BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261M10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 3,921,166 - 4,112,085
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039236
Upstream gene4930433N12Rik, LOC664797, Olfr369-ps1, Alkbh8, Cwf19l2, LOC384911, Gucy1a2
Downstream geneLOC384912, LOC100039253, Aasdhppt, Kbtbd3, LOC664860, 8430410K20Rik, Gria4, EG664889
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261M10.bB6Ng01-261M10.g
ACCGA066361GA066362
length1,2101,091
definitionB6Ng01-261M10.b B6Ng01-261M10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,921,166 - 3,922,026)(4,110,990 - 4,112,085)
sequence
actggtcttaccatgttccccatcatcctgaagcaggtggtctgatagaa
agatgaaatggccttttgaagacacagttacagtgccaactaggtggaaa
cagcatggagggctggggcagagttcttcagaaggctgcataggctttga
atgaacattcaatatgtggtacagtttttccccatagccaggatccatgg
gtccagaaataaatgggtggaaagggaatagttccactcactatcactcc
tagtgaccctctaggaaaatttttgcttcctatccccatatctgtaggtt
ctgctggcctagaagttttggttccagagtggggagtgctcctaccagga
gctacaataaacattccattgaactggaagctcagacttccccctggtca
ttttgggcttctaacgcccttaaaacaacaggctaagaaaggaataacag
tgttaggaggggtgatagattcagattaccatggggaaattggattacct
ctccacaatggaggtaagcaagattatgtctggaatgcaggagatccctt
agggcatctcttagtactaccatgtcctgtgattaaagtcaagggaaatt
acaacagcctaatccaaggtggatgacaaaggacaaagacccatcaggaa
tgaaggtatgggtcaatcctccaggagaacagccaagacctgctgaggtg
cttgccgagggtgaaggaaatacagaatgggtagtagaggacggtagtta
tagataacaattaaggccatgtatccagttgcagaaacgaggattttaaa
gtaatatgaatgcttctgtcttattttgctaacaaatacatttgtctttc
ttccaatttctttaacatcaattggtatttaagttgaggcactaaaatga
tgttcccaagggacattgccccattgtaaatttccaaatacatttgtgat
cgtacgaggaatagttatatcatgttaggcatattcacactttgttattg
tttcatgtgaacatgagatattatttgtgtcaagtgacaagtggtggatt
gtagtggctattcctgttgtcaacttgaactttatcttggatggactaca
gttcagattgggatgctcaccagtgaaccttatctggaggctggagaata
aagtttctgacatggatcttgatgtgaagaaacttgaggcccattagtgg
ccatatggat

gaattcataatgcagaggattctgaaagataaaacctgttaaatgttatc
agcagccagaatctttattatgatcttaaccagcaaactaatctgttagt
cattagtcccccaaatttagaatacttaaaaatgataatttatataatgg
atatgctcattcttcatctgtgtcataaacaggaacctcctgcatattta
ctaggttatttattctaagtggcaattgagagggtaccacattttaatat
aatagcttcgttatcattgcatctcatcctcaatagcaaagttcatgtca
ggtaatactgaatttcaacctatctgatatttaaaagaagaaggaatatc
acttcagaggcataaagcaatagcttggtaaggtagataaagctacagag
tgaagagtctagaatccaggacaacctgaggacatgataagcctcaggaa
ggtaagagagggaacatgaggaacaaacaaggaagatcttgaacaaatac
cagtggctgagtacacatagccttataatagtagttcatatatagctgta
attattccttattctactgatccattatcttctttttcttttggactaca
ctagaaatatgtgtaaaggatatttgtctctgtcaaatgtaccttgctca
ttcttgttcaaactgttagtcattccccactcatcttttttgtctttcca
atgaaagtcagatttagagtagtcagattaattttagaatcgtccactca
atctccaatattccattctcccttgtaattaaaaacctgtgtatcactga
agccagaatgatgagattctgacacttgtaccttgttggagcaaatcatt
tttcattcctatgggtgctgaatcctttacttaaaagggtctatcttaca
gtgtctatccccagaggttaagcttcagccagttcaagaaatatctctct
ccattaaacagtattattaggcttagaaaaagggaataaaaagtaacagc
aacaaaactgatgataccaatttgaatgtactttcagaataaacaattca
tatcctcttattatagtttgtccatgcatgttctatgattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_3921166_3922026
seq2: B6Ng01-261M10.b_403_1266

seq1  AGGAGCTACAATAAACATTCCATTGAACTGGAAGCTCAGACTTCCCCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTACAATAAACATTCCATTGAACTGGAAGCTCAGACTTCCCCCTG  50

seq1  GTCATTTTGGGCTTCTAACGCCCTTAAAACAACAGGCTAAGAAAGGAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTTGGGCTTCTAACGCCCTTAAAACAACAGGCTAAGAAAGGAATA  100

seq1  ACAGTGTTAGGAGGGGTGATAGATTCAGATTACCATGGGGAAATTGGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTTAGGAGGGGTGATAGATTCAGATTACCATGGGGAAATTGGATT  150

seq1  ACCTCTCCACAATGGAGGTAAGCAAGATTATGTCTGGAATGCAGGAGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCCACAATGGAGGTAAGCAAGATTATGTCTGGAATGCAGGAGATC  200

seq1  CCTTAGGGCATCTCTTAGTACTACCATGTCCTGTGATTAAAGTCAAGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGGGCATCTCTTAGTACTACCATGTCCTGTGATTAAAGTCAAGGGA  250

seq1  AATTACAACAGCCTAATCCAAGGTGGATGACAAAGGACAAAGACCCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAACAGCCTAATCCAAGGTGGATGACAAAGGACAAAGACCCATCA  300

seq1  GGAATGAAGGTATGGGTCAATCCTCCAGGAGAACAGCCAAGACCTGCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAAGGTATGGGTCAATCCTCCAGGAGAACAGCCAAGACCTGCTGA  350

seq1  GGTGCTTGCCGAGGGTGAAGGAAATACAGAATGGGTAGTAGAGGACGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTGCCGAGGGTGAAGGAAATACAGAATGGGTAGTAGAGGACGGTA  400

seq1  GTTATAGATAACAATTAAGGCCATGTATCCAGTTGCAGAAACGAGGATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAGATAACAATTAAGGCCATGTATCCAGTTGCAGAAACGAGGATTT  450

seq1  TAAAGTAATATGAATGCTTCTGTCTTATTTTGCTAACAAATACATTTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAATATGAATGCTTCTGTCTTATTTTGCTAACAAATACATTTGTC  500

seq1  TTTCTTCCAATTTCTTTAACATCAATTGGTATTTAAGTTGAGGCACTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCAATTTCTTTAACATCAATTGGTATTTAAGTTGAGGCACTAAA  550

seq1  ATGATGTTCCCAAGGGACATTGCCCCATTGTAAATTTCCAAATACATTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTTCCCAAGGGACATTGCCCCATTGTAAATTTCCAAATACATTTG  600

seq1  TGATCGTACGAGGAATAGTTATATCATGTTAGGCATATTCACACCTTGTT  650
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGATCGTACGAGGAATAGTTATATCATGTTAGGCATATTCACACTTTGTT  650

seq1  ATTGTTTCATGTGAACATGAGATATTATTTGTGTCAAGTTGACAAGTGGT  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTGTTTCATGTGAACATGAGATATTATTTGTGTCAAG-TGACAAGTGGT  699

seq1  GGATTGTAGTGGCTATTCCTGGTTGTCAACTTG-ACTATATCTGGAATGA  749
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| | ||| 
seq2  GGATTGTAGTGGCTATTCCT-GTTGTCAACTTGAACTTTATCTTGGATGG  748

seq1  ACTACAGTCCAGAATTGGAAGGCTCACCAGTGACCCTAATCTGGAGCTTG  799
      |||||||| ||| ||||| | |||||||||||| ||| ||||||||  | 
seq2  ACTACAGTTCAG-ATTGGGATGCTCACCAGTGAACCTTATCTGGAGGCT-  796

seq1  GGAGATAAAAGTTTCTGACATGGATCTTGATGTGGAG-AACTTGAGGC--  846
      |||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  
seq2  GGAGAATAAAGTTTCTGACATGGATCTTGATGTGAAGAAACTTGAGGCCC  846

seq1  -ATAGTGGC--TATGGAT  861
        |||||||  |||||||
seq2  ATTAGTGGCCATATGGAT  864


seq1: chr9_4110990_4112085
seq2: B6Ng01-261M10.g_64_1154 (reverse)

seq1  CAATCATAAGAACATTGCATGGGACAAACTTATAATAAGGAAGGATATGA  50
      ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||  |||||||||
seq2  CAATCAT-AGAACA-TGCAT-GGACAAAC-TATAATAAG--AGGATATGA  44

seq1  ATTGTTTA-TCTGAAAGTACATTCAAATTGGTATCATCAGTTTTGTTGCT  99
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTATTCTGAAAGTACATTCAAATTGGTATCATCAGTTTTGTTGCT  94

seq1  GTTACTTTTTATTCCCTTTTTCTAAGCCTAATAATACTGTTTAATGGAGA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTTTTATTCCCTTTTTCTAAGCCTAATAATACTGTTTAATGGAGA  144

seq1  GAGATATTTCTTGAACTGGCTGAAGCTTAACCTCTGGGGATAGACACTGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATTTCTTGAACTGGCTGAAGCTTAACCTCTGGGGATAGACACTGT  194

seq1  AAGATAGACCCTTTTAAGTAAAGGATTCAGCACCCATAGGAATGAAAAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGACCCTTTTAAGTAAAGGATTCAGCACCCATAGGAATGAAAAAT  244

seq1  GATTTGCTCCAACAAGGTACAAGTGTCAGAATCTCATCATTCTGGCTTCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCTCCAACAAGGTACAAGTGTCAGAATCTCATCATTCTGGCTTCA  294

seq1  GTGATACACAGGTTTTTAATTACAAGGGAGAATGGAATATTGGAGATTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATACACAGGTTTTTAATTACAAGGGAGAATGGAATATTGGAGATTGA  344

seq1  GTGGACGATTCTAAAATTAATCTGACTACTCTAAATCTGACTTTCATTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACGATTCTAAAATTAATCTGACTACTCTAAATCTGACTTTCATTGG  394

seq1  AAAGACAAAAAAGATGAGTGGGGAATGACTAACAGTTTGAACAAGAATGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAAAAAAGATGAGTGGGGAATGACTAACAGTTTGAACAAGAATGA  444

seq1  GCAAGGTACATTTGACAGAGACAAATATCCTTTACACATATTTCTAGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGTACATTTGACAGAGACAAATATCCTTTACACATATTTCTAGTGT  494

seq1  AGTCCAAAAGAAAAAGAAGATAATGGATCAGTAGAATAAGGAATAATTAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAAAAGAAAAAGAAGATAATGGATCAGTAGAATAAGGAATAATTAC  544

seq1  AGCTATATATGAACTACTATTATAAGGCTATGTGTACTCAGCCACTGGTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATATATGAACTACTATTATAAGGCTATGTGTACTCAGCCACTGGTA  594

seq1  TTTGTTCAAGATCTTCCTTGTTTGTTCCTCATGTTCCCTCTCTTACCTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCAAGATCTTCCTTGTTTGTTCCTCATGTTCCCTCTCTTACCTTC  644

seq1  CTGAGGCTTATCATGTCCTCAGGTTGTCCTGGATTCTAGACTCTTCACTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGCTTATCATGTCCTCAGGTTGTCCTGGATTCTAGACTCTTCACTC  694

seq1  TGTAGCTTTATCTACCTTACCAAGCTATTGCTTTATGCCTCTGAAGTGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTTTATCTACCTTACCAAGCTATTGCTTTATGCCTCTGAAGTGAT  744

seq1  ATTCCTTCTTCTTTTAAATATCAGATAGGTTGAAATTCAGTATTACCTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCTTCTTTTAAATATCAGATAGGTTGAAATTCAGTATTACCTGA  794

seq1  CATGAACTTTGCTATTGAGGATGAGATGCAATGATAACGAAGCTATTATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACTTTGCTATTGAGGATGAGATGCAATGATAACGAAGCTATTATA  844

seq1  TTAAAATGTGGTACCCTCTCAATTGCCACTTAGAATAAATAACCTAGTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGTGGTACCCTCTCAATTGCCACTTAGAATAAATAACCTAGTAA  894

seq1  ATATGCAGGAGGTTCCTGTTTATGACACAGATGAAGAATGAGCATATCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCAGGAGGTTCCTGTTTATGACACAGATGAAGAATGAGCATATCCA  944

seq1  TTATATAAATTATCATTTTTAAGTATTCTAAATTTGGGGGACTAATGACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAAATTATCATTTTTAAGTATTCTAAATTTGGGGGACTAATGACT  994

seq1  AACAGATTAGTTTGCTGGTTAAGATCATAATAAAGATTCTGGCTGCTGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTAGTTTGCTGGTTAAGATCATAATAAAGATTCTGGCTGCTGAT  1044

seq1  AACATTTAACAGGTTTTATCTTTCAGAATCCTCTGCATTATGAATTC  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTAACAGGTTTTATCTTTCAGAATCCTCTGCATTATGAATTC  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |