BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243P15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 114,703,048 - 114,836,489
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCmtm8, Gpd1l
Upstream geneClasp2, Ubp1, Fbxl2, Susd5, EG665719, 4921528I07Rik, Bcl2a1c, 4930520O04Rik, Crtap, Glb1, Ccr4, Trim71, LOC100043808, Cnot10, LOC665772, Dync1li1, Cmtm6, Cmtm7
Downstream geneLOC100043813, Osbpl10, LOC100043812, Stt3b, LOC100039567, LOC670467, EG546164, Gadl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243P15.bB6Ng01-243P15.g
ACCGA053223GA053224
length1,023855
definitionB6Ng01-243P15.b B6Ng01-243P15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,835,470 - 114,836,489)(114,703,048 - 114,703,899)
sequence
gaattccaaataaggatttatagatgcaatttgtccaaggcctgctgcaa
agcaggggtcagaggtaagaggcccagggagctggctcccaagctgcacc
ttaggctccagccctacctgcatgggaggatggggtgtggacatatgttc
ccttctgcggtggcctgaggtctgtattttacactgttcatgagtgatct
tcctgaggtactggggggacctgggaagctggcttttgttgcaattggct
ctttttaatatgtattgtgtatacaacagtctgcctgcatatatgcctac
aggccagaagagggcatcagaactcactacagatggttgctgggaattga
actcaggacctccagaagagtagtcagtgctctttactgctgagccatct
caccagcccctgtctgtctctctgtccttggttgtcttttaaaacaatgt
tcaactttgttgtgttttggttttaaaaatttacagcttagtattttttg
tgaatttcttccatgagcgctgtatttacatcatttgtaatcccctgcct
ccctctactctgaacaccatgagttcatttaatttgttatgtgtaatatg
ggatacatacacatgtatatataactacaactggctgagaccattcagtg
ttgctctcgtgtgtgcctggagaggactggcagccattaattgcccaggt
gggaccttgtgagaggtccccatctaatttaggatgtcagttggtgtcat
tgtgccggccttgtttatgtgactatatatataggttgtataaaagctgt
tcctaccgtgacatagttagtgtgtgggcgtgtgtgtgctcaccgcagca
cctgagtgttatgaggacaactcttgggaactgattctctcctccctgtg
gattctggggatccaccttcagatcgttcaagcctgggctcccaagtgcc
ttcacctactgaaccatctcgatggcttctgttttgttgttctgttctgt
gtttgatggctcctctttgttga
gaattctcccagtgtcaaaggcacgagccagggactgggcatgccatgtc
ttctatagcaggagcaaccttcgggtataaggctgacctaggggcaggag
gctaggaaaggcatgtcactgagggagagggagcggggccccagccctgg
tggctgctgagagggtggggggaaggatgtggcagacagagctggctgac
ctgcagacattcacttctccaaagtcaccagctctggccagcaaggacta
acggacattcagctactggaagggacaatggctttcctttcctttatgta
tattcatcaattttcattttgacattaaatctcacgtagcccaggttggc
ttccaactcattatttatctgagaaccctttagcctttacctcctgaagg
ctgggattgcaggtgtgcacacacggtttttatgggggatcggacccagg
gcttcatgcacactaggcaaagaccccacccactgagctacatgcccaga
cccacctccatcacttctttgtcctctttcactaggttgtcacagctgct
attttatgaaagaatcagctatttttgaatccaacatccaaatgagtctg
ctcttcctagtgtcctaggggaatcaggacactgactcccggggccctct
gtgtgctcctggtcacaagcacttgcttgggatcactttcagacccagat
ccagatgtctgaaaatgccaatggagattcttcgctttggggtgtgggga
aacaaccacaagttaatctgttttgaaagtgaaaggagacttgcctctgg
ttgggttttacttgaactcctagaggcagctcagaaggaagaggggtaag
ggaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_114835470_114836489
seq2: B6Ng01-243P15.b_48_1070 (reverse)

seq1  TCAACAAAGAGGAGCCATCAAACAACAGAACAGAACAACAAAACAGAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAAGAGGAGCCATCAAAC-ACAGAACAGAACAACAAAACAGAAGC  49

seq1  CATCGAGATGGTTCAGTAGGTGAGGGCACTTGGG-GCCCAGCCT--GACG  97
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||   |||
seq2  CATCGAGATGGTTCAGTAGGTGAAGGCACTTGGGAGCCCAGGCTTGAACG  99

seq1  ATCTG-AGGTGGATCCCCAGAATCCACAGGGAGGAGAGAATCAGTTCCCA  146
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAGGTGGATCCCCAGAATCCACAGGGAGGAGAGAATCAGTTCCCA  149

seq1  AGAGTTGTCCTCATAACACTCAGGTGCTGCGGTGAGCACACACACGCCCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGTCCTCATAACACTCAGGTGCTGCGGTGAGCACACACACGCCCA  199

seq1  CACACTAACTATGTCACGGTAGGAACAGCTTTTATACAACCTATATATAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTAACTATGTCACGGTAGGAACAGCTTTTATACAACCTATATATAT  249

seq1  AGTCACATAAACAAGGCCGGCACAATGACACCAACTGACATCCTAAATTA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATAAACAAGGCCGGCACAATGACACCAACTGACATCCTAAATTA  299

seq1  GATGGGGACCTCTCACAAGGTCCCACCTGGGCAATTAATGGCTGCCAGTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGACCTCTCACAAGGTCCCACCTGGGCAATTAATGGCTGCCAGTC  349

seq1  CTCTCCAGGCACACACGAGAGCAACACTGAATGGTCTCAGCCAGTTGTAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAGGCACACACGAGAGCAACACTGAATGGTCTCAGCCAGTTGTAG  399

seq1  TTATATATACATGTGTATGTATCCCATATTACACATAACAAATTAAATGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATATACATGTGTATGTATCCCATATTACACATAACAAATTAAATGA  449

seq1  ACTCATGGTGTTCAGAGTAGAGGGAGGCAGGGGATTACAAATGATGTAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGGTGTTCAGAGTAGAGGGAGGCAGGGGATTACAAATGATGTAAA  499

seq1  TACAGCGCTCATGGAAGAAATTCACAAAAAATACTAAGCTGTAAATTTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCGCTCATGGAAGAAATTCACAAAAAATACTAAGCTGTAAATTTTT  549

seq1  AAAACCAAAACACAACAAAGTTGAACATTGTTTTAAAAGACAACCAAGGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAAAACACAACAAAGTTGAACATTGTTTTAAAAGACAACCAAGGA  599

seq1  CAGAGAGACAGACAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCAGTAAAGAGCACTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGACAGACAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCAGTAAAGAGCACTG  649

seq1  ACTACTCTTCTGGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCATCTGTAGTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCTTCTGGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCATCTGTAGTG  699

seq1  AGTTCTGATGCCCTCTTCTGGCCTGTAGGCATATATGCAGGCAGACTGTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGATGCCCTCTTCTGGCCTGTAGGCATATATGCAGGCAGACTGTT  749

seq1  GTATACACAATACATATTAAAAAGAGCCAATTGCAACAAAAGCCAGCTTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACACAATACATATTAAAAAGAGCCAATTGCAACAAAAGCCAGCTTC  799

seq1  CCAGGTCCCCCCAGTACCTCAGGAAGATCACTCATGAACAGTGTAAAATA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCCCCCCAGTACCTCAGGAAGATCACTCATGAACAGTGTAAAATA  849

seq1  CAGACCTCAGGCCACCGCAGAAGGGAACATATGTCCACACCCCATCCTCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTCAGGCCACCGCAGAAGGGAACATATGTCCACACCCCATCCTCC  899

seq1  CATGCAGGTAGGGCTGGAGCCTAAGGTGCAGCTTGGGAGCCAGCTCCCTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGGTAGGGCTGGAGCCTAAGGTGCAGCTTGGGAGCCAGCTCCCTG  949

seq1  GGCCTCTTACCTCTGACCCCTGCTTTGCAGCAGGCCTTGGACAAATTGCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTTACCTCTGACCCCTGCTTTGCAGCAGGCCTTGGACAAATTGCA  999

seq1  TCTATAAATCCTTATTTGGAATTC  1020
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAATCCTTATTTGGAATTC  1023

seq1: chr9_114703048_114703899
seq2: B6Ng01-243P15.g_65_919

seq1  GAATTCTCCCAGTGTCAAAGGCACGAGCCAGGGACTGGGCATGCCATGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCAGTGTCAAAGGCACGAGCCAGGGACTGGGCATGCCATGTC  50

seq1  TTCTATAGCAGGAGCAACCTTCGGGTATAAGGCTGACCTAGGGGCAGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAGCAGGAGCAACCTTCGGGTATAAGGCTGACCTAGGGGCAGGAG  100

seq1  GCTAGGAAAGGCATGTCACTGAGGGAGAGGGAGCGGGGCCCCAGCCCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGAAAGGCATGTCACTGAGGGAGAGGGAGCGGGGCCCCAGCCCTGG  150

seq1  TGGCTGCTGAGAGGGTGGGGGGAAGGATGTGGCAGACAGAGCTGGCTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCTGAGAGGGTGGGGGGAAGGATGTGGCAGACAGAGCTGGCTGAC  200

seq1  CTGCAGACATTCACTTCTCCAAAGTCACCAGCTCTGGCCAGCAAGGACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGACATTCACTTCTCCAAAGTCACCAGCTCTGGCCAGCAAGGACTA  250

seq1  ACGGACATTCAGCTACTGGAAGGGACAATGGCTTTCCTTTCCTTTATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGACATTCAGCTACTGGAAGGGACAATGGCTTTCCTTTCCTTTATGTA  300

seq1  TATTCATCAATTTTCATTTTGACATTAAATCTCACGTAGCCCAGGTTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATCAATTTTCATTTTGACATTAAATCTCACGTAGCCCAGGTTGGC  350

seq1  TTCCAACTCATTATTTATCTGAGAACCCTTTAGCCTTTACCTCCTGAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAACTCATTATTTATCTGAGAACCCTTTAGCCTTTACCTCCTGAAGG  400

seq1  CTGGGATTGCAGGTGTGCACACACGGTTTTTATGGGGGATCGGACCCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTGCAGGTGTGCACACACGGTTTTTATGGGGGATCGGACCCAGG  450

seq1  GCTTCATGCACACTAGGCAAAGACCCCACCCACTGAGCTACATGCCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATGCACACTAGGCAAAGACCCCACCCACTGAGCTACATGCCCAGA  500

seq1  CCCACCTCCATCACTTCTTTGTCCTCTTTCACTAGGTTGTCACAGCTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTCCATCACTTCTTTGTCCTCTTTCACTAGGTTGTCACAGCTGCT  550

seq1  ATTTTATGAAAGAATCAGCTATTTTTGAATCCAACATCCAAATGAGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGAAAGAATCAGCTATTTTTGAATCCAACATCCAAATGAGTCTG  600

seq1  CCCTTCCTAGTGTCCTAGGGGAATCAGGACACTGACTCCCGGGGCCCTCT  650
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCTAGTGTCCTAGGGGAATCAGGACACTGACTCCCGGGGCCCTCT  650

seq1  GTGTGCTCCTGGTCACAAGCACTTGCTTGGGATCACTTTCAGACCCAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTCCTGGTCACAAGCACTTGCTTGGGATCACTTTCAGACCCAGAT  700

seq1  CCAGATGTCTGAAAATGCCAATGGAGATTCTTCGCTTTGGGGTGTGGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGTCTGAAAATGCCAATGGAGATTCTTCGCTTTGGGGTGTGGGGA  750

seq1  AACAACCACAAGTTAATCTGTTTTGAAAGTGAAAGGAGACTTGCCTCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCACAAGTTAATCTGTTTTGAAAGTGAAAGGAGACTTGCCTCTGG  800

seq1  TTGGG-TTTACTTGAACT-CTAGAGGCAGCTCAGAAGGAAGAGGGG-CAG  847
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TTGGGTTTTACTTGAACTCCTAGAGGCAGCTCAGAAGGAAGAGGGGTAAG  850

seq1  GGACA  852
      |||||
seq2  GGACA  855