BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267E03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 47,037,379 - 47,203,322
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneApoa1, Apoc3, Apoa4, Apoa5, Zfp259, Bud13, 4931429L15Rik, LOC100042722, EG667890, 2900052N01Rik, D930036J05
Downstream geneCadm1, LOC100043303, D930028F11Rik, 4432416J03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267E03.bB6Ng01-267E03.g
ACCGA070436GA070437
length1,1391,087
definitionB6Ng01-267E03.b B6Ng01-267E03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,202,184 - 47,203,322)(47,037,379 - 47,038,456)
sequence
gaattccgtgtcctgcttgatgcagcatttggaggaaccccccccccatc
ccccaaagctcttgcttagtcattcagcacactcacacatttaaaacgac
tgcctcctctcttccctagctgccttttaacaaaacttcctgggttctac
agtgtaagcccctttgtctaagacttcttacaaagaaccctgggccaggc
tgaaaacatccgctgggattcaagagaggaggcctcagacagacgaggac
tctgaactttctgtaggaactgggaggagggaatctgggctcccaaaact
cactaagtgtcgctggggttctagacagtaagacaaggtcattttcccca
gcacgcgtagtgggcttaacggatcagaaaagtcctcctctgcacctgtc
tcttgacccggtttatctactcaaccatctaataaccattcactcaatgc
atattcatttcctgttttattctcctctgctctagtcctgagattcttac
atatagagaagaattggtacagggtgtgggacagttatgaaggggaagga
gtaatttgttccaacgatctggaacaaaccctgcagttttgtagtttttt
ccccttgcccaatttattgcatgagttattttctccttcctcccctcacc
ccttcttctctcccttttatccctccttcctactttccttgcccccacat
ctctctttacattcctccctttccttcttttctaacagaatctcactatg
taaaccttatgcttggccttatgcttgaaatcctcccatttcctccttcc
aagtgcttgggttacaggtgctggccaccaggctcggcttcattctatga
cttctcagagcatcttaattatgtggcctttggaggagtttggctcagct
gctgggcactgactttccagagtaggcatcggatctcagctcccagaagg
cagaacccttagctgcgccgctgacttgtacttggcctcagcccagctct
tgatcagtagatgcctgatcagccgagacttgaatgaagcgcctatgtta
tctagcagcagtccactgggcagtcagactacagcattatgcaggcaaca
gcttcctgagtatcctttatagtccaggccactctttcc
gaattctgtacagtgactggaaatatggcagaactgccctttgagaactg
tgctcgcacctattaatgaactttatctgcggctctaaaacacagccctg
tgtttcaaacacaagcccaggaggctgcacggctcgaatgctgttgtgtt
aattcacacctagttatggtgactggcaccagccttcaacactggtcaga
agaaagctgctggactgctctagaataattactaaggctggatttatttt
ataacaggtgccaggtgttaatatggaggaacacgttttgttctaactca
aagcatgtgccgggggttggggagcaggggctgtgtgcatctgtttgtgt
gcccacatcatgtgactacacacacactcaatttctgtgacttgggaatg
actgtggcatggtagagaaaggaacaataggggaatccagtaacattcaa
gccacgacaggagtctagagtttagatagcattttccatgactcgtgctc
ttgcagtgaatgttcacagtaagaatattcaagtttaagtcagtgaagat
ggtagagctgaccatctgtcccaaataagagccattcccttcgtaatggg
aggaagctacttcccctgtgttttctaaatggtgctgaccaatggcagta
ggctcagtgaccaacgtctaactgcttcagtcagcttctttagatgcctc
ccactatctcttttgggtgggttcctaacagcaatgtttgtgagtttccc
cagaatccatcacatataactggcatggggtggacatccacatggatttg
ttccactgatttcccttgtaattcccacctctagtaataatgatccccca
aattcctatcttctgatggtctctctccctgtgggttaagattttctatt
ctgggttgaccactgggcagagttgccttgtgtgccccacacatagttta
tgcacaaattcaaaggtaattcatctttgccttttacctattgggatctg
gaccaccttgtcttactgaattcacctccaatgccattttgagtcatttc
ccttcttcttcaattcgttggccctcattgttagcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_47202184_47203322
seq2: B6Ng01-267E03.b_44_1182 (reverse)

seq1  GGAAGGAGTGGCTTGGACTATTAAAGGGATACTCA-GAAGCTGTTGGCTG  49
      |||| ||||||| ||||||||  || ||||||||| |||||||||| |||
seq2  GGAAAGAGTGGCCTGGACTAT--AAAGGATACTCAGGAAGCTGTTGCCTG  48

seq1  CATTAAATGCTGTAATTCTGACTGCCAAGTGGACTGCTGCTTGGATACAT  99
      |||  |||||||| | |||||||||| |||||||||||||| |   ||||
seq2  CAT--AATGCTGT-AGTCTGACTGCCCAGTGGACTGCTGCTAGATAACAT  95

seq1  A-GCACCTCATTCAAGTTCTTCCGGCTG-TCAGGCATCTACTGATCAAGA  147
      | || | ||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGCTTCATTCAAG-TCT--CGGCTGATCAGGCATCTACTGATCAAGA  142

seq1  GCTGGGCTGA-GCCAGGTACAAGTCAGCGGCGCAGCT-AGGGTTCTGCCT  195
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTGGGCTGAGGCCAAGTACAAGTCAGCGGCGCAGCTAAGGGTTCTGCCT  192

seq1  TCTGGGAGCTGAGATCCGATGCCTACTCTGGAAAGTCAGTGCCCAGCAGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAGCTGAGATCCGATGCCTACTCTGGAAAGTCAGTGCCCAGCAGC  242

seq1  TGAGCC-AACTCCTCCAAAGGCCACATAATTAAGATGCTCTGAGAAGTCA  294
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAAACTCCTCCAAAGGCCACATAATTAAGATGCTCTGAGAAGTCA  292

seq1  TAGAATGAAGCCGAGCCTGGTGGCCAGCACCTGTAACCCAAGCACTTGGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGAAGCCGAGCCTGGTGGCCAGCACCTGTAACCCAAGCACTTGGA  342

seq1  AGGAGGAAATGGGAGGATTTCAAGCATAAGGCCAAGCATAAGGTTTACAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAAATGGGAGGATTTCAAGCATAAGGCCAAGCATAAGGTTTACAT  392

seq1  AGTGAGATTCTGTTAG-AAAGAAGG-AAGGGAGGAATGTAAAGAGAGATG  442
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGATTCTGTTAGAAAAGAAGGAAAGGGAGGAATGTAAAGAGAGATG  442

seq1  TGGGGGCAAGGAAAGTAGGAAGGAGGGATAAAAGGGAGAGAAGAAGGGGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGCAAGGAAAGTAGGAAGGAGGGATAAAAGGGAGAGAAGAAGGGGT  492

seq1  GAGGGGAGGAAGGAGAAAATAACTCATGCAATAAATTGGGCAAGGGGAAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGAGGAAGGAGAAAATAACTCATGCAATAAATTGGGCAAGGGGAAA  542

seq1  AAACTACAAAACTGCAGGGTTTGTTCCAGATCGTTGGAACAAATTACTCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACAAAACTGCAGGGTTTGTTCCAGATCGTTGGAACAAATTACTCC  592

seq1  TTCCCCTTCATAACTGTCCCACACCCTGTACCAATTCTTCTCTATATGTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTTCATAACTGTCCCACACCCTGTACCAATTCTTCTCTATATGTA  642

seq1  AGAATCTCAGGACTAGAGCAGAGGAGAATAAAACAGGAAATGAATATGCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTCAGGACTAGAGCAGAGGAGAATAAAACAGGAAATGAATATGCA  692

seq1  TTGAGTGAATGGTTATTAGATGGTTGAGTAGATAAACCGGGTCAAGAGAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTGAATGGTTATTAGATGGTTGAGTAGATAAACCGGGTCAAGAGAC  742

seq1  AGGTGCAGAGGAGGACTTTTCTGATCCGTTAAGCCCACTACGCGTGCTGG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCAGAGGAGGACTTTTCTGATCCGTTAAGCCCACTACGCGTGCTGG  792

seq1  GGAAAATGACCTTGTCTTACTGTCTAGAACCCCAGCGACACTTAGTGAGT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATGACCTTGTCTTACTGTCTAGAACCCCAGCGACACTTAGTGAGT  842

seq1  TTTGGGAGCCCAGATTCCCTCCTCCCAGTTCCTACAGAAAGTTCAGAGTC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAGCCCAGATTCCCTCCTCCCAGTTCCTACAGAAAGTTCAGAGTC  892

seq1  CTCGTCTGTCTGAGGCCTCCTCTCTTGAATCCCAGCGGATGTTTTCAGCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTCTGTCTGAGGCCTCCTCTCTTGAATCCCAGCGGATGTTTTCAGCC  942

seq1  TGGCCCAGGGTTCTTTGTAAGAAGTCTTAGACAAAGGGGCTTACACTGTA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCAGGGTTCTTTGTAAGAAGTCTTAGACAAAGGGGCTTACACTGTA  992

seq1  GAACCCAGGAAGTTTTGTTAAAAGGCAGCTAGGGAAGAGAGGAGGCAGTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCAGGAAGTTTTGTTAAAAGGCAGCTAGGGAAGAGAGGAGGCAGTC  1042

seq1  GTTTTAAATGTGTGAGTGTGCTGAATGACTAAGCAAGAGCTTTGGGGGAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAATGTGTGAGTGTGCTGAATGACTAAGCAAGAGCTTTGGGGGAT  1092

seq1  GGGGGGGGGGTTCCTCCAAATGCTGCATCAAGCAGGACACGGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGTTCCTCCAAATGCTGCATCAAGCAGGACACGGAATTC  1139

seq1: chr9_47037379_47038456
seq2: B6Ng01-267E03.g_70_1156

seq1  GAATTCTGTACAGTGACTGGAAATATGGCAGAACTGCCCTTTGAGAACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTACAGTGACTGGAAATATGGCAGAACTGCCCTTTGAGAACTG  50

seq1  TGCTCGCACCTATTAATGAACTTTATCTGCGGCTCTAAAACACAGCCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGCACCTATTAATGAACTTTATCTGCGGCTCTAAAACACAGCCCTG  100

seq1  TGTTTCAAACACAAGCCCAGGAGGCTGCACGGCTCGAATGCTGTTGTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAAACACAAGCCCAGGAGGCTGCACGGCTCGAATGCTGTTGTGTT  150

seq1  AATTCACACCTAGTTATGGTGACTGGCACCAGCCTTCAACACTGGTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACACCTAGTTATGGTGACTGGCACCAGCCTTCAACACTGGTCAGA  200

seq1  AGAAAGCTGCTGGACTGCTCTAGAATAATTACTAAGGCTGGATTTATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCTGCTGGACTGCTCTAGAATAATTACTAAGGCTGGATTTATTTT  250

seq1  ATAACAGGTGCCAGGTGTTAATATGGAGGAACACGTTTTGTTCTAACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGGTGCCAGGTGTTAATATGGAGGAACACGTTTTGTTCTAACTCA  300

seq1  AAGCATGTGCCGGGGGTTGGGGAGCAGGGGCTGTGTGCATCTGTTTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTGCCGGGGGTTGGGGAGCAGGGGCTGTGTGCATCTGTTTGTGT  350

seq1  GCCCACATCATGTGACTACACACACACTCAATTTCTGTGACTTGGGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACATCATGTGACTACACACACACTCAATTTCTGTGACTTGGGAATG  400

seq1  ACTGTGGCATGGTAGAGAAAGGAACAATAGGGGAATCCAGTAACATTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGCATGGTAGAGAAAGGAACAATAGGGGAATCCAGTAACATTCAA  450

seq1  GCCACGACAGGAGTCTAGAGTTTAGATAGCATTTTCCATGACTCGTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACGACAGGAGTCTAGAGTTTAGATAGCATTTTCCATGACTCGTGCTC  500

seq1  TTGCAGTGAATGTTCACAGTAAGAATATTCAAGTTTAAGTCAGTGAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTGAATGTTCACAGTAAGAATATTCAAGTTTAAGTCAGTGAAGAT  550

seq1  GGTAGAGCTGACCATCTGTCCCAAATAAGAGCCATTCCCTTCGTAATGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGCTGACCATCTGTCCCAAATAAGAGCCATTCCCTTCGTAATGGG  600

seq1  AGGAAGCTACTTCCCCTGTGTTTTCTAAATGGTGCTGACCAATGGCAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTACTTCCCCTGTGTTTTCTAAATGGTGCTGACCAATGGCAGTA  650

seq1  GGCTCAGTGACCAACGTCTAACTGCTTCAGTCAGCTTCTTTAGATGCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGTGACCAACGTCTAACTGCTTCAGTCAGCTTCTTTAGATGCCTC  700

seq1  CCACTATCTC-TTTGGGTGGGTTCCTAACAGCAATGTTTGTGAGTTTCCC  749
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATCTCTTTTGGGTGGGTTCCTAACAGCAATGTTTGTGAGTTTCCC  750

seq1  CAGAATCCATCACATATAACTGGCATGGGGTGGACATCCACATGGATTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCCATCACATATAACTGGCATGGGGTGGACATCCACATGGATTTG  800

seq1  TTCCACTGATTTCCCTTGTAATTCCCACCTCTTAGTAATAATGATCCCCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGATTTCCCTTGTAATTCCCACCTC-TAGTAATAATGATCCCCC  849

seq1  AAATT-CTATCTTCTGATGGTCTCTCTCCCTGTGGGTTAAGATTTTCTA-  897
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAATTCCTATCTTCTGATGGTCTCTCTCCCTGTGGGTTAAGATTTTCTAT  899

seq1  TCT-GGTTGACCACTGGGCAGAGTTGCC-TGTGTGCCCCACACATAGTTT  945
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTTGACCACTGGGCAGAGTTGCCTTGTGTGCCCCACACATAGTTT  949

seq1  ATGCAACAAATCCAAAGGTAATTCATCTTTGCCTTTTACCTA-TGGGATC  994
      |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGC-ACAAATTCAAAGGTAATTCATCTTTGCCTTTTACCTATTGGGATC  998

seq1  TGGA-CAACTTGTCTTACTGGATTCACCTCCCAAATG-CATTTTGAGTCA  1042
      |||| || |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||
seq2  TGGACCACCTTGTCTTACTGAATTCACCTCC--AATGCCATTTTGAGTCA  1046

seq1  -TTCCCTCCTTCCTCAATACGTGG---CTCA-TGTTAGCAC  1078
       |||||| |||| ||||| ||| |   |||| |||||||||
seq2  TTTCCCTTCTTCTTCAATTCGTTGGCCCTCATTGTTAGCAC  1087