BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232I11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 90,768,879 - 90,951,165
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRasgrf1, Ctsh, Morf4l1, LOC621414, Adamts7, Tbc1d2b, LOC100039777, LOC100039925
Downstream geneEG434428, LOC621576, Zic1, Zic4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232I11.bB6Ng01-232I11.g
ACCGA044842GA044843
length418938
definitionB6Ng01-232I11.b B6Ng01-232I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,768,879 - 90,769,302)(90,950,596 - 90,951,165)
sequence
agtggtaagcttctgagatgataattacatctgctaaataaaagttattt
ttacagtacactcagaattttggggattagttggggtctgtattgaaagt
caaatttagaagaaacaaaccataggaaatattaacaaccattaagtaaa
tgatatacagttgagctgaagaggaagtagggcttagtaccaaaatatct
ttatattgggagactgtcagggttaaagttatggtaaccaattgtttgaa
aagcagaggaagctttttactgttgattctagaatgttctatgaaccaac
aattccacataattagtgttgagatgacttttatttatatgtctttgttt
acatgatctacatagctttctgttccactgtgtgtgtgtatgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattcttcatttaacagataattcttcatttaaagcatcagctcaatgt
atatgtccatatagatgccatgattaaaaaatgacaatttgtccccaaga
atctgatattgtaggggtgggagacagaaagttgatattaataagcagtg
aaacaagttgaagatcatttcagaatgagtcaatgtttgtgttttatgag
tccatcacatgctacagctctgctgagatgtgctgactactactcatatc
ttcatgcactccttttctttagtagaggacacttgagttttagctgctca
catagccacccagccaaggtgaccttcctgccctttcttacaactggtga
ttgagctgtggctactggcattcatgagaaaattatgtttgaatctgagt
attaattcctcttgtcttttctccttccccagtgtctaaaaagtgaatat
ggtgatgtaaatgtcacagttgtcctatacctcaaaatagacactacatc
ttgaagctggctctacaactggcttgaagatagctgagttcctgatgaca
agggaaagcagcaatagccttggaccacggatattccgattgatatctga
aaactaaacaaacttggtatttaattcactgctgctttgccctttgttgt
tggaaccagccaattatatgctcaagtgaatagaagcagcacatgaaagc
tgctagaaataagtgggccatcatgagattttatggacaaatactattct
tattaagagtccaggaagagaaaaggccttcaaatggactgagcaatcac
agccagaaagtgaatgggaagggaggtggtaagcgaggagtgtgtgattt
tgcttgacattaagagattcacaggggactaactctcactgagtctctca
aggtcatgtagcctatgttaaggacttttgattttcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_90768879_90769302
seq2: B6Ng01-232I11.b_44_467

seq1  GAATTCAGTGGTAAGCTTCTGAGATGATAATTACATCTGCTAAATAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGGTAAGCTTCTGAGATGATAATTACATCTGCTAAATAAAAG  50

seq1  TTATTTTTACAGTACACTCAGAATTTTGGGGATTAGTTGGGGTCTGTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTACAGTACACTCAGAATTTTGGGGATTAGTTGGGGTCTGTATT  100

seq1  GAAAGTCAAATTTAGAAGAAACAAACCATAGGAAATATTAACAACCATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCAAATTTAGAAGAAACAAACCATAGGAAATATTAACAACCATTA  150

seq1  AGTAAATGATATACAGTTGAGCTGAAGAGGAAGTAGGGCTTAGTACCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATGATATACAGTTGAGCTGAAGAGGAAGTAGGGCTTAGTACCAAA  200

seq1  ATATCTTTATATTGGGAGACTGTCAGGGTTAAAGTTATGGTAACCAATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTTATATTGGGAGACTGTCAGGGTTAAAGTTATGGTAACCAATTG  250

seq1  TTTGAAAAGCAGAGGAAGCTTTTTACTGTTGATTCTAGAATGTTCTATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAGCAGAGGAAGCTTTTTACTGTTGATTCTAGAATGTTCTATGA  300

seq1  ACCAACAATTCCACATAATTAGTGTTGAGATGACTTTTATTTATATGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAATTCCACATAATTAGTGTTGAGATGACTTTTATTTATATGTCT  350

seq1  TTGTTTACATGATCTACATAGCTTTCTGTTCCACTGTGTGTGTGTATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTACATGATCTACATAGCTTTCTGTTCCACTGTGTGTGTGTATGTG  400

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  424
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  424

seq1: chr9_90950596_90951165
seq2: B6Ng01-232I11.g_67_636 (reverse)

seq1  AGGCTATTGCTGCTTTCCCTTGTCATCAGGAACTCAGCTATCTTCAAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTATTGCTGCTTTCCCTTGTCATCAGGAACTCAGCTATCTTCAAGCC  50

seq1  AGTTGTAGAGCCAGCTTCAAGATGTAGTGTCTATTTTGAGGTATAGGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTAGAGCCAGCTTCAAGATGTAGTGTCTATTTTGAGGTATAGGACA  100

seq1  ACTGTGACATTTACATCACCATATTCACTTTTTAGACACTGGGGAAGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGACATTTACATCACCATATTCACTTTTTAGACACTGGGGAAGGAG  150

seq1  AAAAGACAAGAGGAATTAATACTCAGATTCAAACATAATTTTCTCATGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACAAGAGGAATTAATACTCAGATTCAAACATAATTTTCTCATGAA  200

seq1  TGCCAGTAGCCACAGCTCAATCACCAGTTGTAAGAAAGGGCAGGAAGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTAGCCACAGCTCAATCACCAGTTGTAAGAAAGGGCAGGAAGGTC  250

seq1  ACCTTGGCTGGGTGGCTATGTGAGCAGCTAAAACTCAAGTGTCCTCTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGCTGGGTGGCTATGTGAGCAGCTAAAACTCAAGTGTCCTCTACT  300

seq1  AAAGAAAAGGAGTGCATGAAGATATGAGTAGTAGTCAGCACATCTCAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAGGAGTGCATGAAGATATGAGTAGTAGTCAGCACATCTCAGCA  350

seq1  GAGCTGTAGCATGTGATGGACTCATAAAACACAAACATTGACTCATTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTAGCATGTGATGGACTCATAAAACACAAACATTGACTCATTCTG  400

seq1  AAATGATCTTCAACTTGTTTCACTGCTTATTAATATCAACTTTCTGTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATCTTCAACTTGTTTCACTGCTTATTAATATCAACTTTCTGTCTC  450

seq1  CCACCCCTACAATATCAGATTCTTGGGGACAAATTGTCATTTTTTAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCTACAATATCAGATTCTTGGGGACAAATTGTCATTTTTTAATCA  500

seq1  TGGCATCTATATGGACATATACATTGAGCTGATGCTTTAAATGAAGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCTATATGGACATATACATTGAGCTGATGCTTTAAATGAAGAATT  550

seq1  ATCTGTTAAATGAAGAATTC  570
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTAAATGAAGAATTC  570