BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267N07
Chromosome9 (Build37)
Map Location 67,609,418 - 67,743,077
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG244911, Vps13c
Upstream geneCar12, Aph1b, LOC623488, Aph1c, Rab8b, Rps27l, Lactb, Tpm1, Tln2, LOC100041390, LOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik
Downstream geneLOC100041451, Rora, 9530091C08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267N07.bB6Ng01-267N07.g
ACCGA070848GA070849
length1,1981,067
definitionB6Ng01-267N07.b B6Ng01-267N07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,741,877 - 67,743,077)(67,609,418 - 67,610,489)
sequence
gaattcacctcatttataaacagctatggctttgaagcatgggatccaaa
gctattctgtgttactacttcccttcaagagtgagagacaaccatgagca
aggaccagcctagtgagctgatgggagaggagatatgtcacagcactggc
aagaggtctaagtggggcttgtggaagtagcaactggcacgccctccagt
tttagcctccagttagagaggaaagcctatccctcaacactaaacttgga
ttatgtcatactttgacatttagaaaagaaatagaggaaagctattcact
cttacctacttataagacttgattataaaaaatatgaaaggttttatttg
acaaagaaagttctggagttgtgcaagaacttaagtgtccaagaacactt
gggtcacaatacagatgtggctgtgttaaacaaactgcaccacattccta
aaatgtgtaaattactaaaatgtgtacaatggaaagtctggtcatgggta
ttgccctgcaatgtaaaatgttttcaacttcattctatcactgtgtgtga
gtgcttgtgcacatgtgaacacacatatcatagcacatgtatggggatca
gaggatagctctgtggagtcagctctctccgactgcctttacttgggctc
caaccactgaactcagatcatcagggttacatggcagagcctttaccctg
cgccatcctttcagccctaaaaaaggaaacttttaaattcatttttcatg
tctgtatatggcatatgcatgtgtaatacataatcatgtgtgtatgtggc
tgagtgcacccaggttcatgtgcagaggacagaggagaatatgctgccct
gttctgtcactctctccactttattctcttcaagcggggcttctcatgaa
catggagctaggctggaggcaaacaagtccgaccaatcctgcctgcctcc
cacagtgctgggaaacaggcaactgaccatagcagtcccctacttgaaag
gccgagatgcagacctcactcttgtatttcatagcacacactcagtttcc
ccgtgcacttacatagtaatcatccctcaacctaggagaacagctccaag
ccgctttctgctgcactacagcgtcatagaatgactccagggtcttgaac
tgaacaatcgagtctggtcagcagactgttctcaggtttggtttcaaa
gaattcttcatatattgtgcgagcagaggtaaaggaagaaaataggagtt
caaggtgatggtgggggtgggcattccttttgtttcttcctgggggggat
ctttgtggcctctgtaaacaagctggttttgtggccttgttcccattcag
ctgtgtttcagttacacagtgattagttttttcagtaggatttcctagat
gagttaaaatcagttgtctatttcttgagctgtgggttctaagaggttct
aagaagtttttattttcttgttcactttttttttaatgtgcattggtgtt
ttgtcagcatgtatatctgtgccagagtgtcagatcctggagttacagac
agctgtgagctgccgcatgggtgctgggaattgaacacaggtcttcagga
agagcagtctgttctcttaactactgagtcatctctctagctcccaagaa
tttttgaaataggtctatttttattattttttaaaaattatgtatagatg
tatgcatgtgcactagagggcagataccagtaaggccagaagtaccagat
gccctggagctggggatacaggaagttgtgagccatctgacttgagttct
aggatctgaacttaggtcctggatcacagcagccagtgttcttaacacct
gggctgtctccccagcccagaaagagcttattaaaatcctgagtacgatc
acaaatcctgcatttttaaatataattttcagtggacaaattagtgctta
aaaatcatataactgaaaaccgagaactcattccagatatatttccacag
agccatgtagctagcacacaaagctgaccttagacaggaaccaaggtgtc
ctggctgctccagatgactggcctaccctgtgctgtctccacaagtcatt
tgagcttcttctttgcaataagtgtcatactaagaacaggagggcaacag
ctatgaacaatataccacaagtggatagctaataaataaaacttaggaag
aaaaaaagaaagaacaccaaaaaacccagttttatacagttactaccaaa
caaagcaaaaaccccaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_67741877_67743077
seq2: B6Ng01-267N07.b_49_1246 (reverse)

seq1  TTTGAAACCAACCCTGAGAACAGTCCTGCTGACCAGACTCTGATTGTTCA  50
      ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTGAAACCAAACCTGAGAACAGT-CTGCTGACCAGACTC-GATTGTTCA  48

seq1  GTCACAGCCCGTGGAGGTCA-TCTATGACGCTGTAAGTGCAGGCAGAAAG  99
      ||   || || |||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GTTCAAGACCCTGGA-GTCATTCTATGACGCTGT-AGTGCA-GCAGAAAG  95

seq1  CGGCTTTTGAAGCTG-TCTCTAGGGTTGAGGGATGAATTACTATGTAAGT  148
      ||||  ||| ||||| ||||   |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CGGC--TTGGAGCTGTTCTCCTAGGTTGAGGGATG-ATTACTATGTAAGT  142

seq1  GCACGGGGAAACTGA--GTGTGCTATGAAATACAAGAGTGA-GTCTGCAT  195
      |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCACGGGGAAACTGAGTGTGTGCTATGAAATACAAGAGTGAGGTCTGCAT  192

seq1  CCTCGGCC-TTCAAGTAGGGGACTGCTATGGTCAGGTGCCTGTATCCCAG  244
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  -CTCGGCCTTTCAAGTAGGGGACTGCTATGGTCAGTTGCCTGTTTCCCAG  241

seq1  CACTGTGGGAGGCAGGCAGGATTGGTCGGACTTGTTTGCCTCCAGCCTAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGGAGGCAGGCAGGATTGGTCGGACTTGTTTGCCTCCAGCCTAG  291

seq1  CTCCATGTTCATGAGAAGCCCCGCTTGAAGAGAATAAAGTGGAGAGAGTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTTCATGAGAAGCCCCGCTTGAAGAGAATAAAGTGGAGAGAGTG  341

seq1  ACAGAACAGGGCAGCATATTCTCCTCTGTCCTCTGCACATGAACCTGGGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACAGGGCAGCATATTCTCCTCTGTCCTCTGCACATGAACCTGGGT  391

seq1  GCACTCAGCCACATACACACATGATTATGTATTACACATGCATATGCCAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAGCCACATACACACATGATTATGTATTACACATGCATATGCCAT  441

seq1  ATACAGACATGAAAAATGAATTTAAAAGTTTCCTTTTTTAGGGCTGAAAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGACATGAAAAATGAATTTAAAAGTTTCCTTTTTTAGGGCTGAAAG  491

seq1  GATGGCGCAGGGTAAAGGCTCTGCCATGTAACCCTGATGATCTGAGTTCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCGCAGGGTAAAGGCTCTGCCATGTAACCCTGATGATCTGAGTTCA  541

seq1  GTGGTTGGAGCCCAAGTAAAGGCAGTCGGAGAGAGCTGACTCCACAGAGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTGGAGCCCAAGTAAAGGCAGTCGGAGAGAGCTGACTCCACAGAGC  591

seq1  TATCCTCTGATCCCCATACATGTGCTATGATATGTGTGTTCACATGTGCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTCTGATCCCCATACATGTGCTATGATATGTGTGTTCACATGTGCA  641

seq1  CAAGCACTCACACACAGTGATAGAATGAAGTTGAAAACATTTTACATTGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACTCACACACAGTGATAGAATGAAGTTGAAAACATTTTACATTGC  691

seq1  AGGGCAATACCCATGACCAGACTTTCCATTGTACACATTTTAGTAATTTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAATACCCATGACCAGACTTTCCATTGTACACATTTTAGTAATTTA  741

seq1  CACATTTTAGGAATGTGGTGCAGTTTGTTTAACACAGCCACATCTGTATT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTTAGGAATGTGGTGCAGTTTGTTTAACACAGCCACATCTGTATT  791

seq1  GTGACCCAAGTGTTCTTGGACACTTAAGTTCTTGCACAACTCCAGAACTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCAAGTGTTCTTGGACACTTAAGTTCTTGCACAACTCCAGAACTT  841

seq1  TCTTTGTCAAATAAAACCTTTCATATTTTTTATAATCAAGTCTTATAAGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTCAAATAAAACCTTTCATATTTTTTATAATCAAGTCTTATAAGT  891

seq1  AGGTAAGAGTGAATAGCTTTCCTCTATTTCTTTTCTAAATGTCAAAGTAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGAGTGAATAGCTTTCCTCTATTTCTTTTCTAAATGTCAAAGTAT  941

seq1  GACATAATCCAAGTTTAGTGTTGAGGGATAGGCTTTCCTCTCTAACTGGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAATCCAAGTTTAGTGTTGAGGGATAGGCTTTCCTCTCTAACTGGA  991

seq1  GGCTAAAACTGGAGGGCGTGCCAGTTGCTACTTCCACAAGCCCCACTTAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAAACTGGAGGGCGTGCCAGTTGCTACTTCCACAAGCCCCACTTAG  1041

seq1  ACCTCTTGCCAGTGCTGTGACATATCTCCTCTCCCATCAGCTCACTAGGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTGCCAGTGCTGTGACATATCTCCTCTCCCATCAGCTCACTAGGC  1091

seq1  TGGTCCTTGCTCATGGTTGTCTCTCACTCTTGAAGGGAAGTAGTAACACA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTTGCTCATGGTTGTCTCTCACTCTTGAAGGGAAGTAGTAACACA  1141

seq1  GAATAGCTTTGGATCCCATGCTTCAAAGCCATAGCTGTTTATAAATGAGG  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGCTTTGGATCCCATGCTTCAAAGCCATAGCTGTTTATAAATGAGG  1191

seq1  TGAATTC  1201
      |||||||
seq2  TGAATTC  1198

seq1: chr9_67609418_67610489
seq2: B6Ng01-267N07.g_68_1134

seq1  GAATTCTTCATATATTGTGCGAGCAGAGGTAAAGGAAGAAAATAGGAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATATATTGTGCGAGCAGAGGTAAAGGAAGAAAATAGGAGTT  50

seq1  CAAGGTGATGGTGGGGGTGGGCATTCCTTTTGTTTCTTCCTGGGGGGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGATGGTGGGGGTGGGCATTCCTTTTGTTTCTTCCTGGGGGGGAT  100

seq1  CTTTGTGGCCTCTGTAAACAAGCTGGTTTTGTGGCCTTGTTCCCATTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGGCCTCTGTAAACAAGCTGGTTTTGTGGCCTTGTTCCCATTCAG  150

seq1  CTGTGTTTCAGTTACACAGTGATTAGTTTTTTCAGTAGGATTTCCTAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTCAGTTACACAGTGATTAGTTTTTTCAGTAGGATTTCCTAGAT  200

seq1  GAGTTAAAATCAGTTGTCTATTTCTTGAGCTGTGGGTTCTAAGAGGTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAAATCAGTTGTCTATTTCTTGAGCTGTGGGTTCTAAGAGGTTCT  250

seq1  AAGAAGTTTTTATTTTCTTGTTCACTTTTTTTTTAATGTGCATTGGTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTTTTTATTTTCTTGTTCACTTTTTTTTTAATGTGCATTGGTGTT  300

seq1  TTGTCAGCATGTATATCTGTGCCAGAGTGTCAGATCCTGGAGTTACAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGCATGTATATCTGTGCCAGAGTGTCAGATCCTGGAGTTACAGAC  350

seq1  AGCTGTGAGCTGCCGCATGGGTGCTGGGAATTGAACACAGGTCTTCAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGAGCTGCCGCATGGGTGCTGGGAATTGAACACAGGTCTTCAGGA  400

seq1  AGAGCAGTCTGTTCTCTTAACTACTGAGTCATCTCTCTAGCTCCCAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGTCTGTTCTCTTAACTACTGAGTCATCTCTCTAGCTCCCAAGAA  450

seq1  TTTTTGAAATAGGTCTATTTTTATTATTTTTTAAAAATTATGTATAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAAATAGGTCTATTTTTATTATTTTTTAAAAATTATGTATAGATG  500

seq1  TATGCATGTGCACTAGAGGGCAGATACCAGTAAGGCCAGAAGTACCAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGTGCACTAGAGGGCAGATACCAGTAAGGCCAGAAGTACCAGAT  550

seq1  GCCCTGGAGCTGGGGATACAGGAAGTTGTGAGCCATCTGACTTGAGTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGAGCTGGGGATACAGGAAGTTGTGAGCCATCTGACTTGAGTTCT  600

seq1  AGGATCTGAACTTAGGTCCTGGATCACAGCAGCCAGTGTTCTTAACACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTGAACTTAGGTCCTGGATCACAGCAGCCAGTGTTCTTAACACCT  650

seq1  GGGCTGTCTCCCCAGCCCAGAAAGAGCTTATTAAAATCCTGAGTACGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTCTCCCCAGCCCAGAAAGAGCTTATTAAAATCCTGAGTACGATC  700

seq1  ACAAATCCTGCATTTTTAAATATAATTTTCAGTGGACAAATTAGTGCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCCTGCATTTTTAAATATAATTTTCAGTGGACAAATTAGTGCTTA  750

seq1  AAAATCATATAACTGAAAACCGAGAACTCATTCCAGATATATTTCCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCATATAACTGAAAACCGAGAACTCATTCCAGATATATTTCCACAG  800

seq1  AGCCATGTAGCTAGCACACAAAGCTGACCTTAGACAGGAACCAAGGTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGTAGCTAGCACACAAAGCTGACCTTAGACAGGAACCAAGGTGTC  850

seq1  CTGGCTGCTCCAGATGACTGGCCTACCCTGTGCTGTCT-CACAAGTCATT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGGCTGCTCCAGATGACTGGCCTACCCTGTGCTGTCTCCACAAGTCATT  900

seq1  TGAGCCTCTTCTTTGCAATAAGTGTCATACTAAGAACA-GAGGGC-ACAG  947
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TGAGCTTCTTCTTTGCAATAAGTGTCATACTAAGAACAGGAGGGCAACAG  950

seq1  CTATGAACAATATA-CACAAGTGGATAGCTAAATAAATAAAACTTAGGAA  996
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTATGAACAATATACCACAAGTGGATAGCT-AATAAATAAAACTTAGGAA  999

seq1  GAAAAAAAAAGAAAGAACAACAAAAAAACCCCAAGTTTTATTACAGTAAC  1046
      |  |||||||||||||||| |||||||   || ||||||| |||||| ||
seq2  G--AAAAAAAGAAAGAACACCAAAAAA---CCCAGTTTTA-TACAGTTAC  1043

seq1  TACCAAAACAAAGCAAAAAACCCCAA  1072
      |||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TACC-AAACAAAGC-AAAAACCCCAA  1067