BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231D05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 57,640,965 - 57,766,903
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArid3b, LOC665235, LOC677423, LOC100039509, Ubl7
Upstream geneOdf3l1, Cspg4, Sh3px3, Imp3, Snupn, Ptpn9, 2700012I20Rik, Sin3a, Man2c1, Neil1, Commd4, 1700041C23Rik, Trcg1, 1700017B05Rik, EG330948, Ppcdc, Scamp5, D9Wsu149, LOC620603, Rpp25, Cox5a, 2310046O06Rik, Mpi1, Scamp2, Ulk3, Cplx3, Lman1l, Csk, Cyp1a2, Cyp1a1, Edc3, Clk3
Downstream geneSema7a, Cyp11a1, 4930535E21Rik, Stra6, Islr, Islr2, LOC665268, Pml, Stoml1, Loxl1, Tbc1d21, 6030419C18Rik, Cd276, Nptn, 2410076I21Rik, Hcn4, Neo1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231D05.bB6Ng01-231D05.g
ACCGA043863GA043864
length9341,176
definitionB6Ng01-231D05.b B6Ng01-231D05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,640,965 - 57,641,898)(57,765,506 - 57,766,903)
sequence
gaattcaggatgtacaagctccagactgcctgcaggggagcaggcctggt
gtgagcaagcacaggtgtgagaagcagcaggtagctgatgaaggatagtg
gccttgaatctcaagactactcttaggatcctgggtaccacatgtcaaca
gtgaaagcctgcggcagacagggtcaagatagctgagtggcacactttca
tagtgctgggagcctcagctcctgaccctctgtatcctgagaggaaagga
ggttgcccacttcttcctcccacgatgacagaaggatactgagatgtggc
tgtaactcctagtttctgttctcttcaggtttcaacctaactccacatgt
cccaagccacatcatgagtggtaccaagagactggcaagccacatgagca
tggctacttctaggaacctgttcttttctggctgaactttggtgcttgta
gcagatgtctttgcaggtgatcaggagctatcctatccctagggaaactc
tggtttgaatgcaaggttttacaggcctgcatgtgactgttcaccagtca
catacctcatgccttggtaaaacaggtaaaacaggtagatgtcaccagcc
tgagcttgaagttcctgctcatcaaacggcgcttaacaagacttagctca
gcttactcccaagcctgtccctacacacatggactggccagggagtcagg
gttggggtctgttgcctttgtgaattctatgtttaacacctttgagagat
ctatctgatcttaacagatggaaacccaactacccaccaaaatactatgg
gcaaacagattatgaaaactggcaatgtccagggacaaggctggcctctg
cagcactcagattcactgctggcgtatttcatttaattttgacagggtct
cattctgtagtacagggtgggggaggagagagaa
gaattctcttcagtacataaaacaaagttccaacagagggggatcttgtc
acatgaaagaggttcttctgatcaacagcccactggagaaattctagact
tcttacatttgaaaagaaagaatgtataatcaagtcagtggcctcttatg
tagaaacttaaaataagtgtacgccaaggcatcttaacgatataacacta
tgctgacacaatatggtaagagaaagaaatagaacacaaagttggatgtg
cattctctggtaaaactatgcaaaatatgtcagtctgcatatggtccaag
gctggaaggagcaagataaaagaataacatgctcttagagggacaggccc
atgggtaattctttctttgttattttcttttgaatttttataatactttt
tagactcctttacttttctatcttttaattattattttatataataatta
ttttacataatttctctgcatgcctgtgtgccacatgagctcctgaccac
cagatgtcctagaactggaggtacagtttgttgtgagctacatgtgggtg
ctgggaactgaaccacagtactctggaagagcagaaagtgatattaacct
ctgagtcgcctctgcagctccagtaatattttttgattcataaaaagata
cacaaactgggctaggggaagcctgtgtccaacaacccgttaagccctgc
atctgatcctaagcaccactaatagacaaataagtaaatagcaaaccaca
ataaaaaaaggaatcccagtacagactaagcaagtgcaaggcacgtgaaa
gctctgaataaactttcaccatatgacaaatagcaacttctcttaggatt
tttggacactgtattctacatgcaggggtctaaactgcatttgcttacct
gactatcagcacctattttataggggaggaaatctgggaaggggatagga
acaagcagaagttcatcctggtccacacttcagcactattcctcagggta
tctaggtcatagcatccaacttcttatacactgctctcaagcaacgtgag
cttctatgcccggagtcagcgcagcacatgtcatcatgacatggaggctg
gctcttgaaaatagatacacaggttaattaactatccaggcattatttgg
aatctggctatgagcaggtcaaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_57640965_57641898
seq2: B6Ng01-231D05.b_48_980

seq1  GAATTCAGGATGTACAAGCTCCAGACTGCCTGCAGGGGAGCAGGCCTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGATGTACAAGCTCCAGACTGCCTGCAGGGGAGCAGGCCTGGT  50

seq1  GTGAGCAAGCACAGGTGTGAGAAGCAGCAGGTAGCTGATGAAGGATAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCAAGCACAGGTGTGAGAAGCAGCAGGTAGCTGATGAAGGATAGTG  100

seq1  GCCTTGAATCTCAAGACTACTCTTAGGATCCTGGGTACCACATGTCAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAATCTCAAGACTACTCTTAGGATCCTGGGTACCACATGTCAACA  150

seq1  GTGAAAGCCTGCGGCAGACAGGGTCAAGATAGCTGAGTGGCACACTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGCCTGCGGCAGACAGGGTCAAGATAGCTGAGTGGCACACTTTCA  200

seq1  TAGTGCTGGGAGCCTCAGCTCCTGACCCTCTGTATCCTGAGAGGAAAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTGGGAGCCTCAGCTCCTGACCCTCTGTATCCTGAGAGGAAAGGA  250

seq1  GGTTGCCCACTTCTTCCTCCCACGATGACAGAAGGATACTGAGATGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCCCACTTCTTCCTCCCACGATGACAGAAGGATACTGAGATGTGGC  300

seq1  TGTAACTCCTAGTTTCTGTTCTCTTCAGGTTTCAACCTAACTCCACATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTCCTAGTTTCTGTTCTCTTCAGGTTTCAACCTAACTCCACATGT  350

seq1  CCCAAGCCACATCATGAGTGGTACCAAGAGACTGGCAAGCCACATGAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCCACATCATGAGTGGTACCAAGAGACTGGCAAGCCACATGAGCA  400

seq1  TGGCTACTTCTAGGAACCTGTTCTTTTCTGGCTGAACTTTGGTGCTTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACTTCTAGGAACCTGTTCTTTTCTGGCTGAACTTTGGTGCTTGTA  450

seq1  GCAGATGTCTTTGCAGGTGATCAGGAGCTATCCTATCCCTAGGGAAACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGTCTTTGCAGGTGATCAGGAGCTATCCTATCCCTAGGGAAACTC  500

seq1  TGGTTTGAATGCAAGGTTTTACAGGCCTGCATGTGACTGTTCACCAGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGAATGCAAGGTTTTACAGGCCTGCATGTGACTGTTCACCAGTCA  550

seq1  CATACCTCATGCCTTGGTAAAACAGGTAAAACAGGTAGATGTCACCAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTCATGCCTTGGTAAAACAGGTAAAACAGGTAGATGTCACCAGCC  600

seq1  TGAGCTTGAAGTTCCTGCTCATCAAACGGCGCTTAACAAGACTTAGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTGAAGTTCCTGCTCATCAAACGGCGCTTAACAAGACTTAGCTCA  650

seq1  GCTTACTCCCAAGCCTGTCCCTACACACATGGACTGGCCAGGGAGTCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACTCCCAAGCCTGTCCCTACACACATGGACTGGCCAGGGAGTCAGG  700

seq1  GTTGGGGTCTGTTGCCTTTGTGAATTCTATGTTTAACACCTTTGAGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGTCTGTTGCCTTTGTGAATTCTATGTTTAACACCTTTGAGAGAT  750

seq1  CTATCTGATCTTAACAGATGGAAACCCAACTACCCACCAAAATACTATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGATCTTAACAGATGGAAACCCAACTACCCACCAAAATACTATGG  800

seq1  GCAAACAGATTATGAAAACTGGCAATGTCCAGGGACAAGGCTGGCCTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACAGATTATGAAAACTGGCAATGTCCAGGGACAAGGCTGGCCTCTG  850

seq1  CAGCACTCAGATTCACTGCTGGCGTATTTCATTTAATTTTGACAGGGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTCAGATTCACTGCTGGCGTATTTCATTTAATTTTGACAGGGTCT  900

seq1  CATTCTGTAGTACAGGGGTGGGGGAGGAGAGAGA  934
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGTAGTACA-GGGTGGGGGAGGAGAGAGA  933

seq1: chr9_57765506_57766903
seq2: B6Ng01-231D05.g_68_1243 (reverse)

seq1  TTCCTTGACCTTACTTCCCTAGTCATTACTGCAATTCTTTCCTGGGATGT  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TCTTACAGGCATCAGTATCTCTGCCCAGGGCCTCAATATGGTATTTTATA  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ATTGTGTGCTTGTTTTAGTTTCATTTCTCCTATTGCCCCAAGAGTTTTTA  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ATGGGAAGGACTCTTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TGTGTGATTTGCCTTTCTTGTGACTTGCTCATAGCAAGATTCAAAATAAA  250
                    ||| | |||| |||||||||| |||||| |||| ||
seq2  --------------TTCCT-TGACCTGCTCATAGCCAGATTCCAAAT-AA  34

seq1  TGCTTGGTTAGGTAATTTACTTGTGGTATCTATTTTCAAAGGAGCCAGCC  300
      ||| ||| ||| ||||| || ||| ||||||||||||||  |||||||||
seq2  TGCCTGGATAGTTAATTAACCTGT-GTATCTATTTTCAA--GAGCCAGCC  81

seq1  CTCATGGTCATGATGACATGGTTGCTGCGCTGACCTCCGGGCATAG-AGC  349
        ||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TCCAT-GTCATGATGACATG--TGCTGCGCTGA-CTCCGGGCATAGAAGC  127

seq1  TCACGTTGCTTTGAGAGCAGTGTATA--GAGTTGGATGCTATGACCTAGA  397
      ||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTTGC-TTGAGAGCAGTGTATAAGAAGTTGGATGCTATGACCTAGA  176

seq1  TTACCCTGAGG-ATAGTGCTGAAGTGTGGACCAGGATGAACTTCCTGCTT  446
       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  -TACCCTGAGGAATAGTGCTGAAGTGTGGACCAGGATGAACTT-CTGCTT  224

seq1  GTTCCTATCCCCTTCCCAGATTTCCTCCCCTATAAAATAGGTGCTGATAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTATCCCCTTCCCAGATTTCCTCCCCTATAAAATAGGTGCTGATAG  274

seq1  TCAGGTAAGCAAATGCAGTTTAGACCCCTGCATGTAGAATACAGTGTCCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTAAGCAAATGCAGTTTAGACCCCTGCATGTAGAATACAGTGTCCA  324

seq1  AAAATCCTAAGAGAAGTTGCTATTTGTCATATGGTGAAAGTTTATTCAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTAAGAGAAGTTGCTATTTGTCATATGGTGAAAGTTTATTCAGA  374

seq1  GCTTTCACGTGCCTTGCACTTGCTTAGTCTGTACTGGGATTCCTTTTTTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCACGTGCCTTGCACTTGCTTAGTCTGTACTGGGATTCCTTTTTTT  424

seq1  ATTGTGGTTTGCTATTTACTTATTTGTCTATTAGTGGTGCTTAGGATCAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGTTTGCTATTTACTTATTTGTCTATTAGTGGTGCTTAGGATCAG  474

seq1  ATGCAGGGCTTAACGGGTTGTTGGACACAGGCTTCCCCTAGCCCAGTTTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGGCTTAACGGGTTGTTGGACACAGGCTTCCCCTAGCCCAGTTTG  524

seq1  TGTATCTTTTTATGAATCAAAAAATATTACTGGAGCTGCAGAGGCGACTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTTTTTATGAATCAAAAAATATTACTGGAGCTGCAGAGGCGACTC  574

seq1  AGAGGTTAATATCACTTTCTGCTCTTCCAGAGTACTGTGGTTCAGTTCCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTAATATCACTTTCTGCTCTTCCAGAGTACTGTGGTTCAGTTCCC  624

seq1  AGCACCCACATGTAGCTCACAACAAACTGTACCTCCAGTTCTAGGACATC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCACATGTAGCTCACAACAAACTGTACCTCCAGTTCTAGGACATC  674

seq1  TGGTGGTCAGGAGCTCATGTGGCACACAGGCATGCAGAGAAATTATGTAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTCAGGAGCTCATGTGGCACACAGGCATGCAGAGAAATTATGTAA  724

seq1  AATAATTATTATATAAAATAATAATTAAAAGATAGAAAAGTAAAGGAGTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTATTATATAAAATAATAATTAAAAGATAGAAAAGTAAAGGAGTC  774

seq1  TAAAAAGTATTATAAAAATTCAAAAGAAAATAACAAAGAAAGAATTACCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTATTATAAAAATTCAAAAGAAAATAACAAAGAAAGAATTACCC  824

seq1  ATGGGCCTGTCCCTCTAAGAGCATGTTATTCTTTTATCTTGCTCCTTCCA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCTGTCCCTCTAAGAGCATGTTATTCTTTTATCTTGCTCCTTCCA  874

seq1  GCCTTGGACCATATGCAGACTGACATATTTTGCATAGTTTTACCAGAGAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGACCATATGCAGACTGACATATTTTGCATAGTTTTACCAGAGAA  924

seq1  TGCACATCCAACTTTGTGTTCTATTTCTTTCTCTTACCATATTGTGTCAG  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATCCAACTTTGTGTTCTATTTCTTTCTCTTACCATATTGTGTCAG  974

seq1  CATAGTGTTATATCGTTAAGATGCCTTGGCGTACACTTATTTTAAGTTTC  1246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGTTATATCGTTAAGATGCCTTGGCGTACACTTATTTTAAGTTTC  1024

seq1  TACATAAGAGGCCACTGACTTGATTATACATTCTTTCTTTTCAAATGTAA  1296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAGAGGCCACTGACTTGATTATACATTCTTTCTTTTCAAATGTAA  1074

seq1  GAAGTCTAGAATTTCTCCAGTGGGCTGTTGATCAGAAGAACCTCTTTCAT  1346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTAGAATTTCTCCAGTGGGCTGTTGATCAGAAGAACCTCTTTCAT  1124

seq1  GTGACAAGATCCCCCTCTGTTGGAACTTTGTTTTATGTACTGAAGAGAAT  1396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAGATCCCCCTCTGTTGGAACTTTGTTTTATGTACTGAAGAGAAT  1174

seq1  TC  1398
      ||
seq2  TC  1176