BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233B21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 56,054,717 - 56,195,208
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC230081A13Rik
Upstream geneUbe2q2, Fbxo22, Nrg4, AI118078, Etfa, LOC546133, Isl2, Zfp291, LOC664980, 4930563M21Rik, LOC664995, LOC665005, Rcn2, Pstpip1, Tspan3
Downstream geneHmg20a, LOC100039535, LOC100039549, LOC640537, Lingo1, Odf3l1, Cspg4, Sh3px3, Imp3, Snupn, Ptpn9, 2700012I20Rik, Sin3a, Man2c1, Neil1, Commd4, 1700041C23Rik, Trcg1, 1700017B05Rik, EG330948
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233B21.bB6Ng01-233B21.g
ACCGA045268GA045269
length1,0841,103
definitionB6Ng01-233B21.b B6Ng01-233B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,194,123 - 56,195,208)(56,054,717 - 56,055,813)
sequence
gaattcccataaagtccaacagaagttaggcttgaaatacttgaaagcta
ttgattccatcttttttttttttttacattaaaacataatgggactgtaa
gggaactctaggaatgatccccttagggaattttgtcgttgatatttatg
gtcatggtgtccctcttgtgcgtctgtggcctggtcaggctgttgtcaca
agtccaggtcaccagagcagggatccttaatagattatcagaaccctcac
catcctctctccaatgcccctctagagagggtctggaccgccaccctgca
gtgaagttattctgaaacccactgtaacagagccaccacctcgctacaat
ctcaagcctgagaatcttgctggtgagctgcgaggcacccacatccacat
cttttgaactacttcactcacctgcctcctggatcaagtctaggactccc
agagttctggaatgactaccattctgctatgtctctgatccttcttagac
taacttcctgcttttttctgcccctgtcctccccaatttctttttgtcct
gagggctgagtcaaatccataattgctgtcccaactctaatttacaggtt
gtgcaggaagaagattttaggagttagggtagctgccatgcgtgggatgc
agagctcgggggctggagaagtgtgagtttggctgacagcttgctctgcc
atagcacaggagcacttctgtacccatagatcggagctcaagcggcatgg
actccgatcctcctcctggctgtgcccgtacagagaggaccctattgtgc
ctccacagtatgtgtactcatttacagtttcactgagggcctgagttgcc
tctggctgtgaagagatagtggagatgagctctgggagaaaaggggacat
tgtgcaaaactgccaccattggtgactgagtgcattcattgttcagcctg
agagtactgtgcattcaggtgcaaatgctttgactttcagttccagacgc
ctggtggactgcaacttccggtacccatcctcactctgctttgtgtttct
ctgcagacaggcttgtcagcatgttactagtagg
gaattcatcacacttcttatactgggtggccgtgatgatctctggggcaa
ggcgggactggtctcggaggatctgggggtccaccaggtggctcttctgc
ttggcctgagagaagttactcacaatgagccttgtaggacaagctaaggt
ggggcaagggtctgcaggagaagggccctgggcagctcccccaggttggt
gctggacaagcagcaagttctccaggcgaagatcgcagtgcgtgacgtgg
tagggcttgaggtgctcaagcccagagcacagctgtaagagcagcagaca
cacttgcctctcatacaagtcagggctgttcccatgatgggccaaagaat
ctcgcacgaagtcggccacagtgagatggggaacctccctggtgatgacc
acaacgtggcttctttgtttcctgtttgtgactcgttggttctctttctg
ggatggctctgtttcagagcagggctcaggatttccccccaaagtttctg
ccttcccctcttcttcgctgtcttcagtgccatcctctgccttttcagga
gcatcaggatcctcccagggaagcagacgactagggacttcagcaaggaa
atggccacaatcctgctggatgttaaaatgcacaggcagactctgccgga
cagccaggctatggtaatactgctgagactccttagctttgctcttgcag
atctgaaagagagcaggaggcacacttagacttcccataagcagacacac
gaggtgcagaggatgattaactgcaaggtgactcattaggaacacagtaa
gtcttcagaaagggtctgggcagccagcctataagtgactacccgttttc
ttcatggaccccacattcaaggctacgctcagtgccttatgtgcaccacc
tctagtctgcactcagtgccttatgtgcaccacctctagtctgcactcag
tgccttatgcgcacacctccagctttcatacaagctccttagactggtgg
gctcactaacggagctgggaaaggtgattgttacgcattgctgagatggt
acttgactcctaggcttcttcatcagttaacaaattcaacctcagatgaa
tta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_56194123_56195208
seq2: B6Ng01-233B21.b_46_1129 (reverse)

seq1  CCTACTAGTTACATGCTGACCAAGCCCTGGTCTGCCAGAG-AACACAAAG  49
      ||||||||| ||||||||| ||||||   ||||| ||||| |||||||||
seq2  CCTACTAGTAACATGCTGA-CAAGCC--TGTCTG-CAGAGAAACACAAAG  46

seq1  CAGAGTGAGGATGGGGTACGGGAGTTGCAGTCCA-CAGGCGTCTGGGAAC  98
      |||||||||||||||   ||| |||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  CAGAGTGAGGATGGGTACCGGAAGTTGCAGTCCACCAGGCGTCT-GGAAC  95

seq1  TGAAGGTCAAAGCATTTGCACCCTGGATGCACAGTACTCTCAGGCTGAAC  148
      |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTCAAAGCATTTGCA-CCTGAATGCACAGTACTCTCAGGCTGAAC  144

seq1  AATGAATGCACTCAGTCACCAATGGTGGCAGTTTTGCACAATGTCCCC-T  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATGAATGCACTCAGTCACCAATGGTGGCAGTTTTGCACAATGTCCCCTT  194

seq1  TTCTCCCAGAGCTCATCTCCACTATCTCTTCACAGCCAGAGGCAACTCAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCAGAGCTCATCTCCACTATCTCTTCACAGCCAGAGGCAACTCAG  244

seq1  GCCCTCAGTGAAACTGT-AATGAGTACACATACTGTGGAGGCACAATAGG  296
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCAGTGAAACTGTAAATGAGTACACATACTGTGGAGGCACAATAGG  294

seq1  GTCCTCTCTGTACGGGCACAGCCAGGAGGAGGATCGGAGTCCATGCCGCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTCTGTACGGGCACAGCCAGGAGGAGGATCGGAGTCCATGCCGCT  344

seq1  TGAGCTCCGATCTATGGGTACAGAAGTGCTCCTGTGCTATGGCAGAGCAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCCGATCTATGGGTACAGAAGTGCTCCTGTGCTATGGCAGAGCAA  394

seq1  GCTGTCAGCCAAACTCACACTTCTCCAGCCCCCGAGCTCTGCATCCCACG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCAGCCAAACTCACACTTCTCCAGCCCCCGAGCTCTGCATCCCACG  444

seq1  CATGGCAGCTACCCTAACTCCTAAAATCTTCTTCCTGCACAACCTGTAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGCTACCCTAACTCCTAAAATCTTCTTCCTGCACAACCTGTAAA  494

seq1  TTAGAGTTGGGACAGCAATTATGGATTTGACTCAGCCCTCAGGACAAAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTTGGGACAGCAATTATGGATTTGACTCAGCCCTCAGGACAAAAA  544

seq1  GAAATTGGGGAGGACAGGGGCAGAAAAAAGCAGGAAGTTAGTCTAAGAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGGGGAGGACAGGGGCAGAAAAAAGCAGGAAGTTAGTCTAAGAAG  594

seq1  GATCAGAGACATAGCAGAATGGTAGTCATTCCAGAACTCTGGGAGTCCTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGAGACATAGCAGAATGGTAGTCATTCCAGAACTCTGGGAGTCCTA  644

seq1  GACTTGATCCAGGAGGCAGGTGAGTGAAGTAGTTCAAAAGATGTGGATGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGATCCAGGAGGCAGGTGAGTGAAGTAGTTCAAAAGATGTGGATGT  694

seq1  GGGTGCCTCGCAGCTCACCAGCAAGATTCTCAGGCTTGAGATTGTAGCGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCCTCGCAGCTCACCAGCAAGATTCTCAGGCTTGAGATTGTAGCGA  744

seq1  GGTGGTGGCTCTGTTACAGTGGGTTTCAGAATAACTTCACTGCAGGGTGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGCTCTGTTACAGTGGGTTTCAGAATAACTTCACTGCAGGGTGG  794

seq1  CGGTCCAGACCCTCTCTAGAGGGGCATTGGAGAGAGGATGGTGAGGGTTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCCAGACCCTCTCTAGAGGGGCATTGGAGAGAGGATGGTGAGGGTTC  844

seq1  TGATAATCTATTAAGGATCCCTGCTCTGGTGACCTGGACTTGTGACAACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATCTATTAAGGATCCCTGCTCTGGTGACCTGGACTTGTGACAACA  894

seq1  GCCTGACCAGGCCACAGACGCACAAGAGGGACACCATGACCATAAATATC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACCAGGCCACAGACGCACAAGAGGGACACCATGACCATAAATATC  944

seq1  AACGACAAAATTCCCTAAGGGGATCATTCCTAGAGTTCCCTTACAGTCCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGACAAAATTCCCTAAGGGGATCATTCCTAGAGTTCCCTTACAGTCCC  994

seq1  ATTATGTTTTAATGTAAAAAAAAAAAAAAGATGGAATCAATAGCTTTCAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTTTTAATGTAAAAAAAAAAAAAAGATGGAATCAATAGCTTTCAA  1044

seq1  GTATTTCAAGCCTAACTTCTGTTGGACTTTATGGGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCAAGCCTAACTTCTGTTGGACTTTATGGGAATTC  1084

seq1: chr9_56054717_56055813
seq2: B6Ng01-233B21.g_67_1169

seq1  GAATTCATCACACTTCTTATACTGGGTGGCCGTGATGATCTCTGGGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACACTTCTTATACTGGGTGGCCGTGATGATCTCTGGGGCAA  50

seq1  GGCGGGACTGGTCTCGGAGGATCTGGGGGTCCACCAGGTGGCTCTTCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGGACTGGTCTCGGAGGATCTGGGGGTCCACCAGGTGGCTCTTCTGC  100

seq1  TTGGCCTGAGAGAAGTTACTCACAATGAGCCTTGTAGGACAAGCTAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTGAGAGAAGTTACTCACAATGAGCCTTGTAGGACAAGCTAAGGT  150

seq1  GGGGCAAGGGTCTGCAGGAGAAGGGCCCTGGGCAGCTCCCCCAGGTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAAGGGTCTGCAGGAGAAGGGCCCTGGGCAGCTCCCCCAGGTTGGT  200

seq1  GCTGGACAAGCAGCAAGTTCTCCAGGCGAAGATCGCAGTGCGTGACGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACAAGCAGCAAGTTCTCCAGGCGAAGATCGCAGTGCGTGACGTGG  250

seq1  TAGGGCTTGAGGTGCTCAAGCCCAGAGCACAGCTGTAAGAGCAGCAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCTTGAGGTGCTCAAGCCCAGAGCACAGCTGTAAGAGCAGCAGACA  300

seq1  CACTTGCCTCTCATACAAGTCAGGGCTGTTCCCATGATGGGCCAAAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCCTCTCATACAAGTCAGGGCTGTTCCCATGATGGGCCAAAGAAT  350

seq1  CTCGCACGAAGTCGGCCACAGTGAGATGGGGAACCTCCCTGGTGATGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCACGAAGTCGGCCACAGTGAGATGGGGAACCTCCCTGGTGATGACC  400

seq1  ACAACGTGGCTTCTTTGTTTCCTGTTTGTGACTCGTTGGTTCTCTTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACGTGGCTTCTTTGTTTCCTGTTTGTGACTCGTTGGTTCTCTTTCTG  450

seq1  GGATGGCTCTGTTTCAGAGCAGGGCTCAGGATTTCCCCCCAAAGTTTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCTCTGTTTCAGAGCAGGGCTCAGGATTTCCCCCCAAAGTTTCTG  500

seq1  CCTTCCCCTCTTCTTCGCTGTCTTCAGTGCCATCCTCTGCCTTTTCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCCTCTTCTTCGCTGTCTTCAGTGCCATCCTCTGCCTTTTCAGGA  550

seq1  GCATCAGGATCCTCCCAGGGAAGCAGACGACTAGGGACTTCAGCAAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGGATCCTCCCAGGGAAGCAGACGACTAGGGACTTCAGCAAGGAA  600

seq1  ATGGCCACAATCCTGCTGGATGTTAAAATGCACAGGCAGACTCTGCCGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCACAATCCTGCTGGATGTTAAAATGCACAGGCAGACTCTGCCGGA  650

seq1  CAGCCAGGCTATGGTAATACTGCTGAGACTCCTTAGCTTTGCTCTTGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGCTATGGTAATACTGCTGAGACTCCTTAGCTTTGCTCTTGCAG  700

seq1  ATCTGAAAGAGAGCAGGAGGCACACTTAGACTTCCCATAAGCAGACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAAGAGAGCAGGAGGCACACTTAGACTTCCCATAAGCAGACACAC  750

seq1  GAGGTGCAGAGGATGATTAACTGCAAGGTGACTCATTAGGAACACAGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGCAGAGGATGATTAACTGCAAGGTGACTCATTAGGAACACAGTAA  800

seq1  GTCTTCAGAAAGGGTCTGGGCAGCCAGCCTATAAGTGACTA-CCGTTT--  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  
seq2  GTCTTCAGAAAGGGTCTGGGCAGCCAGCCTATAAGTGACTACCCGTTTTC  850

seq1  CTCATGGA-CCCACATTCAAGGCTACGCTCAGTGCCTTATGTGCACCACC  896
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGACCCCACATTCAAGGCTACGCTCAGTGCCTTATGTGCACCACC  900

seq1  TCTAGTCTGCACTCAGTGCCTTATGTGCACCACCTCTAGTCTGCACTCAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTCTGCACTCAGTGCCTTATGTGCACCACCTCTAGTCTGCACTCAG  950

seq1  TGCCTTATGCGCACCACCTCCAGCTTTCATACAAGCCCCTTAGACT-GTG  995
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TGCCTTATGCGCA-CACCTCCAGCTTTCATACAAGCTCCTTAGACTGGTG  999

seq1  GGCTCCAACTAACGGAGCTGGAAAAGTGGAT--GTACGCA-TGCTGAAGA  1042
      |||||  |||||||||||||| ||||  |||   |||||| ||||||   
seq2  GGCTC--ACTAACGGAGCTGGGAAAGGTGATTGTTACGCATTGCTGA--G  1045

seq1  ATGGAACTTGACCCCTAAGCT--CTCATCAGTT-ACAAAATCAACTCAAG  1089
      |||| ||||||| |||| |||   ||||||||| ||||| |||||   ||
seq2  ATGGTACTTGACTCCTAGGCTTCTTCATCAGTTAACAAATTCAACCTCAG  1095

seq1  ATGAATTA  1097
      ||||||||
seq2  ATGAATTA  1103