BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262P17
Chromosome9 (Build37)
Map Location 79,479,854 - 79,615,763
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol12a1, Cox7a2
Upstream geneCd109, LOC384957, EG666456, LOC436085, LOC235509, LOC666479
Downstream geneTmem30a, Filip1, LOC100041218, LOC666490, Senp6, LOC100041249, Myo6, Impg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262P17.bB6Ng01-262P17.g
ACCGA067262GA067263
length1,0821,095
definitionB6Ng01-262P17.b B6Ng01-262P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,479,854 - 79,480,942)(79,614,662 - 79,615,763)
sequence
gaattcttaaaactgatttatttttaatcatcaaacttgggctcaagcgc
tttgaccacctttaaaataaatagatcctacagctcttactgagaacaaa
cattctgctctttaagtaaatgtaagtagtcttattcaaaatgctctatt
tgacatcataacaaacaggctatctgaggacatttacagacataagcgtt
tgcatgtgcattgcatttttatcatcagttcacctgtttcattaagtaag
gtaaccaaggctcagaatgagatgtgctacatgctctctgaatgtgtatc
catgtgtactcatggggactgagtgttgatggaggccaataactagagaa
gaacccattagaagagaaaagaagctttaagggagggcatggagagagta
acagagcacacgtgatatgaaagtagacggaggaataccaggcgtggaag
gaaacaaacggggatggagtatgagaaaagggagagagaagtcagttgga
tgtgggcaatcaaaattaactgtgtatgagaatttcataaggaaaactat
tatcttatatgataatttaaatttaaagataaaagaaaatgaaatgactt
cacactcagtacaacttacaattacagccacataactccatatgagctga
tgttctagttaacaaagtcatctacccttgagtacagcagagcacacgtt
ggatagaatactttctaaattatgcccacctaaggccctgcttgagccaa
tggcaggagagatgatgttaatacaagtcctagaaaagcctgctttcatc
tctaataagtctgaacaataagtcaacagacccatgttactaaggggctt
ctacaatgcctgcttggcaaagtcatccccagcaccatctcccagagact
ggcataattcttatttgcagactgcctcctgaccatcttcactcagtctg
catctgcagatgagctatggcagaagaagccaatgatgttccttgcacag
gtattagaatcaagactcatgtgctatagcagagcttgcagtataattat
aggtattccatatcattgcttctatactcttc

gaattcagtctgctctttcagcaccaccatccttctgttgaattaataat
acacatttagaaaaattaatttctaagacttctttcatttctattgtttg
tagaatattcacagatggagcctacttcctggtgaatatgttttgacgtg
tatgtgtaaatgctctgggtgtatatatgtgtgctcacttgtagatacaa
cattctgttcctgtcctccctcgtctactctggcttttccagtctttcca
ccctgacttccttggtgaccccattgttgggggtgatgcagatgtccagt
ttgttttctttttttaatgtatgagtgatgtgctgcatatatatctgcct
gcctgaagagggcatcagatccccctagatatggttgtgagccaccatgt
gattggttgctgggaattaaactcatgacctctggaagagcagcaagtgc
tcttaactgctgagccatctcaccagccccagatgtccaattctttttgc
ataagcattctgttgacatttgctctctgcatcagtcagttgtgagttta
tgtgtaaactattcactttgtgcagaaacttctctaacagcactggtcta
tgggtaatctaacaggaatttggaggatagtttgattcagtgtcctttta
gcaggaaagagtagtagatcactccaggttcctgtgagctccttaaccag
ggcatttgagccagaacacagtttggatgagaagaggaatgtctagagat
ctgaactttttgttgggtacgcctttcaactggccattttcaaccctgag
tgtatccttttgctgtaacctttgctccatatctaagcttctgagagcct
gtgaccgacagacatgctttgtaatgattctgtcttagagcgcgttcaga
tttacagcttcctctgtccactttctgttcggtacatctggttgtttcca
caaatttgttagaattgcttatttttcctgtcttatctatttggggctta
aacattttttataagattttgtttttttggtaacataacttttttcatct
tgtatattctcgagtttatccatgatagatacctagaaaaggtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_79479854_79480942
seq2: B6Ng01-262P17.b_47_1128

seq1  GAATTCTTAAAACTGATTTATTTTTAATCATCAAACTTGGGCTCAAGCGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAAACTGATTTATTTTTAATCATCAAACTTGGGCTCAAGCGC  50

seq1  TTTGACCACCTTTAAAATAAATAGATCCTACAGCTCTTACTGAGAACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACCACCTTTAAAATAAATAGATCCTACAGCTCTTACTGAGAACAAA  100

seq1  CATTCTGCTCTTTAAGTAAATGTAAGTAGTCTTATTCAAAATGCTCTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGCTCTTTAAGTAAATGTAAGTAGTCTTATTCAAAATGCTCTATT  150

seq1  TGACATCATAACAAACAGGCTATCTGAGGACATTTACAGACATAAGCGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCATAACAAACAGGCTATCTGAGGACATTTACAGACATAAGCGTT  200

seq1  TGCATGTGCATTGCATTTTTATCATCAGTTCACCTGTTTCATTAAGTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGCATTGCATTTTTATCATCAGTTCACCTGTTTCATTAAGTAAG  250

seq1  GTAACCAAGGCTCAGAATGAGATGTGCTACATGCTCTCTGAATGTGTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCAAGGCTCAGAATGAGATGTGCTACATGCTCTCTGAATGTGTATC  300

seq1  CATGTGTACTCATGGGGACTGAGTGTTGATGGAGGCCAATAACTAGAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTACTCATGGGGACTGAGTGTTGATGGAGGCCAATAACTAGAGAA  350

seq1  GAACCCATTAGAAGAGAAAAGAAGCTTTAAGGGAGGGCATGGAGAGAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCATTAGAAGAGAAAAGAAGCTTTAAGGGAGGGCATGGAGAGAGTA  400

seq1  ACAGAGCACACGTGATATGAAAGTAGACGGAGGAATACCAGGCGTGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCACACGTGATATGAAAGTAGACGGAGGAATACCAGGCGTGGAAG  450

seq1  GAAACAAACGGGGATGGAGTATGAGAAAAGGGAGAGAGAAGTCAGTTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAACGGGGATGGAGTATGAGAAAAGGGAGAGAGAAGTCAGTTGGA  500

seq1  TGTGGGCAATCAAAATTAACTGTGTATGAGAATTTCATAAGGAAAACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCAATCAAAATTAACTGTGTATGAGAATTTCATAAGGAAAACTAT  550

seq1  TATCTTATATGATAATTTAAATTTAAAGATAAAAGAAAATGAAATGACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTATATGATAATTTAAATTTAAAGATAAAAGAAAATGAAATGACTT  600

seq1  CACACTCAGTACAACTTACAATTACAGCCACATAACTCCATATGAGCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCAGTACAACTTACAATTACAGCCACATAACTCCATATGAGCTGA  650

seq1  TGTTCTAGTTAACAAAGTCATCTACCCTTGAGTACAGCAGAGCACACGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAGTTAACAAAGTCATCTACCCTTGAGTACAGCAGAGCACACGTT  700

seq1  GGATAGAATACTTTCTAAATTATGCCCACCTAAGGCCCTGCTTGAGCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGAATACTTTCTAAATTATGCCCACCTAAGGCCCTGCTTGAGCCAA  750

seq1  TGGCAGGAGAGATGATGTTAATACAAGTCCTAGAAAAGCCTGCTTTCATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGAGAGATGATGTTAATACAAGTCCTAGAAAAGCCTGCTTTCATC  800

seq1  TCTAATAAGTCTGAACAATAAGTCAACAGACCCATGTTACTAAGGGGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATAAGTCTGAACAATAAGTCAACAGACCCATGTTACTAAGGGGCTT  850

seq1  CTACAATGCCTGCTTGGCAAAGTCATCCCCAGCACCATCTCCCAGAGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATGCCTGCTTGGCAAAGTCATCCCCAGCACCATCTCCCAGAGACT  900

seq1  GGCATAATTCTTATTTGCAGACTGCCTCCTGACCATCTTCACTCAGTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAATTCTTATTTGCAGACTGCCTCCTGACCATCTTCACTCAGTCTG  950

seq1  CATCTGCAAGGATGAGCTATGGCAGAAAGAAGCCAATGATGTTCCTTGCA  1000
      ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCA--GATGAGCTATGGCAG-AAGAAGCCAATGATGTTCCTTGCA  997

seq1  CAGGTATTAGAATCAAGACTCATTGTGCTATAGCAAGAAGCCTGGCAGTA  1050
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||   || ||||||
seq2  CAGGTATTAGAATCAAGACTCA-TGTGCTATAGC-AGA--GCTTGCAGTA  1043

seq1  T-ATTATA-GTATTCCATAATCATTGCCTTCTATACTCTTC  1089
      | |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  TAATTATAGGTATTCCAT-ATCATTG-CTTCTATACTCTTC  1082


seq1: chr9_79614662_79615763
seq2: B6Ng01-262P17.g_67_1161 (reverse)

seq1  GGACC-TTTCTA-GTATCTAATCATGGTATTAAAACTCGAGAAATATACA  48
      ||||| |||||| |||||| ||||||| ||  ||||||||| ||||||| 
seq2  GGACCTTTTCTAGGTATCT-ATCATGG-AT--AAACTCGAG-AATATAC-  44

seq1  AAGAAGGAAAAAAAGTAATGTTTACCAAAAAAAAACAAAAATCTTAT-AA  97
      |||| |  |||||||| ||| ||||||||||||    |||||||||| ||
seq2  AAGATG--AAAAAAGTTATG-TTACCAAAAAAA---CAAAATCTTATAAA  88

seq1  AAATGTTTAAGCCCCAAATAGATAAGACAGG-AAAATAAGCAATTCTAAC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTAAGCCCCAAATAGATAAGACAGGAAAAATAAGCAATTCTAAC  138

seq1  AAATTTGTGGAAAACAACCAGATGTACCGGAACAG-AAGTGGACAGAGGA  195
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  AAATTTGTGG-AAACAACCAGATGTACC-GAACAGAAAGTGGACAGAGGA  186

seq1  AGCTGT-AATCTGAACGCGCTCTAAGACAGAATCATTACAAAGCATGTCT  244
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTAAATCTGAACGCGCTCTAAGACAGAATCATTACAAAGCATGTCT  236

seq1  GTCGGTCACAGGCTCTCAGAAGCTTAGATATGGAGCAAAGGTTACAGC-A  293
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTCGGTCACAGGCTCTCAGAAGCTTAGATATGGAGCAAAGGTTACAGCAA  286

seq1  AAGGATACACTCAGGGTTGAAAATGGCCAGTTGAAAGGCGTACCCAACAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATACACTCAGGGTTGAAAATGGCCAGTTGAAAGGCGTACCCAACAA  336

seq1  AAAGTTCAGATCTCTAGACATTCCTCTTCTCATCCAAACTGTGTTCTGGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCAGATCTCTAGACATTCCTCTTCTCATCCAAACTGTGTTCTGGC  386

seq1  TCAAATGCCCTGGTTAAGGAGCTCACAGGAACCTGGAGTGATCTACTACT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGCCCTGGTTAAGGAGCTCACAGGAACCTGGAGTGATCTACTACT  436

seq1  CTTTCCTGCTAAAAGGACACTGAATCAAACTATCCTCCAAATTCCTGTTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGCTAAAAGGACACTGAATCAAACTATCCTCCAAATTCCTGTTA  486

seq1  GATTACCCATAGACCAGTGCTGTTAGAGAAGTTTCTGCACAAAGTGAATA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACCCATAGACCAGTGCTGTTAGAGAAGTTTCTGCACAAAGTGAATA  536

seq1  GTTTACACATAAACTCACAACTGACTGATGCAGAGAGCAAATGTCAACAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACACATAAACTCACAACTGACTGATGCAGAGAGCAAATGTCAACAG  586

seq1  AATGCTTATGCAAAAAGAATTGGACATCTGGGGCTGGTGAGATGGCTCAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTATGCAAAAAGAATTGGACATCTGGGGCTGGTGAGATGGCTCAG  636

seq1  CAGTTAAGAGCACTTGCTGCTCTTCCAGAGGTCATGAGTTTAATTCCCAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAGAGCACTTGCTGCTCTTCCAGAGGTCATGAGTTTAATTCCCAG  686

seq1  CAACCAATCACATGGTGGCTCACAACCATATCTAGGGGGATCTGATGCCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAATCACATGGTGGCTCACAACCATATCTAGGGGGATCTGATGCCC  736

seq1  TCTTCAGGCAGGCAGATATATATGCAGCACATCACTCATACATTAAAAAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGGCAGGCAGATATATATGCAGCACATCACTCATACATTAAAAAA  786

seq1  AGAAAACAAACTGGACATCTGCATCACCCCCAACAATGGGGTCACCAAGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAAACTGGACATCTGCATCACCCCCAACAATGGGGTCACCAAGG  836

seq1  AAGTCAGGGTGGAAAGACTGGAAAAGCCAGAGTAGACGAGGGAGGACAGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGGGTGGAAAGACTGGAAAAGCCAGAGTAGACGAGGGAGGACAGG  886

seq1  AACAGAATGTTGTATCTACAAGTGAGCACACATATATACACCCAGAGCAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATGTTGTATCTACAAGTGAGCACACATATATACACCCAGAGCAT  936

seq1  TTACACATACACGTCAAAACATATTCACCAGGAAGTAGGCTCCATCTGTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACATACACGTCAAAACATATTCACCAGGAAGTAGGCTCCATCTGTG  986

seq1  AATATTCTACAAACAATAGAAATGAAAGAAGTCTTAGAAATTAATTTTTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCTACAAACAATAGAAATGAAAGAAGTCTTAGAAATTAATTTTTC  1036

seq1  TAAATGTGTATTATTAATTCAACAGAAGGATGGTGGTGCTGAAAGAGCAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGTATTATTAATTCAACAGAAGGATGGTGGTGCTGAAAGAGCAG  1086

seq1  ACTGAATTC  1102
      |||||||||
seq2  ACTGAATTC  1095


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |