BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249G17
Chromosome9 (Build37)
Map Location 99,110,563 - 99,282,387
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040757, EG623459, Cep70, D9Ertd280e
Upstream geneLOC667298, Nmnat3, Rbp1, Rbp2, 4930579K19Rik, Copb2, Mrps22, EG623166, EG623186, 2410012M07Rik, LOC546155, LOC100040370, 7420426K07Rik, LOC100040380, LOC667347, Foxl2os, Foxl2, Faim, Gm1123, Pik3cb, LOC100040442
Downstream geneMras, LOC623534, Armc8, Dbr1, A4gnt, Dzip1l, Cldn18, EG667429, Sox14, LOC667456, 4930519F24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249G17.bB6Ng01-249G17.g
ACCGA057245GA057246
length1,157959
definitionB6Ng01-249G17.b B6Ng01-249G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,281,228 - 99,282,387)(99,110,563 - 99,111,515)
sequence
gaattctaccagtgacctagattcccaggcccacaggcaactcttaattt
tcatttaagcaggtccccttcgaggctggtcacatacgacagtgatattt
catttgtctatgtttcttgcattttcatgccctcaggcccagagaagaag
ctggtagtacagtggtgatttctaatgtttataaaccaatacgggctggt
gagatggctcagtgggtaagagcactgactgttcttccgaaggtcctgag
ttcaaatcctagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgagatc
tgatgccctcttctgctgtgtctgaacacagctacagtgtacttacacat
aataataaataagtcttttggccggagtgagcagaggtcctgagttcaat
tccgagcaaccacatgatggctcacaatcaatctgtacagctaccgtgta
ctcatatacataaaataaataaatctaaaaatataaaaaaaataattata
gatatcagccttcatgccttaaaacccaaacatctccattcaaagtgctt
tctttgtccctagtcccagcttgtagcagacccaaggtcactgcaaattt
caaataacttcccaaggtcatggtgacctctgcatccattccacaacctg
tcttctcaagttaacccctgtctcagtttctacaaagaaaactgaccctc
aaaactacccctgaactttgcggaagacatataggccctaagagggcctc
tcaagtgacctttgccgccagaacctctcccatcttagttcctcccctcc
cccaacccccaactcaatgcagatgatttttaaaagccacattccacaat
ttcttcctaaagcctgcagtttgcttaggcaggggattttaggatgttgg
tttgccactggtccaagggcaggccttggccaaccatacccgagtgttag
agtgaaagtgtgccgcctgttctggtaaacacctttagtaactatgaatt
aggtacagtccttaggccctagcacctgtcctcgttcccctgggggtggg
ggccgttagaacacagctttaatacttatcagtgttagttacttttaaca
cggttccaggaaatggtatggccattggtctgatacctcaccaaatgcat
agacaca
gaattctatgcagaaaaatttcccctgtgccaatgagtacgtttttattg
aaaagcacttcaagtataaaaaaaaaaattttatatttttaattatgtgt
gggaaggtgcatgtgtgagctcacagagtctagaatggggtgacggatcc
cctgagctggagttacagttagttgtgagctgtccgacacaggtactgga
aaaccaaactctgtacatcaactacaagcgctcagccactgagccacctc
tgcaaccccctgaattattacactttaaaaatatttatgtgtgtgtgccc
gagtgttcgtgcaccatgtgcctgcaggtaccctcagaggttggaagagg
gtgcccctggaactgtgagcccccagtgtgggtgttgggaattgaacctg
ggtcctctgtaagaacagccagtgttcttaaccactgagtcacgtcacca
gactctctgtttcttgttctttattattattagctaatgttttcctgttt
atatactttagttttctgtttcttagcttgactagaagtgtttccactga
agcttcatgtgtaaatgacagcgaccagaatcttttgtctatcttcgctg
tcagttaagctacgtgtagttcagcttgcctgttttgaaatccgctgtag
tttttctttggctgtggcaggagcaactcctcctcagggtataatttagc
tctcttaccagacttttagggtaaaagccctctggctccgagagtcccca
cagaagatgcttggcctgtcatcctaaacacacaattaaagagatgagtc
gtggtgaaaggcatggaaaagagattgagctattgtgtccacactgggaa
agaacagataaagagactcggtgacctcatgtctgtccttcaagggattg
tcagaaacttttgtgagcttttatggtaaggcagacaaaggagggggggt
gggacatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_99281228_99282387
seq2: B6Ng01-249G17.b_43_1199 (reverse)

seq1  TGTGTCCTATGCATTTGCTGAGGTATCAGACAAGTGG-CATACCATTACC  49
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||| ||
seq2  TGTGT-CTATGCATTTGGTGAGGTATCAGACCAATGGCCATACCATTTCC  49

seq1  TGGAACCTGTTTAAAAAGTAAACTAACACTGATAAGTAATTAAACCTGTG  99
      ||||||| || | |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TGGAACC-GTGTTAAAAGT-AACTAACACTGATAAGT-ATTAAAGCTGTG  96

seq1  TTCTAACGACCCCCA-CCCCAGGGG-ACGAGGACAGTTGCTAGGGCCTAA  147
      |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCTAACGGCCCCCACCCCCAGGGGAACGAGGACAGGTGCTAGGGCCTAA  146

seq1  GGACCTGTACCTAATTCATAGTTACTAAAGGTGTTTACCAGAACAGGCGG  197
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGA-CTGTACCTAATTCATAGTTACTAAAGGTGTTTACCAGAACAGGCGG  195

seq1  CACACTTTCACTCTTAACACTCGGGTATGGTTGGCCAAGGCCTGCCCTTG  247
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTTCACTC-TAACACTCGGGTATGGTTGGCCAAGGCCTGCCCTTG  244

seq1  GACCAGTGGCAAACCAACATCCTAAAATCCCCTGCCTAAGCAAACTGCAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTGGCAAACCAACATCCTAAAATCCCCTGCCTAAGCAAACTGCAG  294

seq1  GCTTTAGGAAGAAATTGTGGAATGTGGCTTTTAAAAATCATCTGCATTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAGGAAGAAATTGTGGAATGTGGCTTTTAAAAATCATCTGCATTGA  344

seq1  GTTGGGGGTTGGGGGAGGGGAGGAACTAAGATGGGAGAGGTTCTGGCGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGGTTGGGGGAGGGGAGGAACTAAGATGGGAGAGGTTCTGGCGGC  394

seq1  AAAGGTCACTTGAGAGGCCCTCTTAGGGCCTATATGTCTTCCGCAAAGTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCACTTGAGAGGCCCTCTTAGGGCCTATATGTCTTCCGCAAAGTT  444

seq1  CAGGGGTAGTTTTGAGGGTCAGTTTTCTTTGTAGAAACTGAGACAGGGGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGTAGTTTTGAGGGTCAGTTTTCTTTGTAGAAACTGAGACAGGGGT  494

seq1  TAACTTGAGAAGACAGGTTGTGGAATGGATGCAGAGGTCACCATGACCTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGAGAAGACAGGTTGTGGAATGGATGCAGAGGTCACCATGACCTT  544

seq1  GGGAAGTTATTTGAAATTTGCAGTGACCTTGGGTCTGCTACAAGCTGGGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTTATTTGAAATTTGCAGTGACCTTGGGTCTGCTACAAGCTGGGA  594

seq1  CTAGGGACAAAGAAAGCACTTTGAATGGAGATGTTTGGGTTTTAAGGCAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGACAAAGAAAGCACTTTGAATGGAGATGTTTGGGTTTTAAGGCAT  644

seq1  GAAGGCTGATATCTATAATTATTTTTTTTATATTTTTAGATTTATTTATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTGATATCTATAATTATTTTTTTTATATTTTTAGATTTATTTATT  694

seq1  TTATGTATATGAGTACACGGTAGCTGTACAGATTGATTGTGAGCCATCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATATGAGTACACGGTAGCTGTACAGATTGATTGTGAGCCATCAT  744

seq1  GTGGTTGCTCGGAATTGAACTCAGGACCTCTGCTCACTCCGGCCAAAAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTGCTCGGAATTGAACTCAGGACCTCTGCTCACTCCGGCCAAAAGA  794

seq1  CTTATTTATTATTATGTGTAAGTACACTGTAGCTGTGTTCAGACACAGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTATTATTATGTGTAAGTACACTGTAGCTGTGTTCAGACACAGCA  844

seq1  GAAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTT  894

seq1  GCTAGGATTTGAACTCAGGACCTTCGGAAGAACAGTCAGTGCTCTTACCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGATTTGAACTCAGGACCTTCGGAAGAACAGTCAGTGCTCTTACCC  944

seq1  ACTGAGCCATCTCACCAGCCCGTATTGGTTTATAAACATTAGAAATCACC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCCATCTCACCAGCCCGTATTGGTTTATAAACATTAGAAATCACC  994

seq1  ACTGTACTACCAGCTTCTTCTCTGGGCCTGAGGGCATGAAAATGCAAGAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTACTACCAGCTTCTTCTCTGGGCCTGAGGGCATGAAAATGCAAGAA  1044

seq1  ACATAGACAAATGAAATATCACTGTCGTATGTGACCAGCCTCGAAGGGGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGACAAATGAAATATCACTGTCGTATGTGACCAGCCTCGAAGGGGA  1094

seq1  CCTGCTTAAATGAAAATTAAGAGTTGCCTGTGGGCCTGGGAATCTAGGTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTAAATGAAAATTAAGAGTTGCCTGTGGGCCTGGGAATCTAGGTC  1144

seq1  ACTGGTAGAATTC  1160
      |||||||||||||
seq2  ACTGGTAGAATTC  1157

seq1: chr9_99110563_99111515
seq2: B6Ng01-249G17.g_67_1025

seq1  GAATTCTATGCAGAAAAATTTCCCCTGTGCCAATGAGTACGTTTTTATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGCAGAAAAATTTCCCCTGTGCCAATGAGTACGTTTTTATTG  50

seq1  AAAAGCACTTCAAGTATAAAAAAAAAAATTTTATATTTTTAATTATGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCACTTCAAGTATAAAAAAAAAAATTTTATATTTTTAATTATGTGT  100

seq1  GGGAAGGTGCATGTGTGAGCTCACAGAGTCTAGAATGGGGTGACGGATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGTGCATGTGTGAGCTCACAGAGTCTAGAATGGGGTGACGGATCC  150

seq1  CCTGAGCTGGAGTTACAGTTAGTTGTGAGCTGTCCGACACAGGTACTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCTGGAGTTACAGTTAGTTGTGAGCTGTCCGACACAGGTACTGGA  200

seq1  AAACCAAACTCTGTACATCAACTACAAGCGCTCAGCCACTGAGCCACCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAACTCTGTACATCAACTACAAGCGCTCAGCCACTGAGCCACCTC  250

seq1  TGCAACCCCCTGAATTATTACACTTTAAAAATATTTATGTGTGTGTGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACCCCCTGAATTATTACACTTTAAAAATATTTATGTGTGTGTGCCC  300

seq1  GAGTGTTCGTGCACCATGTGCCTGCAGGTACCCTCAGAGGTTGGAAGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTCGTGCACCATGTGCCTGCAGGTACCCTCAGAGGTTGGAAGAGG  350

seq1  GTGCCCCTGGAACTGTGAGCCCCCAGTGTGGGTGTTGGGAATTGAACCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCTGGAACTGTGAGCCCCCAGTGTGGGTGTTGGGAATTGAACCTG  400

seq1  GGTCCTCTGTAAGAACAGCCAGTGTTCTTAACCACTGAGTCACGTCACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCTGTAAGAACAGCCAGTGTTCTTAACCACTGAGTCACGTCACCA  450

seq1  GACTCTCTGTTTCTTGTTCTTTATTATTATTAGCTAATGTTTTCCTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCTGTTTCTTGTTCTTTATTATTATTAGCTAATGTTTTCCTGTTT  500

seq1  ATATACTTTAGTTTTCTGTTTCTTAGCTTGACTAGAAGTGTTTCCACTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTTTAGTTTTCTGTTTCTTAGCTTGACTAGAAGTGTTTCCACTGA  550

seq1  AGCTTCATGTGTAAATGACAGCGACCAGAATCTTTTGTCTATCTTCGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCATGTGTAAATGACAGCGACCAGAATCTTTTGTCTATCTTCGCTG  600

seq1  TCAGTTAAGCTACGTGTAGTTCAGCTTGCCTGTTTTGAAATCCGCTGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTAAGCTACGTGTAGTTCAGCTTGCCTGTTTTGAAATCCGCTGTAG  650

seq1  TTTTTCTTTGGCTGTGGCAGGAGCAACTCCTCCTCAGGGTATAATTTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTGGCTGTGGCAGGAGCAACTCCTCCTCAGGGTATAATTTAGC  700

seq1  TCTCTTACCAGACTTTTAGGGTAAAAGCCCTCTGGCTCCGAGAGTCCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTACCAGACTTTTAGGGTAAAAGCCCTCTGGCTCCGAGAGTCCCCA  750

seq1  CAGAAGATGCTTGGCCTGTCATCCT-AACACACAATTAAAGAGATGAGTC  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGATGCTTGGCCTGTCATCCTAAACACACAATTAAAGAGATGAGTC  800

seq1  GTGGTGAAAGGCATGGAAAAGAGATTGAGCTATTGTGTCCACACTGGG-A  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGGTGAAAGGCATGGAAAAGAGATTGAGCTATTGTGTCCACACTGGGAA  850

seq1  AGAACAGATAAAGAGACTCGGTGACCTCATGTCTGTCC-TCAAGGGATTG  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAACAGATAAAGAGACTCGGTGACCTCATGTCTGTCCTTCAAGGGATTG  900

seq1  TCAGAAAC-TTTGTGAGC-TTTATGGTAAGGCAGACAAAGGA-GGGGGGT  944
      |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAGAAACTTTTGTGAGCTTTTATGGTAAGGCAGACAAAGGAGGGGGGGT  950

seq1  GGGACATGC  953
      |||||||||
seq2  GGGACATGC  959