BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263I04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 74,016,459 - 74,182,038
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG436081, Unc13c, Wdr72
Downstream geneNr1h2-ps, LOC100040764, Onecut1, BC031353, Arpp19, LOC100040812, Myo5a, LOC677501, Myo5c, Gnb5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263I04.bB6Ng01-263I04.g
ACCGA067660GA067661
length1,1361,168
definitionB6Ng01-263I04.b B6Ng01-263I04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,180,888 - 74,182,038)(74,016,459 - 74,017,642)
sequence
gaattcctattatttgaagggtgtccttgaaaatgcttctcactttctaa
gcccgagtcctcagagaatacaaaacatgatttgtgccatggttgcacga
tcctactgaagccccacttcatccggactgtgacatgggaagctaagact
ctcattaggtttatccgtatcaagacgcaaagttcatccccttatcaaag
gatgttatgggtatgtgtctgggataagtcacacacaaagccttctgcag
aaatcaggtagtgcacctttccttcaggtaagagcaaaataagatgcaga
aagtaaagacttcgaggaggcttggaagttagttctgtcagtaaagctac
acaagcctgacaacctgagtttagatctcagcacccacataagacgctgg
ccagcggggctagagagaggtgagaccatggaccagaggtttgttcccag
cacctgagtggcatggtctgcgcctgcctatagctgcaacttcaggggat
gctttgcctctggctatgagggtacctgcaatcacatgcccatacccata
caggcacaggtgcataaacacaattaaaaataaaataaatcttcaaattt
agtcaaacaagacaaggaaaacatactgaagatagtgtgtgtgctccagc
ttcaactgcccaaggggttcatgtcaagtaaagcacctggagatggtaag
agacggagctagcagccgaggtgtctgccacactgaaatgtgaatctcaa
atagttcttacacacaacaaaatgtctttgtgcattgcaaaaacaaaaac
aaaaacaaaacaaaaaaacaaaaacaaaaaacaaacattcttccatgtct
gggccatactaaaacttgggatggctggatttgggccctccagctcatag
tttactgatccccactttaactcataactttgatgatatgattcatttcc
gtttcactttggagttccttaatgacacaagttcttcccggtgaatgatg
agatcaatggaccacgaaacacacatgaacatgaataaaccagtgcagaa
attcaaactgtacttttgtagaatgaaggaaaaagacaaaccagttgtat
ttcttgagaatgccttgagaaaggtctacatgcttt

gaattctgcctatttctatggttggttgagctcaagagttggtaaagact
ccaggagtgcatgaatcatggaactaaagggtgaaaagtggaaagatcac
tttttgcatacttgggtatgaacacggtattaactttcataggtagattc
ttgtgggagtctttgatccttccaaataaacccatagtccatgaccctac
attcactcagtatttataaaaaaataataatactgtttatagtcaaaacc
ctttttaccttcctgttataacccctctctcagaatacaaacagcacaga
acagaaaagccaagaccctgtatagacttcacccttcactcagcaccgta
tccaggagagcacacttcaattctgccttttccaatatgcttcatctttc
caggaaaaactctagatcaactcagcaagataatgacctaattacctcaa
cggatgccagaagcaaatacaagatagactggaatgtcttcagggccact
gcagccaataagtcagctaaccttcaatactgtgcatgaaggataaaaat
ctaagatagttatcttcagattaaacataaatatccctggtatcagagtg
caagccatgcaaagtgagttacctctcctggtagttagaaatgggatggt
ttgcatgctgtgcctgagataggcgattatcaatttaagcacctagcaaa
gccttccttttctgggcagcccctcatcaatgcattcatttaatttcaga
atgaagttgagatgtaaaatttagacatagataatgttgctagcacatgt
ttacgaagaaaggagcatttggtaagaaagtaacaggaaagtgtggtttg
ggatttgcttgcagttagtcctttatttgaattcagatacacgtcagcag
tttgaaacctgcatgtctgtatctcaccctttattctcttcatcctctct
gagcccttcatagtgtgttctggagatcaatggtcagaatttgatgtggg
ggtgatgtgtccttggtaaatgccaggatttctgtgaggcgctgagctgt
gcaggagctggagtttagtcacagagtcagacttttaaaatgaatcctat
gccttagttaggagatgctgtaagcgaactcaaatgctaacctacctata
gagccttttgcatgagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_74180888_74182038
seq2: B6Ng01-263I04.b_44_1179 (reverse)

seq1  AAAGCATAGTAGA-CTTTCTCAAAGCAATTCTCCAAGGGAAATACAACTG  49
      ||||||| ||||| ||||||||| || |||||| |   ||||||||||||
seq2  AAAGCAT-GTAGACCTTTCTCAAGGC-ATTCTCAA---GAAATACAACTG  45

seq1  GTTTTTGTCTTTTTCCTTCTATCTACAAAAGTACAGTTTGGAATTTCCTG  99
      |  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  G--TTTGTCTTTTTCCTTCATTCTACAAAAGTACAGTTT-GAATTT-CTG  91

seq1  CACTGGGTTTATTTCATTGTTCCATGTGTGTTTCGTGGTTCCATTGATCT  149
      |||| |||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CACT-GGTTTA-TTCA-TGTT-CATGTGTGTTTCGTGG-TCCATTGATCT  136

seq1  CATCCATTCACCCGGGAAGACCTTGTGTCATTAAGGAACTCCAAAGTGAA  199
      ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAT-CATTCA-CCGGGAAGAACTTGTGTCATTAAGGAACTCCAAAGTGAA  184

seq1  ACGGAAATGAATCATATCATCAAAGTTATGAGTTAAAAGTGGGGATCAGT  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACGGAAATGAATCATATCATCAAAGTTATGAGTT-AAAGTGGGGATCAGT  233

seq1  AAACTATGAGCTGGAGGG-CCAAATCCAGCCATCCCAAGTTTTAGTATGG  298
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATGAGCTGGAGGGCCCAAATCCAGCCATCCCAAGTTTTAGTATGG  283

seq1  CCCAGACATGGAAGAATGTTTGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTGTTTTGTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACATGGAAGAATGTTTGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTGTTTTGTT  333

seq1  TTTGTTTTTGTTTTTGCAATGCACAAAGACATTTTGTTGTGTGTAAGAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTGTTTTTGCAATGCACAAAGACATTTTGTTGTGTGTAAGAAC  383

seq1  TATTTGAGATTCACATTTCAGTGTGGCAGACACCTCGGCTGCTAGCTCCG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAGATTCACATTTCAGTGTGGCAGACACCTCGGCTGCTAGCTCCG  433

seq1  TCTCTTACCATCTCCAGGTGCTTTACTTGACATGAACCCCTTGGGCAGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTACCATCTCCAGGTGCTTTACTTGACATGAACCCCTTGGGCAGTT  483

seq1  GAAGCTGGAGCACACACACTATCTTCAGTATGTTTTCCTTGTCTTGTTTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGGAGCACACACACTATCTTCAGTATGTTTTCCTTGTCTTGTTTG  533

seq1  ACTAAATTTGAAGATTTATTTTATTTTTAATTGTGTTTATGCACCTGTGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATTTGAAGATTTATTTTATTTTTAATTGTGTTTATGCACCTGTGC  583

seq1  CTGTATGGGTATGGGCATGTGATTGCAGGTACCCTCATAGCCAGAGGCAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGGGTATGGGCATGTGATTGCAGGTACCCTCATAGCCAGAGGCAA  633

seq1  AGCATCCCCTGAAGTTGCAGCTATAGGCAGGCGCAGACCATGCCACTCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCCCTGAAGTTGCAGCTATAGGCAGGCGCAGACCATGCCACTCAG  683

seq1  GTGCTGGGAACAAACCTCTGGTCCATGGTCTCACCTCTCTCTAGCCCCGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGAACAAACCTCTGGTCCATGGTCTCACCTCTCTCTAGCCCCGC  733

seq1  TGGCCAGCGTCTTATGTGGGTGCTGAGATCTAAACTCAGGTTGTCAGGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAGCGTCTTATGTGGGTGCTGAGATCTAAACTCAGGTTGTCAGGCT  783

seq1  TGTGTAGCTTTACTGACAGAACTAACTTCCAAGCCTCCTCGAAGTCTTTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGCTTTACTGACAGAACTAACTTCCAAGCCTCCTCGAAGTCTTTA  833

seq1  CTTTCTGCATCTTATTTTGCTCTTACCTGAAGGAAAGGTGCACTACCTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCATCTTATTTTGCTCTTACCTGAAGGAAAGGTGCACTACCTGA  883

seq1  TTTCTGCAGAAGGCTTTGTGTGTGACTTATCCCAGACACATACCCATAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCAGAAGGCTTTGTGTGTGACTTATCCCAGACACATACCCATAAC  933

seq1  ATCCTTTGATAAGGGGATGAACTTTGCGTCTTGATACGGATAAACCTAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTGATAAGGGGATGAACTTTGCGTCTTGATACGGATAAACCTAAT  983

seq1  GAGAGTCTTAGCTTCCCATGTCACAGTCCGGATGAAGTGGGGCTTCAGTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCTTAGCTTCCCATGTCACAGTCCGGATGAAGTGGGGCTTCAGTA  1033

seq1  GGATCGTGCAACCATGGCACAAATCATGTTTTGTATTCTCTGAGGACTCG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCGTGCAACCATGGCACAAATCATGTTTTGTATTCTCTGAGGACTCG  1083

seq1  GGCTTAGAAAGTGAGAAGCATTTTCAAGGACACCCTTCAAATAATAGGAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGAAAGTGAGAAGCATTTTCAAGGACACCCTTCAAATAATAGGAA  1133

seq1  TTC  1151
      |||
seq2  TTC  1136


seq1: chr9_74016459_74017642
seq2: B6Ng01-263I04.g_65_1232

seq1  GAATTCTGCCTATTTCTATGGTTGGTTGAGCTCAAGAGTTGGTAAAGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCTATTTCTATGGTTGGTTGAGCTCAAGAGTTGGTAAAGACT  50

seq1  CCAGGAGTGCATGAATCATGGAACTAAAGGGTGAAAAGTGGAAAGATCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGTGCATGAATCATGGAACTAAAGGGTGAAAAGTGGAAAGATCAC  100

seq1  TTTTTGCATACTTGGGTATGAACACGGTATTAACTTTCATAGGTAGATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCATACTTGGGTATGAACACGGTATTAACTTTCATAGGTAGATTC  150

seq1  TTGTGGGAGTCTTTGATCCTTCCAAATAAACCCATAGTCCATGACCCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGAGTCTTTGATCCTTCCAAATAAACCCATAGTCCATGACCCTAC  200

seq1  ATTCACTCAGTATTTATAAAAAAATAATAATACTGTTTATAGTCAAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTCAGTATTTATAAAAAAATAATAATACTGTTTATAGTCAAAACC  250

seq1  CTTTTTACCTTCCTGTTATAACCCCTCTCTCAGAATACAAACAGCACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTACCTTCCTGTTATAACCCCTCTCTCAGAATACAAACAGCACAGA  300

seq1  ACAGAAAAGCCAAGACCCTGTATAGACTTCACCCTTCACTCAGCACCGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAAGCCAAGACCCTGTATAGACTTCACCCTTCACTCAGCACCGTA  350

seq1  TCCAGGAGAGCACACTTCAATTCTGCCTTTTCCAATATGCTTCATCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAGAGCACACTTCAATTCTGCCTTTTCCAATATGCTTCATCTTTC  400

seq1  CAGGAAAAACTCTAGATCAACTCAGCAAGATAATGACCTAATTACCTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAAACTCTAGATCAACTCAGCAAGATAATGACCTAATTACCTCAA  450

seq1  CGGATGCCAGAAGCAAATACAAGATAGACTGGAATGTCTTCAGGGCCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATGCCAGAAGCAAATACAAGATAGACTGGAATGTCTTCAGGGCCACT  500

seq1  GCAGCCAATAAGTCAGCTAACCTTCAATACTGTGCATGAAGGATAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAATAAGTCAGCTAACCTTCAATACTGTGCATGAAGGATAAAAAT  550

seq1  CTAAGATAGTTATCTTCAGATTAAACATAAATATCCCTGGTATCAGAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATAGTTATCTTCAGATTAAACATAAATATCCCTGGTATCAGAGTG  600

seq1  CAAGCCATGCAAAGTGAGTTACCTCTCCTGGTAGTTAGAAATGGGATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCATGCAAAGTGAGTTACCTCTCCTGGTAGTTAGAAATGGGATGGT  650

seq1  TTGCATGCTGTGCCTGAGATAGGCGATTATCAATTTAAGCACCTAGCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGCTGTGCCTGAGATAGGCGATTATCAATTTAAGCACCTAGCAAA  700

seq1  GCCTTCCTTTTCTGGGCAGCCCCTCATCAATGCATTCATTTAATTTCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCTTTTCTGGGCAGCCCCTCATCAATGCATTCATTTAATTTCAGA  750

seq1  ATGAAGTTGAGATGTAAAATTTAGACATAGATAATGTTGCTAGCACATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTTGAGATGTAAAATTTAGACATAGATAATGTTGCTAGCACATGT  800

seq1  TTACGAAG-AAGGAGCATTTGGTAAGAAAGTAACAGGAAAGTGTGGTTTG  849
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGAAGAAAGGAGCATTTGGTAAGAAAGTAACAGGAAAGTGTGGTTTG  850

seq1  GGATTTGCTTGCAGTTAGTCCTTTATTTGAATTCAGATACACGTCAGCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGCTTGCAGTTAGTCCTTTATTTGAATTCAGATACACGTCAGCAG  900

seq1  TTTGAAACCTGCATGTCTGTATCTCACCCCTTTATTCTCTTCATCCTCTC  949
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAACCTGCATGTCTGTATCTCA-CCCTTTATTCTCTTCATCCTCTC  949

seq1  TGAGCCCTTCATAGTGTGTTTCTGGAGATCAATGGTCAGAATTTGATGTG  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCCTTCATAGTGTG-TTCTGGAGATCAATGGTCAGAATTTGATGTG  998

seq1  GGGGTTGAATGTGTCCCTTTGGTAAATGCCAGGATTTCTGTGAAGGCGCT  1049
      |||||   ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGGGT--GATGTGTCC--TTGGTAAATGCCAGGATTTCTGTG-AGGCGCT  1043

seq1  GGAGGCTGTGGCAGAGCTGGAGTTTAGGTCACAGAGGTCAGACTTTTTAA  1099
      |   ||||||   ||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |
seq2  G--AGCTGTGCAGGAGCTGGAGTTTA-GTCACAGA-GTCAGACTTTT--A  1087

seq1  AAATGTATTCTATGCCCTTAAGGTATAGAAGGATGCTGGTAAGCCGACCC  1149
      ||||| || ||||| |||||  || ||| | |||||| ||||||  || |
seq2  AAATGAATCCTATG-CCTTA--GT-TAGGA-GATGCT-GTAAGCGAACTC  1131

seq1  TCAGTTTGTTAACATAC---TAGAGCC-TTTGCAT-AGTG  1184
        |   || |||| |||   ||||||| ||||||| ||||
seq2  AAA---TGCTAACCTACCTATAGAGCCTTTTGCATGAGTG  1168


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |