BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234K03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 41,910,471 - 42,059,395
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSorl1
Upstream gene2810457I06Rik, LOC628495, LOC100042464, EG667566, 6720432D03Rik
Downstream geneSc5d, Tecta, Tbcel, Grik4, Arhgef12, LOC545339, Tmem136, Pou2f3, LOC628726, Oaf
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234K03.bB6Ng01-234K03.g
ACCGA046341GA046342
length953979
definitionB6Ng01-234K03.b B6Ng01-234K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,910,471 - 41,911,371)(42,058,434 - 42,059,395)
sequence
gaattcaaagcaagaacctggaggcaggagctgacgcagaggccatggag
gatgctgcttcctagcttgctccccgtggctccctcagcatgcctttcat
acaatccagattccctagcccagggtggctctactcacagtgttctgggc
tcttccacatcaattattcaacaagaaaatgccccacagaggaacctaca
ggccgatccaatggtattttcttctcaattgaggttccctcttgccaaat
gactctagctagtgtcaagtttaggaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagct
aaccagcaagggcaccaacccttgggagtaggggagctgtttgtttttgc
agtactgaaaagcaaccccacaaccttggacaccccaagcaattgtttta
cttacactgagctgtagcactaggctgtacacacagagaactgaatacag
tgggatcaacgatcatgaactagaacccctaaagctgtcagtcaaaataa
acttttctccttataaacagattgtctcaagtattttgtcatagtaacaa
caacaaaaactgtaagacgaggataatgtaaattgcttggctcaaagtca
gatcataaatggcagagccaggactccagcccaagcattctgatttcaga
tgctctatgttccattagcaaggatgggagttctgccacccagttggtcc
aggaagaaaccaatcatcatatcacactggtccacggacaagaagaatga
gtctgactattcatagcatcttggttgattctgaccctctggtggatagt
gtccctaggtagcattttgatcaatgacattgcacctgagtactccctta
tgcctgctggtagttgagttgattggttgttattgggaatgggagagtac
tgttctcaggggctgaccctccttctggcgcccagccgtcccctctccca
gct
gaattcagttgaacggtagggacagttagcgcagaagtttgcttagctaa
agctaagaaaagactggagagaccttccccatggccaggaacggtccagt
cagttctgtgttgtagattttaggaagttttaaaatttgtttttgttttg
tttttttcgagacagggtttttctgtgtggcctggcttttctggaactcg
ctctgtagaccaggctgacctcctcctcagagatcctccagcctctgcct
cccaaaaggagggattagacgcatgctccaccactgcctggtgattttag
gcaatgtttaatgactattcatgaagggatagcatattcatggggcaagg
taaccctttttctcccttttagtttttgtttatttgtttgttatgtattt
tatatataaatagatgttatacatattccacctatactcacaagaagggg
acgatgttaaaagcacagtacagtggcataatgtcagctcttttgagaat
tcagacccttcacaagtgtagacattgggttcggggcagggtatatcctg
gtgtcttacgcctgatagactcagcacagcctcacacttctaagatggga
aactatgcagagatagagtctgcctctcaggagacagctgtagtccaaga
ttgggtttcaatccttggttacctcagtgctggtaggggagatacctgtt
ctacaattttttaattgtttttttttatgtgcacagatgtcttgcctgtg
ttgtctgttctgcacaccgtgcacatgcagtgctcaaggatgccaaacag
ggcatcatgacccctgcatctgtagtttcagacagttgtgagcctctatg
agtgctgggaattaaactgttgttcacttgcaaaggacaacccagtgctc
ttaaatggctgaagttctcctcaagcccctatgttccagtttattataag
aaaactgtccaactggattcctcgagcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_41910471_41911371
seq2: B6Ng01-234K03.b_40_942

seq1  GAATTCAAAGCAAGAACCTGGAGGCAGGAGCTGACGCAGAGGCCATGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCAAGAACCTGGAGGCAGGAGCTGACGCAGAGGCCATGGAG  50

seq1  GATGCTGCTTCCTAGCTTGCTCCCCGTGGCTCCCTCAGCATGCCTTTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGCTTCCTAGCTTGCTCCCCGTGGCTCCCTCAGCATGCCTTTCAT  100

seq1  ACAATCCAGATTCCCTAGCCCAGGGTGGCTCTACTCACAGTGTTCTGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCAGATTCCCTAGCCCAGGGTGGCTCTACTCACAGTGTTCTGGGC  150

seq1  TCTTCCACATCAATTATTCAACAAGAAAATGCCCCACAGAGGAACCTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCACATCAATTATTCAACAAGAAAATGCCCCACAGAGGAACCTACA  200

seq1  GGCCGATCCAATGGTATTTTCTTCTCAATTGAGGTTCCCTCTTGCCAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGATCCAATGGTATTTTCTTCTCAATTGAGGTTCCCTCTTGCCAAAT  250

seq1  GACTCTAGCTTGTGTCAAGTTTAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCT  300
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTAGCTAGTGTCAAGTTTAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCT  300

seq1  AACCAGCAAGGGCACCAACCCTTGGGAGTAGGGGAGCTGTTTGTTTTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGCAAGGGCACCAACCCTTGGGAGTAGGGGAGCTGTTTGTTTTTGC  350

seq1  AGTACTGAAAAGCAACCCCACAACCTTGGACACCCCAAGCAATTGTTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGAAAAGCAACCCCACAACCTTGGACACCCCAAGCAATTGTTTTA  400

seq1  CGTACACTGAGCTGTAGCACTAGGCTGTACACACAGAGAACTGAATACAG  450
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACTGAGCTGTAGCACTAGGCTGTACACACAGAGAACTGAATACAG  450

seq1  TGGGATCAACGATCATGAACTAGAACCCCTAAAGCTGTCAGTCAAAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCAACGATCATGAACTAGAACCCCTAAAGCTGTCAGTCAAAATAA  500

seq1  ACTTTTCTCCTTATAAACAGATTGTCTCAAGTATTTTGTCATAGTAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTCCTTATAAACAGATTGTCTCAAGTATTTTGTCATAGTAACAA  550

seq1  CAACAAAAACTGTAAGACGAGGATAATGTAAATTGCTTGGCTCAAAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAAACTGTAAGACGAGGATAATGTAAATTGCTTGGCTCAAAGTCA  600

seq1  GATCATAAATGGCAGAGCCAGGACTCCAGCCCAAGCATTCTGATTTCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATAAATGGCAGAGCCAGGACTCCAGCCCAAGCATTCTGATTTCAGA  650

seq1  TGCTCTATGTTCCATTAGCAAGGATGGGAGTTCTGCCACCCAGTTGGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTATGTTCCATTAGCAAGGATGGGAGTTCTGCCACCCAGTTGGTCC  700

seq1  AGGAAGAAACCAATCATCATATCACACTGGTCCACGGACAAGAAGAATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAAACCAATCATCATATCACACTGGTCCACGGACAAGAAGAATGA  750

seq1  GTCTGACTATTCATAGCATCTTGGTTGATTCTGACCCTCTGGTGGATAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGACTATTCATAGCATCTTGGTTGATTCTGACCCTCTGGTGGATAGT  800

seq1  GTCCCTAGGTAGCATTTTGATCAATGACATTGCACCTGAGTACTCCCTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTAGGTAGCATTTTGATCAATGACATTGCACCTGAGTACTCCCTTA  850

seq1  TGCCTGCTGGTAGTTG-GTTGATTGTTTGTTATTGGGAATGGGAG-GTAC  898
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGCCTGCTGGTAGTTGAGTTGATTGGTTGTTATTGGGAATGGGAGAGTAC  900

seq1  TGT  901
      |||
seq2  TGT  903

seq1: chr9_42058434_42059395
seq2: B6Ng01-234K03.g_68_1046 (reverse)

seq1  CTGCTC-AGGAATCCAGTT-GACAG-TTTCTTATAA-AAACTGG-ACATA  45
      |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||
seq2  CTGCTCGAGGAATCCAGTTGGACAGTTTTCTTATAATAAACTGGAACATA  50

seq1  GGGGCTGGA-GAGAAC-TCAG-CATTTAAGAGCACT-GGTTGTCC-TTGC  90
      |||||| || |||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  GGGGCTTGAGGAGAACTTCAGCCATTTAAGAGCACTGGGTTGTCCTTTGC  100

seq1  -AGTGGAC-ACAG-TTAATTCCCAGCACTCATAGAGGCTCACAACTGTCT  137
       |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAACAACAGTTTAATTCCCAGCACTCATAGAGGCTCACAACTGTCT  150

seq1  GAAACTACAGATGCAGGGGTCATGATG-CCTGTTTGGCATCCTTGAGCAC  186
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTACAGATGCAGGGGTCATGATGCCCTGTTTGGCATCCTTGAGCAC  200

seq1  TGCATGTGCACGGTGTGCAG-ACAGAC-ACACAGGCAAGACATCTGTGCA  234
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGCACGGTGTGCAGAACAGACAACACAGGCAAGACATCTGTGCA  250

seq1  CATAAAAAAAAACAATTAAAAAATTGTAG-ACAGGTATCTCCCCTACCAG  283
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAAAAAACAATTAAAAAATTGTAGAACAGGTATCTCCCCTACCAG  300

seq1  CACTGAGGTAACCAAGGATTGAAACCCAATCTTGGACTACAGCTGTCTCC  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGGTAACCAAGGATTGAAACCCAATCTTGGACTACAGCTGTCTCC  350

seq1  TGAGAGGCAGACTCTATCTCTGCATAGTTTCCCATCTTAGAAGTGTGAGG  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGCAGACTCTATCTCTGCATAGTTTCCCATCTTAGAAGTGTGAGG  400

seq1  CTGTGCTGAGTCTATCAGGCGTAAGACACCAGGATATACCCTGCCCCGAA  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTGAGTCTATCAGGCGTAAGACACCAGGATATACCCTGCCCCGAA  450

seq1  CCCAATGTCTACACTTGTGAAGGGTCTGAATTCTCAAAAGAGCTGACATT  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGTCTACACTTGTGAAGGGTCTGAATTCTCAAAAGAGCTGACATT  500

seq1  ATGCCACTGTACTGTGCTTTTAACATCGTCCCCTTCTTGTGAGTATAGGT  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACTGTACTGTGCTTTTAACATCGTCCCCTTCTTGTGAGTATAGGT  550

seq1  GGAATATGTATAACATCTATTTATATATAAAATACATAACAAACAAATAA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATGTATAACATCTATTTATATATAAAATACATAACAAACAAATAA  600

seq1  ACAAAAACTAAAAGGGAGAAAAAGGGTTACCTTGCCCCATGAATATGCTA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAACTAAAAGGGAGAAAAAGGGTTACCTTGCCCCATGAATATGCTA  650

seq1  TCCCTTCATGAATAGTCATTAAACATTGCCTAAAATCACCAGGCAGTGGT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCATGAATAGTCATTAAACATTGCCTAAAATCACCAGGCAGTGGT  700

seq1  GGAGCATGCGTCTAATCCCTCCTTTTGGGAGGCAGAGGCTGGAGGATCTC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCATGCGTCTAATCCCTCCTTTTGGGAGGCAGAGGCTGGAGGATCTC  750

seq1  TGAGGAGGAGGTCAGCCTGGTCTACAGAGCGAGTTCCAGAAAAGCCAGGC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGGAGGTCAGCCTGGTCTACAGAGCGAGTTCCAGAAAAGCCAGGC  800

seq1  CACACAGAAAAACCCTGTCTCGAAAAAAACAAAACAAAAACAAATTTTAA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGAAAAACCCTGTCTCGAAAAAAACAAAACAAAAACAAATTTTAA  850

seq1  AACTTCCTAAAATCTACAACACAGAACTGACTGGACCGTTCCTGGCCATG  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCTAAAATCTACAACACAGAACTGACTGGACCGTTCCTGGCCATG  900

seq1  GGGAAGGTCTCTCCAGTCTTTTCTTAGCTTTAGCTAAGCAAACTTCTGCG  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGTCTCTCCAGTCTTTTCTTAGCTTTAGCTAAGCAAACTTCTGCG  950

seq1  CTAACTGTCCCTACCGTTCAACTGAATTC  962
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGTCCCTACCGTTCAACTGAATTC  979