BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234B23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 68,291,977 - 68,446,749
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTln2, LOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
Downstream geneRora, 9530091C08Rik, Narg2, EG665815, EG244913, Anxa2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234B23.bB6Ng01-234B23.g
ACCGA045972GA045973
length1,1791,054
definitionB6Ng01-234B23.b B6Ng01-234B23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,291,977 - 68,293,161)(68,445,679 - 68,446,749)
sequence
gaattccaaaaatctataataccccacactatgatttagtaaagttcaag
aaagctttttcactgggccactattgaaaaatctattaattcatgagggt
tagaaataaaaaacaggaggagggccttccttcttgttaaacttctcatg
atctgtggattgtgtcatggttattctgcatattttggctaatatctact
tatcaatgaatacataccatacatgtccttttgtatctgggttacctcac
ttgggatgatattttctagctccacctatttgcctgcagaatgcatgata
tcctcattttaaatagctgagtagtattccactgtgcaaatgaaccacat
ttcctgtgtccattctttggttgaggaacatctgggttgcttccagtttc
tggctattatgaataaggctgctatgaacatagtagagcacatatccttg
tggtatggtggaccgtgttttggatatatgcccaggagcaatatagctgg
gtcttcaggtagaactattttcaattttctgaggaaccaccagattgatt
tccagagtggttctaccagtttgcaataccaacaccaatggagaagtgtt
cctctttctccacatccttgccagaatgtgttgtcacttgagtttttggt
cttagccattctgatgagggtaaggtgtaatcttggggtcattttgattt
gcattttcttgatgacgaagaatgttgaacatttctttaagtgctaaaga
attgtttctgtctaaaagaaatgcagagacaaaaatggagcagagactgc
aggaaaagccatctcgtgaccagcccaacctgggatccatcccataggtg
ggctccaagccctgacactattactgatgctatgttgtgcttgcagacag
gagcctagcatgtgtgagaggctctaccacctgggtgatgggacagatgc
agatacagttaaccattggacagaagtcgggacccccaagagctgttctg
agacccccagcagagagctgccttgtctgggcctcaatattaatttaaaa
ttaattttaaaaaaagcaggagaagaaatcccaggctgtggactaccaga
acaggtacaggaaagaggtgagaggtaagttaaataattcctagagattc
aagacaatggaaatgcttggggggtgtct

gaattctgttggtaagattcttgcgtttgcctttcgccttctggtaatct
ctggttttagattttcttgctgtctctgtctggagcatgctttatttgtt
tttgaaacaggatctctctgtgtagtactggctgtcctggaactcaatat
gtagaccaggctggcactgaattcagagatccacctgcctatgccttctt
gataatggaattttaggcatgtgccaccatacctgaatgaccctttggac
ttatttatacacctgaaatattttgctatataatattttgatgatctcag
accagaagagttgtaggtcagaaggaattgcttaagatgtagaggagatc
tctcccaccagagcattgtctagaagcctttggaaggtggctgctgatcc
taagctagcagtgaaagagagaaagcgcctccaaaatctgccccccagag
gagaaacttggcaaatagaacaaatggatgaattcacagctgaaaaagta
cagagaacatcaccttccaaaagacttcagaaacaaatgtttaaaaatgg
ccaagagacaggcatcagcagatttgatattagaagatgtaaacagagga
gccagtgcaaaagtaaatatcagcccaagaaggagtaaggtttgctgtca
taactgtagactcaatagaccatgtcaaagataaccaagacccattagac
gatagaagaccaccattagatgttctgggacaggtacagctacctagaag
gccttatagcaggaccaaaggctcccctgaacacttggtgatttccatca
gtgggttgtagcatcaccccacttggaggagtccagtctgccccttttga
ccatctacttgacaattttagacatacagagtcagtctcatgatgatctg
atccaatccctagcaaccagtctcttcaatgtatttcccatcgtttctaa
tgtctctgagcaaccctggtagatgagatagtgataaccccatgtgtgtg
atagagtgtcatgttagtaacacaacaaaaatgtctcgtgagcacacagt
caga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_68291977_68293161
seq2: B6Ng01-234B23.b_44_1222

seq1  GAATTCCAAAAATCTATAATACCCCACACTATGATTTAGTAAAGTTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAAATCTATAATACCCCACACTATGATTTAGTAAAGTTCAAG  50

seq1  AAAGCTTTTTCACTGGGCCACTATTGAAAAATCTATTAATTCATGAGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTTTTCACTGGGCCACTATTGAAAAATCTATTAATTCATGAGGGT  100

seq1  TAGAAATAAAAAACAGGAGGAGGGCCTTCCTTCTTGTTAAACTTCTCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAAAAAACAGGAGGAGGGCCTTCCTTCTTGTTAAACTTCTCATG  150

seq1  ATCTGTGGATTGTGTCATGGTTATTCTGCATATTTTGGCTAATATCTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGGATTGTGTCATGGTTATTCTGCATATTTTGGCTAATATCTACT  200

seq1  TATCAATGAATACATACCATACATGTCCTTTTGTATCTGGGTTACCTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATGAATACATACCATACATGTCCTTTTGTATCTGGGTTACCTCAC  250

seq1  TTGGGATGATATTTTCTAGCTCCACCTATTTGCCTGCAGAATGCATGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATGATATTTTCTAGCTCCACCTATTTGCCTGCAGAATGCATGATA  300

seq1  TCCTCATTTTAAATAGCTGAGTAGTATTCCACTGTGCAAATGAACCACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATTTTAAATAGCTGAGTAGTATTCCACTGTGCAAATGAACCACAT  350

seq1  TTCCTGTGTCCATTCTTTGGTTGAGGAACATCTGGGTTGCTTCCAGTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTGTCCATTCTTTGGTTGAGGAACATCTGGGTTGCTTCCAGTTTC  400

seq1  TGGCTATTATGAATAAGGCTGCTATGAACATAGTAGAGCACATATCCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATTATGAATAAGGCTGCTATGAACATAGTAGAGCACATATCCTTG  450

seq1  TGGTATGGTGGACCGTGTTTTGGATATATGCCCAGGAGCAATATAGCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATGGTGGACCGTGTTTTGGATATATGCCCAGGAGCAATATAGCTGG  500

seq1  GTCTTCAGGTAGAACTATTTTCAATTTTCTGAGGAACCACCAGATTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAGGTAGAACTATTTTCAATTTTCTGAGGAACCACCAGATTGATT  550

seq1  TCCAGAGTGGTTCTACCAGTTTGCAATACCAACACCAATGGAGAAGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGTGGTTCTACCAGTTTGCAATACCAACACCAATGGAGAAGTGTT  600

seq1  CCTCTTTCTCCACATCCTTGCCAGAATGTGTTGTCACTTGAGTTTTTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTCTCCACATCCTTGCCAGAATGTGTTGTCACTTGAGTTTTTGGT  650

seq1  CTTAGCCATTCTGATGAGGGTAAGGTGTAATCTTGGGGTCATTTTGATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCATTCTGATGAGGGTAAGGTGTAATCTTGGGGTCATTTTGATTT  700

seq1  GCATTTTCTTGATGACGAAGAATGTTGAACATTTCTTTAAGTGCTAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCTTGATGACGAAGAATGTTGAACATTTCTTTAAGTGCTAAAGA  750

seq1  ATTGTTTCTGTCTAAAAGAAATGCAGAGACAAAAATGGAGCAGAGACTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTCTGTCTAAAAGAAATGCAGAGACAAAAATGGAGCAGAGACTGC  800

seq1  AGGAAAAGCCATCTCGTGACCAGCCCAACCTGGGATCCATCCCATAGGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAGCCATCTCGTGACCAGCCCAACCTGGGATCCATCCCATAGGTG  850

seq1  GGCTCCAAGCCCTGACACTATTACTGATGCTATGTTGTGCTTGCAGACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCAAGCCCTGACACTATTACTGATGCTATGTTGTGCTTGCAGACAG  900

seq1  GAGCCTAGCATGTGTGAGAGGCTCTACCACCT-GGTGATGGGACAGATGC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGCCTAGCATGTGTGAGAGGCTCTACCACCTGGGTGATGGGACAGATGC  950

seq1  AGATACAGTTAACCATTGGACAGAAGTCGGGACCCCCAAAGAGCTGTTCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGATACAGTTAACCATTGGACAGAAGTCGGGACCCCC-AAGAGCTGTTCT  999

seq1  GAGACCCCCAGCAGAGAGCTGCCTTGTCT-GGCCTCAATAATTAATTTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |
seq2  GAGACCCCCAGCAGAGAGCTGCCTTGTCTGGGCCTCAAT-ATTAATTT-A  1047

seq1  AAATTAATTTTAAAAAAAAGGCAGGAGGAAGAAATCCCAGGCTGTGGAAC  1098
      ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  AAATTAATTTTAAAAAAA--GCAGGA-GAAGAAATCCCAGGCTGTGG-AC  1093

seq1  TACCAGAACAGGTACCAGGAAAAGAGGTGAGA-GTAAAGTAAAT-ATTCC  1146
      |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  ||||| |||||
seq2  TACCAGAACAGGTA-CAGG-AAAGAGGTGAGAGGTAAGTTAAATAATTCC  1141

seq1  TAAGAGAATTTCACAGACATTGG-AATGCTT--GGGGTGTCT  1185
      | |||||  |||| ||||| ||| |||||||  |||||||||
seq2  T-AGAGA--TTCA-AGACAATGGAAATGCTTGGGGGGTGTCT  1179


seq1: chr9_68445679_68446749
seq2: B6Ng01-234B23.g_62_1115 (reverse)

seq1  TCTGAACTGTGTTGCTCACGGAGAACATTTTTGTTTGTGTTTACCTAAAC  50
      |||| |||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||   |||
seq2  TCTG-ACTGTG-TGCTCAC-GAG-ACATTTTTG-TTGTG-TTAC--TAAC  42

seq1  ATGACACTCTATTCCAACAACAACATGGGGTTAATTCACTTATCTCATCT  100
      ||||||||||||     ||   |||||||||||  |||| ||||||||||
seq2  ATGACACTCTAT-----CACACACATGGGGTTA--TCAC-TATCTCATCT  84

seq1  ACCAGGGTTTGCTCAGAGACATTAGAAACGATGGGAAATACATTTGAAGA  150
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACCAGGG-TTGCTCAGAGACATTAGAAACGATGGGAAATACA-TTGAAGA  132

seq1  GACTGGTTGCTAGGGATTGGATCAGATCATCATGAGACTGACTCTGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTTGCTAGGGATTGGATCAGATCATCATGAGACTGACTCTGTATG  182

seq1  TCTAAAATTGTCAAGTAGATGGTCAAAAGGGGCAGACTGGACTCCTCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAATTGTCAAGTAGATGGTCAAAAGGGGCAGACTGGACTCCTCCAA  232

seq1  GTGGGGTGATGCTACAACCCACTGATGGAAATCACCAAGTGTTCAGGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTGATGCTACAACCCACTGATGGAAATCACCAAGTGTTCAGGGGA  282

seq1  GCC-TTGGTCCTGCTATAAGGCCTTCTAGGTAGCTGTACCTGTCCCAGAA  349
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGGTCCTGCTATAAGGCCTTCTAGGTAGCTGTACCTGTCCCAGAA  332

seq1  CATCTAATGGTGGTCTTCTATCGTCTAATGGGTCTTGGTTATCTTTGACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAATGGTGGTCTTCTATCGTCTAATGGGTCTTGGTTATCTTTGACA  382

seq1  TGGTCTATTGAGTCTACAGTTATGACAGCAAACCTTACTCCTTCTTGGGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTATTGAGTCTACAGTTATGACAGCAAACCTTACTCCTTCTTGGGC  432

seq1  TGATATTTACTTTTGCACTGGCTCCTCTGTTTACATCTTCTAATATCAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTACTTTTGCACTGGCTCCTCTGTTTACATCTTCTAATATCAAA  482

seq1  TCTGCTGATGCCTGTCTCTTGGCCATTTTTAAACATTTGTTTCTGAAGTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGATGCCTGTCTCTTGGCCATTTTTAAACATTTGTTTCTGAAGTC  532

seq1  TTTTGGAAGGTGATGTTCTCTGTACTTTTTCAGCTGTGAATTCATCCATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAGGTGATGTTCTCTGTACTTTTTCAGCTGTGAATTCATCCATT  582

seq1  TGTTCTATTTGCCAAGTTTCTCCTCTGGGGGGCAGATTTTGGAGGCGCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTATTTGCCAAGTTTCTCCTCTGGGGGGCAGATTTTGGAGGCGCTT  632

seq1  TCTCTCTTTCACTGCTAGCTTAGGATCAGCAGCCACCTTCCAAAGGCTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTTCACTGCTAGCTTAGGATCAGCAGCCACCTTCCAAAGGCTTC  682

seq1  TAGACAATGCTCTGGTGGGAGAGATCTCCTCTACATCTTAAGCAATTCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAATGCTCTGGTGGGAGAGATCTCCTCTACATCTTAAGCAATTCCT  732

seq1  TCTGACCTACAACTCTTCTGGTCTGAGATCATCAAAATATTATATAGCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCTACAACTCTTCTGGTCTGAGATCATCAAAATATTATATAGCAA  782

seq1  AATATTTCAGGTGTATAAATAAGTCCAAAGGGTCATTCAGGTATGGTGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCAGGTGTATAAATAAGTCCAAAGGGTCATTCAGGTATGGTGGC  832

seq1  ACATGCCTAAAATTCCATTATCAAGAAGGCATAGGCAGGTGGATCTCTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCTAAAATTCCATTATCAAGAAGGCATAGGCAGGTGGATCTCTGA  882

seq1  ATTCAGTGCCAGCCTGGTCTACATATTGAGTTCCAGGACAGCCAGTACTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTGCCAGCCTGGTCTACATATTGAGTTCCAGGACAGCCAGTACTA  932

seq1  CACAGAGAGATCCTGTTTCAAAAACAAATAAAGCATGCTCCAGACAGAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGAGATCCTGTTTCAAAAACAAATAAAGCATGCTCCAGACAGAGA  982

seq1  CAGCAAGAAAATCTAAAACCAGAGATTACCAGAAGGCGAAAGGCAAACGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGAAAATCTAAAACCAGAGATTACCAGAAGGCGAAAGGCAAACGC  1032

seq1  AAGAATCTTACCAACAGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCTTACCAACAGAATTC  1054


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |