BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268P13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 68,635,917 - 68,827,731
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRora
Upstream geneEG244911, Vps13c, LOC100041451, 9530091C08Rik
Downstream geneNarg2, EG665815, EG244913, Anxa2, Foxb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268P13.bB6Ng01-268P13.g
ACCGA071693GA071694
length1,146261
definitionB6Ng01-268P13.b B6Ng01-268P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,635,917 - 68,637,075)(68,827,471 - 68,827,731)
sequence
gaattctcctgtaacatgcttgttcaattactatacacttagagaggaaa
ccacagaccaagaagtaagttctggaaatttaagtcagtcatggattaag
ttcctcaggtaagcctgtgtgtcatatgtccccaatgtacatttatccta
catttattctactgggatgggccaagacctgactataatgactgtgcata
ctagaggctgtggtttttttttttatgattgtacaagctctttggctgag
tacaatgcagatggccttccctctacccaaggttgagtttccctatctct
ggactatgggggtcataacctttctcacaaggacattgttgggacagaaa
atttaatctattttgtaaagaaaaaatagatgcacagtattaaaatatgc
aagtctaaaatagctgccagcactgtttggctctctttgccgaaatttca
ctatgcctataagaaagactcagcattttcttgtggactgtgagttgttg
ccatcaaatgagcttgtcagtctctggtaaagaacaaaatgtccttggat
ttaccctgtgccacattggcatgtatacttatactaaagcacccaatatg
gaatataaccaagggcaagttctcccaagtgggtatgaatctccataagg
gacactggtatacatagccattcctcagagccacagaaagccttctgaga
gtcatcccttattgctctgctatagcctgtcccataggagaatgggccct
ggaaggctgctgaccccacaggacctcatttgcctgatgtgagaaacctc
agctcaatcattcccaggaagagccaagctcttactggtcttcctcctct
gacttctgaacaaatgtggacgtttccccctgtggtccttaagctatcac
catccgtcctacatctcttggtggttctaatagacacacaccgggaggtt
gcttgggagatgactcagccaataatgtgcttgctgcacagcatgggggc
ctgagttgagaattctcagctactacaaagagcctgtgctgtgttcctct
atctctgatcgaccctggatgcagagacaggtagttccctgagatcactg
cagttcagtcctgctgattatgagtttatcatggttgattcaggtt

ccagaatgcacgctgatgttagggccttccctaacccctatcccaggatg
ctcagcagcaattagtcgctgtgaactccgcttcacctccactgtgtttt
tagcagttcaggatctgcagaggacagggcaagagggaatgggattcggc
tgctggccctaatttttccaagggaatgggtttaaatagttgcattccac
caaagtccctctctgtcttcttccctgctcgtgtgtgctcatgtgtgctc
gtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_68635917_68637075
seq2: B6Ng01-268P13.b_48_1193

seq1  GAATTCTCCTGTAACATGCTTGTTCAATTACTATACACTTAGAGAGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGTAACATGCTTGTTCAATTACTATACACTTAGAGAGGAAA  50

seq1  CCACAGACCAAGAAGTAAGTTCTGGAAATTTAAGTCAGTCATGGATTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGACCAAGAAGTAAGTTCTGGAAATTTAAGTCAGTCATGGATTAAG  100

seq1  TTCCTCAGGTAAGCCTGTGTGTCATATGTCCCCAATGTACATTTATCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCAGGTAAGCCTGTGTGTCATATGTCCCCAATGTACATTTATCCTA  150

seq1  CATTTATTCTACTGGGATGGGCCAAGACCTGACTATAATGACTGTGCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTCTACTGGGATGGGCCAAGACCTGACTATAATGACTGTGCATA  200

seq1  CTAGAGGCTGTGGTTTTTTTTTTTATGATTGTACAAGCTCTTTGGCTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGCTGTGGTTTTTTTTTTTATGATTGTACAAGCTCTTTGGCTGAG  250

seq1  TACAATGCAGATGGCCTTCCCTCTACCCAAGGTTGAGTTTCCCTATCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGCAGATGGCCTTCCCTCTACCCAAGGTTGAGTTTCCCTATCTCT  300

seq1  GGACTATGGGGGTCATAACCTTTCTCACAAGGACATTGTTGGGACAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTATGGGGGTCATAACCTTTCTCACAAGGACATTGTTGGGACAGAAA  350

seq1  ATTTAATCTATTTTGTAAAGAAAAAATAGATGCACAGTATTAAAATATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATCTATTTTGTAAAGAAAAAATAGATGCACAGTATTAAAATATGC  400

seq1  AAGTCTAAAATAGCTGCCAGCACTGTTTGGCTCTCTTTGCCGAAATTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTAAAATAGCTGCCAGCACTGTTTGGCTCTCTTTGCCGAAATTTCA  450

seq1  CTATGCCTATAAGAAAGACTCAGCATTTTCTTGTGGACTGTGAGTTGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCTATAAGAAAGACTCAGCATTTTCTTGTGGACTGTGAGTTGTTG  500

seq1  CCATCAAATGAGCTTGTCAGTCTCTGGTAAAGAACAAAATGTCCTTGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAAATGAGCTTGTCAGTCTCTGGTAAAGAACAAAATGTCCTTGGAT  550

seq1  TTACCCTGTGCCACATTGGCATGTATACTTATACTAAAGCACCCAATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCTGTGCCACATTGGCATGTATACTTATACTAAAGCACCCAATATG  600

seq1  GAATATAACCAAGGGCAAGTTCTCCCAAGTGGGTATGAATCTCCATAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAACCAAGGGCAAGTTCTCCCAAGTGGGTATGAATCTCCATAAGG  650

seq1  GACACTGGTATACATAGCCATTCCTCAGAGCCACAGAAAGCCTTCTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGGTATACATAGCCATTCCTCAGAGCCACAGAAAGCCTTCTGAGA  700

seq1  GTCATCCCTTATTGCTCTGCTATAGCCTGTCCCATAGGAGAATGGGCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCCTTATTGCTCTGCTATAGCCTGTCCCATAGGAGAATGGGCCCT  750

seq1  GGAAGGCTGCTGACCCCACAGGACCTCATTTGCCTGATGTGAGAAACCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCTGCTGACCCCACAGGACCTCATTTGCCTGATGTGAGAAACCTC  800

seq1  AGCTCAATCATTCCCAGGAAGAGCCAAGCTCTTACTGGTCTTCCTCCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAATCATTCCCAGGAAGAGCCAAGCTCTTACTGGTCTTCCTCCTCT  850

seq1  GACTTCTGAACAAATGTGGACGTTTCCCCCTGTGGTCCTTAAGCTATCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTGAACAAATGTGGACGTTTCCCCCTGTGGTCCTTAAGCTATCAC  900

seq1  CATCCGTCCTACATCTCTTGGTGGTTCTAATAGACACAACACCGGGAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CATCCGTCCTACATCTCTTGGTGGTTCTAATAGACAC-ACACCGGGAGGT  949

seq1  TGCTTGGGAGATGACTCAAGCCAATAATGTGCTTGCTGCACAAGCATGGG  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGCTTGGGAGATGACTC-AGCCAATAATGTGCTTGCTGCAC-AGCATGGG  997

seq1  GGCCTGAGTTGAGAATTCTCAGCTACTACAAAGAGCCTGTGCTGTG-TCC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGCCTGAGTTGAGAATTCTCAGCTACTACAAAGAGCCTGTGCTGTGTTCC  1047

seq1  TCTATCTCTGAATCCGACCCTGGGAATGCAGAGACAGGTAGGTCCCTGGA  1099
      |||||||||||   |||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||
seq2  TCTATCTCTGA--TCGACCCTGG--ATGCAGAGACAGGTAGTTCCCT-GA  1092

seq1  GATCACTGGCCAG-TCAGTCCTGCTGATTATGAGGTTTAAATTCAGTGGG  1148
      ||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||   ||| ||| 
seq2  GATCACTG--CAGTTCAGTCCTGCTGATTATGA-GTTTA---TCA-TGGT  1135

seq1  TGATTCAGGTT  1159
      |||||||||||
seq2  TGATTCAGGTT  1146


seq1: chr9_68827471_68827731
seq2: B6Ng01-268P13.g_75_335 (reverse)

seq1  CACACACACACGAGCACACATGAGCACACACGAGCAGGGAAGAAGACAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACGAGCACACATGAGCACACACGAGCAGGGAAGAAGACAGA  50

seq1  GAGGGACTTTGGTGGAATGCAACTATTTAAACCCATTCCCTTGGAAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGACTTTGGTGGAATGCAACTATTTAAACCCATTCCCTTGGAAAAAT  100

seq1  TAGGGCCAGCAGCCGAATCCCATTCCCTCTTGCCCTGTCCTCTGCAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCCAGCAGCCGAATCCCATTCCCTCTTGCCCTGTCCTCTGCAGATC  150

seq1  CTGAACTGCTAAAAACACAGTGGAGGTGAAGCGGAGTTCACAGCGACTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTGCTAAAAACACAGTGGAGGTGAAGCGGAGTTCACAGCGACTAA  200

seq1  TTGCTGCTGAGCATCCTGGGATAGGGGTTAGGGAAGGCCCTAACATCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCTGAGCATCCTGGGATAGGGGTTAGGGAAGGCCCTAACATCAGC  250

seq1  GTGCATTCTGG  261
      |||||||||||
seq2  GTGCATTCTGG  261


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |