BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242I21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 34,121,499 - 34,268,537
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042343
Downstream geneKirrel3, St3gal4, Dcps, Tirap, Foxred1, Srpr, C030004A17Rik, Rpusd4, EG434394, Cdon
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242I21.bB6Ng01-242I21.g
ACCGA052166GA052167
length1,0401,061
definitionB6Ng01-242I21.b B6Ng01-242I21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,267,946 - 34,268,537)(34,121,499 - 34,122,566)
sequence
gaattcacataggaactgggtttataggttaattgatattaaggctaggg
tgggccacacaagtggactttcatgggacataagaactaatggcccacta
agaaaattgacttcatttcttatttgaaagcccatcctgtgtctcttaca
tgccttttgcctaccacttccatttctacatgcttcagatactgtggcat
cgtttattgagcattttactttaatttgacttaaactaatttgtttgact
tcatctaagctgtgacatctgttaggtgtttttcggtagttatagtttct
ctaatacatattaaagtagagtcataactgttaaaatagaaatactcagc
catgtaacttccaaaaccatcctagtaccactgttgttatacatacatct
catgaagcaggagtaaaagtgagaattaaagccacagctagccctgattt
tcctcatggacacagaataaagaggtaccagagatgaaaagaaaaggaac
ctaaggaaccaggaagacgtattgtcacttgagtatataggggcaggata
agagaaatcattgtgaccacactgtctagagttagatggccacggtggta
gtgaggcaggacagtctgcccgtgtttggaaagtaagccagcacacatga
cttgctgatagatgtgatgtggaaaaatgggttaaggaaaagaaaacaaa
gccctgagctttgagcctgagcaagaggaatgttaaacatgaggattaac
tgagatgtggatagctgaagaccgtccaaattggaagaaagtgaaagagg
tttaggattccaaattgcccagttcattcatatactattcattcacttat
ttagctatttctcatgagacaagttcttactcagcccagactagacacag
cctcggatgagaataaacttgaatttctgattctctggtctctgccttct
gagttctcagattacagtcacgagccactacacctagtttcatacagggc
tgggaactgaacccagggttttgtgatgctaatccaacac

gaattctttcagtggatctaaacacaagagggaatacactgggccagaga
atacatctctgtaggtgactctggaaaccctttgcctgtttccaattggg
aaatggtaaaatcaagggaacatattttctgtgaccacaggacatccctg
tctcatccttacttgttaataccagagcacagcaagtcctgtgcacagca
agtccagctcagttcttagaaatattgatgcacgacattgcaggcttaat
gaatgttaatctacagctgctcacacccaaaggcttcttaggataaataa
caaaatgcagaattataataaatggagtctctgggcccctgtaaatttcc
cagaaggaagcaaattgaatcagcataaaaccccaaagcaacagtaacag
aaagagaagtcaaggtgccttggatcacagagccctgcagagctccagcg
aagccagtgagaggacagccagggtctcctctggggaaagctgtgagtag
ctgacagtatgatggagcctgccttaaagctatatagattgtccatgtac
aattgcaaggacagcaaagaagcaagctttaaaatctagagggtgtcaat
gctcaccaacttcctctccttgcaacactgaggggtgggcatataaaaca
aaggcaaacttacagagaaagtcttgtaaactctgcatggactaggataa
agaacaggcagtgatggagtcagggcaggaacagaatataaacaaaatgc
ctgtcagactctatgtccacagctctgccctactcgcctttgccgacaat
atagtcgaatgtccttgctagcatgacctggaacgtgatgagtgatagta
tgttcaatctatgttgaatggtgcttgaaagaagaatgggcacacttgtg
gcctctctttctcaattagcaacaaccctccaaacgtccttgacctaaga
tgggatcagttcaatgctggaatatgacttgtttcctggtcctctgttcc
cttgctggatggtgggttttgtaagcagggctgcactgagctctcccatc
agtcatctgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_34267946_34268537
seq2: B6Ng01-242I21.b_45_636 (reverse)

seq1  TGGCCATCTAACTCTAGACAGTGTGGTCACAATGATTTCTCTTATCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATCTAACTCTAGACAGTGTGGTCACAATGATTTCTCTTATCCTGC  50

seq1  CCCTATATACTCAAGTGACAATACGTCTTCCTGGTTCCTTAGGTTCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATATACTCAAGTGACAATACGTCTTCCTGGTTCCTTAGGTTCCTTT  100

seq1  TCTTTTCATCTCTGGTACCTCTTTATTCTGTGTCCATGAGGAAAATCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCATCTCTGGTACCTCTTTATTCTGTGTCCATGAGGAAAATCAGG  150

seq1  GCTAGCTGTGGCTTTAATTCTCACTTTTACTCCTGCTTCATGAGATGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTGTGGCTTTAATTCTCACTTTTACTCCTGCTTCATGAGATGTAT  200

seq1  GTATAACAACAGTGGTACTAGGATGGTTTTGGAAGTTACATGGCTGAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAACAACAGTGGTACTAGGATGGTTTTGGAAGTTACATGGCTGAGTA  250

seq1  TTTCTATTTTAACAGTTATGACTCTACTTTAATATGTATTAGAGAAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTTTAACAGTTATGACTCTACTTTAATATGTATTAGAGAAACTA  300

seq1  TAACTACCGAAAAACACCTAACAGATGTCACAGCTTAGATGAAGTCAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACCGAAAAACACCTAACAGATGTCACAGCTTAGATGAAGTCAAAC  350

seq1  AAATTAGTTTAAGTCAAATTAAAGTAAAATGCTCAATAAACGATGCCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGTTTAAGTCAAATTAAAGTAAAATGCTCAATAAACGATGCCACA  400

seq1  GTATCTGAAGCATGTAGAAATGGAAGTGGTAGGCAAAAGGCATGTAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGAAGCATGTAGAAATGGAAGTGGTAGGCAAAAGGCATGTAAGAG  450

seq1  ACACAGGATGGGCTTTCAAATAAGAAATGAAGTCAATTTTCTTAGTGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGATGGGCTTTCAAATAAGAAATGAAGTCAATTTTCTTAGTGGGC  500

seq1  CATTAGTTCTTATGTCCCATGAAAGTCCACTTGTGTGGCCCACCCTAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGTTCTTATGTCCCATGAAAGTCCACTTGTGTGGCCCACCCTAGCC  550

seq1  TTAATATCAATTAACCTATAAACCCAGTTCCTATGTGAATTC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATCAATTAACCTATAAACCCAGTTCCTATGTGAATTC  592


seq1: chr9_34121499_34122566
seq2: B6Ng01-242I21.g_69_1129

seq1  GAATTCTTTCAGTGGATCTAAACACAAGAGGGAATACACTGGGCCAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAGTGGATCTAAACACAAGAGGGAATACACTGGGCCAGAGA  50

seq1  ATACATCTCTGTAGGTGACTCTGGAAACCCTTTGCCTGTTTCCAATTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCTCTGTAGGTGACTCTGGAAACCCTTTGCCTGTTTCCAATTGGG  100

seq1  AAATGGTAAAATCAAGGGAACATATTTTCTGTGACCACAGGACATCCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTAAAATCAAGGGAACATATTTTCTGTGACCACAGGACATCCCTG  150

seq1  TCTCATCCTTACTTGTTAATACCAGAGCACAGCAAGTCCTGTGCACAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCCTTACTTGTTAATACCAGAGCACAGCAAGTCCTGTGCACAGCA  200

seq1  AGTCCAGCTCAGTTCTTAGAAATATTGATGCACGACATTGCAGGCTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGCTCAGTTCTTAGAAATATTGATGCACGACATTGCAGGCTTAAT  250

seq1  GAATGTTAATCTACAGCTGCTCACACCCAAAGGCTTCTTAGGATAAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTAATCTACAGCTGCTCACACCCAAAGGCTTCTTAGGATAAATAA  300

seq1  CAAAATGCAGAATTATAATAAATGGAGTCTCTGGGCCCCTGTAAATTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGCAGAATTATAATAAATGGAGTCTCTGGGCCCCTGTAAATTTCC  350

seq1  CAGAAGGAAGCAAATTGAATCAGCATAAAACCCCAAAGCAACAGTAACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGAAGCAAATTGAATCAGCATAAAACCCCAAAGCAACAGTAACAG  400

seq1  AAAGAGAAGTCAAGGTGCCTTGGATCACAGAGCCCTGCAGAGCTCCAGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAAGTCAAGGTGCCTTGGATCACAGAGCCCTGCAGAGCTCCAGCG  450

seq1  AAGCCAGTGAGAGGACAGCCAGGGTCTCCTCTGGGGAAAGCTGTGAGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGTGAGAGGACAGCCAGGGTCTCCTCTGGGGAAAGCTGTGAGTAG  500

seq1  CTGACAGTATGATGGAGCCTGCCTTAAAGCTATATAGATTGTCCATGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGTATGATGGAGCCTGCCTTAAAGCTATATAGATTGTCCATGTAC  550

seq1  AATTGCAAGGACAGCAAAGAAGCAAGCTTTAAAATCTAGAGGGTGTCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCAAGGACAGCAAAGAAGCAAGCTTTAAAATCTAGAGGGTGTCAAT  600

seq1  GCTCACCAACTTCCTCTCCTTGCAACACTGAGGGGTGGGCATATAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCAACTTCCTCTCCTTGCAACACTGAGGGGTGGGCATATAAAACA  650

seq1  AAGGCAAACTTACAGAGAAAGTCTTGTAAACTCTGCATGGACTAGGATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAACTTACAGAGAAAGTCTTGTAAACTCTGCATGGACTAGGATAA  700

seq1  AGAACAGGCAGTGATGGAGTCAGGGCAGGAACAGAATATAAACAAAATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGGCAGTGATGGAGTCAGGGCAGGAACAGAATATAAACAAAATGC  750

seq1  CTGTCAGACTCTATGTCCACAGCTCTGCCCTACTCGCCTTTGCCGACAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGACTCTATGTCCACAGCTCTGCCCTACTCGCCTTTGCCGACAAT  800

seq1  ATAGTCGAATGTCCTTGCTAGCATGACCTGGAACGTGATGAGTGATAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCGAATGTCCTTGCTAGCATGACCTGGAACGTGATGAGTGATAGTA  850

seq1  TGTTCAATCTATGTTGAATGGTGCTTGAAAGAAGAATGGGCACACTTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAATCTATGTTGAATGGTGCTTGAAAGAAGAATGGGCACACTTGTG  900

seq1  GCCTCTCTTTCTCAATTAGCAACAACCCTCCAAACGTCCTTGACCCTAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCCTCTCTTTCTCAATTAGCAACAACCCTCCAAACGTCCTTGA-CCTAAG  949

seq1  ATGGGATCAGTTCAATGCTGGAATAATGACTTGTTTCCTGGTCTCCTGTT  1000
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||
seq2  ATGGGATCAGTTCAATGCTGGAAT-ATGACTTGTTTCCTGGTCCTCTGTT  998

seq1  CCCTTGCTGGATGGTGGGTTTTGTAAAGGCCAGGGCTGCACCTGAGCTCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |||||||||
seq2  CCCTTGCTGGATGGTGGGTTTTGTAA---GCAGGGCTGCA-CTGAGCTCT  1044

seq1  CCCATCAGCCATTCTGAT  1068
      |||||||| || ||||||
seq2  CCCATCAGTCA-TCTGAT  1061


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |