BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233G20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 99,199,570 - 99,340,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCep70, D9Ertd280e, Mras
Upstream geneLOC667298, Nmnat3, Rbp1, Rbp2, 4930579K19Rik, Copb2, Mrps22, EG623166, EG623186, 2410012M07Rik, LOC546155, LOC100040370, 7420426K07Rik, LOC100040380, LOC667347, Foxl2os, Foxl2, Faim, Gm1123, Pik3cb, LOC100040442, LOC100040757, EG623459
Downstream geneLOC623534, Armc8, Dbr1, A4gnt, Dzip1l, Cldn18, EG667429, Sox14, LOC667456, 4930519F24Rik, LOC100040590
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233G20.bB6Ng01-233G20.g
ACCGA045490GA045491
length8761,168
definitionB6Ng01-233G20.b B6Ng01-233G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,340,072 - 99,340,942)(99,199,570 - 99,200,728)
sequence
gaattctctgtcattccttccctgcccctccctccaggatcctggtgcta
tgattgttagatatttgagtgtgtcctgtgtaacctctgggctgtgatca
cttgggcttctttttctctctctgtgctttagtttccatgtcatcctcag
attgcatcaagcctctacacaactgtgctcagtctcccattaaactgacc
taatgcaaccttgattttagttacaatttttaatttttatatattttgaa
cccttttgtatatttcactttcctccgtgtattaatcatccgtgtggata
gttagagtcgttgttgcatggcacagtgtgcttgcagatttccatgggca
gatgtgatcgctgcccagattgtagtacatgtctgacactgtttctcact
tggttctctcttgtcctcctgtctcagccagacctactgccccaactgct
aacacactatcagctagttttattatttaagattttattttatgttaact
tcatgtgcttggtagggtatacatatatattatatgttatattacacatt
acacattatatatacatatatacacacacacctgtatacacacacacata
tacatatacacatacacatatacatacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacatatatatggaagccaaaagaggatgtcaga
ttccctagagttataggtggttgttaggtggatgtgcgtgcaggggattg
aattttggttcctctgtgggctaagtgggattgtaccctgaaacctcctc
acatctagaggaaaggctggttaagtggctgtgatccccctcccccggag
gtcatacagccatctattatctccag
gaattctggctcagggtcactgaagtctgataccttaggagaaaaatcaa
tctccgaaagaaccggaactgctgtgtccggaagttcatacaggataggc
tgtgtccctgaggcttgttctaaggtgtcccacacctcttactggacaaa
tctccccaaagaaggctgagaacactctgagactagaagaatcaggaagg
agcactgtctgtgagacctgcaaaagagatgcatgtcttcaatgtctaat
gggactcatgttggcttgcccatgtagctgtacagagatttaaagagaga
caaaggcatcataaacacagccaactggatgtgttactaagcctgtgtct
ggtaagattaatgccagtcaatgggggcgctgcagattccctgtgaatcc
cctgtgggaggcagtggtagtctgcagccaacctgggagagaaccctgtg
cacaactgagcacgcagctactgctgcccttgtgtgtgaaggcggcttct
gcggagagcgtctcacatctctgagctttgcactggaaacatcgctccct
ttctaattcctccttttcctgttacagagattgatgacctggatgccatc
gtacctgcagtaaagaaattaaagatcctttcatactgaaaacaaaccag
gtcaacttcactgtgtaaactgcattcgtaacattctaagcatttgtaaa
ggtctgatcctgagacaaggctgtacacaatcagctctcagaattcatcc
tctcaccccggggtctgctcaacccatataatttttatttttgattattt
aataaaatgtagctgttaagttattaaaatagtgagttaacttttagatt
cccttaatcgtttcctaagcaatgcttgagtgctgtaaaatgtaaggaag
agattgtgggtaacaaaagataacatttgcaaagtacagaaagtcgcagt
taacttcaaaggttttaatgacctttggtcagagaaaaaagaaatgccag
ttgctttctaagcccaaacggataggaagcctctgttcctccagcaggat
tagtgggcaatattctaattaagaaaaacctacagcctatgcctggtcaa
gacaagaaaggaaagtttgtctttgtcattaaagatagagttagtcatgc
atgaaatagatgattagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_99340072_99340942
seq2: B6Ng01-233G20.b_49_924 (reverse)

seq1  CTGGAGATAAT-GATGGCTGTATGGACCTCCGGGGGA-GGGGATCACAG-  47
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  CTGGAGATAATAGATGGCTGTAT-GACCTCCGGGGGAGGGGGATCACAGC  49

seq1  CACTTAACCAGCC-TTCCTCTAGATGTGAGGAGGTTTCA-GGTACAATCC  95
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CACTTAACCAGCCTTTCCTCTAGATGTGAGGAGGTTTCAGGGTACAATCC  99

seq1  CACTTAGCCCACAGAGGAACC-AAATTCAATCCCCTGCACGCACATCCAC  144
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGCCCACAGAGGAACCAAAATTCAATCCCCTGCACGCACATCCAC  149

seq1  CTAACAACCACCTATAACTCTAGGGAATCTGACATCCTCTTTTGGCTTCC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAACCACCTATAACTCTAGGGAATCTGACATCCTCTTTTGGCTTCC  199

seq1  ATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  249

seq1  GTATGTATATGTGTATGTGTATATGTATATGTGTGTGTGTATACAGGTGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATATGTGTATGTGTATATGTATATGTGTGTGTGTATACAGGTGT  299

seq1  GTGTGTATATATGTATATATAATGTGTAATGTGTAATATAACATATAATA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATATATGTATATATAATGTGTAATGTGTAATATAACATATAATA  349

seq1  TATATGTATACCCTACCAAGCACATGAAGTTAACATAAAATAAAATCTTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTATACCCTACCAAGCACATGAAGTTAACATAAAATAAAATCTTA  399

seq1  AATAATAAAACTAGCTGATAGTGTGTTAGCAGTTGGGGCAGTAGGTCTGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAAAACTAGCTGATAGTGTGTTAGCAGTTGGGGCAGTAGGTCTGG  449

seq1  CTGAGACAGGAGGACAAGAGAGAACCAAGTGAGAAACAGTGTCAGACATG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACAGGAGGACAAGAGAGAACCAAGTGAGAAACAGTGTCAGACATG  499

seq1  TACTACAATCTGGGCAGCGATCACATCTGCCCATGGAAATCTGCAAGCAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACAATCTGGGCAGCGATCACATCTGCCCATGGAAATCTGCAAGCAC  549

seq1  ACTGTGCCATGCAACAACGACTCTAACTATCCACACGGATGATTAATACA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCCATGCAACAACGACTCTAACTATCCACACGGATGATTAATACA  599

seq1  CGGAGGAAAGTGAAATATACAAAAGGGTTCAAAATATATAAAAATTAAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGAAAGTGAAATATACAAAAGGGTTCAAAATATATAAAAATTAAAA  649

seq1  ATTGTAACTAAAATCAAGGTTGCATTAGGTCAGTTTAATGGGAGACTGAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAACTAAAATCAAGGTTGCATTAGGTCAGTTTAATGGGAGACTGAG  699

seq1  CACAGTTGTGTAGAGGCTTGATGCAATCTGAGGATGACATGGAAACTAAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTGTGTAGAGGCTTGATGCAATCTGAGGATGACATGGAAACTAAA  749

seq1  GCACAGAGAGAGAAAAAGAAGCCCAAGTGATCACAGCCCAGAGGTTACAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGAGAGAGAAAAAGAAGCCCAAGTGATCACAGCCCAGAGGTTACAC  799

seq1  AGGACACACTCAAATATCTAACAATCATAGCACCAGGATCCTGGAGGGAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACACTCAAATATCTAACAATCATAGCACCAGGATCCTGGAGGGAG  849

seq1  GGGCAGGGAAGGAATGACAGAGAATTC  871
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGGAAGGAATGACAGAGAATTC  876

seq1: chr9_99199570_99200728
seq2: B6Ng01-233G20.g_67_1234

seq1  GAATTCTGGCTCAGGGTCACTGAAGTCTGATACCTTAGGAGAAAAATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCTCAGGGTCACTGAAGTCTGATACCTTAGGAGAAAAATCAA  50

seq1  TCTCCGAAAGAACCGGAACTGCTGTGTCCGGAAGTTCATACAGGATAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCGAAAGAACCGGAACTGCTGTGTCCGGAAGTTCATACAGGATAGGC  100

seq1  TGTGTCCCTGAGGCTTGTTCTAAGGTGTCCCACACCTCTTACTGGACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCCTGAGGCTTGTTCTAAGGTGTCCCACACCTCTTACTGGACAAA  150

seq1  TCTCCCCAAAGAAGGCTGAGAACACTCTGAGACTAGAAGAATCAGGAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCAAAGAAGGCTGAGAACACTCTGAGACTAGAAGAATCAGGAAGG  200

seq1  AGCACTGTCTGTGAGACCTGCAAAAGAGATGCATGTCTTCAATGTCTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGTCTGTGAGACCTGCAAAAGAGATGCATGTCTTCAATGTCTAAT  250

seq1  GGGACTCATGTTGGCTTGCCCATGTAGCTGTACAGAGATTTAAAGAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCATGTTGGCTTGCCCATGTAGCTGTACAGAGATTTAAAGAGAGA  300

seq1  CAAAGGCATCATAAACACAGCCAACTGGATGTGTTACTAAGCCTGTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCATCATAAACACAGCCAACTGGATGTGTTACTAAGCCTGTGTCT  350

seq1  GGTAAGATTAATGCCAGTCAATGGGGGCGCTGCAGATTCCCTGTGAATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGATTAATGCCAGTCAATGGGGGCGCTGCAGATTCCCTGTGAATCC  400

seq1  CCTGTGGGAGGCAGTGGTAGTCTGCAGCCAACCTGGGAGAGAACCCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGGAGGCAGTGGTAGTCTGCAGCCAACCTGGGAGAGAACCCTGTG  450

seq1  CACAACTGAGCACGCAGCTACTGCTGCCCTTGTGTGTGAAGGCGGCTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTGAGCACGCAGCTACTGCTGCCCTTGTGTGTGAAGGCGGCTTCT  500

seq1  GCGGAGAGCGTCTCACATCTCTGAGCTTTGCACTGGAAACATCGCTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGAGAGCGTCTCACATCTCTGAGCTTTGCACTGGAAACATCGCTCCCT  550

seq1  TTCTAATTCCTCCTTTTCCTGTTACAGAGATTGATGACCTGGATGCCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATTCCTCCTTTTCCTGTTACAGAGATTGATGACCTGGATGCCATC  600

seq1  GTACCTGCAGTAAAGAAATTAAAGATCCTTTCATACTGAAAACAAACCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGCAGTAAAGAAATTAAAGATCCTTTCATACTGAAAACAAACCAG  650

seq1  GTCAACTTCACTGTGTAAACTGCATTCGTAACATTCTAAGCATTTGTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACTTCACTGTGTAAACTGCATTCGTAACATTCTAAGCATTTGTAAA  700

seq1  GGTCTGATCCTGAGACAAGGCTGTACACAATCAGCTCTCAGAATTCATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGATCCTGAGACAAGGCTGTACACAATCAGCTCTCAGAATTCATCC  750

seq1  TCTCACCCC-GGGTCTGCTCAACCCATATAATTTTTATTTTTGATTATTT  799
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCCCGGGGTCTGCTCAACCCATATAATTTTTATTTTTGATTATTT  800

seq1  AATAAAATGTAGCTGTTAAGTTATTAAAATAGTGAGTTAAC-TTTAGATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AATAAAATGTAGCTGTTAAGTTATTAAAATAGTGAGTTAACTTTTAGATT  850

seq1  -CCTTAATCGTTTCCTAAGCAATGCTTGAGTGCTGTAAAATGTAAGGAAG  897
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAATCGTTTCCTAAGCAATGCTTGAGTGCTGTAAAATGTAAGGAAG  900

seq1  AGATTGTGGGTAACAAAAGA-GACA-TTGCAAAGTACAGAAAGTCGCAGT  945
      ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGTGGGTAACAAAAGATAACATTTGCAAAGTACAGAAAGTCGCAGT  950

seq1  TAACTTCAA--GGTTTAATGACCCTTTGGTCAGAGAAAAAAG-AATGCCA  992
      |||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAACTTCAAAGGTTTTAATGA-CCTTTGGTCAGAGAAAAAAGAAATGCCA  999

seq1  GTTGCTTTCTAAGCCC-AACGGATAGGAAGCCTCTGTT-CTCCAGGCAAG  1040
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||   ||
seq2  GTTGCTTTCTAAGCCCAAACGGATAGGAAGCCTCTGTTCCTCCAG--CAG  1047

seq1  GATTAGTGGGC-ATATTCTA--TAAG-AAAACTTACAGCTATTGCCCTGT  1086
      ||||||||||| ||||||||  |||| ||||| ||||||   ||||  ||
seq2  GATTAGTGGGCAATATTCTAATTAAGAAAAACCTACAGCCTATGCCTGGT  1097

seq1  CAAAGCAAG-AAGGAAAGGTTTTGTCTTTGT-ATT-AAGATAGGAAGTTA  1133
      |||  |||| ||||||||  ||||||||||| ||| |||||||  |||||
seq2  CAAGACAAGAAAGGAAAG--TTTGTCTTTGTCATTAAAGATAG--AGTTA  1143

seq1  GTCATGGAGTGAAATAGATGATTAGG  1159
      |||||| | |||||||||||||||||
seq2  GTCATGCA-TGAAATAGATGATTAGG  1168