BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234F06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,272,409 - 116,420,376
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039567, LOC670467, EG546164, Gadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream geneRbms3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234F06.bB6Ng01-234F06.g
ACCGA046125GA046126
length644984
definitionB6Ng01-234F06.b B6Ng01-234F06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,419,733 - 116,420,376)(116,272,409 - 116,273,371)
sequence
gaattcattaagacccgcttcacacagcggcagagagcacgagctggtta
acgtatgtgcagccccctgtgaactctttagtcctcctcaaataaaaagt
tcatatctgtggaagtgcctaaatcttaaggaaacttgccttgatagcaa
ggaaagaggccttggtggcagtagtgtcttgtcacctcacatgccattga
cacataggcagtgaatgcgctatcctcatgtcacgctttccaaagtttgt
gattttaaaaacatgttactgggctggagagatggctcagtggttaggag
caattgctgctcctccagaggacctgagttcagttgcaagtacccacagt
aggtgactcgctgcagcctgtaactaacttcggaagttctgatgccttct
tccagccattgtgggctcccacactcatgtactgcaaatgcacacacaca
tacatatccgcacaaacatgcatacatatgcatgcacaaacatacatgtg
cacatacacgtgcacgtacatgtggcagcacatacacatatgtgtataga
cacaagtgcagataaaagaatttaaatgtaattaagaaattccatatcct
agttgtctttatctatttgtgtatgggtatgtgtaggtgtgtga

gaattcttcccttctccctgctggatgtcccacctcctatttcctgcctc
agctcattggccatagagttttttatttacaggtcaaagttccatatatt
gcactaaagattccttttacatttaagtatctgatagtggccagatctgt
gtaaaattcattgtaatccatcttgtcttctatcttactctcttttgtgt
catggctggtgtggaagactgaaattactaatatcttcatggggcctaat
taagcagatatttgtgtctttgaaacaagaccatttggttcctattggac
actttatgtaaattttactaatcaccttgtttgttgtctcaacatcagac
cacattgctgtcatgctaggtgttatgaatatgcatcttttaaagtaata
tacagtgctgatttttttaaaaagctaaaaatttaaataatctttgacac
aaaagagtacatggcaaggagctggagaaatggcttcatgtataaggcat
ttttattagtctgtggtctattgctgtgaagagacactgtgaccaaagta
actcttataaaataaagcatttaattggaacttgttcacagtttcagagg
tttagtacgttatcatggtggggagtatggcagcatccaggcaggagtgg
tgtgggagaagtcggtgagcgttcttcatccagattcacaggcagcagga
agagaacaacagaaggcctggcttgagcttctgaaacctcaaaggcagcc
cccactgacacacttcctccaataaagccacggccactataacaaggtaa
cacctcctaatgaccatgcgttcaaatatacaaatctataggggccaatc
ttattcaagctaccacagtagttgttgcatgaacatgaggctaggatttc
aatccccaggatctaggtaaagtctggtgagtatggaagcctacccataa
ttccagcacacaggagcagagatagggttcgcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116419733_116420376
seq2: B6Ng01-234F06.b_46_689 (reverse)

seq1  TCACACACCTACACATACCCATACACAAATAGATAAAGACAACTAGGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACCTACACATACCCATACACAAATAGATAAAGACAACTAGGATA  50

seq1  TGGAATTTCTTAATTACATTTAAATTCTTTTATCTGCACTTGTGTCTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTTCTTAATTACATTTAAATTCTTTTATCTGCACTTGTGTCTATA  100

seq1  CACATATGTGTATGTGCTGCCACATGTACGTGCACGTGTATGTGCACATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATGTGTATGTGCTGCCACATGTACGTGCACGTGTATGTGCACATG  150

seq1  TATGTTTGTGCATGCATATGTATGCATGTTTGTGCGGATATGTATGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTGTGCATGCATATGTATGCATGTTTGTGCGGATATGTATGTGTG  200

seq1  TGTGCATTTGCAGTACATGAGTGTGGGAGCCCACAATGGCTGGAAGAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTTGCAGTACATGAGTGTGGGAGCCCACAATGGCTGGAAGAAGG  250

seq1  CATCAGAACTTCCGAAGTTAGTTACAGGCTGCAGCGAGTCACCTACTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGAACTTCCGAAGTTAGTTACAGGCTGCAGCGAGTCACCTACTGTG  300

seq1  GGTACTTGCAACTGAACTCAGGTCCTCTGGAGGAGCAGCAATTGCTCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTTGCAACTGAACTCAGGTCCTCTGGAGGAGCAGCAATTGCTCCTA  350

seq1  ACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCAGTAACATGTTTTTAAAATCACAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCAGTAACATGTTTTTAAAATCACAAAC  400

seq1  TTTGGAAAGCGTGACATGAGGATAGCGCATTCACTGCCTATGTGTCAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAAGCGTGACATGAGGATAGCGCATTCACTGCCTATGTGTCAATG  450

seq1  GCATGTGAGGTGACAAGACACTACTGCCACCAAGGCCTCTTTCCTTGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGAGGTGACAAGACACTACTGCCACCAAGGCCTCTTTCCTTGCTA  500

seq1  TCAAGGCAAGTTTCCTTAAGATTTAGGCACTTCCACAGATATGAACTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCAAGTTTCCTTAAGATTTAGGCACTTCCACAGATATGAACTTTT  550

seq1  TATTTGAGGAGGACTAAAGAGTTCACAGGGGGCTGCACATACGTTAACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAGGAGGACTAAAGAGTTCACAGGGGGCTGCACATACGTTAACCA  600

seq1  GCTCGTGCTCTCTGCCGCTGTGTGAAGCGGGTCTTAATGAATTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGTGCTCTCTGCCGCTGTGTGAAGCGGGTCTTAATGAATTC  644


seq1: chr9_116272409_116273371
seq2: B6Ng01-234F06.g_64_1026

seq1  GAATTCTTCCCTTCTCCCTGCTGGATGTCCCACCTCCTATTTCCTGCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCCTTCTCCCTGCTGGATGTCCCACCTCCTATTTCCTGCCTC  50

seq1  AGCTCATTGGCCATAGAGTTTTTTATTTACAGGTCAAAGTTCCATATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATTGGCCATAGAGTTTTTTATTTACAGGTCAAAGTTCCATATATT  100

seq1  GCACTAAAGATTCCTTTTACATTTAAGTATCTGATAGTGGCCAGATCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTAAAGATTCCTTTTACATTTAAGTATCTGATAGTGGCCAGATCTGT  150

seq1  GTAAAATTCATTGTAATCCATCTTGTCTTCTATCTTACTCTCTTTTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTCATTGTAATCCATCTTGTCTTCTATCTTACTCTCTTTTGTGT  200

seq1  CATGGCTGGTGTGGAAGACTGAAATTACTAATATCTTCATGGGGCCTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGGTGTGGAAGACTGAAATTACTAATATCTTCATGGGGCCTAAT  250

seq1  TAAGCAGATATTTGTGTCTTTGAAACAAGACCATTTGGTTCCTATTGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGATATTTGTGTCTTTGAAACAAGACCATTTGGTTCCTATTGGAC  300

seq1  ACTTTATGTAAATTTTACTAATCACCTTGTTTGTTGTCTCAACATCAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATGTAAATTTTACTAATCACCTTGTTTGTTGTCTCAACATCAGAC  350

seq1  CACATTGCTGTCATGCTAGGTGTTATGAATATGCATCTTTTAAAGTAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGCTGTCATGCTAGGTGTTATGAATATGCATCTTTTAAAGTAATA  400

seq1  TACAGTGCTGATTTTTTTAAAAAGCTAAAAATTTAAATAATCTTTGACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGCTGATTTTTTTAAAAAGCTAAAAATTTAAATAATCTTTGACAC  450

seq1  AAAAGAGTACATGGCAAGGAGCTGGAGAAATGGCTTCATGTATAAGGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGTACATGGCAAGGAGCTGGAGAAATGGCTTCATGTATAAGGCAT  500

seq1  TTTTATTAGTCTGTGGTCTATTGCTGTGAAGAGACACTGTGACCAAAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTAGTCTGTGGTCTATTGCTGTGAAGAGACACTGTGACCAAAGTA  550

seq1  ACTCTTATAAAATAAAGCATTTAATTGGAACTTGTTCACAGTTTCAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTATAAAATAAAGCATTTAATTGGAACTTGTTCACAGTTTCAGAGG  600

seq1  TTTAGTACGTTATCATGGTGGGGAGTATGGCAGCATCCAGGCAGGAGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTACGTTATCATGGTGGGGAGTATGGCAGCATCCAGGCAGGAGTGG  650

seq1  TGTGGGAGAAGTCGGTGAGCGTTCTTCATCCAGATTCACAGGCAGCAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAGAAGTCGGTGAGCGTTCTTCATCCAGATTCACAGGCAGCAGGA  700

seq1  AGAGAACAACAGAAGGCCTGGCTTGAGCTTCTGAAACCTCAAAGGCAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACAACAGAAGGCCTGGCTTGAGCTTCTGAAACCTCAAAGGCAGCC  750

seq1  CCCACTGACACACTTCCTCCAATAAAGCCACGGCCACTATAACAAGGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGACACACTTCCTCCAATAAAGCCACGGCCACTATAACAAGGTAA  800

seq1  CACCTCCTAATGACCATGCGTTCAAATATACAAATCTATAGGGGCCAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTAATGACCATGCGTTCAAATATACAAATCTATAGGGGCCAATC  850

seq1  TTATTCAAGCTACCACAGTAGTTGTTGCATGAACATGAGGCTAGGATTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAAGCTACCACAGTAGTTGTTGCATGAACATGAGGCTAGGATTTC  900

seq1  AATCCCCAGGATCTAGGTAAAGTCTGGTGAGTATGGAAGCCTACCCATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCAGGATCTAGGTAAAGTCTGGTGAGTATGGAAGCCTACCCATAA  950

seq1  TTCCAGCACACAG  963
      |||||||||||||
seq2  TTCCAGCACACAG  963


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |