BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227B13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 104,741,434 - 104,980,311
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpne4, Mrpl3
Upstream geneEG384978, Nphp3, Ube1dc1, Acad11, Ccrl1, Hmgb1-rs16, Acpp, LOC100040921
Downstream geneNudt16, 1700080E11Rik, Nek11, Aste1, Atp2c1, EG434434, LOC664981, Pik3r4, E330026B02Rik, EG665033, 1110001D15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227B13.bB6Ng01-227B13.g
ACCGA040855GA040856
length608970
definitionB6Ng01-227B13.b B6Ng01-227B13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,741,434 - 104,742,041)(104,979,344 - 104,980,311)
sequence
gaattccacccttggttaaaaagaagcatccttcacacaggatgtgggag
taaagacactccctgctgaggcatgaacagatgaagtctgatcatgtcta
agccccatggtctgctccaattgtactcatgtatccttctgtactccatt
ctcaacctttgttatataacctgttaggtccagctactgtggcccacatg
tgcatgcatgtgcgactttgaaaaccttttgatcagggttatagtaccaa
gcatggaacatgggaagcctctctctctctctctctctccctctctctct
ctctccatatatatatatgaataattctccttcccccggtagttatctac
tactaatagctcctcagtaaggggtgggtcctggagataattgtctgctc
tatctatactggcaatttggttggcttgatcatgtatagatcttgtacat
gaaccacattgctatgaactcatgatttcattatcatgacagcattttat
agcactcatctccatcctctggttcttatactctttctgcctcctcttcc
tcctcttctatgtttcttgagccttggtagtgtcagtgtgtgtgtggggt
ggggagga
gaattcaaatccactaccttcctcagcttctctagggctgggataaggtg
tgtaccatgctggctaatagctggcctttccgaggcttacacaattactc
aaggctcagtactagccccattttacagttaataacctgcaccagtgttg
gtacaaatggctaattggaatgcagtttggttacaatatgatccctgatt
tcaagagaaaacagaagtggcatgtcaggctcacgctcaagtcaggagcc
aagttctgagaagtgaattgcccatatgtccccccatgctcagcagcaga
gcccagcagtggctgctccacagacagcaggctatgctgggctctgtatc
cactaagtcctcattttaacacgtaggtttctataatttagatttaaaaa
agtcctcctcccattaagtttctaaactctaaaagaatgttatattttta
agaaatggtttcttttatccaacaggcagcaatgtagttcctccaggttc
tgtttcacaaccagacattgagagataaatctttaataaaagtttataaa
aacaaacgcaaacctagactgggaaatatgtctaaagaatgacacctata
aatgacaggcgtcttgatcttcacaaattgttaattttaacaaactcagt
ctatgcgactgtttgtttaatgcagtaaccttgctaaccaggctgaaggg
agggctcaatgactcatttgtgtcctttgataaaaacaagagcatgctct
catgactaagccgcggggaatgcgattcccattcctgatctggttcatca
aagtgcacgaggcacagagtcctgccacacccgggcatcaggcaaaggtg
atggaaggttcactggctgccacacgctctcgtcaaacaaatcttctgga
agttcttcttcatctccatcagcaaaagtacgtggggaaaagcaggttct
tgcaggaatccttgctatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_104741434_104742041
seq2: B6Ng01-227B13.b_48_655

seq1  GAATTCCACCCTTGGTTAAAAAGAAGCATCCTTCACACAGGATGTGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCTTGGTTAAAAAGAAGCATCCTTCACACAGGATGTGGGAG  50

seq1  TAAAGACACTCCCTGCTGAGGCATGAACAGATGAAGTCTGATCATGTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACACTCCCTGCTGAGGCATGAACAGATGAAGTCTGATCATGTCTA  100

seq1  AGCCCCATGGTCTGCTCCAATTGTACTCATGTATCCTTCTGTACTCCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCATGGTCTGCTCCAATTGTACTCATGTATCCTTCTGTACTCCATT  150

seq1  CTCAACCTTTGTTATATAACCTGTTAGGTCCAGCTACTGTGGCCCACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCTTTGTTATATAACCTGTTAGGTCCAGCTACTGTGGCCCACATG  200

seq1  TGCATGCATGTGCGACTTTGAAAACCTTTTGATCAGGGTTATAGTACCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCATGTGCGACTTTGAAAACCTTTTGATCAGGGTTATAGTACCAA  250

seq1  GCATGGAACATGGGAAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGAACATGGGAAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCT  300

seq1  CTCTCCATATATATATATGAATAATTCTCCTTCCCCCGGTAGTTATCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATATATATATATGAATAATTCTCCTTCCCCCGGTAGTTATCTAC  350

seq1  TACTAATAGCTCCTCAGTAAGGGGTGGGTCCTGGAGATAATTGTCTGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATAGCTCCTCAGTAAGGGGTGGGTCCTGGAGATAATTGTCTGCTC  400

seq1  TATCTATACTGGCAATTTGGTTGGCTTGATCATGTATAGATCTTGTACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATACTGGCAATTTGGTTGGCTTGATCATGTATAGATCTTGTACAT  450

seq1  GAACCACATTGCTATGAACTCATGATTTCATTATCATGACAGCATTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACATTGCTATGAACTCATGATTTCATTATCATGACAGCATTTTAT  500

seq1  AGCACTCATCTCCATCCTCTGGTTCTTATACTCTTTCTGCCTCCTCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCATCTCCATCCTCTGGTTCTTATACTCTTTCTGCCTCCTCTTCC  550

seq1  TCCTCTTCTATGTTTCTTGAGCCTTGGTAGTGTCAGTGTGTGTGTGGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTCTATGTTTCTTGAGCCTTGGTAGTGTCAGTGTGTGTGTGGGGT  600

seq1  GGGGAGGA  608
      ||||||||
seq2  GGGGAGGA  608

seq1: chr9_104979344_104980311
seq2: B6Ng01-227B13.g_63_1032 (reverse)

seq1  GCATA-CAAGGATTCCTGCAAGAACCTGCCTTTCCCCACCTAC-TTTCCT  48
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||
seq2  GCATAGCAAGGATTCCTGCAAGAACCTGCTTTTCCCCACGTACTTTTGCT  50

seq1  GATGGAGATGAAGAAGAACTTCCAGAAGATTTGTTTGACGAGAGCGTGTG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGATGAAGAAGAACTTCCAGAAGATTTGTTTGACGAGAGCGTGTG  100

seq1  GCAGCCCAGTGAACCTTCCATCACCTTTGCCTGATGCCCGGGTGTGGCAG  148
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAG-CCAGTGAACCTTCCATCACCTTTGCCTGATGCCCGGGTGTGGCAG  149

seq1  GACTCTGTGCTTCGTGCACTTTGATGAACCAGATCAGGAATGGGAATCGC  198
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGTGCCTCGTGCACTTTGATGAACCAGATCAGGAATGGGAATCGC  199

seq1  ATT-CCCGCGGCTTAGTCATGAGAGCATGCTCTTGTTTTTATCAAAGGAC  247
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCGCGGCTTAGTCATGAGAGCATGCTCTTGTTTTTATCAAAGGAC  249

seq1  ACAAATGAGTCACTGAGCCCTCCCTTCAGCCTGGTTAGCAAGGTTACTGC  297
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGAGTCATTGAGCCCTCCCTTCAGCCTGGTTAGCAAGGTTACTGC  299

seq1  ATTAAACAAACAGTCGCATAGACTGAGTTTGTTAAAATTAACAATTTGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAAACAGTCGCATAGACTGAGTTTGTTAAAATTAACAATTTGTG  349

seq1  AAGATCAAGACGCCTGTCATTTATAGGTGTCATTCTTTAGACATATTTCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAAGACGCCTGTCATTTATAGGTGTCATTCTTTAGACATATTTCC  399

seq1  CAGTCTAGGTTTGCGTTTGTTTTTATAAACTTTTATTAAAGATTTATCTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTAGGTTTGCGTTTGTTTTTATAAACTTTTATTAAAGATTTATCTC  449

seq1  TCAATGTCTGGTTGTGAAACAGAACCTGGAGGAACTACATTGCTGCCTGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTCTGGTTGTGAAACAGAACCTGGAGGAACTACATTGCTGCCTGT  499

seq1  TGGATAAAAGAAACCATTTCTTAAAAATATAACATTCTTTTAGAGTTTAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAAAAGAAACCATTTCTTAAAAATATAACATTCTTTTAGAGTTTAG  549

seq1  AAACTTAATGGGAGGAGGACTTTTTTAAATCTAAATTATAGAAACCTACG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAATGGGAGGAGGACTTTTTTAAATCTAAATTATAGAAACCTACG  599

seq1  TGTTAAAATGAGGACTTAGTGGATACAGAGCCCAGCATAGCCTGCTGTCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAATGAGGACTTAGTGGATACAGAGCCCAGCATAGCCTGCTGTCT  649

seq1  GTGGAGCAGCCACTGCTGGGCTCTGCTGCTGAGCATGGGGGGACATATGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCAGCCACTGCTGGGCTCTGCTGCTGAGCATGGGGGGACATATGG  699

seq1  GCAATTCACTTCTCAGAACTTGGCTCCTGACTTGAGCGTGAGCCTGACAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTCACTTCTCAGAACTTGGCTCCTGACTTGAGCGTGAGCCTGACAT  749

seq1  GCCACTTCTGTTTTCTCTTGAAATCAGGGATCATATTGTAACCAAACTGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTTCTGTTTTCTCTTGAAATCAGGGATCATATTGTAACCAAACTGC  799

seq1  ATTCCAATTAGCCATTTGTACCAACACTGGTGCAGGTTATTAACTGTAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAATTAGCCATTTGTACCAACACTGGTGCAGGTTATTAACTGTAAA  849

seq1  ATGGGGCTAGTACTGAGCCTTGAGTAATTGTGTAAGCCTCGGAAAGGCCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCTAGTACTGAGCCTTGAGTAATTGTGTAAGCCTCGGAAAGGCCA  899

seq1  GCTATTAGCCAGCATGGTACACACCTTATCCCAGCCCTAGAGAAGCTGAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTAGCCAGCATGGTACACACCTTATCCCAGCCCTAGAGAAGCTGAG  949

seq1  GAAGGTAGTGGATTTGAATTC  968
      |||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTAGTGGATTTGAATTC  970