BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225E15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 94,263,169 - 94,313,377
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG384968
Upstream geneLOC674371, LOC384967
Downstream gene1190002N15Rik, EG667601, Slc9a9, Chst2, LOC667088
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225E15.bB6Ng01-225E15.g
ACCGA039523GA039524
length1,0621,064
definitionB6Ng01-225E15.b B6Ng01-225E15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,263,169 - 94,264,269)(94,312,312 - 94,313,377)
sequence
gaattcacaaactctgcaatgtacaaagagcaagttctagcccatgatgt
cttcctgaggaactcttgacttctctctgggccaccctggctaccacagc
agcctctgtagactagagaaggctgttagcaaagccacaagagtttccat
ctctaattgtgcttctgggttctgcagggcagtgtaccaggccctccttg
ggtacgtcattttgggttgtggaatgctgtatggttacacacacatggag
ttgctttgacaatgcccagttgttgacctgactgaagaaattacaaggga
aatgagagctggagggagagaaggaaggagggacagacaggtagagacag
gcagatatacagagacagggacagacagagacacagacacagacacagac
acagacacagacacacacacacacacacacacacacacagacacagacac
acacacacacacacacacacagacacagacacagacagacacagacacag
acacagacacagacacagacacagacacagacacagacacagacacagac
acagacacagacacagacacagacacagacacagacaagacacagacaca
gacacagacacagacacacacacacacacacacacagacacacacacaga
cacagacacacacacagacacagacacagacacaggaggcagagacagag
acacaaacacagacacaggagacagagacacagacagagacacaggagac
agagatgcagacacagatgcagacacagacagactacttatggaattctt
agtctccatgcattgagaaacactagccaaccagccagctctccagtccc
agctcttcaactgccctagctttccactacccccatgtggtccacaaaaa
agtgccaaggcctctcctgcttgatttcctctctgcaaggagagagaagg
cacacattcatgagctaaagagtaaagtggtaccattcaaaatgctgcac
atgtaagactaataatgctgctgagacatctgtagtggtcaatacaagat
gcagcagtccta

gaattctttaagaataaatacagcatttctttaaggaaaataaaggagag
gatgagacagcttaattttatttggaccttttcatcaacatatcatttta
aatattctaaagttgaaagtgtcagggttttaaatttgtagcacacctac
ctagaggacattagcaagcttttattacatatcatgctaattagataatg
aacatacaaagaaaatgagtgcatactataaagttttacaaaaagaatta
gcttagatttttttccccctccagtggatttaacactttggctagctagc
tcttcctttagcactttctgcccactaagttattaaattagtatacacag
aagacttttctaagaatctacagtgtaaagcgttaagcagaaattatatg
taatgaaaatgaaagctgatgtacagagtgtattagctggaagttgttac
acttgtgtatgcatgtttgtgtggcagtgtttatgtgtgtgtacctgtgg
catccagtggtcctcctggggtgttgttagcagggtactatctagcttgt
ttgttgagacagaatctctcacctggttcaggactcaactcaacatcaat
ctctctctcttctccttgtccccagtgctcggattacaaagcctgtgtga
acacacctggattcttttcttttaatgtgtgttctggggttgatctcagg
tcctcaagattgccaggcaaacctttgatggattggcccgtctcccacgc
cccacttttccgtttaagagtgtttccaagaagtgttagtttgtatcaga
cagttacttctgggatgcaggcagtttaagttacattgtagtcgtactag
attctcaatgattttcatttgtaagaatttaagccataacctgctggtac
atgggaacagtagatggaacttctagtacctttccatgatgcttttccaa
ttttgtactttgctcttcgattgatacttcatcctgtgaagagaattttg
cttctcacatacagaggcagagatccatgtagccacaagtcatgttccct
gagcttgttcagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_94263169_94264269
seq2: B6Ng01-225E15.b_43_1104

seq1  GAATTCACAAACTCTGCAATGTACAAAGAGCAAGTTCTAGCCCATGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAACTCTGCAATGTACAAAGAGCAAGTTCTAGCCCATGATGT  50

seq1  CTTCCTGAGGAACTCTTGACTTCTCTCTGGGCCACCCTGGCTACCACAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGAGGAACTCTTGACTTCTCTCTGGGCCACCCTGGCTACCACAGC  100

seq1  AGCCTCTGTAGACTAGAGAAGGCTGTTAGCAAAGCCACAAGAGTTTCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTGTAGACTAGAGAAGGCTGTTAGCAAAGCCACAAGAGTTTCCAT  150

seq1  CTCTAATTGTGCTTCTGGGTTCTGCAGGGCAGTGTACCAGGCCCTCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATTGTGCTTCTGGGTTCTGCAGGGCAGTGTACCAGGCCCTCCTTG  200

seq1  GGTACGTCATTTTGGGTTGTGGAATGCTGTATGGTTACACACACATGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACGTCATTTTGGGTTGTGGAATGCTGTATGGTTACACACACATGGAG  250

seq1  TTGCTTTGACAATGCCCAGTTGTTGACCTGACTGAAGAAATTACAAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTGACAATGCCCAGTTGTTGACCTGACTGAAGAAATTACAAGGGA  300

seq1  AATGAGAGCTGGAGGGAGAGAAGGAAGGAGGGACAGACAGGTAGAGACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAGCTGGAGGGAGAGAAGGAAGGAGGGACAGACAGGTAGAGACAG  350

seq1  GCAGATATACAGAGACAGGGACAGACAGAGACACAGACACAGACACAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATATACAGAGACAGGGACAGACAGAGACACAGACACAGACACAGAC  400

seq1  ACAGACACAGACACACACACACACACACACACACACACAGACACAGACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACAGACACACACACACACACACACACACACACAGACACAGACAC  450

seq1  ACACACACACACACACACACAGACACAGACACAGACAGACACAGACACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACAGACACAGACACAGACAGACACAGACACAG  500

seq1  ACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGAC  550

seq1  ACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACAAGACACAGACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACACAGACAAGACACAGACACA  600

seq1  GACACAGACACAGACACACACACACACACACACACAGACACACACACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGACACAGACACACACACACACACACACACAGACACACACACAGA  650

seq1  CACAGACACACACACAGACACAGACACAGACACAGGAGGCAGAGACAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACACACACACAGACACAGACACAGACACAGGAGGCAGAGACAGAG  700

seq1  ACACAAACACAGACACAGGAGACAGAGACACAGACAGAGACACAGGAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAACACAGACACAGGAGACAGAGACACAGACAGAGACACAGGAGAC  750

seq1  AGAGATGCAGACACAGATGCAGACACAGACAGACTACTTATGGAATTCTT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGAGATGCAGACACAGATGCAGACACAGACAGACTACTTATGGAATTC-T  799

seq1  TAGTCTCCATGCATTGAGAAACACTAGCCAACCAGCCAGCTCTCCAGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCCATGCATTGAGAAACACTAGCCAACCAGCCAGCTCTCCAGTCC  849

seq1  CAGCTCTTCAACTGCCTTAGCTTTTCCACTACCCCCATTGTGGTCCACAA  900
      |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  CAGCTCTTCAACTGCCCTAGC-TTTCCACTACCCCCA-TGTGGTCCAC-A  896

seq1  AAAAAGTGCCAAGGCCTCTCCTTGCTTGATTTTCCTCCTCTGCAAGGAGA  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  AAAAAGTGCCAAGGCCTCTCC-TGCTTGA-TTTCCT-CTCTGCAAGGAGA  943

seq1  GAGAAAGGCACACCAATTTTCATGAAGCTAAAAGAGTTAAAGTTTGTAAC  1000
      ||| |||||||||     |||||| |||| |||||| ||||| | |||  
seq2  GAG-AAGGCACAC----ATTCATG-AGCT-AAAGAG-TAAAG-TGGTA--  982

seq1  CCATTTTCAAAAATGTCTGGCACATGGTAAGACCTATATAAATGGCTGCT  1050
      |||||    |||||| || |||||| |||||||   ||  ||| ||||||
seq2  CCATT---CAAAATG-CT-GCACAT-GTAAGAC---TAATAAT-GCTGCT  1022

seq1  GAAGACAATTTCTGTTTAAGTTTGTTCAATACAAGATGCAGCCAAGTCCT  1100
      | |||||   |||||   ||  || |||||||||||||||||  ||||||
seq2  G-AGACA---TCTGT---AG--TGGTCAATACAAGATGCAGC--AGTCCT  1061

seq1  A  1101
      |
seq2  A  1062


seq1: chr9_94312312_94313377
seq2: B6Ng01-225E15.g_63_1126 (reverse)

seq1  AGCTGGAACAAGCTCAGGGAACATGGACTTGTGGCTACATGGATCTCTGC  50
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCT-GAACAAGCTCAGGGAACAT-GACTTGTGGCTACATGGATCTCTGC  48

seq1  CTCTGTATGTGGAGAAGCAAAATTCTCTTCACAGGATGAAGTTATCAATC  100
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCTGTATGT-GAGAAGCAAAATTCTCTTCACAGGATGAAG-TATCAATC  96

seq1  GAAGAGCAAAGTACAAAATTGGAAAAGCATCATGG-AAGGTACTAGAAGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAAAGTACAAAATTGGAAAAGCATCATGGAAAGGTACTAGAAGT  146

seq1  TCCATCTACTGTT-CCATGTACCAGCAGGTTATGGCTTAAATTCTTACAA  198
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTACTGTTCCCATGTACCAGCAGGTTATGGCTTAAATTCTTACAA  196

seq1  ATGAAAATCATTGAGAATCTAGTACGACTACAATGTAACTTAAACTGCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATCATTGAGAATCTAGTACGACTACAATGTAACTTAAACTGCCT  246

seq1  GCATCCCAGAAGTAACTGTCTGATACAAACTAACACTTCTTGGAAACACT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCAGAAGTAACTGTCTGATACAAACTAACACTTCTTGGAAACACT  296

seq1  CTTAAACGGAAAAGTGGGGCGTGGGAGACGGGCCAATCCATCAAAGGTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAACGGAAAAGTGGGGCGTGGGAGACGGGCCAATCCATCAAAGGTTT  346

seq1  GCCTGGCAATCTTGAGGACCTGAGATCAACCCCAGAACACACATTAAAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCAATCTTGAGGACCTGAGATCAACCCCAGAACACACATTAAAAG  396

seq1  AAAAGAATCCAGGTGTGTTCACACAGGCTTTGTAATCCGAGCACTGGGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATCCAGGTGTGTTCACACAGGCTTTGTAATCCGAGCACTGGGGA  446

seq1  CAAGGAGAAGAGAGAGAGATTGATGTTGAGTTGAGTCCTGAACCAGGTGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGAAGAGAGAGAGATTGATGTTGAGTTGAGTCCTGAACCAGGTGA  496

seq1  GAGATTCTGTCTCAACAAACAAGCTAGATAGTACCCTGCTAACAACACCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTCTGTCTCAACAAACAAGCTAGATAGTACCCTGCTAACAACACCC  546

seq1  CAGGAGGACCACTGGATGCCACAGGTACACACACATAAACACTGCCACAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGACCACTGGATGCCACAGGTACACACACATAAACACTGCCACAC  596

seq1  AAACATGCATACACAAGTGTAACAACTTCCAGCTAATACACTCTGTACAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGCATACACAAGTGTAACAACTTCCAGCTAATACACTCTGTACAT  646

seq1  CAGCTTTCATTTTCATTACATATAATTTCTGCTTAACGCTTTACACTGTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTCATTTTCATTACATATAATTTCTGCTTAACGCTTTACACTGTA  696

seq1  GATTCTTAGAAAAGTCTTCTGTGTATACTAATTTAATAACTTAGTGGGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTAGAAAAGTCTTCTGTGTATACTAATTTAATAACTTAGTGGGCA  746

seq1  GAAAGTGCTAAAGGAAGAGCTAGCTAGCCAAAGTGTTAAATCCACTGGAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGCTAAAGGAAGAGCTAGCTAGCCAAAGTGTTAAATCCACTGGAG  796

seq1  GGGGAAAAAAATCTAAGCTAATTCTTTTTGTAAAACTTTATAGTATGCAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAAAATCTAAGCTAATTCTTTTTGTAAAACTTTATAGTATGCAC  846

seq1  TCATTTTCTTTGTATGTTCATTATCTAATTAGCATGATATGTAATAAAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCTTTGTATGTTCATTATCTAATTAGCATGATATGTAATAAAAG  896

seq1  CTTGCTAATGTCCTCTAGGTAGGTGTGCTACAAATTTAAAACCCTGACAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTAATGTCCTCTAGGTAGGTGTGCTACAAATTTAAAACCCTGACAC  946

seq1  TTTCAACTTTAGAATATTTAAAATGATATGTTGATGAAAAGGTCCAAATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACTTTAGAATATTTAAAATGATATGTTGATGAAAAGGTCCAAATA  996

seq1  AAATTAAGCTGTCTCATCCTCTCCTTTATTTTCCTTAAAGAAATGCTGTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAGCTGTCTCATCCTCTCCTTTATTTTCCTTAAAGAAATGCTGTA  1046

seq1  TTTATTCTTAAAGAATTC  1066
      ||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCTTAAAGAATTC  1064


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |