BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254A10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 101,691,274 - 101,815,766
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStag1, LOC100040990, Pccb, LOC100041013, LOC100040707, Msl2l1, 3222402P14Rik, LOC100041065, EG382099
Downstream geneEphb1, 9630041A04Rik, Ky, LOC664843, Cep63, Anapc13, Amotl2, EG434510, Ryk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254A10.bB6Ng01-254A10.g
ACCGA060601GA060602
length1,193864
definitionB6Ng01-254A10.b B6Ng01-254A10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,814,571 - 101,815,766)(101,691,274 - 101,692,134)
sequence
gaattcctctatttgatcacaaacatctcagggatctctgaccacagtca
gagatgttaatggaaggataagcccattagggttcccataggtatgagag
tgtcagctacaagtgttctacgtttagaatttaaggaaagactttccagc
agctaatcagaggaggtgctcctggggtgggtaactgaaattacaaccac
ttgagaggttcttcaaaataataatcacaaattcaataatagacttgacg
atagtaattgtaatttgacgatagcgattgtaattttttttagcatgctt
actacaaagctaagcaaactgattactactaatttggtattgcattgccc
agttggggaagggatttgctaaactgctcagagatgctcaggcagctcgt
tcgattctagatcatgttgaagagctagatttgaattcagattatctatc
tgaagtgtgttctctgagtcactgagtaattccactacccaagctagata
ccttctaagagcaccctacgcacctcacatgtctaccgcgaaacacagtg
atttatgcacactgtgcggtgatatgtccaggaatggagatggatttatc
tgtcagggtgaaatgaggggccacatataaaccacatattaataacataa
ggccacataactcagctcttggttttttagagcatgttcaaaatctgaca
gccagtgtgagttatcttattccatgtctatgaattttggaataaaaccg
aaaaataaaaataaaataaaataaaaatggaaatcaggcctggggtttgt
tgtaaaagtctccccaccttctgagaaaggccaaccctttaatctctgca
gactaggacttttgacttccctgttgcaggtccgtgtcatccgaactatg
tctgctcgtcactttgcatgtgtgcagaggccgctctcaagcttttacct
tcttcctgggtggctcccaggctgcctgtcagattggactaatggctgaa
tttgagacatttttttccaccccaggatgtgtgtgggcatgtagcttgct
cattcaaacaggcagtgacttttcttccaggtactaaaataaattccctt
gataaagcccaatgttcctggaacctgcccggtcaatggagttcattagc
tttaattactgtcacagacttcctgaactgcagaaccatcctc
gaattctttgttttgctctgtaccccatttctaatggggttatttgattt
tctagtgtggggtagagccttgaagatatgggcacagagaaaaattcctg
aacagaacaccaatggcctgtgctgtaaaatcgagaatcaacaaatggga
cctcataaaattgcaaagcttctgtaaggcaaaagacactgtcaataaga
caaaaaggccaccaacagattgggaaaggatttttaccaatcctaatagg
ggactaatatccaatacatttcccattttcaaggagatgggggcttatgt
agcccagggtggtgaaagcctagaactggctatgtagccaaagttgccct
tgacctctggattctcctgccttcactctctcccctgccccaaagttgtg
gttacacacctgtaccaccaccctagggttgacatgttggttgttgtgat
ttagcctcttcttcccatcaacattctgcatatgaatacttgccttttgg
atttccaggtctctgaaccgtttcatttgcaaaaaggagattcatgatca
gaacaattttcttcttttgttgacttacatttctctctctgtctctgtct
ctgtctctgtctctctctctctctgacactggacatgactttacttggag
gtttgatgcagggtttggtttagtatgatcagctgtgctcgatccagggg
ctgggcatttagcacttgcatggctatgggctattaactcttgtgtatct
agttgctcacgtatgaggtaggaaaaaacagaacattcccttttaacagg
tgatatctgagtggatatgtgtgtctgcagatgtagatgcttgtgttgat
taatgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_101814571_101815766
seq2: B6Ng01-254A10.b_47_1239 (reverse)

seq1  GAGGATGGTTCTGCAGTCAGAGAAAGTCTGTGGACAGTTATTTAAGCTAA  50
      |||||||||||||||||   || |||||||| |||||| ||| |||||||
seq2  GAGGATGGTTCTGCAGT-TCAGGAAGTCTGT-GACAGTAATTAAAGCTAA  48

seq1  AGGAAACTTCATGTTGACC-GGCAGG-TCCA-GAACA-TGGGCTTTAATC  96
       |  |||| ||  |||||| |||||| |||| ||||| |||||||| |||
seq2  TG--AACTCCA--TTGACCGGGCAGGTTCCAGGAACATTGGGCTTT-ATC  93

seq1  AAAGGATTTTA-TTTAGTACCTGGAAGAAAAGTCACTGGCCTGTTTGAAT  145
      || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGGGAATTTATTTTAGTACCTGGAAGAAAAGTCACT-GCCTGTTTGAAT  142

seq1  GAGCAAGCTACATGCCCACACAACATCCTGGGGTGGAAAAAAATGTCTCA  195
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCTACATGCCCACAC-ACATCCTGGGGTGGAAAAAAATGTCTCA  191

seq1  AATTCAGCCATTAGTCCAATCTGACAGGCAGCCTGGGGAGCCACCCAGGA  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATTCAGCCATTAGTCCAATCTGACAGGCAGCCT-GGGAGCCACCCAGGA  240

seq1  AGAAGGT-AAAGCTTGAGAGCGGCCTCTGCACACATGCAAAGTGACGAGC  294
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTAAAAGCTTGAGAGCGGCCTCTGCACACATGCAAAGTGACGAGC  290

seq1  AGACATAGTTCGGATGACACGGACCTGCAACAGGGAAGTCAAAAGTCCTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATAGTTCGGATGACACGGACCTGCAACAGGGAAGTCAAAAGTCCTA  340

seq1  GTCTGCAGAGATT-AAGGGTTGGCCTTTCTCAGAAGGTGGGGAGACTTTT  393
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAGAGATTAAAGGGTTGGCCTTTCTCAGAAGGTGGGGAGACTTTT  390

seq1  ACAACAAACCCCAGGCCTGATTTCCATTTTTATTTTATTTTATTTTTATT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAACCCCAGGCCTGATTTCCATTTTTATTTTATTTTATTTTTATT  440

seq1  TTTCGGTTTTATTCCAAAATTCATAGACATGGAATAAGATAACTCACACT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGGTTTTATTCCAAAATTCATAGACATGGAATAAGATAACTCACACT  490

seq1  GGCTGTCAGATTTTGAACATGCTCTAAAAAACCAAGAGCTGAGTTATGTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCAGATTTTGAACATGCTCTAAAAAACCAAGAGCTGAGTTATGTG  540

seq1  GCCTTATGTTATTAATATGTGGTTTATATGTGGCCCCTCATTTCACCCTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATGTTATTAATATGTGGTTTATATGTGGCCCCTCATTTCACCCTG  590

seq1  ACAGATAAATCCATCTCCATTCCTGGACATATCACCGCACAGTGTGCATA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAAATCCATCTCCATTCCTGGACATATCACCGCACAGTGTGCATA  640

seq1  AATCACTGTGTTTCGCGGTAGACATGTGAGGTGCGTAGGGTGCTCTTAGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTGTGTTTCGCGGTAGACATGTGAGGTGCGTAGGGTGCTCTTAGA  690

seq1  AGGTATCTAGCTTGGGTAGTGGAATTACTCAGTGACTCAGAGAACACACT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATCTAGCTTGGGTAGTGGAATTACTCAGTGACTCAGAGAACACACT  740

seq1  TCAGATAGATAATCTGAATTCAAATCTAGCTCTTCAACATGATCTAGAAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAGATAATCTGAATTCAAATCTAGCTCTTCAACATGATCTAGAAT  790

seq1  CGAACGAGCTGCCTGAGCATCTCTGAGCAGTTTAGCAAATCCCTTCCCCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACGAGCTGCCTGAGCATCTCTGAGCAGTTTAGCAAATCCCTTCCCCA  840

seq1  ACTGGGCAATGCAATACCAAATTAGTAGTAATCAGTTTGCTTAGCTTTGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCAATGCAATACCAAATTAGTAGTAATCAGTTTGCTTAGCTTTGT  890

seq1  AGTAAGCATGCTAAAAAAAATTACAATCGCTATCGTCAAATTACAATTAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCATGCTAAAAAAAATTACAATCGCTATCGTCAAATTACAATTAC  940

seq1  TATCGTCAAGTCTATTATTGAATTTGTGATTATTATTTTGAAGAACCTCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTCAAGTCTATTATTGAATTTGTGATTATTATTTTGAAGAACCTCT  990

seq1  CAAGTGGTTGTAATTTCAGTTACCCACCCCAGGAGCACCTCCTCTGATTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGTTGTAATTTCAGTTACCCACCCCAGGAGCACCTCCTCTGATTA  1040

seq1  GCTGCTGGAAAGTCTTTCCTTAAATTCTAAACGTAGAACACTTGTAGCTG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGGAAAGTCTTTCCTTAAATTCTAAACGTAGAACACTTGTAGCTG  1090

seq1  ACACTCTCATACCTATGGGAACCCTAATGGGCTTATCCTTCCATTAACAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTCATACCTATGGGAACCCTAATGGGCTTATCCTTCCATTAACAT  1140

seq1  CTCTGACTGTGGTCAGAGATCCCTGAGATGTTTGTGATCAAATAGAGGAA  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACTGTGGTCAGAGATCCCTGAGATGTTTGTGATCAAATAGAGGAA  1190

seq1  TTC  1196
      |||
seq2  TTC  1193

seq1: chr9_101691274_101692134
seq2: B6Ng01-254A10.g_71_934

seq1  GAATTCTTTGTTTTGCTCTGTACCCCATTTCTAATGGGGTTATTTGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTTGCTCTGTACCCCATTTCTAATGGGGTTATTTGATTT  50

seq1  TCTAGTGTGGGGTAGAGCCTTGAAGATATGGGCACAGAGAAAAATTCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTGTGGGGTAGAGCCTTGAAGATATGGGCACAGAGAAAAATTCCTG  100

seq1  AACAGAACACCAATGGCCTGTGCTGTAAAATCGAGAATCAACAAATGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAACACCAATGGCCTGTGCTGTAAAATCGAGAATCAACAAATGGGA  150

seq1  CCTCATAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAAGACACTGTCAATAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAAGACACTGTCAATAAGA  200

seq1  CAAAAAGGCCACCAACAGATTGGGAAAGGATTTTTACCAATCCTAATAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGGCCACCAACAGATTGGGAAAGGATTTTTACCAATCCTAATAGG  250

seq1  GGACTAATATCCAATACATTTCCCATTTTCAAGGAGATGGGGGCTTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTAATATCCAATACATTTCCCATTTTCAAGGAGATGGGGGCTTATGT  300

seq1  AGCCCAGGGTGGTGAAAGCCTAGAACTGGCTATGTAGCCAAAGTTGCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGGGTGGTGAAAGCCTAGAACTGGCTATGTAGCCAAAGTTGCCCT  350

seq1  TGACCTCTGGATTCTCCTGCCTTCACTCTCTCCCCTGCCCCAAAGTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCTGGATTCTCCTGCCTTCACTCTCTCCCCTGCCCCAAAGTTGTG  400

seq1  GTTACACACCTGTACCACCACCCTAGGGTTGACATGTTGGTTGTTGTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACACACCTGTACCACCACCCTAGGGTTGACATGTTGGTTGTTGTGAT  450

seq1  TTAGCCTCTTCTTCCCATCAACATTCTGCATATGAATACTTGCCTTTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCTCTTCTTCCCATCAACATTCTGCATATGAATACTTGCCTTTTGG  500

seq1  ATTTCCAGGTCTCTGAACCGTTTCATTTGCAAAAAGGAGATTCATGATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGGTCTCTGAACCGTTTCATTTGCAAAAAGGAGATTCATGATCA  550

seq1  GAACAATTTTCTTCTTTTGTTGACTTACATTTCTCTCTCTGTCTCTGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATTTTCTTCTTTTGTTGACTTACATTTCTCTCTCTGTCTCTGTCT  600

seq1  CTGTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTGACACTGGACATGACTTTACTTGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTGACACTGGACATGACTTTACTTGGAG  650

seq1  GTTTGATGCAGGGTTTGGTTTAGTATGATCAGCTGTGCTCGATCCAGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATGCAGGGTTTGGTTTAGTATGATCAGCTGTGCTCGATCCAGGGG  700

seq1  CTGGGCATTTAGCACTTGCATGGCTATGGGCTATTAACTCTTGTGTATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCATTTAGCACTTGCATGGCTATGGGCTATTAACTCTTGTGTATCT  750

seq1  AGTTGCTCACGTATGAGGTAGGAAAAAACAGAACATT-CCTTTTAACAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTTGCTCACGTATGAGGTAGGAAAAAACAGAACATTCCCTTTTAACAGG  800

seq1  TGATATCTGAGTGGATATGTGTGTCTGCAGATGTAGATGCTTGTG-TGAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGATATCTGAGTGGATATGTGTGTCTGCAGATGTAGATGCTTGTGTTGAT  850

seq1  T-ATGTGTGTGTGT  861
      | ||||||||||||
seq2  TAATGTGTGTGTGT  864