BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239G02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 94,514,976 - 94,668,259
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc9a9
Upstream geneLOC674371, LOC384967, EG384968, 1190002N15Rik, EG667601
Downstream geneChst2, LOC667088, 2610101N10Rik, LOC100040097, Paqr9, Pcolce2, Trpc1, AI427122
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239G02.bB6Ng01-239G02.g
ACCGA049822GA049823
length1,1201,111
definitionB6Ng01-239G02.b B6Ng01-239G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,514,976 - 94,516,095)(94,667,135 - 94,668,259)
sequence
gaattctaatggtctgtatcctacaactgaccttactaggatcctctgag
ggatgctgttggaatttggagttatacattatgagagctgagtttccagg
cagtcaggccctggaataaagagctccttaccaaaacactgacccgagag
accttactagagttagtgatagatatagagtatgttacccagcatgcagt
gggaagtgatgctagaccagatcctgctcgggctctccagctttggtaaa
gtgtttgccacggattccttaggcagaaggcatgcacagcatattggaat
gtaatttgacttgcctctatccctgcactttctgtttcccaagtaaaatg
ctatttaaaaaaaaaaaaaaagtcctcttttcccttacccagaatgctac
atgttcacattccttcctccttcacttggaccacacttaaatcactaggt
tctactaatgactggttctggttttatatacttgcgatttcttcatttgc
ttgcttatattttattgaaatataacaaatctacatgtatgagagatata
tatgtgatattttgatgcatgcattcaagctacaatgacaggcataatca
tatttctatcactttgaacacttattatttctctgtgctgtcgtcatcca
aagcccccttttctagctactttaaagctgtcctacatttaccccactac
gcaataggacactagaattctctctcccttctgtactcgggtactcatta
tccaccctatctccacccctcaccctgtcctcacttcgtgacatgctgtg
cgttctttcttcctagcttccggagtatgccggggtgaccagtgatggct
gccaaaactttccactggacaactgcacttatctaaggattgccatatct
agcatgaaaaatattccatgtccgttgttggtgcattttgaggctgaatt
ccaaaatagcacggaaggcccttcctcatattctaaatacttcttgcttt
ctagtttccctctcgtggtacgttttttttacttttctgttgccccgatc
ttcacagctgttgagggtgtttgtctatttcacagaatacacattcactg
gattctgacaaccagttgta

gaattctctctttgggtttactgaaaataatatcttttcattttcttatt
acttgctctatcccagctacaattagcgttctctgcttgtcacttactat
ttccggcttttgccaagttgttctgatgaatggcagcagcatttttattt
aagaaaggcagcaggtactatagtgaagtttgaaacacaaaaataaagac
ttgattccaaactcactcaatgcctataataagaattaaagaattaaaat
gaaaacctccccagacggcagatctgggaagtaacctgagggtttcaaat
gatccataccttacatccagtgattgatatctgacaccaatatttgttac
agaaaacatgactccccagcatttatgttgggggttaagctaactctcta
aataaaaagtattgctcaatgtaaaataaaataaaaatgtgagttaacaa
aaagacagatacctagtcttattccactaacataccggctttgttaccac
catcataatgaacaatgcttaaatccatcaattacacgaaattacccata
tgtcctgttaacactgtacatacatatgtaacttagtcctcacaaaactg
ttacaatactctacgatagaagtttaaaacaagtgtaagcaattcacatc
cattcctgtgttcatgtgctttctttggggttgaagaccaagggctacat
ttcctagactccatcaccacaggttctgcaattcatattttctcacctac
tgacatgctggatctagactttggagataattggtactccgaggctattt
attctccttctacagtggaagatggtacttagcggaagttggttttatgg
cagtctctgaattgttttctagtcctctactcaaagctcagagctggctg
ggccaaattctcctatgggtccttcactcttgtctcagattccctgatgg
ttggcatagtggtaaatttcctgacttcttcttccttctctactgtttat
aagctgtaagatataataaatcctttccatttttaatacccaaggtgatc
tgttcctgattagccttactgtgacaaatatattgatcctagactgttcc
tacctaccagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_94514976_94516095
seq2: B6Ng01-239G02.b_46_1165

seq1  GAATTCTAATGGTCTGTATCCTACAACTGACCTTACTAGGATCCTCTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATGGTCTGTATCCTACAACTGACCTTACTAGGATCCTCTGAG  50

seq1  GGATGCTGTTGGAATTTGGAGTTATACATTATGAGAGCTGAGTTTCCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTGTTGGAATTTGGAGTTATACATTATGAGAGCTGAGTTTCCAGG  100

seq1  CAGTCAGGCCCTGGAATAAAGAGCTCCTTACCAAAACACTGACCCGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGGCCCTGGAATAAAGAGCTCCTTACCAAAACACTGACCCGAGAG  150

seq1  ACCTTACTAGAGTTAGTGATAGATATAGAGTATGTTACCCAGCATGCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTACTAGAGTTAGTGATAGATATAGAGTATGTTACCCAGCATGCAGT  200

seq1  GGGAAGTGATGCTAGACCAGATCCTGCTCGGGCTCTCCAGCTTTGGTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTGATGCTAGACCAGATCCTGCTCGGGCTCTCCAGCTTTGGTAAA  250

seq1  GTGTTTGCCACGGATTCCTTAGGCAGAAGGCATGCACAGCATATTGGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGCCACGGATTCCTTAGGCAGAAGGCATGCACAGCATATTGGAAT  300

seq1  GTAATTTGACTTGCCTCTATCCCTGCACTTTCTGTTTCCCAAGTAAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTGACTTGCCTCTATCCCTGCACTTTCTGTTTCCCAAGTAAAATG  350

seq1  CTATTTAAAAAAAAAAAAAAAGTCCTCTTTTCCCTTACCCAGAATGCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTAAAAAAAAAAAAAAAGTCCTCTTTTCCCTTACCCAGAATGCTAC  400

seq1  ATGTTCACATTCCTTCCTCCTTCACTTGGACCACACTTAAATCACTAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCACATTCCTTCCTCCTTCACTTGGACCACACTTAAATCACTAGGT  450

seq1  TCTACTAATGACTGGTTCTGGTTTTATATACTTGCGATTTCTTCATTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTAATGACTGGTTCTGGTTTTATATACTTGCGATTTCTTCATTTGC  500

seq1  TTGCTTATATTTTATTGAAATATAACAAATCTACATGTATGAGAGATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTATATTTTATTGAAATATAACAAATCTACATGTATGAGAGATATA  550

seq1  TATGTGATATTTTGATGCATGCATTCAAGCTACAATGACAGGCATAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGATATTTTGATGCATGCATTCAAGCTACAATGACAGGCATAATCA  600

seq1  TATTTCTATCACTTTGAACACTTATTATTTCTCTGTGCTGTCGTCATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTATCACTTTGAACACTTATTATTTCTCTGTGCTGTCGTCATCCA  650

seq1  AAGCCCCCTTTTCTAGCTACTTTAAAGCTGTCCTACATTTACCCCACTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCCTTTTCTAGCTACTTTAAAGCTGTCCTACATTTACCCCACTAC  700

seq1  GCAATAGGACACTAGAATTCTCTCTCCCTTCTGTACTCGGGTACTCATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGGACACTAGAATTCTCTCTCCCTTCTGTACTCGGGTACTCATTA  750

seq1  TCCACCCTATCTCCACCCCTCACCCTGTCCTCACTTCGTGACATGCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCTATCTCCACCCCTCACCCTGTCCTCACTTCGTGACATGCTGTG  800

seq1  CGTTCTTTCTTCCTAGCTTCCGGAGTATGCCGGGGTGACCAGTGATGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTTTCTTCCTAGCTTCCGGAGTATGCCGGGGTGACCAGTGATGGCT  850

seq1  GCCAAAACTTTCCACTGGACAACTGCACTTATCTAAGGATTGCCATATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAACTTTCCACTGGACAACTGCACTTATCTAAGGATTGCCATATCT  900

seq1  AGCATG-AAAATATTCCATGTCCGTTGTTGGTGCA-TTTGAGGCTGAAAT  948
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  AGCATGAAAAATATTCCATGTCCGTTGTTGGTGCATTTTGAGGCTG-AAT  949

seq1  TCCAAAAATAGCACGGAAGGCCCTTCCTCATATTCTAAATACTTCTTGGC  998
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCC-AAAATAGCACGGAAGGCCCTTCCTCATATTCTAAATACTTCTT-GC  997

seq1  TTTCTAG-TTCCCTCTCGTGGTAACCGTTTTTTTAC-TTTCTGTTGCCCC  1046
      ||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTCTAGTTTCCCTCTCGTGGT-ACGTTTTTTTTACTTTTCTGTTGCCCC  1046

seq1  GATCTTCACAGCTGTTGAGGGTGTTTGTCTATTTCCACAGGAATACACA-  1095
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| 
seq2  GATCTTCACAGCTGTTGAGGGTGTTTGTCTATTT-CACA-GAATACACAT  1094

seq1  TCACTTGATCCTGACAA-CAGTTGTA  1120
      ||||| ||| ||||||| ||||||||
seq2  TCACTGGATTCTGACAACCAGTTGTA  1120


seq1: chr9_94667135_94668259
seq2: B6Ng01-239G02.g_66_1176 (reverse)

seq1  ACTGGTAGTAGGGAACACTCTAGGAACAATATATTTTTGTCACAGTAAGG  50
      ||||||||   |||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||||
seq2  ACTGGTAGGTAGGAACAGTCTAGGATCAATATA--TTTGTCACAGTAAGG  48

seq1  GCTTAATCAGGAAACAGATCCACCCTGGGTATTAAAAATGGAAAGAATTT  100
         |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  --CTAATCAGG-AACAGAT-CACCTTGGGTATTAAAAATGGAAAGGATTT  94

seq1  AATTATATCTTACAGCTTATAAAACAGTAGGAAGAAAGGAAGAAGAAAGT  150
       ||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||| ||||
seq2  -ATTATATCTTACAGCTTAT-AAACAGTAG--AG-AAGGAAGAAG-AAGT  138

seq1  CAAGGAAATTTACAACTATGCCCAAACCATCAGGGAATCTGAGACAAGAG  200
      | ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AGGAAATTTACCACTATGCC--AACCATCAGGGAATCTGAGACAAGAG  185

seq1  TGAAGGA-CCATAGGAGAATTTGGCCCAGCCAGCTCTGAGCTTTGAGTAG  249
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGACCCATAGGAGAATTTGGCCCAGCCAGCTCTGAGCTTTGAGTAG  235

seq1  AGGACTAGAAAACAATTCAGAGACTGCCATAAAACCAACTTCCGCTAAGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTAGAAAACAATTCAGAGACTGCCATAAAACCAACTTCCGCTAAGT  285

seq1  ACCATCTTCCACTGTAGAAGGAGAATAAATAGCCTCGGAGTACCAATTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTTCCACTGTAGAAGGAGAATAAATAGCCTCGGAGTACCAATTAT  335

seq1  CTCCAAAGTCTAGATCCAGCATGTCAGTAGGTGAGAAAATATGAATTGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGTCTAGATCCAGCATGTCAGTAGGTGAGAAAATATGAATTGCA  385

seq1  GAACCTGTGGTGATGGAGTCTAGGAAATGTAGCCCTTGGTCTTCAACCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGTGGTGATGGAGTCTAGGAAATGTAGCCCTTGGTCTTCAACCCC  435

seq1  AAAGAAAGCACATGAACACAGGAATGGATGTGAATTGCTTACACTTGTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGCACATGAACACAGGAATGGATGTGAATTGCTTACACTTGTTT  485

seq1  TAAACTTCTATCGTAGAGTATTGTAACAGTTTTGTGAGGACTAAGTTACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTCTATCGTAGAGTATTGTAACAGTTTTGTGAGGACTAAGTTACA  535

seq1  TATGTATGTACAGTGTTAACAGGACATATGGGTAATTTCGTGTAATTGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTACAGTGTTAACAGGACATATGGGTAATTTCGTGTAATTGAT  585

seq1  GGATTTAAGCATTGTTCATTATGATGGTGGTAACAAAGCCGGTATGTTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTAAGCATTGTTCATTATGATGGTGGTAACAAAGCCGGTATGTTAG  635

seq1  TGGAATAAGACTAGGTATCTGTCTTTTTGTTAACTCACATTTTTATTTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATAAGACTAGGTATCTGTCTTTTTGTTAACTCACATTTTTATTTTA  685

seq1  TTTTACATTGAGCAATACTTTTTATTTAGAGAGTTAGCTTAACCCCCAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATTGAGCAATACTTTTTATTTAGAGAGTTAGCTTAACCCCCAAC  735

seq1  ATAAATGCTGGGGAGTCATGTTTTCTGTAACAAATATTGGTGTCAGATAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGCTGGGGAGTCATGTTTTCTGTAACAAATATTGGTGTCAGATAT  785

seq1  CAATCACTGGATGTAAGGTATGGATCATTTGAAACCCTCAGGTTACTTCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACTGGATGTAAGGTATGGATCATTTGAAACCCTCAGGTTACTTCC  835

seq1  CAGATCTGCCGTCTGGGGAGGTTTTCATTTTAATTCTTTAATTCTTATTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGCCGTCTGGGGAGGTTTTCATTTTAATTCTTTAATTCTTATTA  885

seq1  TAGGCATTGAGTGAGTTTGGAATCAAGTCTTTATTTTTGTGTTTCAAACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTGAGTGAGTTTGGAATCAAGTCTTTATTTTTGTGTTTCAAACT  935

seq1  TCACTATAGTACCTGCTGCCTTTCTTAAATAAAAATGCTGCTGCCATTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATAGTACCTGCTGCCTTTCTTAAATAAAAATGCTGCTGCCATTCA  985

seq1  TCAGAACAACTTGGCAAAAGCCGGAAATAGTAAGTGACAAGCAGAGAACG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACAACTTGGCAAAAGCCGGAAATAGTAAGTGACAAGCAGAGAACG  1035

seq1  CTAATTGTAGCTGGGATAGAGCAAGTAATAAGAAAATGAAAAGATATTAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTGTAGCTGGGATAGAGCAAGTAATAAGAAAATGAAAAGATATTAT  1085

seq1  TTTCAGTAAACCCAAAGAGAGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTAAACCCAAAGAGAGAATTC  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |