BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248H01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 97,342,485 - 97,471,369
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClstn2
Upstream geneRnf7, LOC667174, Rasa2, Zbtb38, EG622512, LOC100040230, LOC667216, Acpl2, LOC19034, LOC667226, Spsb4, LOC100040254, Slc25a36, EG622727, LOC384971, Trim42
Downstream geneLOC667298, Nmnat3, Rbp1, Rbp2, 4930579K19Rik, Copb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248H01.bB6Ng01-248H01.g
ACCGA056520GA056521
length942647
definitionB6Ng01-248H01.b B6Ng01-248H01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,470,436 - 97,471,369)(97,342,485 - 97,343,131)
sequence
gaattctctagctgccccattgcacaaagagatgctccacccagtggtcc
cctggaacctactgtcaaagcacaaggggattatgggtggcagctgtgtg
tctgtttaccttaggtttcacaaagaggtgggggccatcatttcattctt
tctgaaggctgatgggatgagagggagaactagagtaagtgcagcctact
ctacatggtcagaaatgaatgtgtgcattcctgttcttcaggcaacatca
ggaacactgagaagctgagctatgacaagcaacaccagtatgagatcctg
gtaaccgcttatgactgtggacagaaacccgccgctcaggacaccctggt
gcaggtggacgtgaaaccagtgtgcaagcccggctggcaaggtgagcctg
agttttgttagtcctgctatgtgaaggcaacttggcctggggcacagggg
gtaccgggtgtgcccacaaatctcacagcacttgtctaaggggagtttta
aagtatagttatgtattctcataacttttccgtggtataatctgcacttt
acagttaagaatatcagagacaactcaactctaaccacagatattgtgag
gagatattgtcagagtctgttgactttacccaggagtgctgagcctgccc
gatgcacatcaagttctgcatcgctgctcagcacatagggattgtctgct
gatcctcatgcataccacccaggggtgggagagaaggatggagcctctgt
ttgagggggtttctggaagccctgtgcagggaagggaaacagtggccctc
agtggagcttcggtttgtgtcagtttagatctttcgggaagcaaagacag
tgacatgtcgagtcatcccccctgggcgactgactgagagggaagttagg
gaagtcaaaggaccagctgcattagatggcttctcaccggag
gaattcaattgggaaatattggtaaagtcttggaccaaattaaatcctta
gaaaacgtgtgaatatcacccctggccttctaccttcctctctttctgca
gtctccattgagaagtccaggggagcacctatcactcagtgaatgaatgg
gttcactcagtgagaggatgcaggaaggtgtgagtggatgagatgtgacc
cacactacatattattttggagtgttgaatggacatggtgaaatttagtt
agggaatacccgaaggtctggacactgtggcagacatttgaaaggcgtta
tccaatttaatcatcacgaagatgatttaagtaaggttccattatcaaca
gtgtacaaaagaggtgaagggtcagtgagactgtcaaggtataacggtgc
tgtaagtaagaagtggtttttctaagatagcttgaaacagtgtatgcaca
ggttatcaaggtgaaccaataaatccacttatcagaccaaggcctccttg
tctctttattgactctgtgatgcaaaagaggaaatataatttagcgtgac
aaatacattggcttgacatcaagtggaaagaacgctgatggtacgcatgt
cagttatgtacaagaatatgcaccttggggtaggatggtggaggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_97470436_97471369
seq2: B6Ng01-248H01.b_45_986 (reverse)

seq1  CTCC-GTGAG-AGCCATCT-ATGCAGCT-GTCC-TTGACTTCCCT-ACTT  44
      |||| ||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||
seq2  CTCCGGTGAGAAGCCATCTAATGCAGCTGGTCCTTTGACTTCCCTAACTT  50

seq1  CCCTCTCAGTCAGTCGCCCA-GGGGGATGACTCGACATGTC-CTGTCTTT  92
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCTCTCAGTCAGTCGCCCAGGGGGGATGACTCGACATGTCACTGTCTTT  100

seq1  GCTTCCCGAAAGATCTAAACTGACACAAACCGAAGCTCCACTGAGGGCCA  142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCGAAAGATCTAAACTGACACAAACCGAAGCTCCACTGAGGGCCA  150

seq1  CTGTTTCCCTTCCCTGCACAGGGCTTCCAGAAACCCCCTCAAACAGAGGC  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCCCTTCCCTGCACAGGGCTTCCAGAAACCCCCTCAAACAGAGGC  200

seq1  TCCATCCTTCTCTCCCACCCCTGGGTGGTATGCATGAGGATCAGCAGACA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCTTCTCTCCCACCCCTGGGTGGTATGCATGAGGATCAGCAGACA  250

seq1  ATCCCTATGTGCTGAGCAGCGATGCAGAACTTGATGTGCATCGGGCAGGC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTATGTGCTGAGCAGCGATGCAGAACTTGATGTGCATCGGGCAGGC  300

seq1  TCAGCACTCCTGGGTAAAGTCAACAGACTCTGACAATATCTCCTCACAAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACTCCTGGGTAAAGTCAACAGACTCTGACAATATCTCCTCACAAT  350

seq1  ATCTGTGGTTAGAGTTGAGTTGTCTCTGATATTCTTAACTGTAAAGTGCA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGGTTAGAGTTGAGTTGTCTCTGATATTCTTAACTGTAAAGTGCA  400

seq1  GATTATACCACGGAAAAGTTATGAGAATACATAACTATACTTTAAAACTC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATACCACGGAAAAGTTATGAGAATACATAACTATACTTTAAAACTC  450

seq1  CCCTTAGACAAGTGCTGTGAGATTTGTGGGCACACCCGGTACCCCCTGTG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAGACAAGTGCTGTGAGATTTGTGGGCACACCCGGTACCCCCTGTG  500

seq1  CCCCAGGCCAAGTTGCCTTCACATAGCAGGACTAACAAAACTCAGGCTCA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGCCAAGTTGCCTTCACATAGCAGGACTAACAAAACTCAGGCTCA  550

seq1  CCTTGCCAGCCGGGCTTGCACACTGGTTTCACGTCCACCTGCACCAGGGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCAGCCGGGCTTGCACACTGGTTTCACGTCCACCTGCACCAGGGT  600

seq1  GTCCTGAGCGGCGGGTTTCTGTCCACAGTCATAAGCGGTTACCAGGATCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGCGGCGGGTTTCTGTCCACAGTCATAAGCGGTTACCAGGATCT  650

seq1  CATACTGGTGTTGCTTGTCATAGCTCAGCTTCTCAGTGTTCCTGATGTTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGGTGTTGCTTGTCATAGCTCAGCTTCTCAGTGTTCCTGATGTTG  700

seq1  CCTGAAGAACAGGAATGCACACATTCATTTCTGACCATGTAGAGTAGGCT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGAACAGGAATGCACACATTCATTTCTGACCATGTAGAGTAGGCT  750

seq1  GCACTTACTCTAGTTCTCCCTCTCATCCCATCAGCCTTCAGAAAGAATGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTACTCTAGTTCTCCCTCTCATCCCATCAGCCTTCAGAAAGAATGA  800

seq1  AATGATGGCCCCCACCTCTTTGTGAAACCTAAGGTAAACAGACACACAGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGGCCCCCACCTCTTTGTGAAACCTAAGGTAAACAGACACACAGC  850

seq1  TGCCACCCATAATCCCCTTGTGCTTTGACAGTAGGTTCCAGGGGACCACT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCCATAATCCCCTTGTGCTTTGACAGTAGGTTCCAGGGGACCACT  900

seq1  GGGTGGAGCATCTCTTTGTGCAATGGGGCAGCTAGAGAATTC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGAGCATCTCTTTGTGCAATGGGGCAGCTAGAGAATTC  942

seq1: chr9_97342485_97343131
seq2: B6Ng01-248H01.g_64_710

seq1  GAATTCAATTGGGAAATATTGGTAAAGTCTTGGACCAAATTAAATCCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTGGGAAATATTGGTAAAGTCTTGGACCAAATTAAATCCTTA  50

seq1  GAAAACGTGTGAATATCACCCCTGGCCTTCTACCTTCCTCTCTTTCTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACGTGTGAATATCACCCCTGGCCTTCTACCTTCCTCTCTTTCTGCA  100

seq1  GTCTCCATTGAGAAGTCCAGGGGAGCACCTATCACTCAGTGAATGAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCATTGAGAAGTCCAGGGGAGCACCTATCACTCAGTGAATGAATGG  150

seq1  GTTCACTCAGTGAGAGGATGCAGGAAGGTGTGAGTGGATGAGATGTGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTCAGTGAGAGGATGCAGGAAGGTGTGAGTGGATGAGATGTGACC  200

seq1  CACACTACATATTATTTTGGAGTGTTGAATGGACATGGTGAAATTTAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTACATATTATTTTGGAGTGTTGAATGGACATGGTGAAATTTAGTT  250

seq1  AGGGAATACCCGAAGGTCTGGACACTGTGGCAGACATTTGAAAGGCGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATACCCGAAGGTCTGGACACTGTGGCAGACATTTGAAAGGCGTTA  300

seq1  TCCAATTTAATCATCACGAAGATGATTTAAGTAAGGTTCCATTATCAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTTAATCATCACGAAGATGATTTAAGTAAGGTTCCATTATCAACA  350

seq1  GTGTACAAAAGAGGTGAAGGGTCAGTGAGACTGTCAAGGTATAACGGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACAAAAGAGGTGAAGGGTCAGTGAGACTGTCAAGGTATAACGGTGC  400

seq1  TGTAAGTAAGAAGTGGTTTTTCTAAGATAGCTTGAAACAGTGTATGCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTAAGAAGTGGTTTTTCTAAGATAGCTTGAAACAGTGTATGCACA  450

seq1  GGTTATCAAGGTGAACCAATAAATCCACTTATCAGACCAAGGCCTCCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATCAAGGTGAACCAATAAATCCACTTATCAGACCAAGGCCTCCTTG  500

seq1  TCTCTTTATTGACTCTGTGATGCAAAAGAGGAAATATAATTTAGCGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTATTGACTCTGTGATGCAAAAGAGGAAATATAATTTAGCGTGAC  550

seq1  AAATACATTGGCTTGACATCAAGTGGAAAGAACGCTGATGGTACGCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATTGGCTTGACATCAAGTGGAAAGAACGCTGATGGTACGCATGT  600

seq1  CAGTTATGTACAAGAATATGCACCTTGGGGTAGGATGGTGGAGGTGG  647
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATGTACAAGAATATGCACCTTGGGGTAGGATGGTGGAGGTGG  647