BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268C21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 29,499,280 - 29,686,576
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHnt
Upstream geneOpcml, LOC625222
Downstream geneSnx19, LOC666478
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268C21.bB6Ng01-268C21.g
ACCGA071106GA071107
length1,131451
definitionB6Ng01-268C21.b B6Ng01-268C21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,685,445 - 29,686,576)(29,499,280 - 29,499,735)
sequence
gaattcaaacttccttattctaaactaagagcaaaggccactgcttctat
gtcttgaattagcaaaacataagtgagagcatccatgtctagaaagacca
agacttcattaagtatttcctcagccgcaccaagtgccaactaaatgaat
agctagactccagtgtgactgggcctgacatttgaagggtaaacacttgg
cttttcagtctgaataggcaaaccaaacagatgcatgaggtagagattta
tagatgagtattttctctgagtgtttttaaggtgtgcattacatggttca
cataattagagaagacagcataacatcaggtgctaattatgcagtgcaaa
gagtaatgttcaaggagaggagaaagacaagtcaccatgagctgaaggga
tcacaagaaaactccatagaggaaggggatgaagatgggcccaaagggga
ctcttctgtagacagaggggactcttctgtagacacagggaagcctggcc
aaggctcaagtgtgaagtctataagtgggcacatgtacccagacaatctt
aaagataagcttagttggggcaggaggcactcagaggaagaaatacaaag
ttcatgttacaaatggaggatggctaagttacaaaggattctgaggaact
ggtccaggaggtaactagaagctggagtgtgatgcagggatcctatgatg
agcataggctatagaactgattctgactacagtatgcatgaaagaagacc
agagaagtgcctggcagccccttatgagggatgcctgggtcatttaagca
ttaattcactgggatctggcccttagtagtcatgaaggaggaatatagtg
ctgatttaaagggcaacatttccaggagaggacccagggaagcctaagac
atctatctgcctctccctcgcttctgctcacctgtgctgtgggccaccat
gtttcccccctttcctagtaggagggactttgaactcttgggctggtacc
ttggctagtgctcatttagaggggtgaggaggtatgggggagcttgattc
tattttaatcactgtcaagtcttcttgaacggttgggtgttttctgggtt
taatggctgagaaatgaccacagtaaggtgg

tcctgttttccccttaaccttgttctccttcccttcctcttgcgttcctt
tcccgtctttcttgtgtcttttaaatataaaatgtaaagtattaattttg
agcagaagcaagattaagccccctggaaaggattctggaaacagagccat
agcttgacttaattaagaagtgattatgccgaagagtctgtattaacgtt
ccgtgttgccagtgccagcagaattgttgttggagaagtagagtcaggaa
gcagagggaggattgagggggaggatggggtaataattgggtagccagcg
atatagcaatatttgttgaagtgatgagaaaaatattacagaaaaatgta
actgatttggaggtttctcaactcgatctttctgaaaaacctttcagaat
ggagactaccaatttctattttcctgcaaagactttgggtgtccccatga
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_29685445_29686576
seq2: B6Ng01-268C21.b_45_1175 (reverse)

seq1  CCACC-TACTGTGTTTCCATTTTCTCAGCCCATTAAACCCAGAAAACA-C  48
      ||||| ||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  CCACCTTACTGTGGT--CA-TTTCTCAG-CCATTAAACCCAGAAAACACC  46

seq1  CAAACGTTC-AGAAGACTTGACAGTGA-TAAAATAGAATCAAGCT-CCCC  95
      ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  CAACCGTTCAAGAAGACTTGACAGTGATTAAAATAGAATCAAGCTCCCCC  96

seq1  ATACCTCCTCACCCCTTCTAAATGAGGCACTAGCCAAGGTACCAGCCCAA  145
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCCTCACCCC-TCTAAATGA-GCACTAGCCAAGGTACCAGCCCAA  144

seq1  GAGTTCAAAGTCCCTCCTACTAGGAAAGGGGGGAAACATGGTGGCCCACA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAAAGTCCCTCCTACTAGGAAAGGGGGGAAACATGGTGGCCCACA  194

seq1  GCACAGGTGAGCAGAAGCGAGGGAGAGGCAGATAGATGTCTTAGGCTTCC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGTGAGCAGAAGCGAGGGAGAGGCAGATAGATGTCTTAGGCTTCC  244

seq1  CTGGGTCCTCTCCTGGAAATGTTGCCCTTTAAATCAGCACTATATTCCTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCCTCTCCTGGAAATGTTGCCCTTTAAATCAGCACTATATTCCTC  294

seq1  CTTCATGACTACTAAGGGCCAGATCCCAGTGAATTAATGCTTAAATGACC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGACTACTAAGGGCCAGATCCCAGTGAATTAATGCTTAAATGACC  344

seq1  CAGGCATCCCTCATAAGGGGCTGCCAGGCACTTCTCTGGTCTTCTTTCAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATCCCTCATAAGGGGCTGCCAGGCACTTCTCTGGTCTTCTTTCAT  394

seq1  GCATACTGTAGTCAGAATCAGTTCTATAGCCTATGCTCATCATAGGATCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACTGTAGTCAGAATCAGTTCTATAGCCTATGCTCATCATAGGATCC  444

seq1  CTGCATCACACTCCAGCTTCTAGTTACCTCCTGGACCAGTTCCTCAGAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCACACTCCAGCTTCTAGTTACCTCCTGGACCAGTTCCTCAGAAT  494

seq1  CCTTTGTAACTTAGCCATCCTCCATTTGTAACATGAACTTTGTATTTCTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTAACTTAGCCATCCTCCATTTGTAACATGAACTTTGTATTTCTT  544

seq1  CCTCTGAGTGCCTCCTGCCCCAACTAAGCTTATCTTTAAGATTGTCTGGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAGTGCCTCCTGCCCCAACTAAGCTTATCTTTAAGATTGTCTGGG  594

seq1  TACATGTGCCCACTTATAGACTTCACACTTGAGCCTTGGCCAGGCTTCCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGCCCACTTATAGACTTCACACTTGAGCCTTGGCCAGGCTTCCC  644

seq1  TGTGTCTACAGAAGAGTCCCCTCTGTCTACAGAAGAGTCCCCTTTGGGCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTACAGAAGAGTCCCCTCTGTCTACAGAAGAGTCCCCTTTGGGCC  694

seq1  CATCTTCATCCCCTTCCTCTATGGAGTTTTCTTGTGATCCCTTCAGCTCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCATCCCCTTCCTCTATGGAGTTTTCTTGTGATCCCTTCAGCTCA  744

seq1  TGGTGACTTGTCTTTCTCCTCTCCTTGAACATTACTCTTTGCACTGCATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACTTGTCTTTCTCCTCTCCTTGAACATTACTCTTTGCACTGCATA  794

seq1  ATTAGCACCTGATGTTATGCTGTCTTCTCTAATTATGTGAACCATGTAAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCACCTGATGTTATGCTGTCTTCTCTAATTATGTGAACCATGTAAT  844

seq1  GCACACCTTAAAAACACTCAGAGAAAATACTCATCTATAAATCTCTACCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCTTAAAAACACTCAGAGAAAATACTCATCTATAAATCTCTACCT  894

seq1  CATGCATCTGTTTGGTTTGCCTATTCAGACTGAAAAGCCAAGTGTTTACC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATCTGTTTGGTTTGCCTATTCAGACTGAAAAGCCAAGTGTTTACC  944

seq1  CTTCAAATGTCAGGCCCAGTCACACTGGAGTCTAGCTATTCATTTAGTTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATGTCAGGCCCAGTCACACTGGAGTCTAGCTATTCATTTAGTTG  994

seq1  GCACTTGGTGCGGCTGAGGAAATACTTAATGAAGTCTTGGTCTTTCTAGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGGTGCGGCTGAGGAAATACTTAATGAAGTCTTGGTCTTTCTAGA  1044

seq1  CATGGATGCTCTCACTTATGTTTTGCTAATTCAAGACATAGAAGCAGTGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATGCTCTCACTTATGTTTTGCTAATTCAAGACATAGAAGCAGTGG  1094

seq1  CCTTTGCTCTTAGTTTAGAATAAGGAAGTTTGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCTCTTAGTTTAGAATAAGGAAGTTTGAATTC  1131


seq1: chr9_29499280_29499735
seq2: B6Ng01-268C21.g_65_521

seq1  GAATTCTCCTGTTTTCCCCTTAACCTTGTTCTCCTTCCCTTCCTCTTGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGTTTTCCCCTTAACCTTGTTCTCCTTCCCTTCCTCTTGCG  50

seq1  TTCCTTTCCCGTCTTTCTTGTGTCTTTTAAATATAAAATGTAAAGTATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCCCGTCTTTCTTGTGTCTTTTAAATATAAAATGTAAAGTATTA  100

seq1  ATTTTGAGCAGAAGCAAGATTAAGCCCCCTGGAAAGGATTCTGGAAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAGCAGAAGCAAGATTAAGCCCCCTGGAAAGGATTCTGGAAACAG  150

seq1  AGCCATAGCTTGACTTAATTAAGAAGTGATTATGCCGAAGAGTCTGTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATAGCTTGACTTAATTAAGAAGTGATTATGCCGAAGAGTCTGTATT  200

seq1  AACGTTCCGTGTTGCCAGTGCCAGCAGAATTGTTGTTGGAGAAGTAGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTTCCGTGTTGCCAGTGCCAGCAGAATTGTTGTTGGAGAAGTAGAGT  250

seq1  CAGGAAGCAGAGGGAGGATTGAGGGGGAGGATGGGGTAATAATTGGGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGCAGAGGGAGGATTGAGGGGGAGGATGGGGTAATAATTGGGTAG  300

seq1  CCAGCGATATAGCAATATTTGTTGAAGTGATGAGAAAAATATTAGAGAAA  350
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCAGCGATATAGCAATATTTGTTGAAGTGATGAGAAAAATATTACAGAAA  350

seq1  AATGTAACTGATTTGGAGGTTTCTCAACTCGATCTTTCTGAAAAACCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAACTGATTTGGAGGTTTCTCAACTCGATCTTTCTGAAAAACCTTT  400

seq1  CAGAATGGAGACTACCAATTTCTA-TATCCTGCAAAGTCTTTGGGTGTCC  449
      |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGAATGGAGACTACCAATTTCTATTTTCCTGCAAAGACTTTGGGTGTCC  450

seq1  CCAGGAT  456
      ||| |||
seq2  CCATGAT  457


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |