BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242K08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 99,007,450 - 99,164,625
singlet/doubletdoublet
Overlap genePik3cb, LOC100040442, LOC100040757, EG623459, Cep70
Upstream geneLOC667298, Nmnat3, Rbp1, Rbp2, 4930579K19Rik, Copb2, Mrps22, EG623166, EG623186, 2410012M07Rik, LOC546155, LOC100040370, 7420426K07Rik, LOC100040380, LOC667347, Foxl2os, Foxl2, Faim, Gm1123
Downstream geneD9Ertd280e, Mras, LOC623534, Armc8, Dbr1, A4gnt, Dzip1l, Cldn18, EG667429, Sox14, LOC667456, 4930519F24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242K08.bB6Ng01-242K08.g
ACCGA052235GA052236
length1,0731,104
definitionB6Ng01-242K08.b B6Ng01-242K08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,007,450 - 99,008,513)(99,163,529 - 99,164,625)
sequence
gaattctggggacttttcagagggtgtataaatgctagctaggccctagg
agccagggttgttagttgttcgtgtttttttttttttttttaactagtca
tgcacaaagaagacagaagaacaaattagatatcctgacagcaaagatta
aaattgccctaaggaccttgattccccccccccccccaatcaggaggaag
tagttaaaattaatggtgccccctttcctctctctatcccttttcctccc
ctaactggtgttagggatggacaagggtagaaaaaaaaaaaaagaaccca
caaagtagccaaagaccagctataaggacccacatggaaagagaaccaat
tcctatgagctatcttctcttagggaagacacatacacacacacacacac
acaaatcagatgttaaaaaagtaaaataaaataaccaaagcaaggcagtc
atgggggctcatgtctagaatcccactacttggaggctaaatcagagaag
cattgagtttgaggatagtctgagctacatacagagagatctggctttta
aaaaattaaattaaattaaattaaaaacaacagcaaacagggctggggag
atgactccagtggctgccccttcttcctgctctcacaaaagacatgggtt
tgattccagcacccagcttgaacggctgtaactccaagggatccaacacc
tctggcttcctagggatctgaaattatgtacatatatccacacacagaca
cacgttaaaaaaaaaaataagtacaagaaaagaaaagcacaagggaagtc
actagtcaccagttatttaagttcactttaagtcaccactatgtcaaatt
tagacaccacatctagaaaccacaactgactcaggtctaggacactgctg
tctgtgtgtgctacttggctaacaagcacatccaatggaccctaacaata
agtgggaatgggaaagcttctgcagaggtccccctctaagtgttttaggc
tattgggggtttcactgaaacagtatccctatagaggccaaggtctagtc
tcaaaatggagaaccctcctgtt
gaattcagtttccagcacccataagctcctgtaactccagttccaggaga
cctaacaccctcttctggcctccaaaggcacccatacattcatggcatac
actcacatagacacatacatgaatcttttaggaatcctcgtgaaactaca
acatgcagccacatagatgaatctcaaaatggggtactaaatagaaaaga
tcacctattaacatccctggcctatgccaatgctgactgttttcttctaa
cagcttctacttcagagcatttggattcccttgacctctttgccacagac
atacaacatggaaggcacatggaaactgggactaggatgaactgttccaa
cactaaccatcagaaaacaattatacctatataattcaatacaatacctg
taacattttatattccttttgaaggtcttttattctattttgttgctggc
aaaccctgtttagggattcatcttccaattcaccaattttggatttcaca
ctgtccataatctgctgcaggtcattggctcgctgttcctggtgtgccgc
tcggttctgttctagctgaagttcacttctagttaacagacacaattcct
tccctcagtgtcaaaataaaccagatcatacatgccatgtaacagcttac
tttcccaaaagtcttcacattcttaatatttcttattttgctttggtgcc
aagaatcaaaaattagcattattagcactgaactgcagcccagcctctac
actcctagatcttctaatagttctgcagtcatgcccctgacatagccagt
ctcgtccaccttataggagagagtaacagaagaaacagagggtgccatta
cacgtcaatgctaaatgctacctaaagtcatatctactcaatgtttgccc
atttatctgttaaaaatattgttttacatttaatacaaatgaaatttcag
ggtgttggaagaagatggtttcagtgggttaagagcactggctactcttc
cagaggacccaacctcagtcccagcatgcatagtgtttcacattcattca
tacctcctaggttccagaggatcctcatattcctctctgaacacttgagg
gttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_99007450_99008513
seq2: B6Ng01-242K08.b_50_1122

seq1  GAATTCTGGGGACTTTTCAGAGGGTGTATAAATGCTAGCTAGGCCCTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGGACTTTTCAGAGGGTGTATAAATGCTAGCTAGGCCCTAGG  50

seq1  AGCCAGGGTTGTTAGTTGTTCGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAACTAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGTTGTTAGTTGTTCGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAACTAGTCA  100

seq1  TGCACAAAGAAGACAGAAGAACAAATTAGATATCCTGACAGCAAAGATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAAGAAGACAGAAGAACAAATTAGATATCCTGACAGCAAAGATTA  150

seq1  AAATTGCCCTAAGGACCTTGATTCCCCCCCCCCCCCCAATCAGGAGGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCCCTAAGGACCTTGATTCCCCCCCCCCCCCCAATCAGGAGGAAG  200

seq1  TAGTTAAAATTAATGGTGCCCCCTTTCCTCTCTCTATCCCTTTTCCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAAATTAATGGTGCCCCCTTTCCTCTCTCTATCCCTTTTCCTCCC  250

seq1  CTAACTGGTGTTAGGGATGGACAAGGGTAGAAAAAAAAAAAAAGAACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGGTGTTAGGGATGGACAAGGGTAGAAAAAAAAAAAAAGAACCCA  300

seq1  CAAAGTAGCCAAAGACCAGCTATAAGGACCCACATGGAAAGAGAACCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAGCCAAAGACCAGCTATAAGGACCCACATGGAAAGAGAACCAAT  350

seq1  TCCTATGAGCTATCTTCTCTTAGGGAAGACACATACACACACACACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGAGCTATCTTCTCTTAGGGAAGACACATACACACACACACACAC  400

seq1  ACAAATCAGATGTTAAAAAAGTAAAATAAAATAACCAAAGCAAGGCAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCAGATGTTAAAAAAGTAAAATAAAATAACCAAAGCAAGGCAGTC  450

seq1  ATGGGGGCTCATGTCTAGAATCCCACTACTTGGAGGCTAAATCAGAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGCTCATGTCTAGAATCCCACTACTTGGAGGCTAAATCAGAGAAG  500

seq1  CATTGAGTTTGAGGATAGTCTGAGCTACATACAGAGAGATCTGGCTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGTTTGAGGATAGTCTGAGCTACATACAGAGAGATCTGGCTTTTA  550

seq1  AAAAATTAAATTAAATTAAATTAAAAACAACAGCAAACAGGGCTGGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTAAATTAAATTAAATTAAAAACAACAGCAAACAGGGCTGGGGAG  600

seq1  ATGACTCCAGTGGCTGCCCCTTCTTCCTGCTCTCACAAAAGACATGGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCCAGTGGCTGCCCCTTCTTCCTGCTCTCACAAAAGACATGGGTT  650

seq1  TGATTCCAGCACCCAGCTTGAACGGCTGTAACTCCAAGGGATCCAACACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCAGCACCCAGCTTGAACGGCTGTAACTCCAAGGGATCCAACACC  700

seq1  TCTGGCTTCCTAGGGATCTGAAATTATGTACATATATCCACACACAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTTCCTAGGGATCTGAAATTATGTACATATATCCACACACAGACA  750

seq1  CACGTTAAAAAAAAAAATAAGTACAAGAAAAGAAAAGCACAA-GGAAGTC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACGTTAAAAAAAAAAATAAGTACAAGAAAAGAAAAGCACAAGGGAAGTC  800

seq1  ACTAGTCACCAGTTATTTAAGTTCACTTTAAGTCACCACTATGTCAAATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTCACCAGTTATTTAAGTTCACTTTAAGTCACCACTATGTCAAATT  850

seq1  TAGACA-CACATCTAGAAACCAC-ACTGACTCAGGTCTAGGACACTGCTG  897
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACCACATCTAGAAACCACAACTGACTCAGGTCTAGGACACTGCTG  900

seq1  TCTGTGTGTGCTACTTGGCT-ACAAGCACATCCAATGGACCCTAACAATA  946
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGTGCTACTTGGCTAACAAGCACATCCAATGGACCCTAACAATA  950

seq1  AGTGGGAATGGGAAAGCTTCTGCAGAGGT-CCCCTCTAAGTGTTTTTAGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||
seq2  AGTGGGAATGGGAAAGCTTCTGCAGAGGTCCCCCTCTAAGTGTTTTAGGC  1000

seq1  TA-TGGGGGTTTCACTTGAAACAGTAT-CCTATAGAGCCCAAG--CTAGT  1041
      || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||  |||||
seq2  TATTGGGGGTTTCAC-TGAAACAGTATCCCTATAGAGGCCAAGGTCTAGT  1049

seq1  CTCAAAATGGAG-ACCCTCCTGTT  1064
      |||||||||||| |||||||||||
seq2  CTCAAAATGGAGAACCCTCCTGTT  1073

seq1: chr9_99163529_99164625
seq2: B6Ng01-242K08.g_66_1169 (reverse)

seq1  GAACCCTC-AGTGTTCAGAAGAGG-ATATGA-GATCCTCTGGAA-CTA-G  45
      |||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||| |
seq2  GAACCCTCAAGTGTTCAG-AGAGGAATATGAGGATCCTCTGGAACCTAGG  49

seq1  AGTTATGAATGATTGTGAACCACTATGCATGCTGGGAACTGAGTTTGGGT  95
      || ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  AGGTATGAATGAATGTGAAACACTATGCATGCTGGG-ACTGAGGTTGGGT  98

seq1  CCTCTGGAAGAGTAGCCAGTGCTCTTAA-CCACTG-AACCATCT--CTCC  141
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||   |||
seq2  CCTCTGGAAGAGTAGCCAGTGCTCTTAACCCACTGAAACCATCTTCTTCC  148

seq1  AACACCCTGAAATTTCATTTGTATTAAATGTAAAACAATATTTTTAACAG  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCCTGAAATTTCATTTGTATTAAATGTAAAACAATATTTTTAACAG  198

seq1  ATAAATGGGCAAACATTGAGTAGATATGACTTTAGGTAGCATTTAGCATT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGGGCAAACATTGAGTAGATATGACTTTAGGTAGCATTTAGCATT  248

seq1  GACGTGTAATGGCACCCTCTGTTTCTTCTGTTACTCTCTCCTATAAGGTG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGTAATGGCACCCTCTGTTTCTTCTGTTACTCTCTCCTATAAGGTG  298

seq1  GACGAGACTGGCTATGTCAGGGGCATGACTGCAGAACTATTAGAAGATCT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGAGACTGGCTATGTCAGGGGCATGACTGCAGAACTATTAGAAGATCT  348

seq1  AGGAGTGTAGAGGCTGGGCTGCAGTTCAGTGCTAATAATGCTAATTTTTG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGTAGAGGCTGGGCTGCAGTTCAGTGCTAATAATGCTAATTTTTG  398

seq1  ATTCTTGGCACCAAAGCAAAATAAGAAATATTAAGAATGTGAAGACTTTT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGGCACCAAAGCAAAATAAGAAATATTAAGAATGTGAAGACTTTT  448

seq1  GGGAAAGTAAGCTGTTACATGGCATGTATGATCTGGTTTATTTTGACACT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGTAAGCTGTTACATGGCATGTATGATCTGGTTTATTTTGACACT  498

seq1  GAGGGAAGGAATTGTGTCTGTTAACTAGAAGTGAACTTCAGCTAGAACAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAGGAATTGTGTCTGTTAACTAGAAGTGAACTTCAGCTAGAACAG  548

seq1  AACCGAGCGGCACACCAGGAACAGCGAGCCAATGACCTGCAGCAGATTAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGAGCGGCACACCAGGAACAGCGAGCCAATGACCTGCAGCAGATTAT  598

seq1  GGACAGTGTGAAATCCAAAATTGGTGAATTGGAAGATGAATCCCTAAACA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTGTGAAATCCAAAATTGGTGAATTGGAAGATGAATCCCTAAACA  648

seq1  GGGTTTGCCAGCAACAAAATAGAATAAAAGACCTTCAAAAGGAATATAAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGCCAGCAACAAAATAGAATAAAAGACCTTCAAAAGGAATATAAA  698

seq1  ATGTTACAGGTATTGTATTGAATTATATAGGTATAATTGTTTTCTGATGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACAGGTATTGTATTGAATTATATAGGTATAATTGTTTTCTGATGG  748

seq1  TTAGTGTTGGAACAGTTCATCCTAGTCCCAGTTTCCATGTGCCTTCCATG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTTGGAACAGTTCATCCTAGTCCCAGTTTCCATGTGCCTTCCATG  798

seq1  TTGTATGTCTGTGGCAAAGAGGTCAAGGGAATCCAAATGCTCTGAAGTAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGTCTGTGGCAAAGAGGTCAAGGGAATCCAAATGCTCTGAAGTAG  848

seq1  AAGCTGTTAGAAGAAAACAGTCAGCATTGGCATAGGCCAGGGATGTTAAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTTAGAAGAAAACAGTCAGCATTGGCATAGGCCAGGGATGTTAAT  898

seq1  AGGTGATCTTTTCTATTTAGTACCCCATTTTGAGATTCATCTATGTGGCT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATCTTTTCTATTTAGTACCCCATTTTGAGATTCATCTATGTGGCT  948

seq1  GCATGTTGTAGTTTCACGAGGATTCCTAAAAGATTCATGTATGTGTCTAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTTGTAGTTTCACGAGGATTCCTAAAAGATTCATGTATGTGTCTAT  998

seq1  GTGAGTGTATGCCATGAATGTATGGGTGCCTTTGGAGGCCAGAAGAGGGT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGTATGCCATGAATGTATGGGTGCCTTTGGAGGCCAGAAGAGGGT  1048

seq1  GTTAGGTCTCCTGGAACTGGAGTTACAGGAGCTTATGGGTGCTGGAAACT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGTCTCCTGGAACTGGAGTTACAGGAGCTTATGGGTGCTGGAAACT  1098

seq1  GAATTC  1097
      ||||||
seq2  GAATTC  1104