BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255P21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 34,194,703 - 34,301,539
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKirrel3
Upstream geneLOC100042343
Downstream geneSt3gal4, Dcps, Tirap, Foxred1, Srpr, C030004A17Rik, Rpusd4, EG434394, Cdon
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255P21.bB6Ng01-255P21.g
ACCGA062066GA062067
length1,1071,059
definitionB6Ng01-255P21.b B6Ng01-255P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,300,429 - 34,301,539)(34,194,703 - 34,195,768)
sequence
gaattcactctggattattcatgtgctttttttgggtctgcaatataata
ctgcctaagtcacccctactgggctaaacaaaaatgaaaaattgcatctt
caggcctaatccacggctccaccccatctcctgctggtcctggcttccac
caacagaggcacacacaccaggaaaggctgctccttggtacaatgcctag
ctcactgctgccatgctctgagccagatcctcctttctgtacccatggca
tcctctcggtgtcatgctatgatgctgacccccctccccttcaacacaca
cccctgtgcccctggggagcttctattccatcctcaatagatctgagggc
tccctgttgggcagcaaccactgaagccacccccatcccctacaggcagg
ctccatttccccacccagaaggtttattaaagaagtggttccatgtcctt
ggcagtagtgctctgacctttcaagataaaagaagtgattctccctcccc
tagatgctatgccactggggtgccaggagcagaaaggctcatactcatca
ctgtttatctttcattctgagcaaggacaggtacccctagaattaagtac
cccagagttaagtacccttagggttaagtacccctagagttgttcactca
aagtttatttttctgattatcctctgaactgaacccttttccctccactt
cattttgggagccctgtctaacaggtttgtgttctttacccaagctcctc
ctcttccctcctttccccatgagagctcttggcaaatttgacctccttgc
agtggctcctctcctccatgcttactgtcacccctctggctcctgcacca
agccagctctcctcactcagtctgttcaccctctatctgatgttcttctg
tttccttggagattcaggtttcttataactctgccatccaatggctacct
ggttctccttttgatgtgccctgttcatcagagagcatctattacgaggt
ggatcccaaacagatattctgtagggatgctacttacagtaaatatgagt
tattttttactctaaattgttccgaacaggcgaggagcattagactagct
aacacgc

gaattcctcctgtgttctggttttcacctcggctctcctcagccctatcc
agaagacacagtcaggaacaatctgcgttgagagttgtagatctgcctgg
gtggctgtatgcaacccatagttgcagatttaatgtagactccctgcagc
ccttagatgttttgactcagagctatctgggttttgagtctggaagatgc
attactggggttacctccttagtagatgggttctgtatatagtagtggga
gcatgaaagagacggctatggtggtgataacatctccaacagaggagcca
gagtgatgatttacaggcctggagtctagggcccgactcagcaccagctc
tttgctttattgtacccaatgaaacttgatcatccccaatggggctttgc
tagggaatggggaaccttcgggacctggttaggttaggattaaattgctg
actccagcaagtgggaagtaatgaaccaggctaatctcccatttccatac
cgtaaagttctcaccagcaagggaggcttgagtgggatgaggagttggat
aatgttcttggccaccaatattgttggacactttggggcaagtaccctta
cctctaggaccatgacattcaaagacaggtcatagagtcttgctggagtt
cattttctctctgagttggcacagtgggagggcaggcatgaagagatgag
ctggggagtttcaggaatcttacccaggcatcttgtgagctcttgtacag
gtggcaagtcactcaaggttggctgtgtgctgtgccacttccttaggaac
agctctacctccctttcaggtaactcttgccgagagattactcaatctgt
gttcctactcagggctaggaagaagatggctgctctctttagggcacata
aattctcttcttcaagtatctccatctgaaatgcaaataaaactaagcca
atgcctcatcagcaacacattagcccagcttaatacaatcaactgagatt
aaaaaatgagctagcatccgtggtattgaatattatctatcattatgaat
attattatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_34300429_34301539
seq2: B6Ng01-255P21.b_48_1154 (reverse)

seq1  GCGTGTTTGCTTTGTCT-ATGCTCCTCG-CTGTTCCGAAC-ATTTAGAGT  47
      ||||||| || | |||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||
seq2  GCGTGTTAGC-TAGTCTAATGCTCCTCGCCTGTTCGGAACAATTTAGAGT  49

seq1  AAAAATAAACTCATATTTTACCTGTAAGTAGCATCCCCTACCAGAATATC  97
      |||||  |||||||||||   ||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  AAAAAATAACTCATATTT--ACTGTAAGTAGCAT-CCCTA-CAGAATATC  95

seq1  TGTTTGGGATCCACCTCCTTAATAGATGCTCTCCTGATGAACAGGGCACA  147
      |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGGATCCACCT-CGTAATAGATGCTCT-CTGATGAACAGGGCACA  143

seq1  TCAAAAGGAGAACCAGGTAGCCATTGGATGGCAGAGTTATAAGAAACCTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGGAGAACCAGGTAGCCATTGGATGGCAGAGTTATAAGAAACCTG  193

seq1  AATCTCCAAGGAAACAGAAGAACATCAGATAGAGGGTGAACAGACTGAGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCAAGGAAACAGAAGAACATCAGATAGAGGGTGAACAGACTGAGT  243

seq1  GAGGAGAGCTGGCTTGGTGCAGGAGCCAGAGGGGTGACAGTAAGCATGGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGCTGGCTTGGTGCAGGAGCCAGAGGGGTGACAGTAAGCATGGA  293

seq1  GGAGAGGAGCCACTGCAAGGAGGTCAAATTTGCCAAGAGCTCTCATGGGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGAGCCACTGCAAGGAGGTCAAATTTGCCAAGAGCTCTCATGGGG  343

seq1  AAAGGAGGGAAGAGGAGGAGCTTGGGTAAAGAACACAAACCTGTTAGACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGGGAAGAGGAGGAGCTTGGGTAAAGAACACAAACCTGTTAGACA  393

seq1  GGGCTCCCAAAATGAAGTGGAGGGAAAAGGGTTCAGTTCAGAGGATAATC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCCCAAAATGAAGTGGAGGGAAAAGGGTTCAGTTCAGAGGATAATC  443

seq1  AGAAAAATAAACTTTGAGTGAACAACTCTAGGGGTACTTAACCCTAAGGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATAAACTTTGAGTGAACAACTCTAGGGGTACTTAACCCTAAGGG  493

seq1  TACTTAACTCTGGGGTACTTAATTCTAGGGGTACCTGTCCTTGCTCAGAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAACTCTGGGGTACTTAATTCTAGGGGTACCTGTCCTTGCTCAGAA  543

seq1  TGAAAGATAAACAGTGATGAGTATGAGCCTTTCTGCTCCTGGCACCCCAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGATAAACAGTGATGAGTATGAGCCTTTCTGCTCCTGGCACCCCAG  593

seq1  TGGCATAGCATCTAGGGGAGGGAGAATCACTTCTTTTATCTTGAAAGGTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAGCATCTAGGGGAGGGAGAATCACTTCTTTTATCTTGAAAGGTC  643

seq1  AGAGCACTACTGCCAAGGACATGGAACCACTTCTTTAATAAACCTTCTGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACTACTGCCAAGGACATGGAACCACTTCTTTAATAAACCTTCTGG  693

seq1  GTGGGGAAATGGAGCCTGCCTGTAGGGGATGGGGGTGGCTTCAGTGGTTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGAAATGGAGCCTGCCTGTAGGGGATGGGGGTGGCTTCAGTGGTTG  743

seq1  CTGCCCAACAGGGAGCCCTCAGATCTATTGAGGATGGAATAGAAGCTCCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCAACAGGGAGCCCTCAGATCTATTGAGGATGGAATAGAAGCTCCC  793

seq1  CAGGGGCACAGGGGTGTGTGTTGAAGGGGAGGGGGGTCAGCATCATAGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCACAGGGGTGTGTGTTGAAGGGGAGGGGGGTCAGCATCATAGCA  843

seq1  TGACACCGAGAGGATGCCATGGGTACAGAAAGGAGGATCTGGCTCAGAGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCGAGAGGATGCCATGGGTACAGAAAGGAGGATCTGGCTCAGAGC  893

seq1  ATGGCAGCAGTGAGCTAGGCATTGTACCAAGGAGCAGCCTTTCCTGGTGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGCAGTGAGCTAGGCATTGTACCAAGGAGCAGCCTTTCCTGGTGT  943

seq1  GTGTGCCTCTGTTGGTGGAAGCCAGGACCAGCAGGAGATGGGGTGGAGCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCTCTGTTGGTGGAAGCCAGGACCAGCAGGAGATGGGGTGGAGCC  993

seq1  GTGGATTAGGCCTGAAGATGCAATTTTTCATTTTTGTTTAGCCCAGTAGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATTAGGCCTGAAGATGCAATTTTTCATTTTTGTTTAGCCCAGTAGG  1043

seq1  GGTGACTTAGGCAGTATTATATTGCAGACCCAAAAAAAGCACATGAATAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACTTAGGCAGTATTATATTGCAGACCCAAAAAAAGCACATGAATAA  1093

seq1  TCCAGAGTGAATTC  1111
      ||||||||||||||
seq2  TCCAGAGTGAATTC  1107


seq1: chr9_34194703_34195768
seq2: B6Ng01-255P21.g_67_1125

seq1  GAATTCCTCCTGTGTTCTGGTTTTCACCTCGGCTCTCCTCAGCCCTATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTGTGTTCTGGTTTTCACCTCGGCTCTCCTCAGCCCTATCC  50

seq1  AGAAGACACAGTCAGGAACAATCTGCGTTGAGAGTTGTAGATCTGCCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACACAGTCAGGAACAATCTGCGTTGAGAGTTGTAGATCTGCCTGG  100

seq1  GTGGCTGTATGCAACCCATAGTTGCAGATTTAATGTAGACTCCCTGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTATGCAACCCATAGTTGCAGATTTAATGTAGACTCCCTGCAGC  150

seq1  CCTTAGATGTTTTGACTCAGAGCTATCTGGGTTTTGAGTCTGGAAGATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGATGTTTTGACTCAGAGCTATCTGGGTTTTGAGTCTGGAAGATGC  200

seq1  ATTACTGGGGTTACCTCCTTAGTAGATGGGTTCTGTATATAGTAGTGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGGGGTTACCTCCTTAGTAGATGGGTTCTGTATATAGTAGTGGGA  250

seq1  GCATGAAAGAGACGGCTATGGTGGTGATAACATCTCCAACAGAGGAGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAAGAGACGGCTATGGTGGTGATAACATCTCCAACAGAGGAGCCA  300

seq1  GAGTGATGATTTACAGGCCTGGAGTCTAGGGCCCGACTCAGCACCAGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATGATTTACAGGCCTGGAGTCTAGGGCCCGACTCAGCACCAGCTC  350

seq1  TTTGCTTTATTGTACCCAATGAAACTTGATCATCCCCAATGGGGCTTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTATTGTACCCAATGAAACTTGATCATCCCCAATGGGGCTTTGC  400

seq1  TAGGGAATGGGGAACCTTCGGGACCTGGTTAGGTTAGGATTAAATTGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAATGGGGAACCTTCGGGACCTGGTTAGGTTAGGATTAAATTGCTG  450

seq1  ACTCCAGCAAGTGGGAAGTAATGAACCAGGCTAATCTCCCATTTCCATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGCAAGTGGGAAGTAATGAACCAGGCTAATCTCCCATTTCCATAC  500

seq1  CGTAAAGTTCTCACCAGCAAGGGAGGCTTGAGTGGGATGAGGAGTTGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAAGTTCTCACCAGCAAGGGAGGCTTGAGTGGGATGAGGAGTTGGAT  550

seq1  AATGTTCTTGGCCACCAATATTGTTGGACACTTTGGGGCAAGTACCCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCTTGGCCACCAATATTGTTGGACACTTTGGGGCAAGTACCCTTA  600

seq1  CCTCTAGGACCATGACATTCAAAGACAGGTCATAGAGTCTTGCTGGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGGACCATGACATTCAAAGACAGGTCATAGAGTCTTGCTGGAGTT  650

seq1  CATTTTCTCTCTGAGTTGGCACAGTGGGAGGGCAGGCATGAAGAGATGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTCTCTGAGTTGGCACAGTGGGAGGGCAGGCATGAAGAGATGAG  700

seq1  CTGGGGAGTTTCAGGAATCTTACCCAGGCATCTTGTGAGCTCTTGTACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAGTTTCAGGAATCTTACCCAGGCATCTTGTGAGCTCTTGTACAG  750

seq1  GTGGCAAGTCACTCAAGGTTGGCTGTGTGCTGTGCCACTTCCTTAGGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAAGTCACTCAAGGTTGGCTGTGTGCTGTGCCACTTCCTTAGGAAC  800

seq1  AGCTCTACCTCCC-TTCAGGTAACTCTTGCCGAGAGATTACTCAATCTGT  849
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTACCTCCCTTTCAGGTAACTCTTGCCGAGAGATTACTCAATCTGT  850

seq1  GTTCCTACTCAGGGCTAGGAAGAAGATGGCTGCTCTCTTTAGGGCACATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTACTCAGGGCTAGGAAGAAGATGGCTGCTCTCTTTAGGGCACATA  900

seq1  AATTCTCTTCTTCAAGTATCTCCATCTGAAATGCAAATAAAACTAAGGCC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATTCTCTTCTTCAAGTATCTCCATCTGAAATGCAAATAAAACTAA-GCC  949

seq1  AATGCCTCATCAGGCAACACATTAGCCCAGCTTAATAACAATCAACTGAG  999
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATGCCTCATCA-GCAACACATTAGCCCAGCTTAAT-ACAATCAACTGAG  997

seq1  ATTTAAAAAATGAGGCTTAGCATCCGTGGTAATG-ATATTATCTATCATT  1048
      | ||||||||||||   |||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  A-TTAAAAAATGAG--CTAGCATCCGTGGTATTGAATATTATCTATCATT  1044

seq1  TATTGAATAATTATTATG  1066
         ||||| |||||||||
seq2  --ATGAAT-ATTATTATG  1059


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |