BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270L21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 83,138,475 - 83,313,109
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039159, 4930431B11Rik, EG619900
Upstream geneIrak1bp1, Phip, LOC100039144, Hmgn3
Downstream geneLOC100039186, LOC100039200, Sh3bgrl2, LOC100039222, Elovl4, Ttk, EG546150, Bckdhb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270L21.bB6Ng01-270L21.g
ACCGA073004GA073005
length1,1861,160
definitionB6Ng01-270L21.b B6Ng01-270L21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,311,923 - 83,313,109)(83,138,475 - 83,139,642)
sequence
gaattcttctttacctcttagcttattcttttatccttcacaacaccctt
ggtgtctgactcattctatgtaattatttactaatcgacccagaaattaa
aattgtcattgactttataacttggctaggaaatgtgacctcatcttgct
gcttaaattttgtctcttccaatccaaattaattttttcctctaggtcag
ttagttggtgatgttgttaaggtcagtaattggttaagaggtagtgggtg
cttgggccagtgggtgcttcgatgtgctgttacatgtttcacacaccata
ccgcaagggcgcctgtctgggtctgacagaagcattcctgcactgctcca
gcactcgtgggctttcctctcaggctggcagctgtgtggtgcccggaact
gtttgtttgtttgtttgttcatttttgatgttttgtaaatatgtcatctc
tatgtgccacaaaaattttataacctccagcttatattactttactagct
tatactttacttttaaatgcattttattgtgtatatttaacatacagaac
atgatgttattacaagatacagacatactaaaaatggttataataataaa
acaaagtattcgtcatctcaagcagttgcatgtgtttcttctctgtgaca
tgaatagttaccacgtgctcagatagttaaaatcttgagcgtattatagc
aattcacctcatttccatattgcagatcacatttttgagtttttatattc
attctatttttgagactttcttgcatgagtaccgtaatcttttatgcgca
ctactctcttcttccaactcttcctgcgtgctccctttcactccctctca
actgcataagatctttaattactgctatattacatataaaacaaccccat
gagttcatttagtgctgttcctatgtacatgtgtttagggatgacttgga
tttgatgacctgtcgggggctcagtcctggagagctggtccttcttcttc
tcagatgcattaatgcctgtagtagtcgtcatcagtagagggggccctta
tgaaatttcccccatccatgtgaatattgtcaactgatgatatccgctgt
cttgttcgagtcttactaagagaaccacattgttcatattttaaggtgca
gctcccggtataatagaattcagaaatctcggcaga

gaattcctacctgatatcaggtaatatggaaacagactcaatagacattg
tctttaagatagggtgaggtgtatatatccatagctaaaacaagacagca
gtttatatgcctcttattaagaagtctgaattgtaggcagtgctgttatg
tcttacagggcaagcagaagcaggccttctttcaacctgactgttctgcc
atcttgagcaagtctttaagtctctatctttaaatctgcatcatgactca
aggtgctgaatttccagccactggcttcatattccaggagcacaaaaaag
gaaaggcaaatatacacatacacatgcttataagaatctaggactgtacc
tcgtgcaggtagtctagacagtttgatatttaaatacatgtacatacgac
tgtactaaactaaatcactgtgttaaggagaaatatggaagtagataccg
aggagagtagcaatctctgttctcttctctcattctaatggcctgtctca
tctcagtgtttccaagatcagatgcttcatactaacattgatgtatgcag
tactttttctctgaaacttcatgattgatagcagcaggcctattgactta
aaaatatggaaattctttttctctgtgagaagcatggcacaatgaaaatt
ttaaattatggcaaaagcttagaaattcttcttgcctgtgaaaggtagta
tctttagggtagtaaaacagtcatgctttgcttagtgacaagggctctaa
gaaatctgtcattaggtgatttttgccattgtatatacagtgtagattat
ggacatgcaaaccttgatgggtcagtctgctacaccccttgggtgtatga
gatagtctgctgttctgaggctatagacttctgaagcatatgactgtact
aaatatggcaggaatcaaagcagacgtgaacattctgtatctaaacatat
ctgaaaacagaaaaggtatgaggaaagataatacagaagttaaatggttg
tgatatagcttctcactgtgagtgagctgtgggagtgcacaattgctatg
cctgagtcagagagtatagatggacgaaaatgagatctgtacattactgt
tccactttctggggcgttataacacattccatctggctacattaagttat
atcaaagtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_83311923_83313109
seq2: B6Ng01-270L21.b_47_1232 (reverse)

seq1  TCTGCTGCGAGA-TTCTGAATTCTA-TATACAGGGAAGCTGCACCCATAA  48
      |||||  ||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||| || |||
seq2  TCTGC--CGAGATTTCTGAATTCTATTATACCGGG-AGCTGCA-CCTTAA  46

seq1  AATATGAAACAATGTGGTCTCCTAAGTAAGACTCGAAC-AGACAGC-GAT  96
      |||||| |||||||||||   || |||||||||||||| ||||||| |||
seq2  AATATG-AACAATGTGGTTCTCTTAGTAAGACTCGAACAAGACAGCGGAT  95

seq1  ATCATCAGTTGAC-ATATCAACATGGATGGGGGAAATTTCATAAGG--CC  143
      ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  ATCATCAGTTGACAATATTCACATGGATGGGGGAAATTTCATAAGGGCCC  145

seq1  CCTCTACTGATGACGACTACTACAGGCAATTAATGCATCTGAG-AGAAGA  192
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTCTACTGATGACGACTACTACAGGC-ATTAATGCATCTGAGAAGAAGA  194

seq1  AGGACCAGCCTCTCCCAGGACTGAGCCCCCGACAGGTCATCAAATCCCAA  242
      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGACCAG-CTCT-CCAGGACTGAGCCCCCGACAGGTCATCAAAT-CCAA  241

seq1  GTCATCCCTAAACACATGTACATAGGAACAGCACTAAATGAACTCATGGG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCCTAAACACATGTACATAGGAACAGCACTAAATGAACTCATGGG  291

seq1  GTTGTTTTATATGTAATATAGCAGTAATTAAAGATCTTATGCAGTTGAGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTTATATGTAATATAGCAGTAATTAAAGATCTTATGCAGTTGAGA  341

seq1  GGGAGTGAAAGGGAGCACGCAGGAAGAGTTGGAAGAAGAGAGTAGTGCGC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGAAAGGGAGCACGCAGGAAGAGTTGGAAGAAGAGAGTAGTGCGC  391

seq1  ATAAAAGATTACGGTACTCATGCAAGAAAGTCTCAAAAATAGAATGAATA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGATTACGGTACTCATGCAAGAAAGTCTCAAAAATAGAATGAATA  441

seq1  TAAAAACTCAAAAATGTGATCTGCAATATGGAAATGAGGTGAATTGCTAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACTCAAAAATGTGATCTGCAATATGGAAATGAGGTGAATTGCTAT  491

seq1  AATACGCTCAAGATTTTAACTATCTGAGCACGTGGTAACTATTCATGTCA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACGCTCAAGATTTTAACTATCTGAGCACGTGGTAACTATTCATGTCA  541

seq1  CAGAGAAGAAACACATGCAACTGCTTGAGATGACGAATACTTTGTTTTAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGAAACACATGCAACTGCTTGAGATGACGAATACTTTGTTTTAT  591

seq1  TATTATAACCATTTTTAGTATGTCTGTATCTTGTAATAACATCATGTTCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATAACCATTTTTAGTATGTCTGTATCTTGTAATAACATCATGTTCT  641

seq1  GTATGTTAAATATACACAATAAAATGCATTTAAAAGTAAAGTATAAGCTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTAAATATACACAATAAAATGCATTTAAAAGTAAAGTATAAGCTA  691

seq1  GTAAAGTAATATAAGCTGGAGGTTATAAAATTTTTGTGGCACATAGAGAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTAATATAAGCTGGAGGTTATAAAATTTTTGTGGCACATAGAGAT  741

seq1  GACATATTTACAAAACATCAAAAATGAACAAACAAACAAACAAACAGTTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATTTACAAAACATCAAAAATGAACAAACAAACAAACAAACAGTTC  791

seq1  CGGGCACCACACAGCTGCCAGCCTGAGAGGAAAGCCCACGAGTGCTGGAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCACCACACAGCTGCCAGCCTGAGAGGAAAGCCCACGAGTGCTGGAG  841

seq1  CAGTGCAGGAATGCTTCTGTCAGACCCAGACAGGCGCCCTTGCGGTATGG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCAGGAATGCTTCTGTCAGACCCAGACAGGCGCCCTTGCGGTATGG  891

seq1  TGTGTGAAACATGTAACAGCACATCGAAGCACCCACTGGCCCAAGCACCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAAACATGTAACAGCACATCGAAGCACCCACTGGCCCAAGCACCC  941

seq1  ACTACCTCTTAACCAATTACTGACCTTAACAACATCACCAACTAACTGAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCTCTTAACCAATTACTGACCTTAACAACATCACCAACTAACTGAC  991

seq1  CTAGAGGAAAAAATTAATTTGGATTGGAAGAGACAAAATTTAAGCAGCAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGAAAAAATTAATTTGGATTGGAAGAGACAAAATTTAAGCAGCAA  1041

seq1  GATGAGGTCACATTTCCTAGCCAAGTTATAAAGTCAATGACAATTTTAAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGTCACATTTCCTAGCCAAGTTATAAAGTCAATGACAATTTTAAT  1091

seq1  TTCTGGGTCGATTAGTAAATAATTACATAGAATGAGTCAGACACCAAGGG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGTCGATTAGTAAATAATTACATAGAATGAGTCAGACACCAAGGG  1141

seq1  TGTTGTGAAGGATAAAAGAATAAGCTAAGAGGTAAAGAAGAATTC  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGAAGGATAAAAGAATAAGCTAAGAGGTAAAGAAGAATTC  1186


seq1: chr9_83138475_83139642
seq2: B6Ng01-270L21.g_66_1225

seq1  GAATTCCTACCTGATATCAGGTAATATGGAAACAGACTCAATAGACATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACCTGATATCAGGTAATATGGAAACAGACTCAATAGACATTG  50

seq1  TCTTTAAGATAGGGTGAGGTGTATATATCCATAGCTAAAACAAGACAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAGATAGGGTGAGGTGTATATATCCATAGCTAAAACAAGACAGCA  100

seq1  GTTTATATGCCTCTTATTAAGAAGTCTGAATTGTAGGCAGTGCTGTTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATATGCCTCTTATTAAGAAGTCTGAATTGTAGGCAGTGCTGTTATG  150

seq1  TCTTACAGGGCAAGCAGAAGCAGGCCTTCTTTCAACCTGACTGTTCTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACAGGGCAAGCAGAAGCAGGCCTTCTTTCAACCTGACTGTTCTGCC  200

seq1  ATCTTGAGCAAGTCTTTAAGTCTCTATCTTTAAATCTGCATCATGACTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAGCAAGTCTTTAAGTCTCTATCTTTAAATCTGCATCATGACTCA  250

seq1  AGGTGCTGAATTTCCAGCCACTGGCTTCATATTCCAGGAGCACAAAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTGAATTTCCAGCCACTGGCTTCATATTCCAGGAGCACAAAAAAG  300

seq1  GAAAGGCAAATATACACATACACATGCTTATAAGAATCTAGGACTGTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCAAATATACACATACACATGCTTATAAGAATCTAGGACTGTACC  350

seq1  TCGTGCAGGTAGTCTAGACAGTTTGATATTTAAATACATGTACATACGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGCAGGTAGTCTAGACAGTTTGATATTTAAATACATGTACATACGAC  400

seq1  TGTACTAAACTAAATCACTGTGTTAAGGAGAAATATGGAAGTAGATACCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTAAACTAAATCACTGTGTTAAGGAGAAATATGGAAGTAGATACCG  450

seq1  AGGAGAGTAGCAATCTCTGTTCTCTTCTCTCATTCTAATGGCCTGTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGTAGCAATCTCTGTTCTCTTCTCTCATTCTAATGGCCTGTCTCA  500

seq1  TCTCAGTGTTTCCAAGATCAGATGCTTCATACTAACATTGATGTATGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGTTTCCAAGATCAGATGCTTCATACTAACATTGATGTATGCAG  550

seq1  TACTTTTTCTCTGAAACTTCATGATTGATAGCAGCAGGCCTATTGACTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTTCTCTGAAACTTCATGATTGATAGCAGCAGGCCTATTGACTTA  600

seq1  AAAATATGGAAATTCTTTTTCTCTGTGAGAAGCATGGCACAATGAAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGGAAATTCTTTTTCTCTGTGAGAAGCATGGCACAATGAAAATT  650

seq1  TTAAATTATGGCAAAAGCTTAGAAATTCTTCTTGCCTGTGAAAGGTAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTATGGCAAAAGCTTAGAAATTCTTCTTGCCTGTGAAAGGTAGTA  700

seq1  TCTTTAGGGTAGTAAAACAGTCATGCTTTGCTTAGTGACAAGGGCTCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGGGTAGTAAAACAGTCATGCTTTGCTTAGTGACAAGGGCTCTAA  750

seq1  GAAATCTGTCATTAGGTGATTTTTGCCATTGTATATACAGTGTAGATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGTCATTAGGTGATTTTTGCCATTGTATATACAGTGTAGATTAT  800

seq1  GGACATGCAAACCTTGATGGGTCAGTCTGCTACACCCCTTGGGTGTATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGCAAACCTTGATGGGTCAGTCTGCTACACCCCTTGGGTGTATGA  850

seq1  GATAGTCTGCTGTTCTGAGGCTATAGACTTCTGAAGCATATGACTGTACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTCTGCTGTTCTGAGGCTATAGACTTCTGAAGCATATGACTGTACT  900

seq1  AAATATGGCAGGAATCAAAGCAGACGTGAACATTCTGTATCTAAACATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGGCAGGAATCAAAGCAGACGTGAACATTCTGTATCTAAACATAT  950

seq1  CTGAAAACAGAAAAGGTATGAGGGAAAGATAATACAAGAAGTTAAATGGT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  CTGAAAACAGAAAAGGTATGA-GGAAAGATAATAC-AGAAGTTAAATGG-  997

seq1  TTGTGGATATAGCTTCTCACTGTGAGTGAGCTTGTGGGAGTGCAC-ATTG  1049
      |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  TTGT-GATATAGCTTCTCACTGTGAGTGAGC-TGTGGGAGTGCACAATTG  1045

seq1  CTATGCCTGAGCCAGAGAGTATAGGAATGAAGGAAAATGAAGATCTGTAC  1099
      ||||||||||| ||||||||||||  ||| | ||||||| ||||||||||
seq2  CTATGCCTGAGTCAGAGAGTATAG--ATGGACGAAAATG-AGATCTGTAC  1092

seq1  ATTACTG-TCCAC-TTCTGGGGCCCTTATAAACACATCACACCTGGCCTA  1147
      ||||||| ||||| |||||||| | |||| |||||||  || |||| |||
seq2  ATTACTGTTCCACTTTCTGGGG-CGTTAT-AACACATTCCATCTGG-CTA  1139

seq1  CATTAAGTTTATTTAAAGTCT  1168
      |||||||||   | |||||||
seq2  CATTAAGTTATATCAAAGTCT  1160


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |