BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244L24
Chromosome9 (Build37)
Map Location 49,243,513 - 49,439,605
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtc12, Ncam1
Upstream geneEG434401, LOC667933, Rexo2, Rbm7, EG434402, Nnmt, Zbtb16, Htr3a, Htr3b, Usp28, LOC100042785, Zw10, EG629400, Tmprss5, EG235327, Drd2, Ankk1
Downstream geneEG667975, LOC100042806, LOC100043346, LOC672372, 1600029D21Rik, Pts, Bcdo2, Tex12, Il18, Sdhd, Timm8b, AU019823, Pih1d2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244L24.bB6Ng01-244L24.g
ACCGA053808GA053809
length1,0611,002
definitionB6Ng01-244L24.b B6Ng01-244L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,438,546 - 49,439,605)(49,243,513 - 49,244,501)
sequence
gaattcttggaacaccagaacagactctctcttggttgatactgcctcat
ttttttcagtgttcttaagagacagttcttagactagattgagtaaacgt
aattgagctgacagtctgtccctgacttctccattaaacataccactgaa
tacactgattctagatgtccctgtggtggtaatgttcctgagcctctgaa
atcacaagctgagtgagaggttcattccctcagttgttatttcattggtt
ctcactgggaacccatgagatgggcactttatttctagactacaaattag
gcaacagagccatggaaagagtagagttgggatagctctaaacaggaagt
aaggtgacagttgagcatcactggaagtcattagaagaatatatttgggt
gtatgccccacataaacacatagggtgactgtgctggcctcaagatgcaa
gaaagaaaaagtgactttgttcgcggtactcggatccatccagcctactg
ggggaggtctgtgcagatggtctgcaatgtccgcactggcttcatcaaga
caagattttgctaggtaggccttattggtctcagagttactatggatccc
aggctggcctcaaaatcacaaccttcctggggctacctcccaagtgctgg
gattgtgggtaagcctgcagagtatatgttttaaaacaccgtgttctcca
catacatcactctcaaccaccattttgaaaaatgaaacatttgaacctct
gcattctgtgcctctcttttctccccaccatactgcctcagggatagagg
ccagagtatccatagctgctgtgtgcctttaacctgccagttacaagcca
ccagcacctccagacaaaaaatatctggggtgcaccactgttgtgccttg
ccggtttttactccagtcttccaggctctgtttcatcccttgcttgtcta
gaagcccaatctaggcgcctgctttctttgtggtgtgatgtcatctacca
cctgcctcaaacagtagggtttttgtaaggactggacggactagccactt
gagtttttttt
gaattcaccctagctaattctcatgacaaacctgtgaagtaagtatcctg
cccctctttatgaacaagacagagggtgtgtgtggattaagctatctcaa
caaggctctgagatcatgaagggtgtagagcagctttgaacctgcagtct
gaccatggaatggctacttcccagggtctcctggtctttctttccttagg
tcaggccattgcatacctaggggtaaatgttaaagattcctcacttggtt
tttctgagtcagagcttccttgttgtatgtaatacaagaaggtatgggct
ggacaacatggctcagtgacttgcaataagcaaataaaattagagagatt
ccaactaagcagaacccagagggatgaaccccaagtaaatttcaggttgg
gcataggagtcatttttcttgctgtacctaccaataattctgaatctctg
ttgtacctcagctcaccctgatccatgtgagcactcatctctcagtgtca
ggagacgaactgtgtgggtgtgtgcacaaatgtgtgtgctccagctggag
ggcaggggagggtctgaaggaacagaaggagaggctgaagactaaaagca
caaaactgaggttgggggtggccatgcgacagcagagcgatacccaggct
gagctgaatcttcactggcagaaagccccagacatggtgagcagtttgtt
ggaactggctggtagcaggagtcgagctccagcattaggaagacctccca
gcttcacatataaaggaggtctgaggcttccgggtggctggcaaatattc
tcagcagtgtgtcctgttctgcgctccttcacacacacacacacacacac
acacacacacacagagcaagagaaattactcctttggttttgtgtttggg
aaactgagattacattaagagaatcttggctagaaaagatgagccaatcc
agctggtgtctaccttgccttgtagctgggttgtgttggtctcaggagct
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_49438546_49439605
seq2: B6Ng01-244L24.b_45_1105 (reverse)

seq1  AAAAAAAACTCAAAGTGGCTTAGTCC-TTCAGTCCTTAACAAAAACCCTA  49
      ||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||
seq2  AAAAAAAACTC-AAGTGGC-TAGTCCGTCCAGTCCTT-ACAAAAACCCTA  47

seq1  CTGTTTGAGGCAGGTGGTAAGATGACATCACACCACAAAGAAAGCAGGCG  99
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGAGGCAGGTGGT-AGATGACATCACACCACAAAGAAAGCAGGCG  96

seq1  CCTAGATTGGGCTTCTAGAC-AGC-AGGGATG-AACAGAGCCTGGAAGAC  146
      |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCTAGATTGGGCTTCTAGACAAGCAAGGGATGAAACAGAGCCTGGAAGAC  146

seq1  TGGAGTAAAAACGGGCAAGGCACAACAGTGGTGCA-CCCAGATATTTTTT  195
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGAGTAAAAACCGGCAAGGCACAACAGTGGTGCACCCCAGATATTTTTT  196

seq1  GTCTGGAGGTGCTGGTGGCTTGTAACTGGCAGGTTAAAGGCACACAGCAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGAGGTGCTGGTGGCTTGTAACTGGCAGGTTAAAGGCACACAGCAG  246

seq1  CTATGGATACTCTGGCCTCTATCCCTGAGGCAGTATGGTGGGGAGAAAAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGATACTCTGGCCTCTATCCCTGAGGCAGTATGGTGGGGAGAAAAG  296

seq1  AGAGGCACAGAATGCAGAGGTTCAAATGTTTCATTTTTCAAAATGGTGGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCACAGAATGCAGAGGTTCAAATGTTTCATTTTTCAAAATGGTGGT  346

seq1  TGAGAGTGATGTATGTGGAGAACACGGTGTTTTAAAACATATACTCTGCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTGATGTATGTGGAGAACACGGTGTTTTAAAACATATACTCTGCA  396

seq1  GGCTTACCCACAATCCCAGCACTTGGGAGGTAGCCCCAGGAAGGTTGTGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTACCCACAATCCCAGCACTTGGGAGGTAGCCCCAGGAAGGTTGTGA  446

seq1  TTTTGAGGCCAGCCTGGGATCCATAGTAACTCTGAGACCAATAAGGCCTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGGCCAGCCTGGGATCCATAGTAACTCTGAGACCAATAAGGCCTA  496

seq1  CCTAGCAAAATCTTGTCTTGATGAAGCCAGTGCGGACATTGCAGACCATC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCAAAATCTTGTCTTGATGAAGCCAGTGCGGACATTGCAGACCATC  546

seq1  TGCACAGACCTCCCCCAGTAGGCTGGATGGATCCGAGTACCGCGAACAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGACCTCCCCCAGTAGGCTGGATGGATCCGAGTACCGCGAACAAA  596

seq1  GTCACTTTTTCTTTCTTGCATCTTGAGGCCAGCACAGTCACCCTATGTGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTTTTCTTTCTTGCATCTTGAGGCCAGCACAGTCACCCTATGTGT  646

seq1  TTATGTGGGGCATACACCCAAATATATTCTTCTAATGACTTCCAGTGATG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGGGGCATACACCCAAATATATTCTTCTAATGACTTCCAGTGATG  696

seq1  CTCAACTGTCACCTTACTTCCTGTTTAGAGCTATCCCAACTCTACTCTTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTGTCACCTTACTTCCTGTTTAGAGCTATCCCAACTCTACTCTTT  746

seq1  CCATGGCTCTGTTGCCTAATTTGTAGTCTAGAAATAAAGTGCCCATCTCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTCTGTTGCCTAATTTGTAGTCTAGAAATAAAGTGCCCATCTCA  796

seq1  TGGGTTCCCAGTGAGAACCAATGAAATAACAACTGAGGGAATGAACCTCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCCCAGTGAGAACCAATGAAATAACAACTGAGGGAATGAACCTCT  846

seq1  CACTCAGCTTGTGATTTCAGAGGCTCAGGAACATTACCACCACAGGGACA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCTTGTGATTTCAGAGGCTCAGGAACATTACCACCACAGGGACA  896

seq1  TCTAGAATCAGTGTATTCAGTGGTATGTTTAATGGAGAAGTCAGGGACAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAATCAGTGTATTCAGTGGTATGTTTAATGGAGAAGTCAGGGACAG  946

seq1  ACTGTCAGCTCAATTACGTTTACTCAATCTAGTCTAAGAACTGTCTCTTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCAGCTCAATTACGTTTACTCAATCTAGTCTAAGAACTGTCTCTTA  996

seq1  AGAACACTGAAAAAAATGAGGCAGTATCAACCAAGAGAGAGTCTGTTCTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACTGAAAAAAATGAGGCAGTATCAACCAAGAGAGAGTCTGTTCTG  1046

seq1  GTGTTCCAAGAATTC  1060
      |||||||||||||||
seq2  GTGTTCCAAGAATTC  1061

seq1: chr9_49243513_49244501
seq2: B6Ng01-244L24.g_66_1067

seq1  GAATTCACCCTAGCTAATTCTCATGACAAACCTGTGAAGTAAGTATCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCTAGCTAATTCTCATGACAAACCTGTGAAGTAAGTATCCTG  50

seq1  CCCCTCTTTATGAACAAGACAGAGGGTGTGTGTGGATTAAGCTATCTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTTTATGAACAAGACAGAGGGTGTGTGTGGATTAAGCTATCTCAA  100

seq1  CAAGGCTCTGAGATCATGAAGGGTGTAGAGCAGCTTTGAACCTGCAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTCTGAGATCATGAAGGGTGTAGAGCAGCTTTGAACCTGCAGTCT  150

seq1  GACCATGGAATGGCTACTTCCCAGGGTCTCCTGGTCTTTCTTTCCTTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGGAATGGCTACTTCCCAGGGTCTCCTGGTCTTTCTTTCCTTAGG  200

seq1  TCAGGCCATTGCATACCTAGGGGTAAATGTTAAAGATTCCTCACTTGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCATTGCATACCTAGGGGTAAATGTTAAAGATTCCTCACTTGGTT  250

seq1  TTTCTGAGTCAGAGCTTCCTTGTTGTATGTAATACAAGAAGGTATGGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGTCAGAGCTTCCTTGTTGTATGTAATACAAGAAGGTATGGGCT  300

seq1  GGACAACATGGCTCAGTGACTTGCAATAAGCAAATAAAATTAGAGAGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACATGGCTCAGTGACTTGCAATAAGCAAATAAAATTAGAGAGATT  350

seq1  CCAACTAAGCAGAACCCAGAGGGATGAACCCCAAGTAAATTTCAGGTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTAAGCAGAACCCAGAGGGATGAACCCCAAGTAAATTTCAGGTTGG  400

seq1  GCATAGGAGTCATTTTTCTTGCTGTACCTACCAATAATTCTGAATCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGGAGTCATTTTTCTTGCTGTACCTACCAATAATTCTGAATCTCTG  450

seq1  TTGTACCTCAGCTCACCCTGATCCATGTGAGCACTCATCTCTCAGTGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACCTCAGCTCACCCTGATCCATGTGAGCACTCATCTCTCAGTGTCA  500

seq1  GGAGACGAACTGTGTGGGTGTGTGCACAAATGTGTGTGCTCCAGCTGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACGAACTGTGTGGGTGTGTGCACAAATGTGTGTGCTCCAGCTGGAG  550

seq1  GGCAGGGGAGGGTCTGAAGGAACAGAAGGAGAGGCTGAAGACTAAAAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGGAGGGTCTGAAGGAACAGAAGGAGAGGCTGAAGACTAAAAGCA  600

seq1  CAAAACTGAGGTTGGGGGTGGCCATGCGACAGCAGAGCGATACCCAGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTGAGGTTGGGGGTGGCCATGCGACAGCAGAGCGATACCCAGGCT  650

seq1  GAGCTGAATCTTCACTGGCAGAAAGCCCCAGACATGGTGAGCAGTTTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAATCTTCACTGGCAGAAAGCCCCAGACATGGTGAGCAGTTTGTT  700

seq1  GGAACTGGCTGGTAGCAGGAGTCGAGCTCCAGCATTAGGAAGACCTCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGGCTGGTAGCAGGAGTCGAGCTCCAGCATTAGGAAGACCTCCCA  750

seq1  GCTTCACATAT-AAGGAGGTCTGAGGCTTCCGGGTGGCTGGCAAATATTC  799
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACATATAAAGGAGGTCTGAGGCTTCCGGGTGGCTGGCAAATATTC  800

seq1  TCAGCAGTGTGTCCTGTTCTGCGCTCCTTCACACACACACACACACACAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTGTGTCCTGTTCTGCGCTCCTTCACACACACACACACACACAC  850

seq1  ACACACACACACAGAGCAAGAGAAATTACTC--TTTGTTTTGTGTTTTGG  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||
seq2  ACACACACACACAGAGCAAGAGAAATTACTCCTTTGGTTTTGTGTTTGGG  900

seq1  AAACTGAGATTACATT-AGAG-ATCTTGGCTAG-AAAGATGAGCC-ATCC  943
      |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  AAACTGAGATTACATTAAGAGAATCTTGGCTAGAAAAGATGAGCCAATCC  950

seq1  AGCTGGTGTCTACC-TGCCTTGTAGCTGG--TGTGTGG---TCAGGAGCT  987
      |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |   |||||||||
seq2  AGCTGGTGTCTACCTTGCCTTGTAGCTGGGTTGTGTTGGTCTCAGGAGCT  1000

seq1  GA  989
      ||
seq2  GA  1002