  CACTTATGTGACATCTCGGCCCCAGGGTAGCTCACTATATACGAGCAAAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATGTGACATCTCGGCCCCAGGGTAGCTCACTATATACGAGCAAAT  545

seq1  AGTAACTTTGGCCCCAAGCATTTTACATACGTTATATAAAACCTCTGATA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTTTGGCCCCAAGCATTTTACATACGTTATATAAAACCTCTGATA  595

seq1  TTGTGTTTTGTTTTAATCAGGGGTTCACCATGTATCATTGAATGGCCTTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTTGTTTTAATCAGGGGTTCACCATGTATCATTGAATGGCCTTA  645

seq1  GATGAGCTATAGACCAGAATGGATCGAAGTCACAGAGATCCATCTGCCTC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCTATAGACCAGAATGGATCGAAGTCACAGAGATCCATCTGCCTC  695

seq1  TGCTTCTGCTGGGTTTAAAGGCTTACAGTACCACACCCAGCTCCAACATG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTGCTGGGTTTAAAGGCTTACAGTACCACACCCAGCTCCAACATG  745

seq1  TGTTTTTATAGACTACAAACATCTGCAGCCCCCTAGGTCTCATATGTCTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTATAGACTACAAACATCTGCAGCCCCCTAGGTCTCATATGTCTC  795

seq1  CTCATTCTTGTGTCTTTACACAGTCTAAAACCTCTACAGGCTCACTGGCA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCTTGTGTCTTTACACAGTCTAAAACCTCTACAGGCTCACTGGCA  845

seq1  CTATCGTCATTTTCTGCCGAATCTGTCTGGAGATGACAGAAACATTGTGG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCGTCATTTTCTGCCGAATCTGTCTGGAGATGACAGAAACATTGTGG  895

seq1  CATTTGCTACTTACTGTCACGTTGCATTGAAGTGCAGAGCTGATGTAGGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCTACTTACTGTCACGTTGCATTGAAGTGCAGAGCTGATGTAGGT  945

seq1  AAGCACTCAGAAGGGACACTTATTTTTCTTTTGTTTGTTTATCTAATCAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTCAGAAGGGACACTTATTTTTCTTTTGTTTGTTTATCTAATCAC  995

seq1  TTTTCTGAGACTAAACTATTTGTAGGCGCAATGTGTTTATTTTCATTCAT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGAGACTAAACTATTTGTAGGCGCAATGTGTTTATTTTCATTCAT  1045

seq1  GCAGATGTGCTGCCTATGTAAGGCAAAATGAATATTTAGGAGATGTAAGT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGTGCTGCCTATGTAAGGCAAAATGAATATTTAGGAGATGTAAGT  1095

seq1  TGAGAGGGACATAGACGTGTGCATAACAGGGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGGACATAGACGTGTGCATAACAGGGAATTC  1131


seq1: chr9_32605789_32606901
seq2: B6Ng01-225B08.g_69_1183

seq1  GAATTCTTCTGTCTCCATCTTCTGTCTCTCCATGGGAGAGGTGAGATTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGTCTCCATCTTCTGTCTCTCCATGGGAGAGGTGAGATTGC  50

seq1  AGATGCTCACACCATGTGCCTGGATTTTTATGTGGGTTCTGGGGATTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTCACACCATGTGCCTGGATTTTTATGTGGGTTCTGGGGATTGGA  100

seq1  TCTCAGGTCCTCACATTTGCATAGCAAGGACTCTTATCTACGAACTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGTCCTCACATTTGCATAGCAAGGACTCTTATCTACGAACTCAGT  150

seq1  CTATTATGATGTTTCTATGATGAGATTATACAGAAAACAAATATCTCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATGATGTTTCTATGATGAGATTATACAGAAAACAAATATCTCTAT  200

seq1  GTACAGACCACATCCTGTTGATTGTTTTGACAACTCTTACACATTCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGACCACATCCTGTTGATTGTTTTGACAACTCTTACACATTCATAT  250

seq1  AGCTTGATTGCTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGGCACAGCTGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGATTGCTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGGCACAGCTGGAG  300

seq1  TTATCAGAGAGAAAGTAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGACATCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGAGAGAAAGTAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGACATCCA  350

seq1  ACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTG  400

seq1  GGTGGAACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAGAGAAGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAGAGAAGGCT  450

seq1  GAGCAAGCCAGGGGAGGCAAGCCAGTAAAGAGCATCCCTCCATGGCATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCCAGGGGAGGCAAGCCAGTAAAGAGCATCCCTCCATGGCATCT  500

seq1  GCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTT  550

seq1  GGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCCAAATAAACCCTTTCCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCCAAATAAACCCTTTCCTCCC  600

seq1  CAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCACGAATAGAAACCCTGACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCACGAATAGAAACCCTGACTA  650

seq1  AGACAATTGCATATTCTTCAGACTGATGGTAAGACATTGAAATAAACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATTGCATATTCTTCAGACTGATGGTAAGACATTGAAATAAACACA  700

seq1  GCCTAATTCAGAAAGTAGTCACTTCATGTGCCAGCCTAATATTAATTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATTCAGAAAGTAGTCACTTCATGTGCCAGCCTAATATTAATTGTC  750

seq1  CACAGCAACTATAACTTACAAGTAAATGAACCGGCTTTGGTATTCATAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAACTATAACTTACAAGTAAATGAACCGGCTTTGGTATTCATAGG  800

seq1  ACAAACTGGGAACTAGTTGATAATTGCTCATGCATAGGCATC-TTTTTTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACAAACTGGGAACTAGTTGATAATTGCTCATGCATAGGCATCTTTTTTTT  850

seq1  TTTTTTAGAATTAATTTTTTTATTAGGTATTTT-CCTCATTTACATTTCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAGAATTAATTTTTTTATTAGGTATTTTCCCTCATTTACATTTCC  900

seq1  AGTGCTATCC-AAAAAGTTCCCAATACACTA--CCCCCCCCCCCCACACA  945
      |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  AGTGCTATCCAAAAAAGTTCCCAATACACTACCCCCCCCCCCCCCACACA  950

seq1  CACACTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTTTTGGCCCT-GGCGTTCCCCT  994
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CACACTCCCCTACCCACCCACTCCTACTTTTTGGCCCTGGGCGTTCCCCT  1000

seq1  GTACTGGGGCATATGAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTG  1044
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||
seq2  GTACTGGGGCATATGAAG-TTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCCTT-CAGTG  1048

seq1  ATGGC-TGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGC-TAGAGTCAAGAG  1092
      ||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||| ||||
seq2  ATGGCTTGACTAGGGCATC-TTTGATACAT-TGCAGCTTAGAGTC-AGAG  1095

seq1  CTCTGGGG-TACTGGTTAGTTC  1113
      |||||||| |||||  ||||||
seq2  CTCTGGGGATACTG--TAGTTC  1115


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |