BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270A22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 73,979,356 - 74,076,614
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr72
Upstream geneEG436081, Unc13c
Downstream geneNr1h2-ps, LOC100040764, Onecut1, BC031353, Arpp19, LOC100040812, Myo5a, LOC677501
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270A22.bB6Ng01-270A22.g
ACCGA072497GA072498
length1,1291,092
definitionB6Ng01-270A22.b B6Ng01-270A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,979,356 - 73,980,492)(74,075,519 - 74,076,614)
sequence
gaattcaaggcccatacctaaacatgataaaagcaatctacagcaaacca
gtagccaacatcaaagtaaatggtgagaagctggaagcaatcccactaaa
atcagggactagacaaggctgcccacttttcctacctattcaacattgta
cttgaagtcctagccagagcaattcaacaacaaaaggagatcaaggggat
acaaattggaaaggaagaagtcaaaatatcactttttgcagatgatataa
tagtatatataagtgaccctaaaaattccaccagagaactcctaaacctg
ataaacagcttcagtgaagtaggtggatataaaattaactcaaacaagtc
aatggcctttctctacacaaagaataaacaggctgagaaagaaattaggg
aaacaacacccttctcaatagtcacaaataatataaaataccttggtgtg
actctaactaaggaagtgaaagatctgtatgataagaacttcaagtctcg
tttttctacttgatcaatatatttctttttgtttgatataacacacgttt
gtttttttctttccatatcctgtcgtaattcctgccttaagaagatctca
tcaatatcctttctttcagagtgagttaacagagatatacttcctcgtcc
atgctattacctcacttttttgtttcccactagtgtcagtcaacgttcat
ctttgttgttatgctagtcctacttttctttctgctgctgtgatagagac
catgaccaaaagtaatttgaggaagcaagggtttgtttgtcttggaactc
atcattgaggaaagccagagcaagaactccaacaggagcagagagagaca
agagccatgaaaatcagtgggctactctgctccccgtggcttgcttcctc
tggcttgacccccaaggcttgctcagtctaatttcttgtaataactcaga
accacctctccagaggtagtactgcccacagcagctgactcccgccccta
ccccaacactaatcaatcacagtcaaggcagtcctcaggacctaccacag
taagtcatctggtcagtcttcagttgtttgtatttgtgcactatgatgaa
tgcagctctttactagtgagcttgatccc

gaattcttttttaaagcctgtttccaagtgacttaagttctttgatgtct
tggcagagggagctgggatgttttgacttattatgcttgtgtggcaggaa
ggaggtagaaggaaatctacatttttatagaaagtttcaaagtagggaag
ttttagtgaaaagaattgcatgtgattctaggaaatctcatcatgatctc
actgcaatagccatttgcaaaagagccctgcacggtctgcatgccagaga
gcgttattggaaaaaggccccagcgacttcctggaactcctctccctgcg
agccgacagcttgcttggcacaagctgggcactaacatagtgtacagatt
caaagcatgtcaagcatcactgaagcatgcaagggcttatccaaaggaac
atggctattcaaatcacaccatgagttcttcttggggtgtgtgcatatac
atgtgtgtgcttaaatgtggaggccagaggataaacttgtgtatcattcc
ttaggcgtggttcatcttgcttctgcttttgtttctttggcccggggtca
cttattaagttaggatggctggccaatgagctgcagggacctgcctattt
ttgcctccccaccgctacaggtacaagcccatgccacaggcttggcttat
tttcatgtggcttccaggaatcaggttcccatgaaccccatgtctgcatg
gccagcccctttccaatcaaggcagcacccagacccttctgtcttcatgt
accactaacgtggggacatcagacagtcaggtatttgacaaacatttctt
atattgccatttctctcccggaggctcagcttgtgcaggagaaacatgaa
tacccttgcatagattctcagcagtttttatagagattttttgtgcatgt
gtctggatcaaattgtgttttcaaattttaactgtgtctactgttgaata
atttcattttttaaaatgcaaaatttaccctaattattgataaactcaat
aaataaaccttgatttgttcttatcaaaaattgttcctctgtagatgctg
attatgttttttactttaaatttatagatgcacactgataac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_73979356_73980492
seq2: B6Ng01-270A22.b_49_1175

seq1  ATTCAAGGCCCATACCTAAACATGATAAAAGCAATCTACAGCAAACCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGGCCCATACCTAAACATGATAAAAGCAATCTACAGCAAACCAGT  50

seq1  AGCCAACATCAAAGTAAATGGTGAGAAGCTGGAAGCAATCCCACTAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACATCAAAGTAAATGGTGAGAAGCTGGAAGCAATCCCACTAAAAT  100

seq1  CAGGGACTAGACAAGGCTGCCCACTTTTCCTACCTATTCAACATTGTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACTAGACAAGGCTGCCCACTTTTCCTACCTATTCAACATTGTACT  150

seq1  TGAAGTCCTAGCCAGAGCAATTCAACAACAAAAGGAGATCAAGGGGATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCCTAGCCAGAGCAATTCAACAACAAAAGGAGATCAAGGGGATAC  200

seq1  AAATTGGAAAGGAAGAAGTCAAAATATCACTTTTTGCAGATGATATAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGAAAGGAAGAAGTCAAAATATCACTTTTTGCAGATGATATAATA  250

seq1  GTATATATAAGTGACCCTAAAAATTCCACCAGAGAACTCCTAAACCTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATAAGTGACCCTAAAAATTCCACCAGAGAACTCCTAAACCTGAT  300

seq1  AAACAGCTTCAGTGAAGTAGGTGGATATAAAATTAACTCAAACAAGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCTTCAGTGAAGTAGGTGGATATAAAATTAACTCAAACAAGTCAA  350

seq1  TGGCCTTTCTCTACACAAAGAATAAACAGGCTGAGAAAGAAATTAGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTTCTCTACACAAAGAATAAACAGGCTGAGAAAGAAATTAGGGAA  400

seq1  ACAACACCCTTCTCAATAGTCACAAATAATATAAAATACCTTGGTGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACCCTTCTCAATAGTCACAAATAATATAAAATACCTTGGTGTGAC  450

seq1  TCTAACTAAGGAAGTGAAAGATCTGTATGATAAGAACTTCAAGTCTCGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTAAGGAAGTGAAAGATCTGTATGATAAGAACTTCAAGTCTCGTT  500

seq1  TTTCTACTTGATCAATATATTTCTTTTTGTTTGATATAACACACGTTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACTTGATCAATATATTTCTTTTTGTTTGATATAACACACGTTTGT  550

seq1  TTTTTTCTTTCCATATCCTGTCGTAATTCCTGCCTTAAGAAGATCTCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTTTCCATATCCTGTCGTAATTCCTGCCTTAAGAAGATCTCATC  600

seq1  AATATCCTTTCTTTCAGAGTGAGTTAACAGAGATATACTTCCTCGTCCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCTTTCTTTCAGAGTGAGTTAACAGAGATATACTTCCTCGTCCAT  650

seq1  GCTATTACCTCACTTTTTTGTTTCCCACTAGTGTCAGTCAACGTTCATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTACCTCACTTTTTTGTTTCCCACTAGTGTCAGTCAACGTTCATCT  700

seq1  TTGTTGTTATGCTAGTCCTACTTTTCTTTCTGCTGCTGTGATAGAGACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTATGCTAGTCCTACTTTTCTTTCTGCTGCTGTGATAGAGACCA  750

seq1  TGACCAAAAGTAATTTGAGGAAGCAAGGGTTTGTTTGTCTTGGAACTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAAAGTAATTTGAGGAAGCAAGGGTTTGTTTGTCTTGGAACTCAT  800

seq1  CATTGAGGAAAGCCAGAGCAAGAACTCCAACAGGAGCAGAGAGAGACAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGGAAAGCCAGAGCAAGAACTCCAACAGGAGCAGAGAGAGACAAG  850

seq1  AGCCATGAAAATCAGTGGGCTACTCTGCTCCCCGTGGCTTGCTTCCTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGAAAATCAGTGGGCTACTCTGCTCCCCGTGGCTTGCTTCCTCTG  900

seq1  GCTTGACCCCCAAGGCTTGCTCAGTCTAATTTCTTGT-ATAACTCAGAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTTGACCCCCAAGGCTTGCTCAGTCTAATTTCTTGTAATAACTCAGAAC  950

seq1  CACCTCTCCAGAGGTAGTACTGCCCACAGCAGGCTGACTCCCGCCCCTAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTCCAGAGGTAGTACTGCCCACAGCA-GCTGACTCCCGCCCCTAC  999

seq1  CCCAACACTAATCAATCAACAGTCAAGGCAAGTCCTCAGGACCTACCACA  1049
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACACTAATCAATC-ACAGTCAAGGC-AGTCCTCAGGACCTACCACA  1047

seq1  GTTAAGTTCATCTGGTCAGTCCTTCAGTTGTTTGTATTTGTTGCACTTAT  1099
      | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  G-TAAG-TCATCTGGTCAGT-CTTCAGTTGTTTGTATTTG-TGCAC-TAT  1092

seq1  GAATGAAATGCAAGCTCTTTACTAGTGAGCTGGATCCC  1137
      | ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  G-ATG-AATGC-AGCTCTTTACTAGTGAGCTTGATCCC  1127


seq1: chr9_74075519_74076614
seq2: B6Ng01-270A22.g_63_1154 (reverse)

seq1  GTTATCAGTGGTGCATCTTATAAATTAAAAGTAAAAACATTAATCAAGCA  50
      ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||   ||||| ||||
seq2  GTTATCAGT-GTGCATC-TATAAATTTAAAGTAAAAAACATAATC-AGCA  47

seq1  TCTACAGGAGAACAATTTTTGAT-AGAACAAATCAAGGTTTATTTATTTG  99
      |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCTACAGAGGAACAATTTTTGATAAGAACAAATCAAGGTTTATTTA-TTG  96

seq1  AGTTTATCAATAATTAGGGTAAATTTTGCATTTTAAAAAATGAAATTATT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATCAATAATTAGGGTAAATTTTGCATTTTAAAAAATGAAATTATT  146

seq1  CAACAGTAGACACAGTTAAAATTTGAAAACACAATTTGATCCAGACACAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTAGACACAGTTAAAATTTGAAAACACAATTTGATCCAGACACAT  196

seq1  GCACAAAAAATCTCTATAAAAACTGCTGAGAATCTATGCAAGGGTATTCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAAAATCTCTATAAAAACTGCTGAGAATCTATGCAAGGGTATTCA  246

seq1  TGTTTCTCCTGCACAAGCCTGAGCCTCCGGGAGAGAAATGGCAATATAAG  299
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCCTGCACAAG-CTGAGCCTCCGGGAGAGAAATGGCAATATAAG  295

seq1  AAATGTTTGTCAAATACCTGACTGTCTGATGTCCCCACGTTAGTGGTACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTGTCAAATACCTGACTGTCTGATGTCCCCACGTTAGTGGTACA  345

seq1  TGAAGACAGAAGGGTCTGGGTGCTGCCTTGATTGGAAAGGGGCTGGCCAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACAGAAGGGTCTGGGTGCTGCCTTGATTGGAAAGGGGCTGGCCAT  395

seq1  GCAGACATGGGGTTCATGGGAACCTGATTCCTGGAAGCCACATGAAAATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACATGGGGTTCATGGGAACCTGATTCCTGGAAGCCACATGAAAATA  445

seq1  AGCCAAGCCTGTGGCATGGGCTTGTACCTGTAGCGGTGGGGAGGCAAAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGCCTGTGGCATGGGCTTGTACCTGTAGCGGTGGGGAGGCAAAAA  495

seq1  TAGGCAGGTCCCTGCAGCTCATTGGCCAGCCATCCTAACTTAATAAGTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAGGTCCCTGCAGCTCATTGGCCAGCCATCCTAACTTAATAAGTGA  545

seq1  CCCCGGGCCAAAGAAACAAAAGCAGAAGCAAGATGAACCACGCCTAAGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGGCCAAAGAAACAAAAGCAGAAGCAAGATGAACCACGCCTAAGGA  595

seq1  ATGATACACAAGTTTATCCTCTGGCCTCCACATTTAAGCACACACATGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATACACAAGTTTATCCTCTGGCCTCCACATTTAAGCACACACATGTA  645

seq1  TATGCACACACCCCAAGAAGAACTCATGGTGTGATTTGAATAGCCATGTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACACACCCCAAGAAGAACTCATGGTGTGATTTGAATAGCCATGTT  695

seq1  CCTTTGGATAAGCCCTTGCATGCTTCAGTGATGCTTGACATGCTTTGAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGATAAGCCCTTGCATGCTTCAGTGATGCTTGACATGCTTTGAAT  745

seq1  CTGTACACTATGTTAGTGCCCAGCTTGTGCCAAGCAAGCTGTCGGCTCGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACACTATGTTAGTGCCCAGCTTGTGCCAAGCAAGCTGTCGGCTCGC  795

seq1  AGGGAGAGGAGTTCCAGGAAGTCGCTGGGGCCTTTTTCCAATAACGCTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAGGAGTTCCAGGAAGTCGCTGGGGCCTTTTTCCAATAACGCTCT  845

seq1  CTGGCATGCAGACCGTGCAGGGCTCTTTTGCAAATGGCTATTGCAGTGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATGCAGACCGTGCAGGGCTCTTTTGCAAATGGCTATTGCAGTGAG  895

seq1  ATCATGATGAGATTTCCTAGAATCACATGCAATTCTTTTCACTAAAACTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGATGAGATTTCCTAGAATCACATGCAATTCTTTTCACTAAAACTT  945

seq1  CCCTACTTTGAAACTTTCTATAAAAATGTAGATTTCCTTCTACCTCCTTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTTTGAAACTTTCTATAAAAATGTAGATTTCCTTCTACCTCCTTC  995

seq1  CTGCCACACAAGCATAATAAGTCAAAACATCCCAGCTCCCTCTGCCAAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACACAAGCATAATAAGTCAAAACATCCCAGCTCCCTCTGCCAAGA  1045

seq1  CATCAAAGAACTTAAGTCACTTGGAAACAGGCTTTAAAAAAGAATTC  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAGAACTTAAGTCACTTGGAAACAGGCTTTAAAAAAGAATTC  1092


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |