BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243D24
Chromosome9 (Build37)
Map Location 119,228,602 - 119,353,486
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyd88, Acaa1a, Xylb, Acvr2b
Upstream geneEomes, Golga4, Itga9, LOC100039768, Ctdspl, Vill, Plcd1, Dlec1, Acaa1b, EG546165, Slc22a14, Slc22a13, 9330176C04Rik, Oxsr1
Downstream geneEndogl1, Scn5a, Scn10a, Scn11a, LOC100039837, Wdr48, Gorasp1, Ttc21a, Axud1, Cmya1, Cx3cr1, Ccr8, Slc25a38, Rpsa, Snora62, EG546166, Mobp, LOC100039898, Myrip, LOC666044
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243D24.bB6Ng01-243D24.g
ACCGA052684GA052685
length7881,067
definitionB6Ng01-243D24.b B6Ng01-243D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,228,602 - 119,229,389)(119,352,404 - 119,353,486)
sequence
gaattcatggtaaaaaaattatttttatttttcattcctgtgtatatgtg
catatctatattcaaatgtcatgtatgtgcaggtgcctgaggccaaaaac
aatctgatctccccgagtttctattgcagacggctgtgaggcccctgata
ttggtgctaggaaccaaactcaggtcctctaaaagagtagtaaatgctct
taacttctaagccatctctccagctggcaggttgttttgtaaaaggtgac
ccaatcacactggcattcttaacctgtgacgaaccatggaccactctatg
agtggggtgtgaatctactctcagaactaccagactccctctgtactgcc
cactaagacatcctgttctatagttatcattgggcaaacttagtgtcact
ccatctccacagcccttgcagctctcagagtttgtagctgaagagcagaa
gcatcagggatgataactataaccagtcctctagctgtagacaaccagaa
gggatgcacaccccaccagaagggaagaacaatgttactcttccagaata
acagaatcccctttctttatttttctgacatcactctggagtctcccatt
taaactctctcttcattatgaaagtaagttcccaagaaacaaccaatcaa
gagcgtctttacaaaaacagagacatgcctagttcaaccagtcaaagacc
caatatgcagcaaggacagacctatgaagtgacttaaagatgaagcatct
tttatgtttcattgcacttgggggttgggggggatata
gaattcagtccctggaacctacttggtagaagaggactgactcctgaaag
ctgtcctctcaccgtcacaggcatgggcttgccatcctacatgcacaggt
atgtacagccagacataaataagtcgatgtaataaactgtaattgggctt
ggtggagccgatctgtaaccccagcgctagcaaagacaaggaaggaattt
ctgagctccagatcagcttagactacatagtgagttccaaatgagtctca
gctacatcgcaagaccctgtctcaaaaaagaagttaaaatcatcatctta
gacgatagggattcatctcaggactaaggtggtatacacgggatgcatgc
cgtcaagtaacactgtaaatgttagccactttatgggacctctcaaattg
gtcttagacaaaattgatgggcaaatgcccactgacaaagggagaacata
aggtccagagaaatggctaagtgattaagaacactgtcagctcttctaaa
gggtctgggttcaattcccagcacccacatggtagctcatgactgacacc
ctcacaccaatgcacataaaataaaattaagtaaattgttattatttttg
tttttttttttaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtccaggaa
ctcactctgaagaccgtaaattattttttgtaaaaagaagaatattcgtg
tttaatagactcccactcagatcaatgggtcttcacctggcagcagtctc
cagcttcccataaaaagagcattggcctgagccaggctgactccatgaca
ggctgcaaaccagcagttcaggagactagccctgagtttctacttcccag
actgggcaagtcagttactgggacaaccaggcttacataaaagggacccc
tccctagcttgcaaaagaatcgttaggcaacttacagctaggagatcaag
agctgcccctccttggcatgagttgcttgatgagaccctactatcatgca
tcactcagaccctcagagataggacccaccatcgtgatatagatcaccca
ctccctatgtctctttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_119228602_119229389
seq2: B6Ng01-243D24.b_44_831

seq1  GAATTCATGGTAAAAAAATTATTTTTATTTTTCATTCCTGTGTATATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGTAAAAAAATTATTTTTATTTTTCATTCCTGTGTATATGTG  50

seq1  CATATCTATATTCAAATGTCATGTATGTGCAGGTGCCTGAGGCCAAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTATATTCAAATGTCATGTATGTGCAGGTGCCTGAGGCCAAAAAC  100

seq1  AATCTGATCTCCCCGAGTTTCTATTGCAGACGGCTGTGAGGCCCCTGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATCTCCCCGAGTTTCTATTGCAGACGGCTGTGAGGCCCCTGATA  150

seq1  TTGGTGCTAGGAACCAAACTCAGGTCCTCTAAAAGAGTAGTAAATGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCTAGGAACCAAACTCAGGTCCTCTAAAAGAGTAGTAAATGCTCT  200

seq1  TAACTTCTAAGCCATCTCTCCAGCTGGCAGGTTGTTTTGTAAAAGGTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCTAAGCCATCTCTCCAGCTGGCAGGTTGTTTTGTAAAAGGTGAC  250

seq1  CCAATCACACTGGCATTCTTAACCTGTGACGAACCATGGACCACTCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCACACTGGCATTCTTAACCTGTGACGAACCATGGACCACTCTATG  300

seq1  AGTGGGGTGTGAATCTACTCTCAGAACTACCAGACTCCCTCTGTACTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGTGTGAATCTACTCTCAGAACTACCAGACTCCCTCTGTACTGCC  350

seq1  CACTAAGACATCCTGTTCTATAGTTATCATTGGGCAAACTTAGTGTCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGACATCCTGTTCTATAGTTATCATTGGGCAAACTTAGTGTCACT  400

seq1  CCATCTCCACAGCCCTTGCAGCTCTCAGAGTTTGTAGCTGAAGAGCAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCCACAGCCCTTGCAGCTCTCAGAGTTTGTAGCTGAAGAGCAGAA  450

seq1  GCATCAGGGATGATAACTATAACCAGTCCTCTAGCTGTAGACAACCAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGGGATGATAACTATAACCAGTCCTCTAGCTGTAGACAACCAGAA  500

seq1  GGGATGCACACCCCACCAGAAGGGAAGAACAATGTTACTCTTCCAGAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCACACCCCACCAGAAGGGAAGAACAATGTTACTCTTCCAGAATA  550

seq1  ACAGAATCCCCTTTCTTTATTTTTCTGACATCACTCTGGAGTCTCCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATCCCCTTTCTTTATTTTTCTGACATCACTCTGGAGTCTCCCATT  600

seq1  TAAACTCTCTCTTCATTATGAAAGTAAGTTCCCAAGAAACAACCAATCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCTCTCTTCATTATGAAAGTAAGTTCCCAAGAAACAACCAATCAA  650

seq1  GAGCGTCTTTACAAAAACAGAGACATGCCTAGTTCAACCAGTCAAAGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGTCTTTACAAAAACAGAGACATGCCTAGTTCAACCAGTCAAAGACC  700

seq1  CAATATGCAGCAAGGACAGACCTATGAAGTGACTTAAAGATGAAGCATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGCAGCAAGGACAGACCTATGAAGTGACTTAAAGATGAAGCATCT  750

seq1  TTTATGTTTCATTGCACTTGGGGGTTGGGGGGGATATA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTTTCATTGCACTTGGGGGTTGGGGGGGATATA  788

seq1: chr9_119352404_119353486
seq2: B6Ng01-243D24.g_66_1132 (reverse)

seq1  AAAAGAGGAACATTAGGGAAGGTTGGGTGATCTATATCACGATTGGTGGG  50
      |||||||  ||| ||||||    ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAAGAG--ACA-TAGGGA---GTGGGTGATCTATATCACGA-TGGTGGG  43

seq1  TTCTATCTCTGGGGGTCTGGGTGATGCCATGATTAGTTAGGGTCTCCATT  100
      | ||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||| |||||||||   |
seq2  TCCTATCTCTGAGGGTCTGAGTGATG-CATGA-TAG-TAGGGTCTC--AT  88

seq1  CAAGCAAACTTCATGCCAAGGAGGGGGCAGCTCTTGATCTCCTAGCTGTA  150
      |||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAA--CTCATGCCAAGGA-GGGGCAGCTCTTGATCTCCTAGCTGTA  135

seq1  AGTTTGCCTAACGATTCTTTTGCAAGCTAGGGAGGGGTCCCTTTTATGTA  200
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TTGCCTAACGATTCTTTTGCAAGCTAGGGAGGGGTCCCTTTTATGTA  184

seq1  AGCCTGGTTGTCCCAGTAACTGACTTGCCCAGTCTGGGAAGTAGAAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGTTGTCCCAGTAACTGACTTGCCCAGTCTGGGAAGTAGAAACTC  234

seq1  AGGGCTAGTCTCCTGAACTGCTGGTTTGCAGCCTGTCATGGAGTCAGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAGTCTCCTGAACTGCTGGTTTGCAGCCTGTCATGGAGTCAGCCT  284

seq1  GGCTCAGGCCAATGCTCTTTTTATGGGAAGCTGGAGACTGCTGCCAGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGGCCAATGCTCTTTTTATGGGAAGCTGGAGACTGCTGCCAGGTG  334

seq1  AAGACCCATTGATCTGAGTGGGAGTCTATTAAACACGAATATTCTTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCATTGATCTGAGTGGGAGTCTATTAAACACGAATATTCTTCTTT  384

seq1  TTACAAAAAATAATTTACGGTCTTCAGAGTGAGTTCCTGGACAGCCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAAAATAATTTACGGTCTTCAGAGTGAGTTCCTGGACAGCCAGGG  434

seq1  CTACACAGAGAAACCCTGTCTTAAAAAAAAAAACAAAAATAATAACAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAGAGAAACCCTGTCTTAAAAAAAAAAACAAAAATAATAACAATT  484

seq1  TACTTAATTTTATTTTATGTGCATTGGTGTGAGGGTGTCAGTCATGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATTTTATTTTATGTGCATTGGTGTGAGGGTGTCAGTCATGAGCT  534

seq1  ACCATGTGGGTGCTGGGAATTGAACCCAGACCCTTTAGAAGAGCTGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGGGTGCTGGGAATTGAACCCAGACCCTTTAGAAGAGCTGACAG  584

seq1  TGTTCTTAATCACTTAGCCATTTCTCTGGACCTTATGTTCTCCCTTTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTAATCACTTAGCCATTTCTCTGGACCTTATGTTCTCCCTTTGTC  634

seq1  AGTGGGCATTTGCCCATCAATTTTGTCTAAGACCAATTTGAGAGGTCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCATTTGCCCATCAATTTTGTCTAAGACCAATTTGAGAGGTCCCA  684

seq1  TAAAGTGGCTAACATTTACAGTGTTACTTGACGGCATGCATCCCGTGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGGCTAACATTTACAGTGTTACTTGACGGCATGCATCCCGTGTAT  734

seq1  ACCACCTTAGTCCTGAGATGAATCCCTATCGTCTAAGATGATGATTTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTTAGTCCTGAGATGAATCCCTATCGTCTAAGATGATGATTTTAA  784

seq1  CTTCTTTTTTGAGACAGGGTCTTGCGATGTAGCTGAGACTCATTTGGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTTTTGAGACAGGGTCTTGCGATGTAGCTGAGACTCATTTGGAAC  834

seq1  TCACTATGTAGTCTAAGCTGATCTGGAGCTCAGAAATTCCTTCCTTGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATGTAGTCTAAGCTGATCTGGAGCTCAGAAATTCCTTCCTTGTCT  884

seq1  TTGCTAGCGCTGGGGTTACAGATCGGCTCCACCAAGCCCAATTACAGTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGCGCTGGGGTTACAGATCGGCTCCACCAAGCCCAATTACAGTTT  934

seq1  ATTACATCGACTTATTTATGTCTGGCTGTACATACCTGTGCATGTAGGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATCGACTTATTTATGTCTGGCTGTACATACCTGTGCATGTAGGAT  984

seq1  GGCAAGCCCATGCCTGTGACGGTGAGAGGACAGCTTTCAGGAGTCAGTCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCCCATGCCTGTGACGGTGAGAGGACAGCTTTCAGGAGTCAGTCC  1034

seq1  TCTTCTACCAAGTAGGTTCCAGGGACTGAATTC  1083
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTACCAAGTAGGTTCCAGGGACTGAATTC  1067