BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263O08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 36,840,912 - 36,842,078
singlet/doubletsinglet
Overlap genePknox2
Upstream geneEG546123, LOC100041618, LOC100042485, EG639025, LOC671003, EG434396, A630095E13Rik, Acrv1, Chek1, Stt3a, Ei24, LOC627681, Fez1, LOC100042545
Downstream gene1810021J13Rik, Slc37a2, LOC100042561, Ccdc15, Hepacam, Robo4, Robo3, BC024479, Esam1, Vsig2, Nrgn, Spa17, Siae, Tbrg1, Panx3, LOC666881, EG627798, Olfr160, Olfr151, Olfr874, Olfr875, Olfr876, Olfr877, Olfr145, EG627852, Olfr878, GA_x5J8B7W60AJ-1667802-1666911, Olfr880-ps1, Olfr881, Olfr882-ps1, Olfr883
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263O08.bB6Ng01-263O08.g
ACCGA067946GA067947
length1,173947
definitionB6Ng01-263O08.b B6Ng01-263O08.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattcactatgtagaccaagttggccttgaacttggtaaccaatgtgcc
tgtgtcggtctcctgagtgctcaaatgaaaggtgtgcaccactatgccct
gcttaatatatttgatactaaatgcctatgattaaattttaatagtggct
gtgtatagccactggcttgtgaaatttctcacaattcaaagttagttctt
gtaagccaaccacagcatctcactgccttgaacccaactactgctccttg
acttaaagttggtgctctatgcctcacagtagtaggggtgacaccagctc
agcaagtgaggtacagcaggctgtaagttggttcatttatccatctcaca
gatagagatatagatgactttatatgggaacttaaaagacctcacgttag
tcaatattggatcctctaaacttgtctttgaatatgttaccctgtgctgg
tgctctggggtagagttctcagtgttccttctcactcaaacagtattagt
acacatagtggctaatgagagcacaggccaagtccccatgttgggctctg
agccagcaggcaatccatactccatataccttggatcttcagctacagag
caagagacaacaatctgtgcagtcctgatggctccagactttatggcatg
atgggacaacacttctgcccagcaggtctcagagacaaggaggaccctag
ctcctgtcctcagccatgtagccagcttgttcccaaacagggccatttct
gttactcaaggcaaagcactccccttgagccgagccagttcccaagaagt
ggcatactgggcacccaaacagctggaccaagagatgccttcatagaagc
tgcgggcactcagtgataagacagccaaagatgaagaatggtttgggaga
ggttgttcagagctggggatggaggccagcaggggaacagttgaccttca
aggcgtccctggtggaggttggattttgtgtatttccctgagctagattg
attccaggccctaagaatccatcatttcccttcataattacaaatatcac
caaatgtgctcaggcacttggtagctggaattcacctctagcattctctg
ttgtgacagtgattagaccatcattatccttagtgcttcctagttatcct
ttctggattagcaacttaccatt
gaattcttggccatagggagggacacttttaggagatgtggccttgttgg
aataggtgtggccttgttggagtaagtgtagccttgttaggggaagtgga
tcactgtaaaggtgagctttgaggttatatatgcttaagctatgcccact
gtgacacacacagtctcattctgctacctgtcagaccaagatataaaact
ctcagttcttctccaggatcatgtctgcctacaagccacactgcttctca
ccatgctgataataaattaaacctctgggctggagagatggctcagcagt
taagagcactgactgcttttctgaaggtcctgagttcaagtcccagcaac
cacatggtggctcacaaccacccataatgagatctgacaccctctcccgg
tatgtctgaagacagctaccgtgtacttagatataataataaataaatct
aaaaaaaaataactaaacctctgaaaactgtaagccagctccagtgaaat
cgtctcctttatggttgttgtggttatggtgtgtcaccacataaaactcc
aagacatcatgtataattgacatacagtgatggtgtatatttatgaatca
cagtgtgatatttcaatgttaccacacaatcagctcagtacttatttgac
atcaacttttttggcttccagatataaaaacactggagtatgtctttctg
cagctagtttatttcacttaacttgatgttcttcagtccaactacagctc
agcgaatgatagcatttcatttcttttcttttgcagtcaaataacattct
gctgtacatgtggacatacaaataatttcattatttatgaaaagttcaac
caacttttaggctaagtctcttaggtagtggataatcactgtgacttgga
ggagaaaccaaaatattattcaatgttgcgctcactttgtcagcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_36840912_36842078
seq2: B6Ng01-263O08.b_43_1215

seq1  GAATTCACTATGTAGACCAAGTTGGCCTTGAACTTGGTAACCAATGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGACCAAGTTGGCCTTGAACTTGGTAACCAATGTGCC  50

seq1  TGTGTCGGTCTCCTGAGTGCTCAAATGAAAGGTGTGCACCACTATGCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCGGTCTCCTGAGTGCTCAAATGAAAGGTGTGCACCACTATGCCCT  100

seq1  GCTTAATATATTTGATACTAAATGCCTATGATTAAATTTTAATAGTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATATATTTGATACTAAATGCCTATGATTAAATTTTAATAGTGGCT  150

seq1  GTGTATAGCCACTGGCTTGTGAAATTTCTCACAATTCAAAGTTAGTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATAGCCACTGGCTTGTGAAATTTCTCACAATTCAAAGTTAGTTCTT  200

seq1  GTAAGCCAACCACAGCATCTCACTGCCTTGAACCCAACTACTGCTCCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCAACCACAGCATCTCACTGCCTTGAACCCAACTACTGCTCCTTG  250

seq1  ACTTAAAGTTGGTGCTCTATGCCTCACAGTAGTAGGGGTGACACCAGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAGTTGGTGCTCTATGCCTCACAGTAGTAGGGGTGACACCAGCTC  300

seq1  AGCAAGTGAGGTACAGCAGGCTGTAAGTTGGTTCATTTATCCATCTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTGAGGTACAGCAGGCTGTAAGTTGGTTCATTTATCCATCTCACA  350

seq1  GATAGAGATATAGATGACTTTATATGGGAACTTAAAAGACCTCACGTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGATATAGATGACTTTATATGGGAACTTAAAAGACCTCACGTTAG  400

seq1  TCAATATTGGATCCTCTAAACTTGTCTTTGAATATGTTACCCTGTGCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATTGGATCCTCTAAACTTGTCTTTGAATATGTTACCCTGTGCTGG  450

seq1  TGCTCTGGGGTAGAGTTCTCAGTGTTCCTTCTCACTCAAACAGTATTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGGGGTAGAGTTCTCAGTGTTCCTTCTCACTCAAACAGTATTAGT  500

seq1  ACACATAGTGGCTAATGAGAGCACAGGCCAAGTCCCCATGTTGGGCTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAGTGGCTAATGAGAGCACAGGCCAAGTCCCCATGTTGGGCTCTG  550

seq1  AGCCAGCAGGCAATCCATACTCCATATACCTTGGATCTTCAGCTACAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCAGGCAATCCATACTCCATATACCTTGGATCTTCAGCTACAGAG  600

seq1  CAAGAGACAACAATCTGTGCAGTCCTGATGGCTCCAGACTTTATGGCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGACAACAATCTGTGCAGTCCTGATGGCTCCAGACTTTATGGCATG  650

seq1  ATGGGACAACACTTCTGCCCAGCAGGTCTCAGAGACAAGGAGGACCCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGACAACACTTCTGCCCAGCAGGTCTCAGAGACAAGGAGGACCCTAG  700

seq1  CTCCTGTCCTCAGCCATGTAGCCAGCTTGTTCCCAAACAGGGCCATTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTCCTCAGCCATGTAGCCAGCTTGTTCCCAAACAGGGCCATTTCT  750

seq1  GTTACTCAAGGCAAAGCACTCCCCTTGAGCCGAGCCAGTTCCCAAGAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTCAAGGCAAAGCACTCCCCTTGAGCCGAGCCAGTTCCCAAGAAGT  800

seq1  GGCATACTGGGCACCCAAACAGCTGGACCAAGAGATGCCTTCATAGAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATACTGGGCACCCAAACAGCTGGACCAAGAGATGCCTTCATAGAAGC  850

seq1  TGCGGGCACTCAGTGATAAGACAGCCAAAGATGAAGAATGGTTTGGGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGGCACTCAGTGATAAGACAGCCAAAGATGAAGAATGGTTTGGGAGA  900

seq1  GGTTGTTCAGAGCTGGGGATGGAGGCCAGCAGGGGAACAGTTGACC-TCC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  GGTTGTTCAGAGCTGGGGATGGAGGCCAGCAGGGGAACAGTTGACCTTCA  950

seq1  AGGCGTCCCTGGTGGAGGTTGGA-TTTGTGTATTT-CCTGAGCTAGATTG  997
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGGCGTCCCTGGTGGAGGTTGGATTTTGTGTATTTCCCTGAGCTAGATTG  1000

seq1  ATTCCAGGCC--TAGAATCCATCA-TTCCCTTCATAA-TACAAATAATCA  1043
      ||||||||||   ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||
seq2  ATTCCAGGCCCTAAGAATCCATCATTTCCCTTCATAATTACAAAT-ATCA  1049

seq1  CCAAATGTGCTCAAGCACTTGGTAGCCTGGATATCCACTCTAGCAATTCT  1093
      ||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||  ||||||| |||||
seq2  CCAAATGTGCTCAGGCACTTGGTAG-CTGGAATTCACCTCTAGC-ATTCT  1097

seq1  CTGTGTGGACAGTGATTAGACCATCATTAT-CTTAATGCTTCTTAATTTA  1142
      ||||   ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||  
seq2  CTGTTGTGACAGTGATTAGACCATCATTATCCTTAGTGCTTCCTAGTTAT  1147

seq1  TCTTTCT-GATTAGCAACTTACCATT  1167
       |||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTGGATTAGCAACTTACCATT  1173