BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248F05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 92,452,482 - 92,560,992
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlod2, LOC100039921
Upstream geneLOC331000, Plscr1, Plscr2, 1700057G04Rik, LOC666850, Plscr4
Downstream geneLOC100039931, LOC100039944, LOC667009, LOC100040114, LOC674371
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248F05.bB6Ng01-248F05.g
ACCGA056432GA056433
length6751,144
definitionB6Ng01-248F05.b B6Ng01-248F05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,452,482 - 92,453,153)(92,559,842 - 92,560,992)
sequence
gaattctatcagtgaatatcaataataagaagaaagaatgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgatgatccagtgta
aaaataatgaggttgtaacctaccatttcaggtctcctcagagctttgtt
ctgttttgtgttcatgtaagccaggggttctcagcctgttcattgcagcc
tcttttgggacctttcacaggtagcctaagaccaccagaaaacataagta
tttattatgattcatgatgatagcaaaattacaattaaaacatagtaaca
gacatacttttatgggtgggggctcatcataaggaggaactgtgttgaag
ggtcacagcattaggtcagttgagaagcactgttgtaagtggactgggga
tgctttgtttctgaaggaggaggcttgaaaaagcagagcatgaaaaacaa
aacaaaacttcctggaactgagcaagatgtgtctgtggattagctagact
agtgggcctgccatgatgttcagagttcagacccacatatgggtagggga
cactgtaccaaagagctggaactgtacttaaacgaagagagactgctgag
atctcctgaggtggaaggagcttttgcaggccccctctccttgatgacag
tgcgaagaatttgattgactaggtc
gaattcaacaattaatcaaaattcaattgggtatttcacttctctaaaac
tgtataaacaaaacaaaattattgtaaagaaataacaaatgatacttcct
gaagtaaaacttctgcccttcacatataattaacaatcatatttgttaaa
tattttaaaatagaattatttacagtactcttttataagttctaaatatt
tgccacatctgaagttattgtgtgaaaacagcacagcctaaaaatacttt
actgacaaaaatatagcatatttagattgatcacagtatgacagattcta
ttttgacttccactgtcaaaataaacaaatgtcttatgtcataaattaag
tatgttagctttgtattttcatgggatggtattgctcttatagttaaaaa
tatttcaaataagttgctaaatttatttatcatatcatcatgcaaaaaga
tgaagacagactctaaatatccccgttgtgaagtgtattgttaatgtctt
attcctaataggtcttgtttgttgatttgtaaacaacacatgcagtattt
ttataaaactcaataaactttccaggtgtggtggaacatgcctttaatcc
cagcattccggaggcagaggtagatgaatctctgggagttcaaggttact
ttggtgtacataatgaattaaatgtcatcaggcaaagctatatggtgtga
gcctatgttggttttagatgcaacatcctattcagttatatcttcctctt
aaatgttttctgtgtagtatctgttatcttatagtcttgatgttcagaga
ctcagtagtagaatcttttggaactgtaagtcaaaatctacatcttctta
atcccttacacccaagagtgggtacagctggacctgagattgatttttgc
tcagtatatacccagaaataccactgctgggcataaatgtctacttgggt
ttcagtataacaatcaacttacaaagagtctattctgtttatgtttctgc
cagaatttataaaacattccaaaattattcgctgtcttatcatgggaaaa
ttttgttaattcaatttgaatggaacaattcattgaggtgccattgtgaa
ttcatatgtgataatctgcattctgaaacagcgtgacgacatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_92452482_92453153
seq2: B6Ng01-248F05.b_44_718

seq1  GAATTCTATCAGTGAATATCAATAATAAGAAGAAAGAATGTGTGTGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCAGTGAATATCAATAATAAGAAGAAAGAATGTGTGTGTGTG  50

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGATGATCCAGTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGATGATCCAGTGTA  100

seq1  AAAATAATGAGGTTGTAACCTACCATTTCAGGTCTCCTCAGAGCTTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATGAGGTTGTAACCTACCATTTCAGGTCTCCTCAGAGCTTTGTT  150

seq1  CTGTTTTGTGTTCATGTAAGCCAGGGGTTCTCAGCCTGTTCATTGCAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTGTGTTCATGTAAGCCAGGGGTTCTCAGCCTGTTCATTGCAGCC  200

seq1  TCTTTTGGGACCTTTCACAGGTAGCCTAAGACCACCAGAAAACATAAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGGGACCTTTCACAGGTAGCCTAAGACCACCAGAAAACATAAGTA  250

seq1  TTTATTATGATTCATGATGATAGCAAAATTACAATTAAAACATAGTAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATGATTCATGATGATAGCAAAATTACAATTAAAACATAGTAACA  300

seq1  GACATACTTTTATGGGTGGGGGCTCATCATAAGGAGGAACTGTGTTGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATACTTTTATGGGTGGGGGCTCATCATAAGGAGGAACTGTGTTGAAG  350

seq1  GGTCACAGCATTAGGTCAGTTGAGAAGCACTGTTGTAAGTGGACTGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAGCATTAGGTCAGTTGAGAAGCACTGTTGTAAGTGGACTGGGGA  400

seq1  TGCTTTGTTTCTGAAGGAGGAGGCTTGAAAAAGCAGAGCATGAAAAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTTTCTGAAGGAGGAGGCTTGAAAAAGCAGAGCATGAAAAACAA  450

seq1  AACAAAACTTCCTGGAACTGAGCAAGATGTGTCTGTGGATTAGCTAGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACTTCCTGGAACTGAGCAAGATGTGTCTGTGGATTAGCTAGACT  500

seq1  AGTGGGCCTGCCATGATGTTCAGAGTTCAGACCCACAGATGGGTAGGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTGGGCCTGCCATGATGTTCAGAGTTCAGACCCACATATGGGTAGGGGA  550

seq1  CACTGTACCAAAGAGCTGGAACTGTACTTAAACGAAGAGAGACTGCTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTACCAAAGAGCTGGAACTGTACTTAAACGAAGAGAGACTGCTGAG  600

seq1  ATCTCCTGAGGTGGAAGGAGC-TTTGCAGGCCCCCTCTCC-TGATGACAG  648
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATCTCCTGAGGTGGAAGGAGCTTTTGCAGGCCCCCTCTCCTTGATGACAG  650

seq1  TGCGAAGAA-TTGATTGACTAGGTC  672
      ||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGCGAAGAATTTGATTGACTAGGTC  675

seq1: chr9_92559842_92560992
seq2: B6Ng01-248F05.g_61_1204 (reverse)

seq1  GCATGTTCGTCACGGCTTGTTTTCAGGGAAATGCAGATTTATCCACAATA  50
      ||||| ||||||| |||   ||||||   |||||||| |||| ||| |||
seq2  GCATG-TCGTCAC-GCT--GTTTCAG---AATGCAGA-TTAT-CAC-ATA  40

seq1  TGATATCACAAT-GCA-CTCAATGGAATTGTTCCCATTTAAAT--GATTA  96
      |||  ||||||| ||| |||||| |||||||| ||||| ||||   ||||
seq2  TGAATTCACAATGGCACCTCAAT-GAATTGTT-CCATTCAAATTGAATTA  88

seq1  ACAAAA-TTTCCATTGATAAGAACAGCGAATA--TTTGGAATG-TTTATA  142
      |||||| |||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||
seq2  ACAAAATTTTCCCATGATAAG-ACAGCGAATAATTTTGGAATGTTTTATA  137

seq1  AATTCCTGGCAAGAAACATAAACAGATAAGACTTCTTTGGAAAGTTGATT  192
      |||| ||||| |||||||||||||||  |||| ||||| | |||||||||
seq2  AATT-CTGGC-AGAAACATAAACAGAATAGAC-TCTTT-GTAAGTTGATT  183

seq1  G-TATACTGAAA-CCAAGTAGACATTTATGCCCAGCAGTGGTATTTCTGG  240
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATACTGAAACCCAAGTAGACATTTATGCCCAGCAGTGGTATTTCTGG  233

seq1  GTATATACTTGAGC-AAAATCAATCTCAGGGTCCAGCTGTA-CCACTCTT  288
      |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  GTATATAC-TGAGCAAAAATCAATCTCA-GGTCCAGCTGTACCCACTCTT  281

seq1  GGGTGTAAGGGATTAAGAAGATGTAGATTTTGACTTACAGTTCCAAAAGA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTAAGGGATTAAGAAGATGTAGATTTTGACTTACAGTTCCAAAAGA  331

seq1  TTCTACTACTGAGTCTCTGAACATCAAGACTATAAGATAACAGATACTAC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTACTGAGTCTCTGAACATCAAGACTATAAGATAACAGATACTAC  381

seq1  ACAGAAAACATTTAAGAGGAAGATATAACTGAATAGGATGTTGCATCTAA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAACATTTAAGAGGAAGATATAACTGAATAGGATGTTGCATCTAA  431

seq1  AACCAACATAGGCTCACACCATATAGCTTTGCCTGATGACATTTAATTCA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACATAGGCTCACACCATATAGCTTTGCCTGATGACATTTAATTCA  481

seq1  TTATGTACACCAAAGTAACCTTGAACTCCCAGAGATTCATCTACCTCTGC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTACACCAAAGTAACCTTGAACTCCCAGAGATTCATCTACCTCTGC  531

seq1  CTCCGGAATGCTGGGATTAAAGGCATGTTCCACCACACCTGGAAAGTTTA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGGAATGCTGGGATTAAAGGCATGTTCCACCACACCTGGAAAGTTTA  581

seq1  TTGAGTTTTATAAAAATACTGCATGTGTTGTTTACAAATCAACAAACAAG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTTTATAAAAATACTGCATGTGTTGTTTACAAATCAACAAACAAG  631

seq1  ACCTATTAGGAATAAGACATTAACAATACACTTCACAACGGGGATATTTA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTAGGAATAAGACATTAACAATACACTTCACAACGGGGATATTTA  681

seq1  GAGTCTGTCTTCATCTTTTTGCATGATGATATGATAAATAAATTTAGCAA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGTCTTCATCTTTTTGCATGATGATATGATAAATAAATTTAGCAA  731

seq1  CTTATTTGAAATATTTTTAACTATAAGAGCAATACCATCCCATGAAAATA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTGAAATATTTTTAACTATAAGAGCAATACCATCCCATGAAAATA  781

seq1  CAAAGCTAACATACTTAATTTATGACATAAGACATTTGTTTATTTTGACA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTAACATACTTAATTTATGACATAAGACATTTGTTTATTTTGACA  831

seq1  GTGGAAGTCAAAATAGAATCTGTCATACTGTGATCAATCTAAATATGCTA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGTCAAAATAGAATCTGTCATACTGTGATCAATCTAAATATGCTA  881

seq1  TATTTTTGTCAGTAAAGTATTTTTAGGCTGTGCTGTTTTCACACAATAAC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTGTCAGTAAAGTATTTTTAGGCTGTGCTGTTTTCACACAATAAC  931

seq1  TTCAGATGTGGCAAATATTTAGAACTTATAAAAGAGTACTGTAAATAATT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATGTGGCAAATATTTAGAACTTATAAAAGAGTACTGTAAATAATT  981

seq1  CTATTTTAAAATATTTAACAAATATGATTGTTAATTATATGTGAAGGGCA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTAAAATATTTAACAAATATGATTGTTAATTATATGTGAAGGGCA  1031

seq1  GAAGTTTTACTTCAGGAAGTATCATTTGTTATTTCTTTACAATAATTTTG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTTACTTCAGGAAGTATCATTTGTTATTTCTTTACAATAATTTTG  1081

seq1  TTTTGTTTATACAGTTTTAGAGAAGTGAAATACCCAATTGAATTTTGATT  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTATACAGTTTTAGAGAAGTGAAATACCCAATTGAATTTTGATT  1131

seq1  AATTGTTGAATTC  1151
      |||||||||||||
seq2  AATTGTTGAATTC  1144