BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237O12
Chromosome9 (Build37)
Map Location 117,319,239 - 117,475,879
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRbms3
Downstream geneLOC665840, LOC100039650, LOC100039681, Azi2, 2010110K16Rik, Eomes, Golga4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237O12.bB6Ng01-237O12.g
ACCGA048744GA048745
length1,1181,067
definitionB6Ng01-237O12.b B6Ng01-237O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,474,762 - 117,475,879)(117,319,239 - 117,320,304)
sequence
gaattccagttaacccaaagctcaccatgaataaatagcccctaaaataa
gatgtcaggggtccattctgcactgtgaggttctagaggactgcccccaa
ggaggcgatgctagcacagagtactcctgtagtccacaggagaatctcca
gctcaaagtcctgtgtgccttcagccaggaagatctgacacactacactt
ggcagaggtcagttttcagctccggcgtgggatggcgacagagcctcatt
acactaatttcatttacagggcagcctggtttcctgtgccgtgagctgcg
tgcttattcagctgccttgactctcgtggatttgcccgcactgcgtattt
ttgtttccaaactattttggccctggaaagatgtctggctccagctcact
ttgaagactgatgaaagtcacaggagtttccagggagccggaacaggcaa
cttgtggggcctttcctcactcacactgccggaaaggccaccatcgtaac
ccagacttcacttgcagaggcaatgagtgagtttgcgaatggcctcacca
cccttgaggttgtgaacgtcaagtcaaggcagggttgagtcaatgggctc
ccgcgtctgcttctttgcttctttctgggtagatgtgggattttatgaca
cactctggccctgcttcaagacactcactcgacattaatacctttcacag
agggcacaacaagtgactttgcatttgacattgaggctagagctatggat
catgtttgattagttcaccgtggtactaagacagtggggtcttcacagag
ttttgtaagttatggctaaagcaggtagaggcctttgatgggtctacatc
acaagagaggcctagagagacttatacaggtaaccagcctaaatcatact
acaatctgcatttaggaagctaatctgcaacctcacacaagtaaccaatg
ttgtttgtttttttcttcatttaagaattgaaccttataaaaagaaatca
acacaccactgtaattcttcagatatgttaagctctaataaatactgttc
cgatattggataataaccatagttgagtttaatttcccgcctcagagaag
aattgagtgctagaaatc
gaattccattggaaatctaaatcacaattccaatttcatcctcatactat
accaaccaacacaggacttgactcctctagggtgccagtcaacaatgaga
ttggtgaacactctgcacagccaggaaaatagggttttgatggctctttc
cagggtagggtcaagaaggtagattattagcgctcttcttgtgacttcta
tgccctacttttgaaacttgtgatttggacacatgatgcccactaagaag
aaatgcaaaaacatttcacaggctatcaaaggaatggtgaagcacaagga
tcaggaaagctagaatggctccctcactgctcccttctggctttagcctg
gctatcgccagtgtttatgcctaaatatgcctaaataattcgcagtaggt
cgggagagccatgaactggaaagcttcatcctccttgagacaaggaagct
aggctactatgtccattggtgtatgggtgaaacaacctaacaaaaataaa
catttactctaattcatacgaatggagttggggcatgctgaggcatactt
tttgacagtcacaaatttaaagccacggagaatatcttgccttttccaca
gtgggtaaaaataggagatgctacatagaatttcagaggagctagcctct
cagcttagagagacaaatgatcaatatttagtttagaaagtaagaggaag
gaccagttattgagaatttgtagtcagtatattcagtaagtaagtggcat
attgagaactgtattatttcaattatcatctaacctgaaaggccatgtag
tcttagcctcattgaaagctgatggaggggagggggatgtctaaagacca
cagattaataatctaccacataagcaaagctatcgtttgaaaactgaaag
gaatattccttaagaaacaaaaccaacatcaaaaatatcactcagttcac
tggggaatacagtgaaaggatccttttgaacagtgacaacagccggtgct
gggactccacactgctgatcaagacttgcagactttaagtgagcttgaaa
actcattcctgtcaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_117474762_117475879
seq2: B6Ng01-237O12.b_44_1161 (reverse)

seq1  GATTTCTAAGCACTCAATCTCTTCT-TGAGGCGGGAA--TAAACTCAAAC  47
      ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||  
seq2  GATTTCT-AGCACTCAAT-TCTTCTCTGAGGCGGGAAATTAAACTCAA--  46

seq1  CTATGGTTATTATCCAAATATC-GAACAGTATTTATTAGAACTAAACAAT  96
      ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||| ||
seq2  CTATGGTTATTATCC-AATATCGGAACAGTATTTATTAGAGCTTAAC-AT  94

seq1  ATCTGAAG-ATTACAGTTGGTGTGTTGATTTCTTTTTATAAGGTTC-ATT  144
      |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATCTGAAGAATTACAG-TGGTGTGTTGATTTCTTTTTATAAGGTTCAATT  143

seq1  CTTAAATGA--GAAAAAACAAACAAACATTGGTTACTTGTGTGAGGTTGC  192
      |||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATGAAGAAAAAAACAAAC-AACATTGGTTACTTGTGTGAGGTTGC  192

seq1  AGATTAGCTTCCTAAAATGCAGATTGTAGTATGATTTAGGCTGGTTACCT  242
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGCTTCCT-AAATGCAGATTGTAGTATGATTTAGGCTGGTTACCT  241

seq1  GTATAAGTCTCTCTAGGCCTCTCTTGTGATGTAGACCCATC-AAGGCCTC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTATAAGTCTCTCTAGGCCTCTCTTGTGATGTAGACCCATCAAAGGCCTC  291

seq1  TACCTGCTTTAGCCATAACTTACAAAACTCTGTGAAGACCCCACTGTCTT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCTTTAGCCATAACTTACAAAACTCTGTGAAGACCCCACTGTCTT  341

seq1  AGTACCACGGTGAACTAATCAAACATGATCCATAGCTCTAGCCTCAATGT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCACGGTGAACTAATCAAACATGATCCATAGCTCTAGCCTCAATGT  391

seq1  CAAATGCAAAGTCACTTGTTGTGCCCTCTGTGAAAGGTATTAATGTCGAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCAAAGTCACTTGTTGTGCCCTCTGTGAAAGGTATTAATGTCGAG  441

seq1  TGAGTGTCTTGAAGCAGGGCCAGAGTGTGTCATAAAATCCCACATCTACC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTCTTGAAGCAGGGCCAGAGTGTGTCATAAAATCCCACATCTACC  491

seq1  CAGAAAGAAGCAAAGAAGCAGACGCGGGAGCCCATTGACTCAACCCTGCC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGAAGCAAAGAAGCAGACGCGGGAGCCCATTGACTCAACCCTGCC  541

seq1  TTGACTTGACGTTCACAACCTCAAGGGTGGTGAGGCCATTCGCAAACTCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTGACGTTCACAACCTCAAGGGTGGTGAGGCCATTCGCAAACTCA  591

seq1  CTCATTGCCTCTGCAAGTGAAGTCTGGGTTACGATGGTGGCCTTTCCGGC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGCCTCTGCAAGTGAAGTCTGGGTTACGATGGTGGCCTTTCCGGC  641

seq1  AGTGTGAGTGAGGAAAGGCCCCACAAGTTGCCTGTTCCGGCTCCCTGGAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGTGAGGAAAGGCCCCACAAGTTGCCTGTTCCGGCTCCCTGGAA  691

seq1  ACTCCTGTGACTTTCATCAGTCTTCAAAGTGAGCTGGAGCCAGACATCTT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGTGACTTTCATCAGTCTTCAAAGTGAGCTGGAGCCAGACATCTT  741

seq1  TCCAGGGCCAAAATAGTTTGGAAACAAAAATACGCAGTGCGGGCAAATCC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGCCAAAATAGTTTGGAAACAAAAATACGCAGTGCGGGCAAATCC  791

seq1  ACGAGAGTCAAGGCAGCTGAATAAGCACGCAGCTCACGGCACAGGAAACC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGAGTCAAGGCAGCTGAATAAGCACGCAGCTCACGGCACAGGAAACC  841

seq1  AGGCTGCCCTGTAAATGAAATTAGTGTAATGAGGCTCTGTCGCCATCCCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCCCTGTAAATGAAATTAGTGTAATGAGGCTCTGTCGCCATCCCA  891

seq1  CGCCGGAGCTGAAAACTGACCTCTGCCAAGTGTAGTGTGTCAGATCTTCC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCGGAGCTGAAAACTGACCTCTGCCAAGTGTAGTGTGTCAGATCTTCC  941

seq1  TGGCTGAAGGCACACAGGACTTTGAGCTGGAGATTCTCCTGTGGACTACA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAAGGCACACAGGACTTTGAGCTGGAGATTCTCCTGTGGACTACA  991

seq1  GGAGTACTCTGTGCTAGCATCGCCTCCTTGGGGGCAGTCCTCTAGAACCT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTACTCTGTGCTAGCATCGCCTCCTTGGGGGCAGTCCTCTAGAACCT  1041

seq1  CACAGTGCAGAATGGACCCCTGACATCTTATTTTAGGGGCTATTTATTCA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGCAGAATGGACCCCTGACATCTTATTTTAGGGGCTATTTATTCA  1091

seq1  TGGTGAGCTTTGGGTTAACTGGAATTC  1118
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGCTTTGGGTTAACTGGAATTC  1118

seq1: chr9_117319239_117320304
seq2: B6Ng01-237O12.g_69_1135

seq1  GAATTCCATTGGAAATCTAAATCACAATTCCAATTTCATCCTCATACTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTGGAAATCTAAATCACAATTCCAATTTCATCCTCATACTAT  50

seq1  ACCAACCAACACAGGACTTGACTCCTCTAGGGTGCCAGTCAACAATGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCAACACAGGACTTGACTCCTCTAGGGTGCCAGTCAACAATGAGA  100

seq1  TTGGTGAACACTCTGCACAGCCAGGAAAATAGGGTTTTGATGGCTCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAACACTCTGCACAGCCAGGAAAATAGGGTTTTGATGGCTCTTTC  150

seq1  CAGGGTAGGGTCAAGAAGGTAGATTATTAGCGCTCTTCTTGTGACTTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTAGGGTCAAGAAGGTAGATTATTAGCGCTCTTCTTGTGACTTCTA  200

seq1  TGCCCTACTTTTGAAACTTGTGATTTGGACACATGATGCCCACTAAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTACTTTTGAAACTTGTGATTTGGACACATGATGCCCACTAAGAAG  250

seq1  AAATGCAAAAACATTTCACAGGCTATCAAAGGAATGGTGAAGCACAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAAAAACATTTCACAGGCTATCAAAGGAATGGTGAAGCACAAGGA  300

seq1  TCAGGAAAGCTAGAATGGCTCCCTCACTGCTCCCTTCTGGCTTTAGCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAAGCTAGAATGGCTCCCTCACTGCTCCCTTCTGGCTTTAGCCTG  350

seq1  GCTATCGCCAGTGTTTATGCCTAAATATGCCTAAATAATTCGCAGTAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCGCCAGTGTTTATGCCTAAATATGCCTAAATAATTCGCAGTAGGT  400

seq1  CGGGAGAGCCATGAACTGGAAAGCTTCATCCTCCTTGAGACAAGGAAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGAGCCATGAACTGGAAAGCTTCATCCTCCTTGAGACAAGGAAGCT  450

seq1  AGGCTACTATGTCCATTGGTGTATGGGTGAAACAACCTAACAAAAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACTATGTCCATTGGTGTATGGGTGAAACAACCTAACAAAAATAAA  500

seq1  CATTTACTCTAATTCATACGAATGGAGTTGGGGCATGCTGAGGCATACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTCTAATTCATACGAATGGAGTTGGGGCATGCTGAGGCATACTT  550

seq1  TTTGACAGTCACAAATTTAAAGCCACGGAGAATATCTTGCCTTTTCCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAGTCACAAATTTAAAGCCACGGAGAATATCTTGCCTTTTCCACA  600

seq1  GTGGGTAAAAATAGGAGATGCTACATAGAATTTCAGAGGAGCTAGCCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAAAAATAGGAGATGCTACATAGAATTTCAGAGGAGCTAGCCTCT  650

seq1  CAGCTTAGAGAGACAAATGATCAATATTTAGTTTAGAAAGTAAGAGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTAGAGAGACAAATGATCAATATTTAGTTTAGAAAGTAAGAGGAAG  700

seq1  GACCAGTTATTGAGAATTTGTAGTCAGTATATTCAGTAAGTAAGTGGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTTATTGAGAATTTGTAGTCAGTATATTCAGTAAGTAAGTGGCAT  750

seq1  ATTGAGAACTGTATTATTTCAATTATCATCTAACCTGAAAGGCCATGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGAACTGTATTATTTCAATTATCATCTAACCTGAAAGGCCATGTAG  800

seq1  TCTTAGCCTCATTGAAAGCTGATGGAGGGGAGGGGGATGTCTAAAGACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCCTCATTGAAAGCTGATGGAGGGGAGGGGGATGTCTAAAGACCA  850

seq1  CAGATTAATAATCTACCACATAAGCAAAAGCTATCGTTTGAAAACTG-AA  899
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGATTAATAATCTACCACATAAGC-AAAGCTATCGTTTGAAAACTGAAA  899

seq1  GGAATATTCCTTAAAGAAACAAAACCAACATCAAAAATATCACTCAGTCA  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  GGAATATTCCTT-AAGAAACAAAACCAACATCAAAAATATCACTCAGTTC  948

seq1  ACTGGGGAATACAGTGAAAGGATCCTTTTG-ACAGTGACAACAGCCGGTG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGAATACAGTGAAAGGATCCTTTTGAACAGTGACAACAGCCGGTG  998

seq1  CTGGGACTCCAACACTGCTGATCAAGAC-TGCAGACTTAAAGTGAGCCTT  1047
      |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||
seq2  CTGGGACTCC-ACACTGCTGATCAAGACTTGCAGACTTTAAGTGAG-CTT  1046

seq1  GAAAACTCA-TCCTG-CAACA  1066
      ||||||||| ||||| |||||
seq2  GAAAACTCATTCCTGTCAACA  1067