BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260D04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 88,464,456 - 88,617,722
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930422I07Rik, EG547109, LOC100039707, LOC100039721
Upstream geneTbx18, LOC671731, LOC100039580, LOC384962, EG272633, Nt5e, Snx14, LOC100039601, Syncrip, 2810026P18Rik
Downstream geneBcl2a1d, LOC100039674, EG666731, LOC100039741, Bcl2a1a, LOC100039689, EG666747, LOC100039714, 4930579C12Rik, Bcl2a1b, Mthfs, AF529169, Tmed3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260D04.bB6Ng01-260D04.g
ACCGA065178GA065179
length1,2171,109
definitionB6Ng01-260D04.b B6Ng01-260D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,616,501 - 88,617,722)(88,464,456 - 88,465,267)
sequence
gaattcattttccccaagtcaagtcatagtcaacaatcaggttatatgtc
atcagtctgactttctaatagtcaagaagggatcactgttctttctgctc
ctagaggaagaaactggagaggtttgaacaaaagcagctaaatgaaggaa
tatcaagccattattaaactcgatttgtgtgagagagagacagagacaga
cggagagagagacatatggacagagagcctgagagacagaggcagaaaaa
gacacacagagaaaactatctttcgttaagaccctgctccaatttttaga
tcaaatttgatggcaatatatagaaatcctctattttggtctagatcact
tgcattatgtttcccttgaggctactggtagctcctgtgaagaaagatcc
cctctttccaaggccaggtaaatctttacaaggaatctcaattatgaaca
gtaccttggaggtgattcctcactgaagggatgaagaccctgggcaagtc
agtaatgaacttaacttctgttctttttgtctccacatcgtgagggctag
gattacagacatgttattgccatattcagtttgtgtggtgctggaggttg
agcctccaggctttgtgcatagcaatgccaccatatcataaacagcatgg
tcttctattttattgccacctttaaactggagaagtgggaaggaataagc
aagaagaccaggtaggaagttaattagaatcttacagaggtgagtcagac
ccagtaatcacttttgagctctgatgcccacagtgagtcagtcacttgtt
agaactgttctacaacaccctgaaacagtgccaacagataggggaccaag
tgttcagacatgagactgtggttgggggaatttcaccttcaaaccttgaa
actgtttgtgtttgaagacacatttctcaaggtgtagcacagcatgatcc
tatcagcacagtcttcctgcctcagtcttctgagtgctgagaggagaggt
gtgtgccaccaagtcagatatttcatgcagtttctttgcttttgttttgg
agtcaggtctcaagtcagagcctggcttgctataaaaaggactgttgcct
cttagggcctcccctctgatcctttctgccttctctctggagagactttg
cctctgacttcttgtttctcgtacgcccacatgcagttcttggccagact
gtctcttcctctttgtc
gaattcacacaggagaaaagccctatggatgcagtgaatgtaataaaacc
ttcagacaaaagtcagctctcattgtacatgagaggactcacactggagt
gaaacccttcgaatgttgtgagtgtggtaaagccttccaacataagtggt
atctcaaaacgcaccagagaactcatactggggagaaaccgtatgcgtgt
atagaatgtggaaaagcctttctaaagaagtcatacctcaaaatgcatca
gggaactcacaagagtgataaaccatatgaatgtgagaaatgtggaaaaa
ccttccataacaggtcatacttcaacatgcatcacagaactcacacgggt
gagaagccctatgcatgcagtgagtgtggaaaagccttttaccaaaagtc
agacctcaggaggcatcagaggatacataacagtgagaaattacatgaat
gtaaagaatgtggaaaagcctttcaaaataagtcatacctcaaaactcac
cagaaagttcacacaggtgagaaaccatatgagtgtaaagagtgtgggaa
agcctttcaaaacaagtcatatctcaacaagcatcagataattcacacag
gtgaaaagccctatgagtgcaataaatgtgggaaaacgtttcagtggaag
ttagtcctcagcaagcatcacagaacccacacaggtgaaaagccctatga
atgcattcagtgtggaaaaatgtttggctacaagtcgtccctcattgtac
atgagttgattcattctggggagaaaccttatgaatgtaatgtttgtaga
aaaaccttttcacagaagtcaaacctaagccggcatcagagaactcaccg
acatggggagctatgataggaacaggtatggatgctcagcagccaactca
ctgacttggggaagacaagatgaagtcaaggacgggtctgcagcctgtgt
tcctcttgggggtgtcagacactgctgcataccaggctgggaagcgtgaa
acagtccaggaggtgaaggagcttggtctggtttgggagtgaggtgacag
cggggcaggagaagagaagaggtcttcaaggagttgtatgtatggctcct
ttaaggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_88616501_88617722
seq2: B6Ng01-260D04.b_43_1259 (reverse)

seq1  GAGAAAGA-GAAGAGAAAG-CTGGCCAAGAA-TGCATGGTGGGGGGGGAG  47
      || ||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||  || |   || 
seq2  GACAAAGAGGAAGAGACAGTCTGGCCAAGAACTGCATGTGGGCGTACGA-  49

seq1  GGAGGAGACAGAGAGGCCAGAGGCAAGGTC-CT-CAGAGAGAAAGCAGAA  95
          || ||| ||| | ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||
seq2  ----GAAACA-AGAAGTCAGAGGCAAAGTCTCTCCAGAGAGAAGGCAGAA  94

seq1  AGGATCAGA-GGGAGCCCCT-AGAGGCCAAACAGTCC-TTTTATAGCAAG  142
      ||||||||| ||||| |||| ||||||  |||||||| ||||||||||||
seq2  AGGATCAGAGGGGAGGCCCTAAGAGGC--AACAGTCCTTTTTATAGCAAG  142

seq1  CCAGGCTCCTGACTTGAGACCCTGACT-CAAAACAAAAGCAAAGAAACCT  191
      ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  
seq2  CCAGGCT-CTGACTTGAGA-CCTGACTCCAAAACAAAAGCAAAGAAAC--  188

seq1  TGCATGAAATATCTTGACCTTGGTGGCACACACCTCTCCTCTCAGCACTC  241
      ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAAATATC-TGA-CTTGGTGGCACACACCTCTCCTCTCAGCACTC  236

seq1  AGAAGACTGAGGCAGGAAGACTGTGCTGATAGGATCATGCTGTGCTACAC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACTGAGGCAGGAAGACTGTGCTGATAGGATCATGCTGTGCTACAC  286

seq1  CTTGAGAAATGTGTCTTCAAACACAAACAGTTTCAAGGTTTGAAGGTGAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAAATGTGTCTTCAAACACAAACAGTTTCAAGGTTTGAAGGTGAA  336

seq1  ATTCCCCCAACCACAGTCTCATGTCTGAACACTTGGTCCCCTATCTGTTG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCCAACCACAGTCTCATGTCTGAACACTTGGTCCCCTATCTGTTG  386

seq1  GCACTGTTTCAGGGTGTTGTAGAACAGTTCTAACAAGTGACTGACTCACT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTTTCAGGGTGTTGTAGAACAGTTCTAACAAGTGACTGACTCACT  436

seq1  GTGGGCATCAGAGCTCAAAAGTGATTACTGGGTCTGACTCACCTCTGTAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCATCAGAGCTCAAAAGTGATTACTGGGTCTGACTCACCTCTGTAA  486

seq1  GATTCTAATTAACTTCCTACCTGGTCTTCTTGCTTATTCCTTCCCACTTC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTAATTAACTTCCTACCTGGTCTTCTTGCTTATTCCTTCCCACTTC  536

seq1  TCCAGTTTAAAGGTGGCAATAAAATAGAAGACCATGCTGTTTATGATATG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTTAAAGGTGGCAATAAAATAGAAGACCATGCTGTTTATGATATG  586

seq1  GTGGCATTGCTATGCACAAAGCCTGGAGGCTCAACCTCCAGCACCACACA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATTGCTATGCACAAAGCCTGGAGGCTCAACCTCCAGCACCACACA  636

seq1  AACTGAATATGGCAATAACATGTCTGTAATCCTAGCCCTCACGATGTGGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAATATGGCAATAACATGTCTGTAATCCTAGCCCTCACGATGTGGA  686

seq1  GACAAAAAGAACAGAAGTTAAGTTCATTACTGACTTGCCCAGGGTCTTCA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAAAGAACAGAAGTTAAGTTCATTACTGACTTGCCCAGGGTCTTCA  736

seq1  TCCCTTCAGTGAGGAATCACCTCCAAGGTACTGTTCATAATTGAGATTCC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCAGTGAGGAATCACCTCCAAGGTACTGTTCATAATTGAGATTCC  786

seq1  TTGTAAAGATTTACCTGGCCTTGGAAAGAGGGGATCTTTCTTCACAGGAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAGATTTACCTGGCCTTGGAAAGAGGGGATCTTTCTTCACAGGAG  836

seq1  CTACCAGTAGCCTCAAGGGAAACATAATGCAAGTGATCTAGACCAAAATA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGTAGCCTCAAGGGAAACATAATGCAAGTGATCTAGACCAAAATA  886

seq1  GAGGATTTCTATATATTGCCATCAAATTTGATCTAAAAATTGGAGCAGGG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTTCTATATATTGCCATCAAATTTGATCTAAAAATTGGAGCAGGG  936

seq1  TCTTAACGAAAGATAGTTTTCTCTGTGTGTCTTTTTCTGCCTCTGTCTCT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACGAAAGATAGTTTTCTCTGTGTGTCTTTTTCTGCCTCTGTCTCT  986

seq1  CAGGCTCTCTGTCCATATGTCTCTCTCTCCGTCTGTCTCTGTCTCTCTCT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTCTGTCCATATGTCTCTCTCTCCGTCTGTCTCTGTCTCTCTCT  1036

seq1  CACACAAATCGAGTTTAATAATGGCTTGATATTCCTTCATTTAGCTGCTT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAATCGAGTTTAATAATGGCTTGATATTCCTTCATTTAGCTGCTT  1086

seq1  TTGTTCAAACCTCTCCAGTTTCTTCCTCTAGGAGCAGAAAGAACAGTGAT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAAACCTCTCCAGTTTCTTCCTCTAGGAGCAGAAAGAACAGTGAT  1136

seq1  CCCTTCTTGACTATTAGAAAGTCAGACTGATGACATATAACCTGATTGTT  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTGACTATTAGAAAGTCAGACTGATGACATATAACCTGATTGTT  1186

seq1  GACTATGACTTGACTTGGGGAAAATGAATTC  1222
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGACTTGACTTGGGGAAAATGAATTC  1217

seq1: chr9_88464456_88465267
seq2: B6Ng01-260D04.g_359_1174

seq1  GGAAAAACCTTCCATAACAGGTCATACTTCAACATGCATCACAGAACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAACCTTCCATAACAGGTCATACTTCAACATGCATCACAGAACTCA  50

seq1  CACGGGTGAGAAGCCCTATGCATGCAGTGAGTGTGGAAAAGCCTTTTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGGTGAGAAGCCCTATGCATGCAGTGAGTGTGGAAAAGCCTTTTACC  100

seq1  AAAAGTCAGACCTCAGGAGGCATCAGAGGATACATAACAGTGAGAAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCAGACCTCAGGAGGCATCAGAGGATACATAACAGTGAGAAATTA  150

seq1  CATGAATGTAAAGAATGTGGAAAAGCCTTTCAAAATAAGTCATACCTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATGTAAAGAATGTGGAAAAGCCTTTCAAAATAAGTCATACCTCAA  200

seq1  AACTCACCAGAAAGTTCACACAGGTGAGAAACCATATGAGTGTAAAGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACCAGAAAGTTCACACAGGTGAGAAACCATATGAGTGTAAAGAGT  250

seq1  GTGGGAAAGCCTTTCAAAACAAGTCATATCTCAACAAGCATCAGATAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAAGCCTTTCAAAACAAGTCATATCTCAACAAGCATCAGATAATT  300

seq1  CACACAGGTGAAAAGCCCTATGAGTGCAATAAATGTGGGAAAACGTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGGTGAAAAGCCCTATGAGTGCAATAAATGTGGGAAAACGTTTCA  350

seq1  GTGGAAGTTAGTCCTCAGCAAGCATCACAGAACCCACACAGGTGAAAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGTTAGTCCTCAGCAAGCATCACAGAACCCACACAGGTGAAAAGC  400

seq1  CCTATGAATGCATTCAGTGTGGAAAAATGTTTGGCTACAAGTCGTCCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGAATGCATTCAGTGTGGAAAAATGTTTGGCTACAAGTCGTCCCTC  450

seq1  ATTGTACATGAGTTGATTCATTCTGGGGAGAAACCTTATGAATGTAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACATGAGTTGATTCATTCTGGGGAGAAACCTTATGAATGTAATGT  500

seq1  TTGTAGAAAAACCTTTTCACAGAAGTCAAACCTAAGCCGGCATCAGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAAAAACCTTTTCACAGAAGTCAAACCTAAGCCGGCATCAGAGAA  550

seq1  CTCACCGACATGGGGAGCTATGATAGGAACAGGTATGGATGCTCAGCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCGACATGGGGAGCTATGATAGGAACAGGTATGGATGCTCAGCAGC  600

seq1  CAACTCACTGACTTGGGGAAGACAAGATGAAGTCAAGGACGGGTCTGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCACTGACTTGGGGAAGACAAGATGAAGTCAAGGACGGGTCTGCAG  650

seq1  CCTGTGTTCCTCTT-GGGGTGTCAGACACTGCTGCATACCAGGCT-GGAA  698
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCTGTGTTCCTCTTGGGGGTGTCAGACACTGCTGCATACCAGGCTGGGAA  700

seq1  GCGTGAAAACAGTCCAGGAGGTGAAGGAGCTTGGTCTGGTTT-GGAGTGA  747
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCGTG-AAACAGTCCAGGAGGTGAAGGAGCTTGGTCTGGTTTGGGAGTGA  749

seq1  -GTGACAGCGGGGCAGGAGAAGAG-AGAGGTCTTC-AGGAGTTGTAGTGT  794
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || 
seq2  GGTGACAGCGGGGCAGGAGAAGAGAAGAGGTCTTCAAGGAGTTGTA-TG-  797

seq1  TATGGCTCCTTT-AGGTGA  812
      |||||||||||| ||||||
seq2  TATGGCTCCTTTAAGGTGA  816